• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제50권1호
• /
• pp.29-41
• /
• 2001

결핵환자에 있어 rpoB 유전자 염기서열 돌연변이로 인해 생겨나는 rifampin(RIF)내성은 화학요법치료에서 나타나는 다제내성의 표지자로서 많은 연구가 되어 있으며 rifabutin(RIB)은 이러한 RIF의 내성을 보이는 일부 점돌연변이에 대하여 감성 또는 내성을 보이는 것으로 보고되고 있다. 그러므로 본 연구에서는 mycobacteria rpoB 유전자의 특정 DNA 서열(17 bp)을 고정한 올리고뉴클레오티드 칩을 개발하여 rpoB 유전자의 점돌연변이으로 인한 RIF과 RIB의 감수성을 조사하고자 하였다. 방법 : 사용된 올리고뉴클레오티드 칩은 RIF 내성 프로브 및 RIB 감성 프로브를 포함하도록 고안되었으며, 각각의 돌연변이에 상응하는 야생형 프로브를 동일한 염기서열에서 선정하여 형광 시그날 세기의 직접비교에 의해 보다 정확한 탐지를 가능하게 하였다. 결과 : 15개의 임상 분리체를 검사한 결과 RIF 내성으로 밝혀진 돌연변이중 13개의 임상 분리체에서 RIB 감수성 돌연변이 종류를 판별할 수 있었다. 결론 : 올리고뉴레오티드 칩으로 rpoB 유전자에 대한 점돌연변이 연구는 결핵환자에 대한 RIF과 RIB 약제내성 유무를 판단케 함으로써 효과적인 화학요법치료를 가능케 할 것이며 기존 방법과 비교시 효율 및 재현성이 매우 높다고 판단되었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제46권5호
• /
• pp.618-627
• /
• 1999

연구배경 : Rifampicin (RFP)은 결핵단기요법의 근간이 되는 중요한 약제이다. RFP내성 결핵균은 대부분 isoniazid (INH)에도 내성이며, 따라서 RFP내성은 다제약제내성의 지표이다. 그러나 최근 서구에서는 드문 것으로 알려진 RFP단독내성결핵이, 특히 HIV감염과 연관되어 많은 빈도로 보고되었다. 따라서 서구와는 다른 환경을 가진 국내에서 RFP단독내성결핵의 빈도, 가능한 원인들, 및 임상상을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법 : 1990년 1월부터 1997년 8월까지 서울중앙병원에서 대한결핵협회에 의뢰하여 결핵균 감수성검사 결과가 확인된 699명(921검체)중 INH감수성, RFP내성결과를 보인 총 18명(31검체)을 대상으로 의무기록을 검토하였다. 과거결핵의 병력, 약제복용력, 동반된 전신질환 유무, HIV검사 여부, 위장질환 여부, 감수성 결과의 변화 양상, 그리고 RFP단독내성 확인후 약제의 변경등 임상 경과를 고찰하였다. 또한 보관된 6 균주는 염기서열결정법으로 rpoB유전자의 돌연변이 양상을 확인하였다. 결 과 : 18명의 평균나이는 $43{\pm}14$세였고 남녀비는 12 : 6이었다. 18명중 16명(89%)에서 과거 결핵을 앓은 병력이 있었고, 이 중 약제복용력이 확인된 12명중 11명은 불규칙하게 약제를 복용하였다. 특기할 만한 위장질환을 진단받은 병력은 없었으며, RFP을 단독으로 복용한 병력도 없었다. 기저질환으로 당뇨병이 4예에서 있었다. HIV검사가 시행된 2명 모두 음성이었다. 11명에서 감수성검사가 2회 이상 반복 시행되었는데, 6명에서는 RFP단독내성을 유지하였고 5명에서는 다제내성으로 바뀌었다. 8명(44%)은 완치되었으며, 6명(33%)은 치료실패하였고 3명(17%)은 추적검사에서 소실되었으며, 1명은 아직 치료중이다. rpoB 유전자 염기서열결정법을 시행한 6균주중 5예에서 rpoB유전자 돌연변이가 발견되었으나 새로운 형태의 돌연변이는 없었다. 결 론 : HIV감염율이 서구에 비하여 낮은 국내에서 RFP단독내성 폐결핵의 임상상은 다제내성결핵과 유사하였다. 그러나 일부 RFP단독내성결핵은 RFP을 포함한 1차약제만으로도 완치가 가능하였고, 이는 RFP 단독내성이 다제내성결핵과는 다른 부류일 가능성도 시사하였다.

