• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제11권2호
• /
• pp.287-293
• /
• 2001

A fast and easy PCR-SSCP method was developed and assessed for the early detection of rifampin-resistant Mycobacterium leprae in skin biopsy samples from Korean leprosy patients. The 190 bp of the rpoB gene, in which mutation is known to cause resistance to rifampin, was amplified by PCR and then analyzed by SSCP and DNA sequencing, All PCR products showing mobility shift on PCR-SSCP contained mutations, demonstrating that this method can be used for an early diagnositic method to detect a putative rifampin-resistant M. leprae strain. DNA sequence analysis revealed that 19 of 34 patient samples contained M. leprae strains with missense mutations in the rpoB gene: five were the same mutations previously reported to cause rifampin resistance and eight were the new type of mutatios that likely cause rifampin resistance. These newly identified dmutations, whose all five cytosine bases of four amino acids were substitued with thymine, were found at different sites from those reported in Mycobacterium tuberculosis or M. leprae. Therefore, they may provide additional clues to understand the molecular biological basis on the rifampin resistance of M. leprae.

• 한국정보통신학회논문지
• /
• 제17권4호
• /
• pp.1005-1009
• /
• 2013

마산병원과 결핵연구원에서 rifampin 내성균주를 확보하여 기존의 전통방법으로 검사된 항결핵제 내성균의 rifampin 내성관련 유전자인 rpoB (RNA polymerase beta subunit)의 변이를 DNA 염기서열 분석방법에 의하여 분석하였다. 그 결과 국내에서 분리되는 결핵균에서는 기존에 보고된 rpoB 변이부위와는 다른 위치의 DNA 염기 변이가 확인되었고 국내에서 여러 내성 결핵균주에서 변이가 발견되고 있지만 이러한 변이가 리팜핀 내성을 실제로 유발하는지 실험적으로 검증된 바는 없었다. 따라서 이러한 특이 부위의 rpoB변이들이 실제로 리팜핀 내성을 유발하는가를 확인하기 위하여 내성 결핵균주들의 rpoB 변이유전자를 polymerase chain reaction(PCR)으로 증폭하고 이것을 리팜핀 감수성 결핵균주에 cloning(클로닝)하고 발현시켜 rpoB 변이가 리팜핀에 대한 내성을 발생시켰음을 실험적으로 확인하였다.

• 한국정보통신학회:학술대회논문집
• /
• 한국정보통신학회 2012년도 춘계학술대회
• /
• pp.913-915
• /
• 2012

Rifampin 내성 마이코박테리아의 RNA polymerase beta subunit gene (rpoB)의 변이를 of Rifampin-resistant Mycobacteria was analyzed using nucleotide sequence of containing rifampin 내성유전자부위인 $rif^{rr}$을 포함한 rpoB DNA (351 bp)의 염기서열 분석을 이용하여 조사하였다. 본 연구를 위해 마산국립병원과 국립결핵원으로부터 전통적 배양방법으로 rifampin 내성 마이코박테리아를 수집하여 그것들의 rpoB 유전자를 염기서열 분석을 수행하였고 최근까지 보고된 것과는 다른 변이들을 확인할 수 있었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제49권5호
• /
• pp.546-557
• /
• 2000

연구배경 : 결핵발병률과 다제내성 결핵균주의 증가로 효과적인 치료 및 관리를 위해 보다 신속하고 정확한 약제내성의 진단이 필요한 실정이다. 이에 다제내성 중요한 표지자인 rifampin 내성의 주요 기전인 rpoB 유전자 돌연변이 검출을 위해 기존의 직접 염기 서열분석과 최근 유전자 발현, 유전자 변이 및 다형성, 그리고 염기서열분석 등의 연구에 중요한 기술로 이용되어지는 oligonucleotide chip 기술을 이용하기 위한 간편하고 정확한 돌연변이 검출법을 개발하고자 시행하였다. 방법 : 본 연구에는 rifampin 내성 결핵 균주 28예와 10예의 감수성 균주 총 38예의 rifampin 내성 결해 균주를 선택하였고, wild type probe 6종류와 돌연변이 출현빈도가 높은 12종류의 probe를 제작하여 총 18 종류의 oligonucleotide probe를 고형지지체에 부착 시킨 저밀도 oligonucleotide chip을 제작하였으며 oligonucleotide chip을 이용한 rpoB 돌연변이 검출과 결과를 직접염기서열 분석 결과와 비교하였다. 결과 : Oligonucleotide chip 분석 결과 rifampin 감수성 균주에서 모두 각 codon의 wild type probe와 반응이 나타났으며, 내성 균주에서는 돌연변이가 나타난 codon을 제외한 codon 의 경우는 wild type probe와 반응이 일어났으며, 각 균주 별 돌연변이가 나타난 codon은 정확하게 그에 해당하는 돌연변이 probe와 반응함을 확인할 수 있었다. 이러한 결과는 직접 염기 서열 분석 결과와 서로 일치함을 알 수 있었다. 또한 oligonucleotide chip 분석 결과와 염기서열 분석 결과에서 rpoB 유전자의 codon 531과 526에서 대부분 돌연변이가 검출되어 rpoB 유전자의 돌연변이 중 큰 비중을 차지함을 또한 알 수 있었다. 결론 : 결핵균의 rifampin 내성 획득에 중요한 기전인 rpoB 유전자의 돌연변이를 저밀도의 oligonucleotide chip을 이용하여 검출할 수 있었으며 향후 지속적인 개선에 의하여 항생제 내성 진단의 자동화를 위한 유용한 수단이 될 것으로 기대된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제59권6호
• /
• pp.619-624
• /
• 2005

