• 한국환경생태학회지
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• 제33권2호
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• pp.202-215
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• 2019

본 연구는 2015-2018년 5월 기간 동안 납자루아과 어류의 서식 집단 중 강원도 홍천 내촌천(HN), 덕치천(HD), 정선 골지천(JG) 및 조양강(JJ)을 대상으로 기 개발된 제한절편 길이 다형성(restriction fragment length polymorphism; RFLP) 분자마커를 이용하여 숙주조개 속 난 및 치어에 대한 정확한 종 동정을 수행 후 납자루아과 어류의 숙주조개 크기에 대한 산란양상을 파악하고자 하였다. 연구대상 지역 내 납자루아과 어류는 내촌천과 골지천에서 1종(묵납자루; Acheilognathus signifer), 덕치천에서 3종(각시붕어; Rhodeus uyekii, 묵납자루; A. signifer, 줄납자루; Acheilognathus yamatsutae), 조양강에서 2종(묵납자루, 줄납자루)으로 확인되었고, 네 지역에서 모두 동서하고 있는 숙주조개인 작은 말조개(Unio douglasiae sinuolatus) 982개체를 채집하였다. RFLP 분자마커를 이용하여 납자루아과 어류의 난 및 치어가 확인된 작은말조개(N=163; 16.6%)에서 총 646개체의 납자루아과 어류의 난 및 치어(묵납자루 454, 줄납자루 43, 각시붕어 149개체)를 확인하였다. 각 지역 숙주조개 크기에 따른 산란선호도를 조사하기 위해 난 및 치어가 확인된 숙주조개(mussels with [presence] eggs/fry)와 확인되지 않은 숙주조개(mussels without [absence] eggs/fry)의 각장(shell length), 각고(shell height) 및 각폭(shell width)의 평균 크기를 비교하였다. 그 결과 3종의 납자루아과 어류가 동서하는 덕치천의 경우 난 및 치어가 확인된 숙주조개가 확인되지 않은 숙주조개보다 각장(1.98mm), 각고(0.85mm), 각폭(0.73mm)의 크기가 통계적으로 유의하게 크게 나타났으며(Mann-Whitney U tests, P=0.002, P=0.012, P=0.009), 다른 세 개의 지역에서도 난 및 치어가 확인된 조개의 각장, 각고, 각폭의 크기가 큰 결과를 보였으나, 통계적으로 유의하지는 않았다. 추가적으로 종 간 숙주조개 당 평균산란 난 및 치어의 수를 분석한 결과 각시붕어 $9.31{\pm}5.94$개, 묵납자루 $2.86{\pm}2.45$개, 줄납자루 $2.50{\pm}1.32$개로 각시붕어는 묵납자루와 줄납자루보다 숙주조개 당 평균 6.45~6.81개 더 많이 산란하였고, 통계적으로 유의한 결과를 나타내었다(Kruskal-Wallis test, P<0.001). 이 결과는 본 연구 대상 납자루아과 어류 3종에서 크기가 큰 작은말조개를 산란을 위한 숙주로서 선호함을 의미하고, 조개 크기에 대한 선호도 차이가 동서하는 납자루아과 종의 수가 많을수록 크게 나타났다. 또한, 묵납자루와 줄납자루의 경우 많은 숙주조개에 적은 양의 난을 추가적으로 고르게 산란하는 반면에 각시붕어는 비교적 적은 수의 숙주조개에 많은 양의 난을 산란하는 번식전략을 나타내었다. 2종 이상의 납자루아과 어류가 서식하는 덕치천(HD)과 조양강(JJ)에서 묵납자루와 줄납자루 2종이 동일한 조개에 산란하는 것이 관찰되었다(N=4). 이는 납자루아과 어류가 2종 이상 동서할 때, 동일한 자원인 작은말조개를 자신의 산란숙주로 이용하기 위한 종간경쟁(interspecific competition)이 일어나고 있는 것으로 판단된다. 본 연구에서는 기존 연구된 생태학적 연구에 유전학적인 방법을 추가하여 각 집단 간, 종 간 숙주조개 크기에 대한 산란양상을 보다 정확히 규명하여 숙주조개를 이용하는 납자루아과 어류의 생태적 적응양상을 명확히 파악하고 더 나아가 숙주조개와 납자루아과 어류의 공생(mutualism) 혹은 숙주-기생의 상호관계(host-parasite relationship)를 규명하는데 기여할 수 있을 것으로 기대한다.

