• 제목/요약/키워드: restriction-modification

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Alu Methylation in Serum from Patients with Nasopharyngeal Carcinoma

  • Tiwawech, Danai;Srisuttee, Ratakorn;Rattanatanyong, Prakasit;Puttipanyalears, Charoenchai;Kitkumthorn, Nakarin;Mutirangura, Apiwat
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제15권22호
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    • pp.9797-9800
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    • 2014
  • Background: Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a common cancer in Southern China and Southeast Asia. Alu elements are among the most prevalent repetitive sequences and constitute 11% of the human genome. Although Alu methylation has been evaluated in many types of cancer, few studies have examined the levels of this modification in serum from NPC patients. Objective: To compare the Alu methylation levels and patterns between serum from NPC patients and normal controls. Materials and Methods: Sera from 50 NPC patients and 140 controls were examined. Quantitative combined bisulfite restriction analysis-Alu (qCOBRA-Alu) was applied to measure Alu methylation levels and characterize Alu methylation patterns. Amplified products were classified into four patterns according to the methylation status of 2 CpG sites: hypermethylated (methylation at both loci), partially methylated (methylation of either of the two loci), and hypomethylated (unmethylated at both loci). Results: A comparison of normal control sera with NPC sera revealed that the latter presented a significantly lower methylation level (p=0.0002) and a significantly higher percentage of hypomethylated loci (p=0.0002). The sensitivity of the higher percentage of Alu hypomethyted loci for distinguishing NPC patients from normal controls was 96%. Conclusions: Alu elements in the circulating DNA of NPC patients are hypomethylated. Moreover, Alu hypomethylated loci may represent a potential biomarker for NPC screening.

IT기반의 선박에너지절감시스템 성능평가 방법-(2) : 해상시험 수행 결과 (Energy Efficiency Evaluation of IT based Ship Energy Saving System-(2) : Ship Test Results)

  • 유윤자
    • 한국항해항만학회지
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    • 제40권4호
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    • pp.165-171
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    • 2016
  • IMO에서는 선박온실가스 규제를 위해 2013년부터 현존선의 선박에너지효율관리계획인 SEEMP (Ship Energy Efficiency Management Plan)의 시행을 강제화하고 있다. SEEMP에서 권고하는 에너지절감기술 가이드라인은 크게 하드웨어적인 장비의 탑재 및 개조 또는 소프트웨어적인 기술을 통한 연료유 절감효과로 구분된다. 신조선의 경우 하드웨어적인 기술구현이 용이하지만 현존선의 경우 운항상 제약으로 인해 소프트웨어적인 에너지 절감기술 구현이 적용되고 있다. IT기반의 선박에너지절감 시스템 성능평가를 위해 해상시험을 수행하였고, 시스템 적용 전후의 항차데이터를 이용하여 연료유 절감효과를 비교 분석 하였다. 또한, SEEMP에서 자발적인 사용을 권고하고 있는 선박 경제운항 지표 (EEOI, Ship Energy Efficiency Operation Indicator) 분석을 통한 성능평가 결과를 제시하였다.

물류촉진형 통관제도 구축방안 (Analysis of the Customs Procedures Modification to facilitate the Movements of Goods)

  • 백승래;유성진
    • 한국항해항만학회지
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    • 제32권8호
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    • pp.659-665
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    • 2008
  • 본 논문은 최근의 급변하는 국제무역환경, 통관제도의 발전내역, 컨테이너물동량의 변화추이 등을 살펴보고 물류현장에서의 경험과 다양한 의견 수렴을 토대로 부산항에 대하여 부두지역에서의 컨테이너화물 물류를 촉진할 수 있는 효율적인 통관제도를 연구하였다. 항만지역 컨테이너의 흐름을 더욱 원활히 하기 위하여 해상 수입화물의 적하목륵 제출$\sim$하선신고$\sim$반입신고 구간에서 보세운송신고와 수입통관에 제한을 두고 있는 구간을 개선하는 방안을 제시하였고, 물류보안 강화를 통한 항만경쟁력을 확보하기 위하여 수출화물 선적지세관 선별검사제도와 환적 컨테이너 고체작업 예정신고제 및 컨테이너번호 봉인번호 추적체계 도입 등을 제시하였다.

Aberrant DNA Methylation of P16, MGMT, and hMLH1 Genes in Combination with MTHFR C677T Genetic Polymorphism and Folate Intake in Esophageal Squamous Cell Carcinoma

