• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권12호
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• pp.1958-1965
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• 2008

A denitrifying polyphosphate-accumulating bacterium (YKP-9) was isolated from activated sludge of a 5-stage biological nutrient removal process with step feed system. This organism was a Gram-negative, coccus-shaped, facultative aerobic chemoorganotroph. It had a respiratory type of metabolism with oxygen, nitrate, and nitrite as terminal electron acceptors. The 16S rRNA gene sequence of strain YKP-9 was most similar to the 16S rRNA gene sequence of Paracoccus sp. OL18 (AY312056) (similarity level, 97%). Denitrifying polyphosphate accumulation by strain YKP-9 was examined under anaerobic-anoxic and anaerobic-oxic batch conditions. It was able to use external carbon sources for polyhydroxyalkanoates(PHA) synthesis and to release phosphate under anaerobic condition. It accumulated polyphosphate and grew a little on energy provided by external carbon sources under anoxic condition, but did neither accumulate polyphosphate nor grow in the absence of external carbon sources under anoxic condition. Cells with intracellular PHA cannot accumulate polyphosphate in the absence of external carbon sources under anoxic condition. Under oxic condition, it grew but could not accumulate polyphosphate with external carbon sources. Based on the results from this study, strain YKP-9 is a new-type denitrifying polyphosphate-accumulating bacterium that accumulates polyphosphate only under anoxic condition, with nitrate and nitrite as the electron acceptors in the presence of external carbon sources.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권7호
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• pp.3313-3317
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• 2012

Prostate cancer is a highly prevalent disease in older men of the western world. MicroRNAs (miRNAs) are small RNA molecules that regulate gene expression via posttranscriptional inhibition of protein synthesis. To identify the diagnostic potential of miRNAs in prostate cancer, we downloaded the miRNA expression profile of prostate cancer from the GEO database and analysed the differentially expressed miRNAs (DE-miRNAs) in prostate cancerous tissue compared to non-cancerous tissue. Then, the targets of these DE-miRNAs were extracted from the database and mapped to the STRING and KEGG databases for network construction and pathway enrichment analysis. We identified a total of 16 miRNAs that showed a significant differential expression in cancer samples. A total of 9 target genes corresponding to 3 DE-miRNAs were obtained. After network and pathway enrichment analysis, we finally demonstrated that miR-20 appears to play an important role in the regulation of prostate cancer onset. MiR-20 as single biomarker or in combination could be useful in the diagnosis of prostate cancer. We anticipate our study could provide the groundwork for further experiments.

• The Plant Pathology Journal
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• 제21권4호
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• pp.334-342
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• 2005

The prototype Chlorella virus PBCV-l encodes 11 tRNA genes and over 350 protein-encoding genes in its 330 kbp genome. Initial attempts to overexpress the recombinant A189/192R protein, a putative virus attachment protein, in E. coli strain BL21(DE3) SI were unsuccessful, and multiple protein bands were detected on Western blots. However, the full-length A189/192R recombinant protein or fragments derived from it were detected when they were expressed in E. coli BL21 CodonPlus (DE3) RIL, which contains extra tRNAs. Codon usage analysis of the a189/192r gene showed highly biased usage of the AGA and AVA codons compared to genes encoded by E. coli and Chlorella. In addition, there were biases of XXA/U($56\%$) and XXG/ C($44\%$) in the codons recognized by the viral tRNAs, which correspond to the codon usage bias in the PBCV-1 genome of XXA/U ($63\%$) over those ending in XXC/G ($37\%$). Analysis of the codon usage in the major capsid protein and DNA polymerase showed preferential usage of codons that can be recognized by the viral tRNAs. The Asn (AAC) and Lys (AAG) codons whose corresponding tRNA genes are duplicated in the tRNA gene cluster were the most abundant (i.e., preferred) codons in these two proteins. The tRNA genes encoded in the PBCV-l genome seem to play a very important role during the synthesis of viral proteins through supplementing the tRNAs that are frequently used in viral proteins, but are rare in the host cells. In addition, these tRNAs would help the virus to adapt to a wide range of hosts by providing tRNAs that are rare in the host cells.