• 한국동물위생학회지
• /
• 제39권1호
• /
• pp.1-6
• /
• 2016

In this study, Bacillus licheniformis which has been used as probiotics was isolated from Korean traditional fermented soybean. A total of 69 strains were presumptively identified as B. licheniformis by phenotypic methods. Based on PCR amplification and 16S rRNA gene sequencing, the multilocus sequence typing of gyrA and rpoB, followed by phylogenetic analysis was performed. The isolates were distinctly differentiated and found to be closely related to B. amyloliquefaciens, B. subtilis, and B. aerius. The partial 16S rRNA gene sequences of those strains matched those of B. sonorensis (97%) and B. aerius (98%) in the phylogenetic tree. In contrast, multilocus phylogenetic analysis (MLPA) showed that only 61 (86.9%) out of 69 strains were B. licheniformis. The rest of those strains were found to be B. subtilis (5.8%), B. amyloliquefaciens (2.9%), and B. sonorensis (2.9%), respectively. Therefore, our results suggested that since the 16S rRNA gene sequencing alone was not sufficient to compare and discriminate closely related lineages of Bacillus spp., it was required to analyze the MLPA simultaneously to avoid any misleading phenotype-based grouping of these closely related species.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
• /
• 한국자원식물학회 2022년도 추계학술대회
• /
• pp.69-69
• /
• 2022

Commelinaceae (Commelinales), consist of three subfamiles and 40 genera, are distributed in the Old and New world, except Europe. This family is commonly known as dayflower and spiderwort due to their short bloom time and a viscous stem secretion. Although, several morphological and molecular analysis were conducted, the relationships among the genera are still ambiguous. The rapid advances in next-generation sequencing (NGS) enable us to do genomic research widely. Here, we assembled 12 new plastomes of Commelinaceae including Cartonematoideae and compared with previously published data. We identified pseudogened accD and rpoA in Commelinoideae taxa. Phylogenetic analysis inferred from 78 protein-coding genes showed that Rhopalephora scaberrima was nested within Aneilema. Also, there is a need to revise the subtribal relationships in Tradescantieae. This study will contribute to define the genome structures, phylogenetic and biogeographic studies of Commelinaceae.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제55권1호
• /
• pp.41-58
• /
• 2003

연구배경 : 약제내성 결핵권의 조기 진단을 위해서, 최근 돌연변이 검출 및 질병의 진단 등에 새로운 기술로 대두되고 있는 올리고뉴콜레오티드 칩 기술을 이용하여 결핵균의 리팜핀, 아이소나아지드와 스트렙토마이신 내성과 관련된 rpoB, katG와 rpsL 유전자의 주요 돌연변이를 신속하고 정확하게 검출하고자 하였다. 방 법 : 리팜핀 내성 검출의 야생형 7개와 돌연변이형 13개, 아이소니아지드 내성 검출의 야생형 2개와 돌연변이형 3개, 그리고 스트렙토마이신 내성 검출을 위한 야생형과 돌연변이형 프로브 각 2종류를 고안한 후, 유리 슬라이드에 고정시켜 올리고뉴클레오티드 칩을 제작하였고, 약제내성을 가지고 있는 배양균주 55균주를 선택하여 PCR 증폭반응과 혼성화 반응을 실시한 후 비공초점 레이저 스케너를 이용하여 돌연변이를 검출하였다. 이를 염기서열방법으로 확인하여 돌연변이 다형성을 분석하였다. 결 과 : 리팜핀 내성은 코돈 531과 코돈 526에서 65%의 돌연변이를 검출하였고, 현재까지 보고되어 있지 않은 D516F의 새로운 돌연변이도 검출하였다. 아이소니아지드 내성은 S315T와 R463L 돌연변이가 45.2%로 검출되었고, 스트렙토마이신 내성은 K43R과 K88R 돌연변이가 78%로 검출되었다. 리팜핀 내성의 88%(35/40), 아이소니아지드 내성의 50%(20/42), 그리고 스트렙토마이신 내성의 78%(7/9)를 검출함으로써 현재까지 보고되어 있는 세가지 약제내성과 관련된 rpoB, katG와 rpsL 유전자의 주요 돌연변이는 대부분 검출할 수 있음을 확인할 수 있었고, 염기서열분석 결과와 비교하였을 때 모두 일치하는 결과를 얻음으로써 올리고뉴콜레오티드 칩의 유용성을 확인할 수 있었다. 결 론 : 따라서 본 연구에서 개발한 올라고뉴클레오티드 칩은 약재내성 결핵균의 조기 진단에 유용한 도구가 될 것으로 사료된다.