연구배경 : 치료 경력이 있는 환자의 약제 내성은 진료의사의 처방의 적절성 및 환자의 복용 순응도를 복합적으로 나타내어 주는 지표가 될 수 있으므로, 우리나라에서 재치료 대상 결핵 환자에서 장기간의 약제내성률 추이를 파악하고자 하였다. 방 법 : 연도별 보건소 등록환자의 약제감수성 검사 결과 및 결핵연구원의 전산 입력된 자료를 활용하여 1981년부터 2004년 사이에 주요 약제에 대한 내성률의 변화를 분석하였다. 결 과 : Isoniazid 내성은 90%에서 20%로 감소하였다. Ethambutol 내성률도 45%에서 6%로 감소하였다. Rifampin 내성률은 13%에서 28%까지 증가하다가 13%까지 감소하였다. 다제내성률은 rifampin 내성률보다 약 2-3% 낮았다. Pyrazinamide 내성률은 5% 미만에서 10% 정도까지 증가하였다가 다시 5%까지 감소하였다. 2차약제에 대한 내성률은 1-2% 정도였다. 내성 빈도는 남녀 간에 차이가 없었으며, 대도시 지역이 중소도시/농촌지역보다 낮은 약제 내성률을 보였다. 결 론 : 우리나라보건소에 등록되는 재치료 대상 결핵 환자의 주요 항결핵 약제에 대한 내성률은 2004년을 기준으로 isoniazid 20%, rifampin 13%, 다제내성 11%, ethambutol 6%, pyrazinamide 5% 기타 2차 항결핵제에 1-3%로 나타났으며 1981년 이후 모든 항결핵 약제에서 그 내성률이 유의하게 감소하고 있었다.

• 대한의생명과학회지
• /
• 제22권4호
• /
• pp.215-219
• /
• 2016

The problems of tuberculosis and its drug resistance are very severe. Therefore, rapid and accurate drug susceptibility assay is required. Recently, there has been an increased understanding of the genetic mechanism of Mycobacterium tuberculosis (MTB) drug resistance as well as advancement of molecular technologies. While many gene mutations correlate well with drug resistance, many genes do not show a strong correlation with drug resistance. For this reason, the current study assessed the utility of rpoB mRNA as a target to detect live mycobacteria. In this study, RT-PCR targeting of rpoB mRNA in BCG treated with rifampin was performed. Conventional RT-PCR and real-time PCR targeting rpoB mRNA as well as 85B mRNA was performed to determine whether these two methods could distinguish between viable and non-viable MTB. The levels of rpoB and 85B mRNA detected by RT- PCR were compared in parallel with colony forming unit counts of BCG that were treated with rifampin for different periods of time. The data suggests that that even though both mRNA levels of rpoB and 85B decreased gradually when rifampin-treatment increased, the rpoB mRNA seemed to represent live bacteria better than 85B mRNA. This study clearly indicates that RT-PCR is a good method to monitor viable cell counts in the liquid culture treated with the anti-tuberculosis drug.

• Journal of Microbiology
• /
• 제34권3호
• /
• pp.236-240
• /
• 1996

Rifampin is the most powerful drug for treating leprosy and tuberculosis today. It inhibits initiation and elongation of RNA transcription by binding to $\beta$-subunit of RNA polymerase, leading to kill mycobacteria. We isolated one variant strain of Mycobacterium leprae from 24 Korean leprosy patients who are less susceptible to rifampin or have suffered from relapse by polymerase chain reaction and single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) of the rpoB gene. Direct sequencing of the rpoB region of M. leprae variant revealed missense mutations which altered the amino acids sequenceof RpoB to Ser-464, Arg-465, Arg-467 and Ala-468. This is the first finding on rpoB gene mutation of M. leprae from Korean patients ; moreover the mutant type was found to be different from the previously reported cases in other countries.

