• Journal of Species Research
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• 제9권4호
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• pp.413-426
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• 2020

The Euphorbiaceae family features some of the most economically important plants that are sources of foods, oils, waxes, and medicines. The accurate identification of Euphorbiaceae species is critical in sustainable utilization of plant resources. We examined 234 sequences of nrDNA ITS, cpDNA rbcL and matK loci from 20 species in Euphorbiaceae in Korea and three outgroup taxa to develop efficient DNA barcodes. The three barcode loci were successfully amplified and sequenced for all Euphorbiaceae species. nrDNA ITS locus showed the highest mean interspecific K2P distance (0.3034), followed by cpDNA matK (0.0830), and rbcL (0.0352) locus. The degree of species resolution for individual barcode loci ranged from 75% (rbcL and matK) to 80% (ITS). The degree of species resolution was not enhanced with the different combinations of three barcode loci. The combined data set of the three loci(ITS+rbcL+matK) provided 80% of species resolution. These results confirm that ITS locus, as a single barcode, is the best option for barcoding of the Euphorbiaceae in Korea.

• ALGAE
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• 제21권2호
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• pp.175-183
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• 2006

Recent phylogenetic studies of scytosiphonacean brown algae show many conflicts with current classification. In order to clearly define the phylogenetic relationships of the family, we newly sequenced the photosystem I coding psaA gene (1488 base pairs) from 13 taxa (15 samples), of the family, and, for comparison, rbcL from four taxa. The psaA region has more informative sites (17.9%) than the rbcL (13.1%) and the number of nodes supported by over 50% bootstrap values is more in the psaA phylogeny (53 /57 nodes; 93%) than in the rbcL (47/63 nodes; 74.6%). The psaA phylogenies are basically congruent with the rbcL trees, recognizing two major groups in the monophyletic Scytosiphonaceae. The first group included Myelophycus, Petalonia, Scytosiphon, and elongate sack-shaped species of Colpomenia, primarily cold temperate elements with unilocular zoidangia on sporophytes. The second group, although not resolved, consisted of Hydroclathrus, Chnoospora, Rosenvingea, and ball-shaped Colpomenia, primarily warm-temperate taxa with both unilocular and plurilocular zoidangia on sporophytes. Chnoospora is not monophyletic, as was previously shown the paraphyly of Colpomenia, Petalonia, and Scytosiphon. Hydroclathrus clathratus from Korea and Japan was not monophyletic. Our studies show that gametophytic characters are the main source of conflict for the present taxonomy of the family. The psaA region is a useful tool for resolution of phylogenetic relationships within the Scytosiphonaceae.

• ALGAE
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• 제20권1호
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• pp.15-23
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• 2005

Polysiphonia pacifica is rhodomelaceous red algal species that includes five varieties in Pacific Ocean: P. pacifica var. delicatula, P. pacifica var. distans, P. pacifica var. determinata, P. pacifica var. disticha, and P. pacifica var. gracilis. We here report morphology and phylogeny of P. pacifica to confirm the relationships among previously described varieties as a loan of type specimens from US and to assess phylogenetic relationships of closely related species using plastid protein-coding rbcL gene. Polysiphonia pacifica is distinguished by having creeping filaments attached by unicellular rhizoids not cut off by cross walls, four pericentral cells, ecorticate, trichoblasts rare, ultimate branchlets attenuate at the tip but not pungent, and tetrasporangia in long straight series in the ultimate branchlets. The protein-coding plastid rbcL gene sequence data show that P. pacifica is distinctly different from the superficially similar species, P. morrowii and P. stricta. However, the rbcL sequences of P. pacifica var. pacifica and var. disticha are identical though they have morphological variation.

• 한국자원식물학회지
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• 제18권3호
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• pp.374-381
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• 2005

고려 인삼(Panax ginseng)의 뿌리로부터 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit(rbcS) 유전자를 선발하여 sequence 분석을 실시하였다. 고려 인삼 rbcS cDNA는 790 bp 염기로 구성되어 있으며, 183개의 아미노산(pI 8.37)을 코드하는 549 bp의 ORF를 가지고 있고 단백질의 분자량은 20.5 kDa으로 추정되었다. 인삼 rbcS는 기존에 보고된 것과 유사성을 나타내었으며, Helianthus annuus(CAA68490)에서 분리된 것과 $78\%$의 높은 상동성을 보였다. 기존에 데이터베이스에 축적되어 있는 다른 식물체로부터 분리된 rbcS와 아미노산 서열을 비교한 결과 인삼의 ybcS는 H. annuus (CAA68490), C. morifolium (AAO25119), L. sativa (Q40250)와 밀접한 유연관계에 있는 것으로 조사되었다.