• 식물병연구
• /
• 제27권4호
• /
• pp.180-186
• /
• 2021

경남과 전남의 육묘중인 수박과 정식한 포장의 유묘에서 황색의 둘레무리와수침상의 갈색 및 검은색의 반점의 병반이 관찰되었다. 병반에서 분리한 분리균은 수박과 쥬키니에서 높은 병원성을 보여주었다, 분리균은 4개의 속생모를 가진 막대형 세균이었다. 분리균은 그람음성으로 LOPAT group 1a에 속하였으며, King'B 배지에서 형광성이 없었다. 16S rRNA 유전자 염기서열을 이용한 계통수 분석과 4개의 항존유전자 염기서열(gapA, gltA, gyrB, rpoD)을 이용한 multi-locus sequencing typing 분석 결과 분리균들은 Pseudomonas syringae pv. syringae와 가장 높은 상동성을 보여주었고, 같은 그룹(clade)으로 묶이었다. 또한 이들은 P. syringae genomospecies group 1에 속하였다. 수박의 잎점무늬병징에서 분리한 세균의 형태적, 생리적, 유전적 특징은 이들이 P. syringae pv. syringae임을 제시한다. 본 논문은 한국에서 P. syringae pv. syringae가 수박에서 점무늬병을 일으키는 최초의 보고이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제33권2호
• /
• pp.167-179
• /
• 2023

The rifampicin-resistant strain E9-302 of Edwardsiella ictaluri strain 669 (WT) was generated by continuous passage on BHI agar plates containing increasing concentrations of rifampicin. E9-302 was attenuated significantly by 119 times to zebrafish Danio rerio compared to WT in terms of the 50% lethal dose (LD₅₀). Zebrafish vaccinated with E9-302 via intraperitoneal (IP) injection at a dose of 1 × 10³ CFU/fish had relative percentage survival (RPS) rates of 85.7% when challenged with wild-type E. ictaluri via IP 14 days post-vaccination (dpv). After 14 days of primary vaccination with E9-302 via immersion (IM) at a dose of 4 × 10⁷ CFU/ml, a booster IM vaccination with E9-302 at a dose of 2 × 10⁷ CFU/ml exhibited 65.2% RPS against challenge with wild-type E. ictaluri via IP 7 days later. These results indicated that the rifampicin-resistant attenuated strain E9-302 had potential as a live vaccine against E. ictaluri infection. A previously unreported amino acid site change at position 142 of the RNA polymerase (RNAP) β subunit encoded by the gene rpoB associated with rifampicin resistance was identified. Analysis of the whole-genome sequencing results revealed multiple missense mutations in the virulence-related genes esrB and sspH2 in E9-302 compared with WT, and a 189 bp mismatch in one gene, whose coding product was highly homologous to glycosyltransferase family 39 protein. This study preliminarily explored the molecular mechanism underlying the virulence attenuation of rifampicin-resistant strain E9-302 and provided a new target for the subsequent study of the pathogenic mechanism of E. ictaluri.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제21권4호
• /
• pp.421-429
• /
• 2011

