• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제45권3호
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• pp.529-535
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• 1998

연구배경: IL-4는 기관지천식의 병인에 중요한 역할을 하는 cytokine으로서 B세포에서 IgE를 생성하게 하여 아토피의 발생에 중요한 역할을 한다. IL-4의 유전자 다형에 관한 연구로 promoter부위 (-589) 에 cytosine이 thymine으로 치환되는 polymorphism(-589 C$\rightarrow$T polymorphism) 이 존재한다는 것이 밝혀졌다. 그 후 IL-4 유전자 polymorphism이 천식 환자에 어떤 영향을 미치는 지에 대한 연구가 진행되어 왔다. 본 연구에서는 polymorphism이 IL-4 유전자의 발현을 조절하는 promoter에 위치하므로 혈액내 IgE level에 영향을 주어 증상의 정도에 관여할 것이라는 가정하에 천식 환자의 증상의 정도와 IL-4 유전자 다형과의 연관성을 조사하였다. 또한 한국의 천식환자에서의 이러한 유전자 다형의 유형과 빈도를 조사하였다. 방 법: 고려대학교 부속병원에 내원한 49명의 천식환자와 33명의 정상 대조군을 대상으로 하였다. 모든 천식 환자는 증상의 정도에 따라 경증, 중등증 및 중증의 두 대상군으로 나누었다. 모둔 천식 환자와 정상인의 혈액에서 DNA를 분리하였고 ARMS(Amplification Refractory Mutation System) 및 RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)를 시행하여 polymorphism의 존재 및 유형을 검색하였다. 결 과: 천식 환자의 중상의 정도와 IL-4 유전자 다형의 유형과는 유의한 관계를 발견할 수 없었다 (P=0.709). 정상인이나 천식환자에서 polymorphism(C/T 및 T/T형)의 빈도가 각각 100% 와 95.9%로 서양보다 월등히 높았다. 그러나 두 군에서 polymorphism의 유형 및 그 빈도에 있어서 차이는 없었다. 33명의 정상 대조군에서는 C/C형을 발견할 수 없었고, 정상인과 천식환자에서 공히 T/T형이 C/T형보다 약간 많은 빈도를 보였다. 결 론: IL-4 유전자의 -589 C/T polymorphism과 천식 환자의 증상의 경중과는 유의한 연관성을 발견하지 못했다. 그러나 우리나라 천식 환자와 정상인에서 서양보다 월등히 많은 수에서 polymorphism을 관찰할 수 있었으며, 정상인에서는 C/C 형이 발견되지 않았다. 따라서 IL-4 유전자 다형성이 종족간에 현저한 차이를 보일 수 있다는 결론을 얻을 수 있었다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제53권3호
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• pp.432-436
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• 2010

일과성 신생아 당뇨병은 6번 염색체의 부친 이체성, 부친으로부터 유래한 염색체 6q24의 중복, ZAC 또는 HYMAI 유전자의 CpG 섬의 메틸화 결함에 의해 야기된다. 저자들은 고혈당, 거설증, 자궁내성장지연으로 발현되어 부친으로부터 유래된 HYMA1 유전자만을 보인 일과성 신생아 당뇨병 1례를 경험하였다. 생후 18일된 여아가 거설증과 반복되는 고혈당으로 입원하였다. 거설증과 함께 큰 대천문, 작은 턱, 두드러진 눈을 보였으며 혈중 포도당 농도는 200-300 mg/dL로 유지되다가 입원 2일 후부터 인슐린 투여 없이도 정상 범위로 유지되었다. 모체로부터 유래된 메틸화된 대립유전자 유무를 확인하기 위하여 말초 혈액으로부터 genomic DNA를 추출하여 bisulfite를 처리한 후, 메틸화 특이 중합 효소 연쇄 반응으로 HYMAI 유전자의 일부분을 증폭시키고, 제한 효소 BssHII를 이용한 제한 효소 절편 길이 다형성 (restriction fragment length polymorphism, RFLP) 분석을 이용하여 HYMAI 유전자의 메틸화 여부를 확인한 결과, HYMAI 유전자의 메틸화 결함을 보여 부친에서 유래된 HYMAI 유전자만을 갖고 있음을 확인하였다. HYMAI 유전자의 메틸화 검사를 통해 6번 염색체의 각인된 유전자가 증명되었으며 메틸화 결함으로 인해 일과성 신생아 당뇨병이 발생하였다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제35권4호
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• pp.267-274
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• 2008

