• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제54권4호
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• pp.367-377
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• 2003

연구배경 : 결핵균에 감염된 사람 중 약 10%만이 임상적으로 발병하는 것으로 보아 결핵의 발병 감수성에 숙주의 유전적 인자가 작용할 것으로 생각되고 있다. 저자들은 한국인 폐결핵 환자를 대상으로 고해상도 HLA 형별검사를 이용한 대립유전자 수준의 HLA-DR 및 DQ 유전자의 연관성에 대해 분석해 보았다. 방 법 : 이전 결핵 치료력이 없는 결핵 환자 67명(약제감수성군 38명, 다제내성군 29명)과 200명의 정상대조군을 대상으로 하였으며 HLA-DRB1 형별검사는 reverse SSO (sequence specific oligonucleotide)와 PCR-SSCP (single strand conformational polymorphism) 방법으로, DQB1 형별검사는 PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism), PCR-SSCP 및 PCR-SSP (sequence specific primer) 방법으로 시행하였다. 결 과 : 결핵환자군 중 다제내성군에서 대조군에 비해 DRB1*0701과 *08032의 빈도가 약 2배 정도 증가되는 경향을 보였고 이들 대립유전자와 연관된 DQB1*0202와 *0601(15.5% vs 34.5%, p=0.01)이 증가되었다. DQB1*0609는 결핵환자군에서 대조군에 비해 유의하게 증가되었고(4.0% vs 14.9%, p=0.004), 약제감수성군과 다제내성군에서 유사한 정도의 증가를 보였다. 폐병변의 중증도와 HLA의 연관성을 보면 덜 진행된 군(약제감수성군의 경증, 다제내성군의 중등증)에 비해 더 진행된 군(약제감수성군의 중등증+중증, 다제내성군의 중증)에서 DRB1*08032(4.2% vs 32.6%, p=0.007)와 DQB1*0601(12.5% vs 34.9%, p=0.047)이 유의하게 증가되었다. DQB1*0609는 다제내성군에서는 중증군에서, 약제감수성군에서는 경증군에서 대조군에 비해 유의하게 증가되었고 DRB1*0701과 DQB1*0202는 다제내성군의 중등증군에서만 유의하게 증가되어 이들 대립유전자는 폐병변의 중증도와 일정한 연관을 보이지는 않았다. 결 론 : HLA-DRB1*08032 및 DQB1*0601 대립유전자는 한국인에서 다제내성 결핵의 유전적 감수성인자로 생각되며 질환의 중증도와도 연관을 보이는 것으로 나타났다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권4호
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• pp.380-386
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• 2005

목 적 : 신생아 황달은 백인에 비해 중국, 일본, 한국 등 동아시아인에서 2배 이상 많이 발생하는 것으로 보아 유전적 연관성이 있을 것으로 생각되어 왔고, 최근 일본인, 타이완 중국인, 한국인에서 UGT1A1 유전자의 Gly71Arg 다형성이 신생아 황달과 연관성이 있다고 보고되었다. 선천적으로 UDP-glucuronosyltransferase(UDPGT)에 결함이 있는 경우에는 부경로(alternative pathway)로 CYP1A2 효소를 자극하여 빌리루빈 대사가 이루어진다. 출생 후 6-14주가 되어야 성인 UDPGT 정상치에 도달하기 때문에 신생아 황달에서 빌리루빈 대사에 CYP1A2 부경로가 중요한 역할을 할 것으로 생각된다. 이에 저자들은 UGT1A1과 CYP1A2 유전자의 다형성이 한국인 신생아 황달의 발생과 어떤 연관성이 있는지 알아보고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 혈중 빌리루빈 수치가 12 mg/dL 이상의 건강하고, 황달의 다른 위험인자가 없는 만삭아 79명과 대조군 68명으로부터 혈액 0.5 cc를 채취하여 DNA을 분리하였다. UGT1A1 유전자는 Polymerase chain reaction(PCR) 후에 염기서열 분석을 통해서 Gly71Arg 유전자 다형성을 확인하였으며, CYP1A2는 제한효소인 MboII를 이용하여 PCR-restriction fragment length polymorphism 방법과 염기서열 분석을 통해서 T2698G 유전자 다형성을 확인하였다. 결 과 : UGT1A1 유전자의 Gly71Arg 다형성은 변이형 대립 유전자 분포가 환자군에서 32%로 대조군 11%보다 높았다(P<0.0001). CYP1A2 유전자의 다형성은 변이형 유전형 분포가 환자군에서는 41.8%, 대조군에서 32.3%로 환자군이 높았으며 통계학적으로 유의하였다(P=0.015). 변이형 대립유전자의 빈도는 환자군에서 21%로 대조군 19%보다 높았으나 통계학적 유의성은 없었다(P=0.706). Gly71Arg와 T2698G의 변이형 발생의 연관성은 없었다(P=0.635). 결 론 : 한국인의 신생아 황달에서 체내의 빌리루빈 대사의 주경로와 부경로에 작용하는 효소의 유전자인 UGT1A1과 CYP1A2의 다형성이 확인되었고, UGT1A1 유전자의 Gly71Arg 다형성은 신생아 황달과 연관이 있었으나 CYP1A2 유전자의 T2698G 다형성은 신생아의 황달과 연관이 없었다.