  • Chen, Jing;Huang, Zhi-Jie;Duan, Yu-Qin;Xiao, Xin-Rong;Jiang, Jian-Qing;Zhang, Ru
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제13권10호
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    • pp.5303-5306
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    • 2012
  • Aim: The present case-control study was conducted to explore the association of MTHFR gene polymorphism and relations of P16, MGMT and HMLH1 to MTHFR and folate intake. Methods: A total of 257 cases of esophageal squamous cell carcinoma confirmed by histopathological examination were collected. Genotyping of P16, MGMT and HMLH1 was accomplished by methylation-specific polymerase chain reaction (PCR) after sodium bisulfate modification of DNA and the MTHFR C677T genetic polymorphism was detected by PCR-restriction fragment-length polymorphism (PCR-RFLP). Results: The proportions of DNA hypermethylation in P16, MGMT and hMLH1 in cancer tissues were significantly higher than in paracancerous normal tissue. The proportion of hypermethylation in at least one gene was 88.5% in cancer tissue, and was also significantly higher than that in paracancerous normal tissue. Our finding showed individuals with homozygotes (TT) of MTHFR C677T had significant risk of DNA hypermethylation of MGMT in cancer tissues, with an OR (95% CI) of 3.15 (1.12-6.87). Similarly, patients with high intake of folate also showed a slight high risk of DNA methylation of MGMT, with OR (95% CI) of 2.03 (1.05-4.57). Conclusion: Our study found the P16, MGMT and hMLH1 demonstrate a high proportion of hypermethylation in esophageal squamous cell cancer cancer tissues, which might be used as biomarkers for cancer detection.

3D 프린팅을 위한 단일 영상 기반 3D 얼굴 모델링 연구 (Single Image-Based 3D Face Modeling for 3D Printing)

  • 송응열;고완기;유선진
    • 한국방사선학회논문지
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    • 제10권8호
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    • pp.571-576
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    • 2016
  • 3D 프린팅은 최근 다양한 분야에서 활용 되고 있다. 다양한 활용 분야 중 사람의 얼굴을 3D 프린팅을 위해서는 먼저 3D 얼굴 데이터를 생성해야 한다. 3D 얼굴 데이터 획득을 위해 레이저 스캐너 등이 활용되고 있으나 스캔 중에 사람이 움직이면 안 되는 제약이 있다. 본 논문에서는 단일 영상 기반의 3D 얼굴 모델링 방법과 생성된 3D 얼굴을 가상 성형 등에 쓰일 수 있도록 얼굴 변형 시스템을 제안한다. 3D 얼굴 데이터 생성을 위해 3D 얼굴 데이터베이스로부터 특징점들을 정의하였다. 단일 얼굴 영상으로부터 얼굴을 특징점을 추출 한 후 3D 얼굴 데이터베이스로부터 정의된 3D 얼굴 특징점과 대응하여 입력 얼굴 영상의 3D 얼굴을 생성한다. 3D 얼굴 생성 후에 가상 성형 등의 용도를 위해 얼굴 변형 부분을 적용하였다.

Pan-Genomics of Lactobacillus plantarum Revealed Group-Specific Genomic Profiles without Habitat Association

  • Choi, Sukjung;Jin, Gwi-Deuk;Park, Jongbin;You, Inhwan;Kim, Eun Bae
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제28권8호
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    • pp.1352-1359
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    • 2018
  • Lactobacillus plantarum is a lactic acid bacterium that promotes animal intestinal health as a probiotic and is found in a wide variety of habitats. Here, we investigated the genomic features of different clusters of L. plantarum strains via pan-genomic analysis. We compared the genomes of 108 L. plantarum strains that were available from the NCBI GenBank database. These genomes were 2.9-3.7 Mbp in size and 44-45% in G+C content. A total of 8,847 orthologs were collected, and 1,709 genes were identified to be shared as core genes by all the strains analyzed. On the basis of SNPs from the core genes, 108 strains were clustered into five major groups (G1-G5) that are different from previous reports and are not clearly associated with habitats. Analysis of group-specific enriched or depleted genes revealed that G1 and G2 were rich in genes for carbohydrate utilization (${\text\tiny{L}}-arabinose$, ${\text\tiny{L}}-rhamnose$, and fructooligosaccharides) and that G3, G4, and G5 possessed more genes for the restriction-modification system and MazEF toxin-antitoxin. These results indicate that there are critical differences in gene content and survival strategies among genetically clustered L. plantarum strains, regardless of habitats.

전족과 코르셋에 표현된 몸의 억압에 대한 의미해석 (A Study on Repression of the Female Body as Expressed by Chinese Foot-binding and the Western Corset)

  • 정기성;김민자
    • 복식
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    • 제61권7호
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    • pp.35-50
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    • 2011
  • In this study, repression of the body is defined as a restriction on natural developments or movements and a modification either temporarily or permanently of the human body in shape, color, texture and odor. In addition, it involves physical and (or) mental pain. Chinese foot-binding and the Western corset are extreme examples of female body's being repressed in the history of fashion. The analysis of this type of repression will be based on historical research and theoretical concepts such as Darwin's (1809-1882) survival condition, Freud's (1856-1939) renunciation of desire, Weil's (1909-1943) privilege, and Foucault's (1926-1984) L'Usage des Plaisirs(the use of pleasure). Chinese foot-binding symbolically represents ideal beauty, the distinction of an ethnic group, and a desire for improved social status in the struggle for political power. It also represents psychology and a esthetics of eroticism and fetishism that originate from a man's desire and his individual taste. Symbolically, the Western corset represents abundance and fecundity, obedience and devotion to religion, the sanctity of God and ideal beauty as defined by political power. It also represents psychology and aesthetics of eroticism and fetishism as man's desire and a fashion icon. In conclusion, Chinese foot-binding was pursuit of power in male ideology but Western corset was a power struggle between God and mankind.