목 적: 한국 여성에서 alpha2-Heremans Schmidt glycoprotein (AHSG) 유전자 다형성과 중증 자궁내막증의 연관성을 알아보고자 하였다. 연구방법: 자궁내막증이 없는 여성 224명과 중증 자궁내막증이 있는 여성 130명을 대상으로 하였다. 모든 여성은 복강경이나 개복수술을 시행하여 수술 소견 및 조직학적 진단으로 중증 자궁내막증의 존재 여부를 진단하였다. 환자군과 대조군의 혈액을 채취하였고 AHSG 유전자 다형성을 중합효소연쇄반응 (PCR) 및 제한효소 절편길이 다형성(restriction fragment length polymorphism; RFLP) 분석으로 조사하였다. 결 과: 자궁내막증 환자군에서 AHSG 1*1 유전자형의 빈도는 56.2% (73/130), AHSG 1*2 유전자형은 37.7% (49/130), AHSG 2*2 유전자형은 6.2% (8/130)로 정상 대조군의 55.8% (125/224), 39.3% (88/224), 4.9% (11/224)의 빈도와 차이가 없었다 (p=.864). 또한 AHSG 2 일배체형의 빈도 역시 환자군에서 25.0% (65/260), 대조군 24.6% (110/448)로 두 군간에 유의한 차이가 없었다 (p=.894). 결 론: 한국 여성에서 AHSG 유전자 다형성과 자궁내막증은 연관이 없었다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제31권2호
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• pp.141-147
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• 2004

Objective: To investigate the association between endometriosis and polymorphisms of N-acetyl transferase 2 (NAT2), glutathione S-transferase M1 (GSTM1), and cytochrome P450 (CYP) 1A1 genes in Korean infertile patients. Materials and Methods: A total of 303 infertile patients who had undertaken diagnostic laparoscopy during January, 2001 through December, 2003 at Samsung Cheil Hospital enrolled in this study. The patients were grouped according to laparoscopic findings: minimal to mild endometriosis (group I: n=147), moderate to severe endometriosis (group II: n=57), normal pelvic cavity (n=99). Peripheral blood was obtained and genomic DNA was extracted. The genotypes of each genes were analyzed using polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP). For NAT2, RFLP was used to detect the wild type (wt) and mutant (mt) alleles, enabling classification into slow (mt/mt) or fast (wt/wt or wt/mt) acetylation genotypes. For GSTM1, PCR was used to distinguish active (+/- or +/+) from null (-/-) genotypes. For CYP1A1, MspI digestion was used to detect the wild type (A1A1), heterozygote (A1A2) or mutant (A2A2) genotypes. Result: The genotype frequencies of NAT2 slow acetylator was 12.8%, 10.9%, 12.8% in group I, group II and control, respectively. The genotype frequencies of GSTM1 null mutation was 55.3%, 41.8%, 53.2% in group I, group II and control, respectively. The genotype frequencies of CYP1A1 MspI polymorphism was 16.3%, 9.1%, 18.1% in group I, group II and control, respectively. No significant difference was observed between endometriosis and normal controls in the genotype frequencies of the NAT2, GSTM1, CYP1A1 MspI polymorphism. Conclusion: The NAT2, GSTM1, CYP1A1 gene polymorphism may not be associated with the susceptibility of endometriosis in Korean women.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제33권2호
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• pp.97-104
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• 2006

연구목적 : 한국인 여성에서 에스트로겐의 대사 및 불활성화와 관련된 COMT 유전자 다형성과 다낭성 난소증후군의 발생 위험도의 관련성을 알아보고자 하였다. 연구방법 : 연구대상자는 2003년 ESHRE의 진단기준을 만족하는 다낭성 난소증후군 여성 136명과 연령이 비슷하며 규칙적인 생리를 하는 여성 84명의 대조군을 대상으로 하였다. 연구대상자들의 genomic DNA는 혈액에서 추출하였으며, PCR 및 RFLP를 이용하여 유전자 다형성을 조사하였다. 결과 : COMT를 코딩하는 유전자의 exon4에서 $G{\rightarrow}A$로의 다형성을 조사한 결과 오히려 저활성 유전자형인 $COMT^{LL}$ 군에서 통계적으로 유의하게 다낭성 난소증후군의 발생 위험도가 낮아지는 것으로 나타났다(OR 0.241(CI 0.114~0.508)). 결론 : 이상의 결과로 볼 때 저활성 유전자형인 $COMT^{LL}$ 다형성 군에서 한국인 다낭성 난소증후군 발생이 감소하였으며, 에스트로겐 의존형 질환이 증가함에도 혈중 에스트라디올의 농도가 높지 않은 것은 다낭성 난소증후군 환자에서 $COMT^{HH}$ 다형성군이 증가되어 있는 것과 관련된 것으로 사료된다.