• 한국수산과학회지
• /
• 제43권2호
• /
• pp.125-130
• /
• 2010

A trimethoprim resistant Vibrio parahaemolyticus, which cause acute gastroenteritis in humans, was isolated from farmed fish and seawater. The resistance profiles of isolated V. parahaemolyticus and their correlation with mobile elements were investigated. All of the V. parahaemolyticus were resistance to both rifampin and trimethoprim. The presence of class I integron was confirmed by PCR. PCR-amplified inserted gene cassettes contained aminoglycoside aac6-II, rifampin arr-3 and trimethoprim dfrA27 resistance genes. This study indicated that class I integron mainly contributed to the circulation of trimethoprim resistance determinants in V. parahaemolyticus.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제55권1호
• /
• pp.41-58
• /
• 2003

연구배경 : 약제내성 결핵권의 조기 진단을 위해서, 최근 돌연변이 검출 및 질병의 진단 등에 새로운 기술로 대두되고 있는 올리고뉴콜레오티드 칩 기술을 이용하여 결핵균의 리팜핀, 아이소나아지드와 스트렙토마이신 내성과 관련된 rpoB, katG와 rpsL 유전자의 주요 돌연변이를 신속하고 정확하게 검출하고자 하였다. 방 법 : 리팜핀 내성 검출의 야생형 7개와 돌연변이형 13개, 아이소니아지드 내성 검출의 야생형 2개와 돌연변이형 3개, 그리고 스트렙토마이신 내성 검출을 위한 야생형과 돌연변이형 프로브 각 2종류를 고안한 후, 유리 슬라이드에 고정시켜 올리고뉴클레오티드 칩을 제작하였고, 약제내성을 가지고 있는 배양균주 55균주를 선택하여 PCR 증폭반응과 혼성화 반응을 실시한 후 비공초점 레이저 스케너를 이용하여 돌연변이를 검출하였다. 이를 염기서열방법으로 확인하여 돌연변이 다형성을 분석하였다. 결 과 : 리팜핀 내성은 코돈 531과 코돈 526에서 65%의 돌연변이를 검출하였고, 현재까지 보고되어 있지 않은 D516F의 새로운 돌연변이도 검출하였다. 아이소니아지드 내성은 S315T와 R463L 돌연변이가 45.2%로 검출되었고, 스트렙토마이신 내성은 K43R과 K88R 돌연변이가 78%로 검출되었다. 리팜핀 내성의 88%(35/40), 아이소니아지드 내성의 50%(20/42), 그리고 스트렙토마이신 내성의 78%(7/9)를 검출함으로써 현재까지 보고되어 있는 세가지 약제내성과 관련된 rpoB, katG와 rpsL 유전자의 주요 돌연변이는 대부분 검출할 수 있음을 확인할 수 있었고, 염기서열분석 결과와 비교하였을 때 모두 일치하는 결과를 얻음으로써 올리고뉴콜레오티드 칩의 유용성을 확인할 수 있었다. 결 론 : 따라서 본 연구에서 개발한 올라고뉴클레오티드 칩은 약재내성 결핵균의 조기 진단에 유용한 도구가 될 것으로 사료된다.

• 대한미생물학회지
• /
• 제14권1호
• /
• pp.27-37
• /
• 1979

1978년(年)에 분리(分離)한 9주(株)의 Shigella, 70주(株)의 Salmonella paratyphi A 및 230주(株)의 S. typhi의 약제내성(藥劑耐性), 내성화방지(耐性化防止) 및 제거(除去)에 대(對)하여 실험(實驗)하여 다음과 같은 성적(成績)을 얻었다. Shigella는 79주(株)가 Sh. flexneri, 16주(株)가 Sh. sonnei였는데 1주(株)를 제외(除外)한 94주(株)가 chloramphenicol tetracycline, streptomycin, sulfisomidine에 다약제내성(多藥劑耐性)이었으며 그중(中) 70주(株)는 ampicillin과 carbenicillin에, 80주(株)는 trimethoprim-sulfamethoxazole에, 22주(株)는 nalidixic acid에, 1주(株)는kanamycin에도 내성(耐性)이었다. Gentamicin, amikacin, cephaloridine, rifampin에 내성(耐性)인 균주(菌株)를 없었다. S. paratyphi A와 S. typhi는 공시약제(供試藥劑)에 감수성(感受性)이었으나 다만 rifampin, 또는 sulfisomidine에 약(弱)한 내성(耐性)을 가진 것이 있었다. 다약제내성(多藥劑耐性)인 shigella의 약(約) 80%가 전달성(傳達性) R plasmid를 가지고 있어서 그 내성(耐性)을 E. coli에 전달(傳達)시킬 수 있었다. 내성전달빈도(耐性傳達頻度)는 공시균주(供試菌株) 및 피전달균(被傳達菌)에 따라 차이(差異)가 있었다. 보존(保存)한 내성균주(耐性菌株)는 그 비율(比率)은 균주(菌株)에 따라 차이(差異)가 있으나 내성균(耐性菌)과 감수성균(感受性菌)으로 구성(構成)되어 있었으며 계대배양(繼代培養)에 의하여 내성(耐性)이 쉽게 탈락(脫落)되지는 안하였다. Acriflavine은 내성(耐性)을 탈락(脫落)시키는 효과(效果)는 있었으며 균주(菌株)에 따라 그 차이(差異)가 심(甚)하였고 atabrine은 효과(效果)가 없었다. 약제(藥劑)의 병용(倂用)은 Shigella에 대(對)한 작용(作用)을 증강(增强)시키는 경우(境遇)가 많으며 대체(大體)로 상승작용(相乘作用)을 나타냈고 상가작용(相加作用)을 나타내는 경우(境遇)가 있었으나 길항작용(拮抗作用)은 볼 수 없었다.