• 유기물자원화
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• 제18권2호
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• pp.76-83
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• 2010

당사는 중온/습식/이상 혐기성 소화공정인 HADS Pilot Plant를 이용하여 국내 음폐수에 대해 유기물 부하(OLR, Organic Loading Rate) 증량 방식을 달리하여 혐기성 소화 테스트를 진행하였다. 그 방식은 연속적이면서 빠르게 OLR을 증량시키는 급속 OLR 증량 운전과 단계적이면서 각 단계별로 적응기를 갖는 계단식 OLR 증량 운전 방식이었다. 그 결과 급속 OLR 증량 운전시에는 불안정한 VFA(Volatile Fatty Acid)/Alkalinity 비율을 보이다가 바이오가스 발생량이 급감하는 결과를 보여주었다. 반면, 계단식 OLR 증량 운전시에는 VFA/Alkalinity의 비율을 0.4이하로 유지하면서 혐기성 소화 운전을 실시한 결과 안정적인 혐기성소화 성능을 보였을 뿐만 아니라, $0.8Nm^3/kgVS_{rem}/d$의 바이오가스 회수 및 85%의 VS(Volatile Solid) 감량이 가능함을 확인하였다. 그리고 OLR 증량 운전 방식에 따라 완전히 다른 결과가 도출되어 각각의 혐기성 소화 운전시의 박테리아 및 메탄생성균 군집의 변화를 T-RFLP(Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism)를 통하여 분석하였다. 그 결과, 급속 OLR 증량 운전시와 계단식 OLR 증량 운전시의 미생물 군집이 달라져 있음을 확인하였고, 이에 따라 동일한 혐기성 소화 공정을 적용하여 음폐수에 대한 혐기성 소화 운전을 진행하였음에도 OLR 증량 운전 방식에 따라 미생물의 반응성 및 주변환경에 대한 내성이 달라질 수 있음을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제19권9호
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• pp.1328-1332
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• 2009

고래회충유충증은 해산어류에 기생하는 고래회충과(family Anisakidae)에 속하는 선충류 유충에 의한 질병으로 유충의 직접적인 위장관내 침입으로 인한 병변과 더불어 유충의 분비 배설물에 의한 알레르기 질환도 유발될 수 있다. 고래회충유충증은 A. simplex를 비롯하여 Contracaecum, Pseudoterranova, Hysterothylacium 등의 유충에 의해 야기될 수 있으나 이들에 대한 형태학적 감별 진단은 유충의 형태적 유사성으로 인하여 매우 어려운 경우가 많다. 이러한 형태학적 진단의 어려움을 극복하고 분자생물학적 감별진단 방법을 확립하기 위하여 A. simplex, Contracaecum type A. type C' 및 Goezia 유충을 숭어, 도다리, 고등어, 아나고, 참돔 등 5종의 어류에서 분리하였다. 각각의 유충으로부터 분리한 18S rDNA를 PCR로 증폭한 후 Taq 1, Hinf I, Hha I, Alu 1, Dde I, Hae III, Sau 96I, Sau 3AI 등 8종의 제한효소를 사용하여 PCR-RFLP를 시행하였다. PCR product의 크기는 약 2.0 Kb였으며 Hinf l, Alu 1, Hha I, Dde 1 및 Hae III로 A. simplex와 Contracaecum type C'을 구분할 수 있었다. 그러나 Contracaecum type A의 경우에는 Taq I, Hinf I, Alu I 및 Dde I의 경우에는 2가지 패턴으로 나타났으며 이들 가운데 일부는 A. simplex, Contracaecum type C', 및 Goezia와 동일한 분석 패턴을 보이기도 하였다. Goezia는 사용한 8개의 제한 효소 모두에서 A. simplex 및 Contracaecum type A 및 type C'과 각기 다른 양상을 보였다. 이러한 결과로 18S rDNA PCR-RFLP 방법은 A. simplex와 Contracaecum type C'의 감별 진단에 유용한 것으로 밝혀졌으며, Contracaecum type A의 분류에는 제한적으로 사용되어야 함은 물론 형태학적 분류 기준에 대한 재검토가 뒤따라야 할 것으로 사료되었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권6호
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• pp.947-956
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• 2004