• 한국토양비료학회지
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• 제41권6호
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• pp.415-418
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• 2008

폐기물 연용토양의 미생물 군집 분석을 위해 공단지역 하수 슬러지 처리등 16처리(3수준)에 대하여 가장 좋은 방법을 찾고자, RFLP, CLSU, PLFA, TGGE 의 4가지 방법을 이용하였으며, 이들 4가지 방법에 대하여 시기별 군집변동 조사를 통한 통계적 비교 분석을 하였다. 그 결과, 미생물의 경시적 군집 변동상 관찰은 PLFAs (Phospholipid Fatty Acids) 방법이 가장 효율적이었으며 RFLP는 많은 종류의 제한 효소의 사용이 필요하다. TGGE는 DNA 추출을 통해 비배양학적인 분석에서는 가장 좋은 방법이나 PCR조건 등 실험 과정에서 토양종류에 따라 민감하게 반응하여 비슷한 조성의 토양분석에 효율적이라고 생각한다.

• 미생물학회지
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• 제45권1호
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• pp.17-25
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• 2009

농법에 따른 토양의 토양 성분과, 메탄생성량, 메탄생성 세균의 수, 그리고 terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) 패턴을 계절별로 조사하였다. 조사기간 동안의 대부분 토양 성분은 큰 차이를 나타내지 않았고, 토양내 물 함량은 5월 시료 보다 10월 시료가 높게 나타났다. 그리고 most probable number (MPN) 방법을 이용한 메탄생성 세균 계수에서, 모든 논토양에 메탄생성 세균이 비교적 많이 존재하였으나 수소를 이용하는 메탄생성 세균과 포름산을 이용하는 메탄생성 세균에 비해 아세트산을 이용하는 메탄 세균수가 상대적으로 적은 것을 확인하였다. 또 포름산 이용 실험에서 대부분 토양이 1주부터 빠른 포름산 이용능을 보여, 4주에는 미량만이 검출되었으나, 아세트산을 첨가한 실험에서는 3주까지 아세트산이 증가된 후, 그 이후에야 아세트산이 이용되어 감소됨을 확인하였다. 그리고 수소를 첨가해준 모든 시료에서는 많은 양의 메탄생성이 있음을 확인하였다. 또 Sou96I을 처리한 mcrA 유전자의 T-RFLP 패턴을 분석한 결과, 농법에 따라 토양성분이 크게 차이가 없는 것과 같이 농법과 계절에 의해서도 뚜렷한 차이를 나타내지 않았지만 일부 통계분석 자료는 유의성이 있음을 확인하였다. 따라서 토양 미생물의 군집비교 기법을 미생물학적 지표로 활용할 수 있다고 판단된다.

• 상하수도학회지
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• 제26권6호
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• pp.767-777
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• 2012

Annular Biofilm Reactor (ABR) equipped with coupons of three different pipe materials (STS 304, PVC, PE) was used to generate drinking water biofilm samples. The level of assimilable organic carbon (AOC) during the sample generation period was $37.3{\mu}g/L$, and this level did not seem to be low enough to limit the formation of biofilm in this study. Terminal-restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analyses determined T-RF profile as early as 3 h of exposure on PVC coupons. Average surface roughness ($R_a$) measured by atomic force microscopic analyses was 125.7 nm for PVC, and this value was higher than for STS (71.6 nm) and PE (74.0 nm). However, biofilm formation was faster on STS (6 h) than on PE (12 h), which indicated that surface roughness might not be the only factor that controlled the initiation of biofilm development. Upon detection of the T-RF peaks, richness (S) and diversity indices such as Shannon (H) and Simpson (1/D) demonstrated a rather slow increase until 48 h followed by rapid increase regardless of the pipe materials. Differences of microbial community structures among the biofilm samples were determined based on the cluster analysis using Jaccard coefficients (Sj). Biofilm communities could be divided into two distinct groups according to the exposure time regardless of the pipe materials. First group contained a young (< 48 h) biofilm samples (10 out of 11) but second group contained a mature (${\geq}$ 48 h) samples (11 out of 14). Results suggested that, due to the complexity of biofilm, the targeting of the first group of cluster was crucial for optimizing the management of drinking water distribution systems and controlling microbial growth.