• 생명과학회지
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• 제17권12호
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• pp.1622-1626
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• 2007

4개의 후보 유전자를 분석해본 결과, 돼지의 주요 염색체 부위 및 유전자들이 주요 경제성 요인들과 관계가 있는 것으로 확인됐다. 양돈업계에서 DNA 기술을 이용한 염색체 정보를 활용하기 위해 본 연구에서는 4개의 후보 유전자에서 생성된 중합효소연쇄반응(PCR) 생성물을 비교 재 서열 함으로써 단일염기변이(SNP) 표지들을 개발했다. 또한 이들 4개의 SNP에 대해 PCR 제한효소 절편길이 다형 성(RFLP)분석을 전개한 후, 이를 대한민국 내 버크셔 종 돼지 개체군의 유전자형을 분석하는데 활용했다. 본 연구는 유용한 단일염기변이를 식별하고 돼지개체군 내 경제적으로 중요한 특성들과 SNP의 연관성을 확인하는 데 그 목적이 있다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제49권5호
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• pp.569-576
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• 2007

임의적으로 선정된 비육돈 집단에서 melano- cortin-4 receptor(MC4R) 유전자의 유전적 변이와 도체형질의 연관성을 조사하였다. 돼지 MC4R 유전자형은 Asp298Asn(nt. 892G>A) 돌연변이를 PCR-RFLP 방법으로 결정하였다. 비육돈 집단에서 유전자형 A/A, A/G, G/G가 모두 출현하였고, 빈도는 각각 28.8, 48.4, 22.8%를 나타내었다. 전체 비육돈에서 유전자형 A/-은 G/G에 비해 근내지방도가 유의적으로 높게 나타났다(P<0.05). 동형접합자 A/A와 G/G가 이형접합자 A/G인 도체에 비해 육색도는 더 낮고 수분삼출도는 높은 것으로 확인되었다(P<0.01). 반면, -/G인 거세돈의 도체중이 A/A에 비해 도체중이 유의적으로 무겁게(약 2.5kg) 나타났다(P<0.05). 각 유전자형의 도체형질에 대한 효과는 미경산돈에서는 전체 비육돈 집단에 대한 효과와 유사하나, 거세돈 집단과는 다소 차이가 있었고, 이는 도체형질에 대한 현재까지 알려지지 않은 성-관련 효과로 추정된다. 본 연구에서 비육돈 생산에 있어 MC4R A/- 유전자형이 육질을 향상시킬 수 있을 것으로 기대된다. 하지만, MC4R 유전자형들이 성과 관련되어 차별적으로 도체형질에 영향을 주고 있기 때문에, 비육돈 생산을 위한 marker-assisted selection을 위해서는 성과 유전자형 모두가 고려되어져야 할 것이다.

• 생명과학회지
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• 제18권6호
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• pp.770-775
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• 2008

돼지 2번 염색체의 육질 관련 양적 경제형질에 관한 연구보고가 몇몇 이루어 지고 있다. 양돈업계에서 DNA 기술을 이용한 염색체 정보를 활용하기 위해 본 연구에서는 13개의 후보 유전자에서 생성된 중합효소연쇄반응(PCR) 생성물을 비교 재서열 함으로써 단일염기변이(SNP) 표지들을 개발했다. 11개의 중합효소연쇄반응 생성물에서 296 bp마다 에서 평균 하나의 SNP, 총 34개의 SNP를 발견하였다. 또한 11개의 SNP에 대한 PCR 제한효소길이 절편길이 다형성(RFLP) 분석을 전개한 후, 이를 대한민국 상업돈 4품종 개체군의 유전자형을 분석하는데 활용하였다. 본 연구는 유용한 단일염기변이를 식별하고 돼지 개체군 내 경제적으로 중요한 특성들과 SNP의 연관성을 확인하는 데 그 목적이 있다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제7권2호
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• pp.137-142
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• 2004