생물체의 체내 지방대사에 아주 중요하게 작용하는 LPL의 유전자 구조변이가 한우의 경제형질에 미치는 효과를 구명하고자, 사람 등 포유류에서 주요한 변이부위로 인식되어 온 LPL유전자의 exon 5${\sim}$exon 6 영역에서 구조변이를 탐색하였다. 부모가 각기 다른 한우 24두를 이용하여 PCR 증폭산물 1674 bp (exon 5${\sim}$exon 6)에서 총 8 좌위의 SNP 검출하였는데, 이는 SNP 검출율이 약 1SNP/210bp로 기존 SNP 검출율 보다 비교적 높은 비율이며, 검출된 SNP들 간에 95% 이상의 높은 연관(linkage) 관계를 보여 비교적 잘 보존되어 있는 영역으로 사료된다. 그리고 검출된 SNP를 PCR-RFLP 기법을 이용하여 표현형질 기록치를 확보한 한우 33차 후대검정축 129두의 유전자형을 결정하였다. 그 결과 intron 5번의 제한효소 Hae III로 처리한 823A\longrightarrowG 변이부위가 측정된 모든 도체형질에서 유전자형에 따라 뚜렷한 차이를 보였으며, 특히 근내지방도와 통계적 유의성이 인정되었다(p<0.05). 사람 및 생쥐에서 LPL의 촉매활성부위를 암호화하는 exon 5번 및 6번에서의 변이는 LPL의 활성도에 영향을 미치며, 이는 혈액내의 중성지방농도 및 지방대사에 작용한다는 보고가 있다. 이들 변이구조와 95% 이상 강한 연관을 보이는 intron 5번의 구조변이는 근내지방도와 유의적으로 관찰되었다. 앞으로, intron 5번의 823A\longrightarrowG 변이가 어떤 근거로 근내지방도와 유의적으로 나타났는지 그 근거를 증명할 수 있는 추가적인 실험이 필요한 것으로 사료된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권22호
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• pp.9973-9978
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• 2014

Background: Hypoxia inducible factor-1 alpha (HIF-$1{\alpha}$) is the key regulator of cellular responses to hypoxia and plays a central role in tumour growth. Presence of Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the critical regulatory domains of HIF-$1{\alpha}$ may result in the overexpression of the protein and subsequent changes in the expression of the downstream target genes. The aim of study was to investigate the association of three SNPs (g.C111A, g.C1772T and g.G1790A) of HIF-$1{\alpha}$ with the risk of breast cancer in North Indian sporadic breast cancer patients. Materials and Methods: A total of 400 subjects, including 200 healthy controls and 200 patients with breast cancer were recruited in this study. Genotypes were determined using polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. Results: The CC and CA genotype frequency of HIF-$1{\alpha}$ g.C111A polymorphism was 100 vs 99% and 0 vs 1% in breast cancer patients and healthy controls respectively. The frequencies of CC, CT and TT genotype of g.C1772T polymorphism were 76 vs 74.5%, 19 vs 21% and 5 vs 4.5% in breast cancer patients and control individuals respectively. There was no significant difference in genotype and allele frequencies of HIF-$1{\alpha}$ g.C1772T polymorphism between cases and control individuals (p>0.05). For g.G1790A genotypes, all patients and controls had only GG genotype. Conclusions: The three HIF-$1{\alpha}$ polymorphisms (g.C111A, g.C1772T and g.G1790A) are not associated with breast cancer risk in North-West Indian patients.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권12호
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• pp.7467-7472
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• 2013