• 한국식물학회:학술대회논문집
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• 한국식물학회 1995년도 제9회 식물생명공학 심포지움 식물육종과 분자생물학의 만남 The 9th Plant Biotechnology Symposium -Breeding and Molecular Biology-
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• pp.57-86
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• 1995

Molecular mapping of plant genomes has progressed rapidly since Bostein et al.(1980) introduced the idea of constructing linkage maps of human genome based on restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers. In recent years, the development of protein and DNA markers has stimulated interest for the new approaches to plant improvement. While classical maps based on morphological mutant markers have provided important insights into the plant genetics and cytology, the molecular maps based on molecular markers have a number of inherent advatages over classical genetic maps for the applications in genetic studies and/or breeding schemes. Isozymes and DNA markers are numerous, discrete, non-deleterious, codominant, and almost entirely free of environmental and epistatic interactions. For these reasons, they are widely used in constructing detailed linkage maps in a number of plant species. Plant breeders improve crops by selecting plants with desirable phenotypes. However a plant's phenotyes is often under genetic control, positioning at different "quantitative trait loci" (QTLs) together with environmental effects. Molecular maps provide a possible way to determine the effect of the individual gene that combines to produce a quantitative trait because the segregation of a large number of markers can be followed in a single genetic cross. Using market-assisted selection, plants that contain several favorable genes for the trait and do not contain unfavourable segments can be obtained during early breeding processes. Providing molecular maps are available, valuable data relevant to the taxonomic relationships and chromosome evolution can be accumulated by comparative mapping and also the structural relationships between linkage map and physical map can be identified by cDNA sequencing. After constructing high density maps, it will be possible to clone genes, whose products are unknown, such as semidwarf and disease resistance genes. However, much attention has to be paid to level-up the basic knowledge of genetics, physiology, biochemistry, plant pathology, entomology, microbiology, and so on. It must also be kept in mind that scientists in various fields will have to make another take off by intensive cooperation together for early integration and utilization of these newly emerging high-techs in practical breeding. breeding.

• ALGAE
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• 제33권1호
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• pp.127-141
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• 2018

Low efficiency in microalgal biomass production was largely attributed to the low density of algal cell cultures. Though mutations that reduced the level of chlorophyll or pigment content increased efficiency of photon usage and thus the cell-culture density under high-illumination growth conditions (e.g., >$500{\mu}mol\;photon\;m^{-2}\;s^{-1}$), it was unclear whether algae could increase cell-culture density under low-illumination conditions (e.g., ${\sim}50{\mu}mol\;photon\;m^{-2}\;s^{-1}$). To address this question, we performed forward genetic screening in Chlamydomonas reinhardtii. A pool of >1,000 insertional mutants was constructed and subjected to continuous subcultures in shaking flasks under low-illumination conditions. Complexity of restriction fragment length polymorphism (RFLP) pattern in cultures indicated the degree of heterogeneity of mutant populations. We showed that the levels of RFLP complexity decreased when cycles of subculture increased, suggesting that cultures were gradually populated by high cell-culture density (HCD) strains. Analysis of the 3 isolated HCD mutants after 30 cycles of subcultures confirmed that their maximal biomass production was 50-100% higher than that of wild type under low-illumination. Furthermore, levels of chlorophyll content in HCD mutant strains were similar to that of wild type. Inverse polymerase chain reaction analysis identified the locus of insertion in two of three HCD strains. Molecular and transcriptomic analyses suggested that two HCD mutants were a result of the gain-of-function phenotype, both linking to the abnormality of mitochondrial functions. Taken together, our results demonstrate that HCD strains can be obtained through continuous subcultures under low illumination conditions.