• 생태와환경
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• 제40권3호
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• pp.387-394
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• 2007

해양 같은 지리적 장벽에도 불구하고, 많은 담수조류는 세계의 다른 대륙에 서식하고 있다. 단세포 담수조류, Mallomonas caudata는 북반구의 미국, 유럽, 및 아시아에서 흔하며, 기후변화 감지나 수화현상 감시 같은 인간생활에 밀접하게 관련되어 있다. 본 종의 계통과 국내출현을 설명하기 위해 여섯 군데의 저수지에서 채집된 균주로부터 엽록체 rbcL과 핵 SSU유전자를 염기서열 분석하였다. 또한, 한국산 균주의 전자현미경적 구조를 조사하였다. 한국과 미국산 종의 SSU염기서열은 0.06%가, rbcL은 0.45%의 차이로 거의 동일하였다. 두 유전자를 이용한 계통수에서 본 종은 속의 다른 종들과 분명히 분리되지만, 단계통군은 아니었다. 근형질은 기저체의 다층판에 부착된 가로무늬의 microfibril들로 구성되어 있었으며, microfibril들의 끝은 핵의 표면 위에 배열되어 있었다. 이 근형질은 Synurophyceae에서 전형적으로 보이는 기저체-핵 연결자이다. Mallomonas가 SSU와 rbcL자료에 의해 지지되지 않는 결과는 분류군 추가와 함께 좀더 연구되어야 할 것으로 사료된다.

• ALGAE
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• 제25권1호
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• pp.1-9
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• 2010

Although Pterocladiella is a well-known agar-producing red algal genus, its taxonomy in Korea appears to be confused. In the present study, we demonstrate the occurrence of Pterocladiella nana and P. tenuis, as well as P. capillacea in Korea on the basis of morphological and plastid rbcL sequence comparisons. P. capillacea commonly occurs along the coasts of Korea and has regular pinnate branches with abundant second-order branches, growing up to 10 cm in length. P. nana occurs in the intertidal zone of Jeju and is distinguished by the small size of its thalli (up to 5 cm) and regular branches with up to third-order branches. P. tenuis is distributed mostly subtidally on the southern coast of Jeju and has irregular branches with rarely second-order branches, growing up to 19 cm in length. We determined rbcL sequences from 19 specimens (15 from Korea and four from France) and downloaded 28 sequences from GenBank. Analyses of all 47 rbcL sequences revealed that each of three species was consistently resolved. P. capillacea and P. tenuis always formed a sister clade with P. nana at the base. Given that 12 rbcL haplotypes from 28 specimens of P. capillacea have been found to date, analysis of a fast-evolving gene from across the range of the species should highlight its genetic diversity.

• Journal of Species Research
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• 제11권4호
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• pp.266-277
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• 2022

The current surveys of Ulva in the subtidal area around Jeju Island give a chance to discover unrecorded green algal species of the Korean macroalgal flora. As a result of this investigation, we found Ulva adhaerens Matusmoto & Shimada, inhabiting the subtidal regions, up to 15 m deep, and conducted the DNA barcoding on plastid rbcL-3P and tufA regions with describing the morphological characteristics. Our specimens of U. adhaerens forms a monophyletic clade with the Japanese type specimen and U. piritoka Ngāti Kuri, Heesch & W.A. Nelson from New Zealand exhibiting each 0.3% sequence divergences, respectively, in the plastid rbcL-3P. The genetic variation of U. adhaerens clade is 1.0-3.9% in rbcL-3P and 4.8-9.8% in tufA to each Ulva species, including the generic type, U. lactuca Linneaus. The morphology of Korean U. adhaerens specimens is identical to the type specimens of U. adhaerens from Japan having the development of rhizoidal filaments from both of the cell layers of the distromatic blade and the extension of rhizoidal clumps with adhesive trait between blades by extended rhizoidal clumps at the basal blades. The thallus attachment to substrate is by numerous minute discoidal plates made up of rhizoids originating from the inner part of distromatic blades in basal. Although there are still some problems to resolve the relationship between U. adhaerens and U. piritoka in the rbcL dataset and the phylogenetic pattern of the Group II intron of rbcL, we propose the new record of U. adhaerens in Korean macroalgal flora based on the morphological characteristics of Korean specimens. Continued study of the genus Ulva by morphological and molecular assessment will delimit the species of Ulva, elucidate the relationships between them, and uncover the species diversity.