병렬처리 기반의 위성 탑재소프트웨어 시뮬레이터 설계 및 개발 (Design & Implementation of Flight Software Satellite Simulator based on Parallel Processing)

  • 최종욱;남병규
    • 한국위성정보통신학회논문지
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    • 제7권2호
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    • pp.80-86
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    • 2012
  • 기존 하드웨어 기반의 소프트웨어 검증 플랫폼이 가지는 제한 조건을 해결하는 방안으로 위성 개발 초기부터 소프트웨어 기반의 위성 시뮬레이터 개발이 함께 시작되며, 위성 시뮬레이터를 활용할 경우 탑재소프트웨어 개발이 지속적으로 이루어 질 수 있는 큰 장점을 가지게 된다. 위성 시뮬레이터는 탑재컴퓨터, 위성의 전자장비 그리고 탑재체까지 모두 모사해주며 소프트웨어 개발자들이 사용할 수 있도록 쉽게 복제, 배포가 가능하며 위성 하드웨어 형상이 변경되더라도 적용 및 변경이 용이하다. 그리고 실제 하드웨어에서 동작하는 탑재소프트웨어를 별도의 수정 없이 로딩할 수 있으며, 개발자를 위한 디버깅 채널과 테스트 환경을 제공하며 실제 수행시간 보다 빠르게 가속화 할 수 있는 기능을 제공한다. 본 논문에서는 현재 개발 중인 정지궤도복합위성의 특징인 Hot-Standby 잉여구조를 지원하기 위한 위성 시뮬레이터의 구조와 개발방안을 제시하고, 시뮬레이터 기반에서 탑재소프트웨어 개발 및 테스트 방안을 제시한다.

Internal Amplification Control for a Cryptosporidium Diagnostic PCR: Construction and Clinical Evaluation

  • Hawash, Yousry;Ghonaim, M.M.;Al-Hazmi, Ayman S.
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제53권2호
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    • pp.147-154
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    • 2015
  • Various constituents in clinical specimens, particularly feces, can inhibit the PCR assay and lead to false-negative results. To ensure that negative results of a diagnostic PCR assay are true, it should be properly monitored by an inhibition control. In this study, a cloning vector harboring a modified target DNA sequence (${\approx}375bp$) was constructed to be used as a competitive internal amplification control (IAC) for a conventional PCR assay that detects ${\approx}550bp$ of the Cryptosporidium oocyst wall protein (COWP) gene sequence in human feces. Modification of the native PCR target was carried out using a new approach comprising inverse PCR and restriction digestion techniques. IAC was included in the assay, with the estimated optimum concentration of 1 fg per reaction, as duplex PCR. When applied on fecal samples spiked with variable oocysts counts, ${\approx}2$ oocysts were theoretically enough for detection. When applied on 25 Cryptosporidium-positive fecal samples of various infection intensities, both targets were clearly detected with minimal competition noticed in 2-3 samples. Importantly, both the analytical and the diagnostic sensitivities of the PCR assay were not altered with integration of IAC into the reactions. When tried on 180 randomly collected fecal samples, 159 were Cryptosporidium-negatives. Although the native target DNA was absent, the IAC amplicon was obviously detected on gel of all the Cryptosporidium-negative samples. These results imply that running of the diagnostic PCR, inspired with the previously developed DNA extraction protocol and the constructed IAC, represents a useful tool for Cryptosporidium detection in human feces.

볼타입 분리볼트의 분리현상 연구 (A Study of Separation Mechanism in Ball Type Separated Bolt)

  • 이응조;구송회;장홍빈;이방업
    • 한국추진공학회지
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    • 제15권2호
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    • pp.62-67
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    • 2011
  • 현재의 많은 유도무기들은 발사관에 장착되어 이동된다. 발사관이란 유도탄등이 외부환경에 노출되지 않도록 유도탄을 보호하고, 발사시 유도탄을 가이드 하는 역할을 한다. 발사관에 장착되어 있는 유도탄은 발사관에 견고하게 장착되어 이동되어야 하며, 작전시 원하는 시간에 분리되어야 한다. 이를 위하여 구조적인 안전성이 크고, 분리 응답이 빠른 파이로 장치인 폭발볼트가 많이 사용된다. 폭발볼트는 화약의 폭발력에 의해 볼트몸체가 절개됨으로써 볼트에 의해 결합되고 있던 부분이 분리되는데, 폭발 볼트는 분리시 파편, 화염 및 pyro-shock이라는 큰 진동과 충격을 수반하므로 정밀한 유도무기에는 사용이 제한된다. 이와 같은 문제점을 해결하기 위하여 압력카트리지에서 발생하는 압력을 분리력으로 사용하여, 충격이 작고, 분리파편이 발생하지 않는 분리장치인 볼타입 분리볼트를 개발하였다. 본 연구에서는 볼타입 볼트의 분리현상을 분석하고, 볼타입 분리볼트의 분리 안전율을 정량적으로 제시하였다.