목적: 우리 나라 소아에 감염된 H. pylori에서 PCR RFLP를 이용하여 clarithromycin 내성의 원인으로 알려진 23S rRNA의 돌연변이를 찾아내고, cagA, vacA 유전형과 clarithromycin 내성 돌연변이 사이에 연관이 있는지 알아보고자 하였다. 방법: 서울대학교병원 소아과에서 위내시경검사를 통해 H. pylori 위염으로 진단 받은 환아 27명의 내시경 생검 조직에서 H. pylori cagA, vacA 유전자를 증폭하여 유전형을 조사하였다. H. pylori의 23 rRNA V domain을 조사하기 위해 증폭한 후, PCR 산물은 BsaI과 MboII 제한효소로 처리하여 PCR RFLP를 이용하여 돌연변이 여부를 판정하였다. 결과: A2143G 돌연변이가 1명에서, A2144G 돌연변이가 4명에서 발견되어 18.5%가 clarithromycin 내성으로 관찰되었다. cagA 양성이 25명(93%)이었고, vacA s1a/m1이 6명(22%), s1a/m2가 3명(11%), s1c/m1이 16명(59%), s1c/m2가 1명(4%)이었다. clarithromycin 내성 돌연변이를 보이는 경우는 모두 cagA 양성이었고 s1a/m1이 2명, s1c/m1이 2명으로 특정 유전형이 clarithromycin 내성 돌연변이와 연관성을 보이지 않았다. 결론: 위점막 조직에서 PCR-RFLP를 이용한 H. pylori의 clarithromycin 내성 검사는 항생제를 선택하는데 유용하다고 생각된다. Clarithromycin 내성 돌연변이는 cagA, vacA 유전형과 연관성이 없었다.

• Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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• 제22권4호
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• pp.373-382
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• 2000

Individual genetic susceptibilities to cancers may result from several factors including differences in xenobiotics metabolism to chemical carcinogens, DNA repair, altered oncogenes and suppressor genes, and environmental carcinogen exposures. Among them, genetic polymorphisms of metabolizing enzymes to chemical carcinogens have been recognized as a major important host factors in human cancers. They have two main types of enzymes: the phase I cytochrome P-450 mediating enzymes (CYPs) and phase II conjugating enzymes. The purpose of this study is to determine the frequencies of genotypes of phase I (CYP1A1 and CYP2E1) and phase II (NAT2) metabolizing enzymes in healthy control and head and neck cancer patients of Korean and to identify the relative high risk genotypes of these metabolizing enzymes to head and neck cancer in Korean. The author has analyzed 132 head and neck cancer patients and 113 healthy controls using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). The results were as following; 1. The frequencies of genotypes of CYP1A1, CYP2E1 and NAT2 in healthy control were as following; CYP1A1 exon 7 polymorphism; Ile/Ile: Ile/Val: Val/Val = 59.3%: 36.3%: 4.4% CYP2E1 Pst I polymorphism, C1/C1: C1/C2: C2/C2 = 61.1%: 32.1%: 6.2% NAT2 polymorphism; F/F: F/S: S/S = 43.4%: 48.7%: 8.0% 2. In analysis of phase I enzyme, Val/Val genotype in CYP1A1 exon 7 polymorphism and C2/C2 genotype in CYP2E1 Pst I polymorphism were associated with relative high risks to head and neck cancers (Odds' ratio: 2.09 and 1.37, respectively). 3. Among the genotypes of NAT2 enzyme polymorphism, S/S genotype of NAT2 enzyme had 1.03 times of relative risk to head and neck cancers. 4. In combined genotyping of CYP1A1, CYP2E1, and NAT2 enzymes polymorphisms, the patients with Val/Val and C1/C1, C2/C2 and fast acetylator, and Val/Val and fast acetylator had higher relative risks than the patients with each baseline of combined genotypes (Odds' ratio: 2.82, 1.98 and 2.1, respectively). These results suggest the combined genotypes of Val/Val and C1/C1, C2/C2 and fast acetylator, and Val/Val and fast acetylator were more susceptible to head and neck cancers in Korean. And genotyping of metabolizing enzymes could be useful for predicting individual susceptibility to head and neck cancer.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권10호
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• pp.4215-4218
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• 2015

Gastric cancer (GC) is one of the most common malignancies in the world. It is the first cause of cancer deaths in both sexes In Iranian population. Circulating insulin-like growth factor-one (IGF-1) levels have been associated for gastric cancer. IGF-1 protein has central roles involved in the regulation of epithelial cell growth, proliferation, transformation, apoptosis and metastasis. Single nucleotide polymorphism in IGF-1 regulatory elements may lead to alter in IGF-1expression level and GC susceptibility. The aim of this study was to investigate the influence of IGF-1 gene polymorphism (rs5742612) on risk of GC and clinicopathological features for the first time in Iranian population. In total, 241 subjects including 100 patients with GC and 141 healthy controls were recruited in our study. Genotypes were analyzed using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) assay with DNA from peripheral blood. The polymorphism was statistically analyzed to investigate the relationship with the risk of GC and clinicopathological properties. Logistic regression analysis revealed that there was no significant association between rs5742612 and the risk of GC. In addition, no significant association between genotypes and clinicopathological features was observed (p value>0.05). The frequencies of the CC, CT, and TT genotypes were 97%, 3%, and 0%, respectively, among the cases, and 97.9%, 2.1%, and 0%, respectively, among the controls. CC genotype was more frequent in cases and controls. The frequencies of C and T alleles were 98.9% and 1.1% in controls and 98.5% and 1.5% in patient respectively. Our results provide the first evidence that this variant is rare in Iranian population and it may not be a powerful genetic predisposing biomarker for prediction GC clinicopathological features in an Iranian population.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제21권11호
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• pp.1544-1550
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• 2008