• 한국수산과학회지
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• 제33권4호
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• pp.367-372
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• 2000

회전원판식 해수 여과시스템에서 암모니아성 질소 부하율과 수리학적 부하량이 암모니아 제거율에 미치는 영향을 조사하기 위하여 일련의 실험을 실시하였다. 이 실험에서 회전원판 시스템은 폴리비닐필름 원판으로 여과조를 제작하였는데, 여과조의 표면적은 $12m^2$으로 용적은 $0.075m^3$이다. 회전원판식 시스템에서 암모니아성 질소부하율에 따른 암모니아 제거율을 조사하기 위하여 암모니아원으로 염화암모늄을 $10{\~}150 g$ 첨가하였다. 회전원판식 순환여과 사육시스템의 사육수에 암모니아원으로 염화암모늄을 $10{\~}150 g$ 투입하여 사육수의 암모니아 농도 (x: NH_4-N mg/l)에 따라 회전원판 여과조에서의 암모니아 제거에 필요한 시간 (y: hr)을 조사하였으며, 그 관계식은 다음과 같았다. $y=3.51+7.76 lnx (r^2=0.936)$사육수의 암모니아 농도가 2mg/l일 때 회전원판 여과사육 시스템에서 암모니아 제거에 소요되는 시간은 10시간이었으나, 암모니아 농도가 5와 16.5mg/l에서는 각각 16과 27시간이 소요되었다. 따라서 사육수의 암모니아 농도가 높아질수록 암모니아 제거에 소요되는 시간이 감소하는 경향을 나타내었다. 결론적으로 회전원판 여과 사육시스템의 최대 암모니아 제거율은 사육수의 암모니아 농도가 16.5 mg/l까지 상승함에 따라 증가함을 알 수 있었다.

• 식물분류학회지
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• 제37권1호
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• pp.1-15
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• 2007

제비꽃속 42집단에 대한 계통 유연관계를 알아보기 위하여 엽록체 DNA의 matK 유전자와 atpB-rbcL intergenic spacer 지역에 대한 염기서열을 분석하였다. MatK 분석에서는 노랑제비꽃절과 장백제비꽃절이 독립된 clade를 형성하였으며, 진정제비꽃절의 5개 아절은 paraphyletic하게 분리되었다. AtpB-rbcL 분석에서는 노랑제비꽃절이 단계통을 형성하였지만, 장백제비꽃절은 잔털제비꽃을 제외한 제비꽃아절 분류군들이 포함되어 있는 clade의자매군을 형성하였고, 진정제비꽃절은 paraphyletic한 분계조로 분리되어, matK 유전자와는 장백제비꽃절과 잔털제비꽃의 위치에 차이를 보였다. 두 가지 유전자의 염기서열 자료를 유합하여 분석한 결과는 제비꽃속 분류군들이 크게 3개의 분계조로 유집되는 것으로 나타났다. 즉, 기본염색체 수가 x=6인 노랑제비꽃절과 장백제비꽃절은 아욱제비꽃아절과 낚시제비꽃아절(x=10)에 속하는 분류군들이 포함된 clade의 자매군을 형성하면서 분리되었고, 잔털제비꽃은 진정제비꽃절의 콩제비꽃아절과 고깔제비꽃아절(x=10 또는 12)의 분류군들과 함께 분계조를 이루었으며, 잔털제비꽃을 제외한 제비꽃아절 (x=12)의 19개 집단도 하나의 clade를 형성하였다. 그러나 outgroup으로 부터 clade 각각의 기원에 대해서는 선행된 ITS와 trnL-F 지역에 의한 결과와는 일치하지 않는 것으로 나타났다.

• 상하수도학회지
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• 제12권1호
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• pp.108-114
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• 1998

Experiments on an upgraded RBC were conducted to investigate its removal efficiencies of $NH_4-N$, coliform group and coliphage in the municipal wastewater treatment. A bench scale RBC, made of stainless mesh media with 5mm high surface protrusions, was fed with settled municipal wastewater containing 13-25mg/l of $NH_4-N$ and 40-75mg/l of TOC at the hydraulic loading of $89l/m^2.d$ and $60l/m^2.d$. It was found that the nitrification effectively occured at bulk liquid TOC concentration of less 10mg/l. The coliform group and coliphage were more than 98% and 90%, respectively.