Background: Polymorphisms of genes encoding cytokines could be potential biomarkers to predict risk of gastric cancer (GC). Here, we investigated the association between the IL-6 -6331 (T/C, rs10499563) polymorphism in its promoter region and GC risk. Methods: In this case-control study of 215 GC cases and 518 non-cancer controls, the IL-6 -6331 (T/C, rs10499563) polymorphism was genotyped by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Results: Individuals with the TC or CC genotype were associated with a significantly decreased risk of GC (OR=0.710, 95%CI: 0.504-0.999, P=0.049) compared with TT wild-type carriers. Ther C allele was also associated with significantly decreased risk of GC (OR=0.715, 95%CI: 0.536-0.954, P=0.023) compared with the T allele. In the stratification analysis, TC or CC genotypes were associated with significantly decreased GC risk in subgroups of males, people older than 60, and H. pylori-positive cases. However, no significant interaction was observed for TC or CC genotypes with H. pylori infection. On stratification with the Lauren classification, TC or CC genotypes were associated with significantly decreased risk of diffuse-type GC (OR=0.497, 95%CI: 0.266-0.925, P=0.027), also in subgroups of males, people older than 60, and H. pylori-positive cases. Conclusions: The IL-6 -6331 (T/C, rs10499563) polymorphism is associated with genetic susceptibility of GC and may have the potential to predict GC risk.

• Molecular & Cellular Toxicology
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• 제2권2호
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• pp.134-140
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• 2006

Because shipyard workers are involved with various manufacturing process in shipyard industry, and they are exposed to many kinds of hazardous materials. Especially, painting workers were exposed polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH). This study was conducted to assess the exposure status of PAH based on job-exposure matrix. We investigated the effect of genetic polymorphism of xenobiotic metabolism enzymes involved in PAH metabolism on levels of urinary metabolite. A total of 93 shipbuilding workers were recruited in this study. Questionnaire variables were age, sex, use of personal protective equipment, smoking, drinking, and work duration. The urinary metabolite was collected in the afternoon and corrected by urinary creatinine concentration. The genotypes of CYP1A1, CYP2E1, GSTM1, GSTT1 and UGT1A6 were investigated by using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) methods with DNA extracted from venous blood. Urinary 1-OHP levels were significantly higher in direct exposured group (spray and touch-up) than indirect exposed group. Urinary 1-OHP, concentration of the high exposure with wild type of UGT1A6 was significantlyhigher than that of the high exposure with other UGT1A6 genotype. In multiple regression analysis of urinary 1-OHP, the regression coefficient of job grade was statistically significant (p<0.05) and UGT1A6 was not significant but a trend (p<0.1). The grade of exposure affected urinary PAH concentration was statistically significant. But genetic polymorphism of xenobiotics metabolism enzymes was not statistically significant. Further investigation of genetic polymorphism with large sample size is needed.

• Journal of Preventive Medicine and Public Health
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• 제31권1호
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• pp.1-14
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• 1998

