• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제29권9호
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• pp.1229-1238
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• 2016

This study was conducted to determine the relationships of five intragenic single nucleotide polymorphism (SNP) markers (protein kinase adenosine monophosphate-activated ${\gamma}3$ subunit [PRKAG3], fatty acid synthase [FASN], calpastatin [CAST], high mobility group AT-hook 1 [HMGA1], and melanocortin-4 receptor [MC4R]) and meat quality traits of Duroc breeding stocks in Korea. A total of 200 purebred Duroc gilts from 8 sires and 40 dams at 4 pig breeding farms from 2010 to 2011 reaching market weight (110 kg) were slaughtered and their carcasses were chilled overnight. Longissimus dorsi muscles were removed from the carcass after 24 h of slaughter and used to determine pork properties including carcass weight, backfat thickness, moisture, intramuscular fat, $pH_{24h}$, shear force, redness, texture, and fatty acid composition. The PRKAG3, FASN, CAST, and MC4R gene SNPs were significantly associated with the meat quality traits (p<0.003). The meats of PRKAG3 (A 0.024/G 0.976) AA genotype had higher pH, redness and texture than those from PRKAG3 GG genotype. Meats of FASN (C 0.301/A 0.699) AA genotype had higher backfat thickness, texture, stearic acid, oleic acid and polyunsaturated fatty acid than FASN CC genotype. While the carcasses of CAST (A 0.373/G 0.627) AA genotype had thicker backfat, and lower shear force, palmitoleic acid and oleic acid content, they had higher stearic acid content than those from the CAST GG genotype. The MC4R (G 0.208/A 0.792) AA genotype were involved in increasing backfat thickness, carcass weight, moisture and saturated fatty acid content, and decreasing unsaturated fatty acid content in Duroc meat. These results indicated that the five SNP markers tested can be a help to select Duroc breed to improve carcass and meat quality properties in crossbred pigs.

• Communications for Statistical Applications and Methods
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• 제16권1호
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• pp.67-74
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• 2009

고품질 한우를 만들기 위해 여러 경제형질에 영향을 주는 유전자 즉 single nucleotide polymorphisms(SNPs)를 규명하려고 한다. 이미 Lee 등 (2008a)에 의해 SNP(19_1)$^*$SNP(28_2)가 등심단면적 (LMA: longissimus muscle dorsi area)에 주요한 유전자로 규명되었다. 여기에 추가로 도체중 (CWT: carcass cold weight)과 일당증체량 (ADG: average daily gain)을 선형 모형에 적용하였으며 또한 상호작용에 더 유리하고 연속형 데이터에도 사용할 수 있는 expanded multifactor dimensionality reduction (expanded MDR)을 이용하여 주요한 SNP를 파악하였다. Expanded MDR 적용결과 등심단면적과 같은 결과인 SNP(19_1)과 SNP(19_1)$^*$SNP(28_2)의 상호작용 형태가 가장 좋은 SNP로 선정되었으며, 최종적으로 SNP(19_1)*SNP(28_2) 마커가 한우의 여러 경제형질에 우수 유전자임을 규명하였다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2007년도 6th OSONG INTERNATIONAL BIO-SYMPOSIUM
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• pp.223.1-223.1
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• 2007

• 한국생명과학회:학술대회논문집
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• 한국생명과학회 2007년도 제48회 학술심포지움 및 추계국제학술대회
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• pp.81.1-81.1
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• 2007

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• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2004년도 춘계 학술대회지
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• pp.52-53
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• 2004

• Animal Bioscience
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• 제37권3호
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• pp.428-436
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• 2024