The retinoids (vitamin A and its derivatives) play a critical role in vision, growth, reproduction, cell differentiation and embryonic development. Using the IMpRH panel, porcine cellular retinol binding protein genes 5 and 7 (RBP5 and RBP7) were assigned to porcine chromosomes 5 and 6, respectively. The complete coding sequences (CDS) of the RBP5 and RBP7 genes were amplified using the reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) method, and the deduced amino acid sequences of both genes were compared to human corresponding proteins. The mRNA distributions of the two genes in adult Wuzhishan pig tissues (lung, skeletal muscle, spleen, heart, stomach, large intestine, lymph node, small intestine, liver, brain, kidney and fat) were examined. A total of nine single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified in two genes. Three of these SNPs were analyzed using the polymerase chain reaction-restriction-fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method in Laiwu, Wuzhishan, Guizhou, Bama, Tongcheng, Yorkshire and Landrace pig breeds. Association analysis of genotypes of these SNP loci with economic traits was done in our experimental populations. Significant associations of different genotypes of $RBP5-A/G^{63}$, $RBP5-A/G^{517}$ and $RPB5-T/C^{intron1-90}$ loci with traits including maximum carcass length (LM), minimum carcass length (LN), marbling score (MS), back fat thickness at shoulder (SBF), meat color score (MCS) and hematocrit (HCT) were detected. These SNPs may be useful as genetic markers in genetic improvement for porcine production.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제51권1호
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• pp.42-46
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• 2008

대 상 : Apolipoprotein E (Apo E)는 지단백 대사와 지질의 수송에 중요한 역할을 하는 물질이며 많은 연구들에 의해 Apo E의 다형성이 심혈관계 질환의 중요한 유전 인자임이 알려져 있다. 이에 저자들은 Apo E 의 다형성이 비만 청소년에서 이상 지혈증의 위험도를 증가시키는지를 알아보고자 하였으며 Apo E가 비만 청소년 중에서도 심혈관계 합병증의 위험성이 높은 군을 선별하여 적극적인 치료를 하는 기준이 될 수 있는지를 확인하기 위해 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 14-18세의 86명의 비만아(각 연령 및 성별에 따른 체질량 지수[body mass index; BMI] 95백분위수 이상)를 대상으로 하였으며 8시간 금식 후 시행한 혈액검사를 통해 혈당, apolipoprotein (Apo) A1, Apo B, 총콜레스테롤(total cholesterol; TC), 중성지방(triglyceride; TG), 저밀도 콜레스테롤(LDL), 고밀도 콜레스테롤(HDL)을 측정하였고 polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP)를 통해 Apo E의 다형성을 검사하였다. 결 과 : 남아와 여아의 비는 1.7이었으며 86명의 평균 나이는 $16.2{\pm}1.8$세이었고 평균 BMI는 $27.4{\pm}2.5kg/m^2$이었다. 유전자 분석에 따른 아형의 빈도(allele frequency)는 ${\varepsilon}2$형이 8.1%, ${\varepsilon}3$형이 87.2%, ${\varepsilon}4$형이 4.7%이었다. Apo E의 유전자형에 따라 ${\varepsilon}2/{\varepsilon}3$와 ${\varepsilon}2/{\varepsilon}3$는 E2군으로 ${\varepsilon}3/{\varepsilon}3$는 E3군, ${\varepsilon}3/{\varepsilon}4$와 ${\varepsilon}4/{\varepsilon}4$는 E4군으로 분류하였고 E2군은 13명(15.1%), E3군은 65명(75.6%), E4군은 8명(9.3%)이었다. 세 군 사이에 나이, 성별, 체중, 키와 BMI는 차이가 없었다. 고지혈증에 대한 검사에서 혈당, Apo A1, TC, TG, HDL은 각 군간 차이를 보이지 않았으며 Apo B와 LDL만이 E4형에서 유의하게 높은 수치를 보였다(P<0.05). 결 론 : 저자들은 본 연구를 통해 비만아에서 Apo E의 유전자형의 빈도를 알 수 있었으며 Apo B와 LDL 농도가 Apo E의 유전자형에 따라 차이가 있음을 확인할 수 있었고 따라서 비만아 중에서도 특정 Apo E4의 유전형을 가진 경우 이상 지혈증의 위험성이 더 높은 것으로 사료된다.