For precise identification of a Lactobacillus K1 isolate, LC-MS/MS analysis of the putative surface layer protein was performed. The results obtained from LTQ-FT-ICR mass spectrometry confirmed that the analyzed protein spot is the surface layer protein originating from Lb. helveticus species. Moreover, the identified protein has the highest similarity with the surface layer protein from Lb. helveticus R0052. To evaluate the proteomic study, multilocus sequence analysis of selected housekeeping gene sequences was performed. Combination of 16S rRNA sequencing with partial sequences for the genes encoding the RNA polymerase alpha subunit (rpoA), phenylalanyl-tRNA synthase alpha subunit (pheS), translational elongation factor Tu (tuf), and Hsp60 chaperonins (groEL) also allowed to classify the analyzed isolate as Lb. helveticus. Further classification at the strain level was achieved by sequencing of the slp gene. This gene showed 99.8% identity with the corresponding slp gene of Lb. helveticus R0052, which is in good agreement with data obtained by nano-HPLC coupled to an LTQ-FT-ICR mass spectrometer. Finally, LC-MS/MS analysis of surface layer proteins extracted from three other Lactobacillus strains proved that the proposed method is the appropriate molecular tool for the identification of S-layer-possessing lactobacilli at the species and even strain levels.

• Journal of Microbiology
• /
• 제35권4호
• /
• pp.264-270
• /
• 1997

The structure of plasmid mlp1, a linear 10.2kb mitochondrial plasmid of Pleurotus ostreatus NFF A2 was determined by restriction enzyme mapping and partial sequencing. The plasmid encodes at least two proteins; a putative RNA polymerase showing homology to yeast mitochondrial RNA polymerase and to viral-encoded RNA polymerases, and a putative DNA polymerase showing significant homology to the family B thpe DNA polymerases. It also contains terminal inverted repeat sequences at both ends which are longer than 274 bp. A 1.6 kb EcoRI restriction fragment of m1p1 containing the putative RNA polymerase gene did not hybridize to the nuclear or motochondrial genomes from P. ostreatus, suggesting that it may encode plasmidspecific RNA polymerase. The gene fragment also did not hybridize with the RNA polymerase gene (RPO41) from Saccaromyces cerevisiae. The relationship between genes in m1p1 and those in another linear plasmid pC1K1 of Claviceps purpurea was examined by DNA hybridization. The result indicates that the genes for DNA and RNA polymerases are not closely related with those in C. purpurea.

• 식물분류학회지
• /
• 제53권3호
• /
• pp.237-241
• /
• 2023

The genus Scrophularia L. (Scrophulariaceae) comprises 200-270 species worldwide and is a taxonomically challenging lineage, displaying morphological diversity and hybridization. S. kakudensis is morphologically similar to the closely related taxa S. kakudensis var. microphylla, S. pilosa, and S. cephalantha. Therefore, the purpose of this study was to sequence the chloroplast (cp) genome of S. kakudensis using next-generation sequencing and compare it to those of related taxa. The complete cp genome sequence of Scrophularia kakudensis was found to be 152,355 bp long, consisting of a pair of inverted repeats of 25,485 bp that separate a large single-copy (LSC) of 83,479 bp from small single-copy regions of 17,909 bp. The cp genome contained 78 protein-coding genes, 30 tRNAs, and four rRNAs. A phylogenetic analysis based on 78 protein-coding genes from six Scrophularia species showed S. kakudensis and S. cephalantha formed with 100% bootstrap values. We compared the complete cp genomes of S. kakudensis and S. cephalantha and identified seven sequence divergence regions: matK/rps16, rps16/trnQ, trnS/trnG, rpoB/trnC, trnS/trnG, rpl32/trnL, and ndhD/psaC. These regions may be useful for determining the phylogenetic relationships among S. kakudensis-related species.