Objective: This study compared five distinct sets of biological pathways and associated genes related to semen volume (VOL), number of sperm (NS), and sperm motility (MOT) in the Thai multibreed dairy population. Methods: The phenotypic data included 13,533 VOL records, 12,773 NS records, and 12,660 MOT records from 131 bulls. The genotypic data consisted of 76,519 imputed and actual single nucleotide polymorphisms (SNPs) from 72 animals. The SNP additive genetic variances for VOL, NS, and MOT were estimated for SNP windows of one SNP (SW1), ten SNP (SW10), 30 SNP (SW30), 50 SNP (SW50), and 100 SNP (SW100) using a single-step genomic best linear unbiased prediction approach. The fixed effects in the model were contemporary group, ejaculate order, bull age, ambient temperature, and heterosis. The random effects accounted for animal additive genetic effects, permanent environment effects, and residual. The SNPs explaining at least 0.001% of the additive genetic variance in SW1, 0.01% in SW10, 0.03% in SW30, 0.05% in SW50, and 0.1% in SW100 were selected for gene identification through the NCBI database. The pathway analysis utilized genes associated with the identified SNP windows. Results: Comparison of overlapping and non-overlapping SNP windows revealed notable differences among the identified pathways and genes associated with the studied traits. Overlapping windows consistently yielded a larger number of shared biological pathways and genes than non-overlapping windows. In particular, overlapping SW30 and SW50 identified the largest number of shared pathways and genes in the Thai multibreed dairy population. Conclusion: This study yielded valuable insights into the genetic architecture of VOL, NS, and MOT. It also highlighted the importance of assessing overlapping and non-overlapping SNP windows of various sizes for their effectiveness to identify shared pathways and genes influencing multiple traits.

• 디지털콘텐츠학회 논문지
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• 제19권9호
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• pp.1795-1801
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• 2018

질환의 원인을 규명하기 위해 전장유전체 연관분석 (GWAS; Genome-Wide Association Study) 연구가 활발히 진행되고 유전체 레벨의 단일염기다형성 (SNP; Single-nucleotide polymorphism)이 많이 밝혀지고 있다. 그러나 단일염기다형성의 연관분석을 통해 질환이 발병하는 생물학적 메카니즘을 이해하기 어렵기 때문에 유전자, 생물학적 패스웨이 및 질환 등의 연관성 분석이 이전보다 더욱 중요하다. 본 논문에서는 단일염기다형성과 관련된 유전자와 패스웨이, 질환 정보를 검색하여 통합 분석하는 서비스를 제공하는 PRaDA 웹 시스템을 제안하였다. PRaDA는 사용자로부터 입력받은 유의한 몇몇의 단일염기다형성들과 관련된 유전자 및 패스웨이 뿐만 아니라, 유의하지 않은 다수의 단일염기다형성 집합의 간접적인 영향을 파악하기 위해 기능적으로 근접한 패스웨이를 검색하고 통계적 분석을 실행한다. 사용자들은 PRaDA가 제공하는 통합된 정보를 통해 질병의 전반적인 이해를 할 수 있다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권6호
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• pp.897-902
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• 2004

이전에 연구된 한우육과 Holstein 및 Black angus육 감별법의 신속성, 편리성, 경제성 등의 단점을 보완하기 위해 소의 MC1R gene의 SNP를 이용한 새로운 감별법을 시도하였다. 본 연구에서는 소의 MC1R gene 중 594번째 염기인 Guanine이 한우에서는 결실된 점을 이용하여 한우의 sequence를 바탕으로 3 쪽에 2mers의 tail을 달아 한우에게는 상보적이나 다른 종에서는 상보적이지 않은 3 -tailed primers를 제작하였다. 이 primer들을 이용해서 한우에서만 MC1R 중 571번째 염기서열부터 919번째 염기서열까지의 343bp의 단편이 증폭되도록 하였다. 그 결과, Holstein, Black angus에서는 모두 band가 관찰되지 않았으나 한우에서는 343bp의 band가 확인되었다. 따라서 본 연구에서 사용한 3 -tailed primer를 이용하면 보다 정확하고 재현성 있으며 신속하고 편리하며 경제적인 한우육의 감별이 될 것으로 판단된다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2007년도 춘계학술발표대회
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• pp.605-608
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• 2007

천식(Asthma)과 같은 복합질환(Complex Disease)의 원인과 작용 모델을 찾기 위해서 여러가지 통계적인 방법들과 기계 학습(Machine Learning)의 방법 등이 사용되고 있다. 본 연구에서는 유전 알고리즘을 이용하여 천식 환자와 대조군들을 분류할 수 있는 단일염기 다형성(SNP, Single Nucleotide Polymorphism)의 조합에 대하여 조사한다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제34권12호
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• pp.3543-3544
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• 2013