The genetically determined CYP2D6 activity as considered to be associated with cancer susceptibility with inter-individual variation. Genetic polymorphism of CYP2D6(B) and CYP2D6(T) was determined by the two polymerase chain reaction(PCR) and BstN1 and EcoN1 restriction fragment length polymorphisms(RFLP) for 67 lung cancer cases and 95 healthy volunteer controls. The cases were composed of 26 squamous cell carcinoma, 14 small cell carcinoma, 10 adenocarcinoma, 3 large cell undifferentiated carcinoma, and 14 not histologically diagnosed. The results were gained from the 142 subjects (57 cases and 85 controls) who observed successfully in two PCR and BstNl/EcoN1 RELP. Only one and no mutant allele of the CYP2D6(B) and CYP2D6(T) gene was detected, that is, the frequency of mutant allele was very low; 0.7%(1/142) and 0%(0/142), respectively. Detected mutant allele of the CYP2D6(B) was beterozygous type(WM). The odds ratios for lung cancer susceptibility with CYP2D6(B) and CYP2D6(T) genotype were not calculated. These results are similar to the previous understanding that the mutant allele is very rare in Orientals compared to Caucasians, therefore, it considered that CYP2D6(B) and CYP2D6(T) genotypes have maybe no association with lung cancer susceptibility in Koreans. This is the basic data of CYP2D6(B) and CYP2D6(T) genotypes for Koreans. It would be hepful for further study to determine lung cancer susceptibility of Koreans with the data about CYP1A1, CYP2E1, GSTM1 from future study.

• 생명과학회지
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• 제25권1호
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• pp.84-92
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• 2015

Interferon inducible transmembrane protein (IFITM) family 유전자는 인터페론(IFNs)의 동형 세포부착 기능 및 세포의 항-증식 활성과 같은 몇 가지 세포증식 과정에 연관되어 있다. 본 연구에서는 IFITM2 및 IFITM5 SNPs이 궤양성대장염의 감수성과 연관되어 있는지 알아 보고자 했다. 본 연구에서 직접 염기서열 분석법을 사용하여 IFITM2 유전자에서 총 13개, IFITM5 유전자에서는 12개의 유전적 변이를 발굴하였다. 이들의 SNPs의 유전자형 분석은 PCR-RFLP 법과 Taq-Man probe 분석법을 사용하였고, 일배체형 빈도 분석은 EM algorithm을 사용하여 분석하였다. 궤양성대장염 환자에서 IFITM2 및 IFITM5 SNPs의 유전자형과 대립유전자 빈도는 건강인 대조군과 비교했을 때 유의성이 없었다. 궤양성대장염 환자와 정상인 대조군에서 IFITM1의 rs77537847, IFITM2의 rs909097, IFITM5의 rs56069858을 지표로 하는 유전자형 조합 빈도를 분석한 결과 주된 유전자형 조합빈도에서는 유의성이 없는 것으로 나타났으나, 궤양성대장염 환자와 건강인 대조군의 GGT 유전자형조합 빈도 분석에서는 유의하게 다른 차이를 보였다(p=0.002). 이러한 결과에 의거하여 IFITMs의 SNPs 유전자형 조합이 궤양성대장염의 감수성과 연관성이 있고, 궤양성대장염의 유용한 유전자 마커로 사용 할 수 있다고 생각된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권2호
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• pp.443-449
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• 2015

Background: Myeloproliferative disorders (MPDs) are clonal hematologic malignancies originating at the level of the pluripotent hematopoietic stem cell. Matrix metalloproteases (MMPs) are proteolytic enzymes that contribute to all stages of malignancy progression. Genetic variants in the MMP genes may influence the biological function of these enzymes and change their role in carcinogenesis and progression. To our knowledge, this is the first investigation of associations between the -735 C/T and -1562 C/T polymorphisms in the MMP2 and MMP9 genes, respectively, and the risk of essential thrombocytosis (ET), and polycythemia vera (PV). Materials and Methods: The case-control study included JAK2V617F mutation positive 102 ET and PV patients and 111 controls. Polymorphisms were determined by using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and electrophoresis. Results: No statistically significant differences were detected between patient (ET+PV) and control groups regarding genotype distribution for MMP2 gene-735 C/T and MMP9 gene -1562 C/T polymorphisms and C/T allele frequency (p>0.050). Statistically borderline significance was observed between PV and control groups regarding genotype distribution for the MMP9 gene -1562 C/T polymorphism (p=0.050, OR=2.26, 95%Cl=0.99-5.16). Conclusions: Consequently this study supported that CC genotype of MMP9 gene -1562 C/T polymorphism may be related with PV even if with borderline significance.