• 생태와환경
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• 제56권1호
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• pp.1-13
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• 2023

북한강 수역에서 가장 많이 검출되는 Microcystin (MC)을 대상으로 하여 MC 생합성 유전자(mcyA gene), 남조류 세포밀도, MC 농도 사이의 관계를 분석하여 RNA-MC 환산식을 도출하고 남조류 세포 내 존재하는 MC 농도를 예측하였다. 북한강 수역에서 mcyA 유전자는 묵현천 합류 이후 북한강 하류 지점에서 주로 발견되었으며 평균적으로 다른 지점보다 높은 copy number가 발견되었다. 북한강 상류 의암호 수역의 경우, 공지천 지점에서 mcyA 유전자 copy number가 증가하였으며 9월 이후 북한강 수역 전체에서 mcyA 유전자 copy number는 감소하였다. mcyA gene expression은 상류와 하류 수역의 시·공간적 차이가 존재하였으며 여름철 짧은 시기에 집중적으로 발현하였다. mcyA gene expression 양은 MC 농도와 상관성이 매우 높을 뿐만 아니라 MC을 생합성하는 것으로 알려진 Microcystis aeruginosa와 Dolichospermum circinale의 세포밀도와도 통계적으로 유의한 상관성이 존재하였다. RNA-MC 관계를 기반으로 도출된 6개의 환산식은 통계적 유의성을 보이며(p<0.05) 0.9 이상의 높은 상관계수(r)를 나타냈다. eRNA에 존재하는 MC 생합성 유전자 발현량은 수중의 남조독소 물질 합성을 판단하고 유전자의 활성 정도를 빠르게 정량하여 MC 발생 조기경보에 충분히 활용할 수 있을 것으로 판단된다.

• BMB Reports
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• 제49권6호
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• pp.311-318
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• 2016

Innate immune responses are primary, relatively limited, and specific responses to numerous pathogens and toxic molecules. Protein expression involved in these innate responses must be tightly regulated at both transcriptional level and post-transcriptional level to avoid the development of excessive inflammation that can be potentially harmful to the host. MicroRNAs are small noncoding RNAs (∼22 nucleotides [nts]) that participate in the regulation of numerous physiological responses by targeting specific messenger RNAs to suppress their translation. Recent work has shown that several negative regulators of transcription including microRNAs play important roles in inhibiting the exacerbation of inflammatory responses and in the maintenance of immunological homeostasis. This emerging research area will provide new insights on how microRNAs regulate innate immune signaling. It might show that dysregulation of microRNA synthesis is associated with the pathogenesis of inflammatory and infectious diseases. In this review, we focused on miR-146 and miR-125 and described the roles these miRNAs in modulating innate immune signaling. These microRNAs can control inflammatory responses and the outcomes of pathogenic infections.

• 미생물학회지
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• 제33권1호
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• pp.7-14
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• 1997

성장인자가 포함되지 않은 무기염 액체배지(ISP-4)에서 Streptomyces coelicolor A3(2)의 포자가 발아할 때, 성장인자의 주기적인 요구성이(양 등,1993_ 단백질과 RNA 합성과 어떤 관계를 가지고 있는지를 규명하고자 하ㅣ였다. 발아는 10시간 정도 걸렸으며 이때 성장인자의 요구성이 2시간 주기로 반복되는 것을 재입증하였다. 포자의 크기는 시간에 따라 증가하였으나, 포자수는 표준 평판계수법에서 감소하였다. 포자 집단은 생리적으로 살아있거나, 휴면 중인 포자와 죽은 포자로 구분될 수 있었다. 이러한 발아과정에서 포자를 acridine orange(AO)와 iodonitrotetrazolium chloride(INT)로 염색하여 형광현미경으로 관찰하였을 때 RNA와 단백질도 일정한 주기를 갖고 합성되었으며, 이 주기성은 성장인자의 요구 주기와 거의 일치하였다. 이로써 발아 초기에 포자 집단은 성장인자 중에서 특히 단백질 합성과 관련된 물질인 아미노산이 주기적으로 요구되고 있음을 토론하였다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제51권3호
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• pp.309-315
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• 2019

자궁경부암은 전 세계적으로 네번째를 차지하는 여성암이다. 자궁경부암의 대부분 원인은 인유두종 바이러스의 감염이다. 인유두종 바이러스를 검출하기 위해 다양한 분자진단학적 방법들이 고안되었다. 분자진단학적 방법 중의 real-time PCR은 목표 DNA 또는 RNA의 정량과 민감도 향상을 목표로 도입되었다. 특히, real-time PCR 과정은 수행 전에 RNA 추출 및 상보적인 DNA 합성 과정이 필요하다. 따라서 본 연구에서는 민감하고 적합한 상보적인 DNA 합성 키트를 알아보기 위해서 상보적인 DNA 합성에 이용되는 두 개의 상용화된 키트를 평가하였다. 자궁경부암 세포주에서 두개의 상보적인 DNA 합성 키트의 $R^2$과 효율성을 비교한 결과 차이가 없었다. 그러나 Invitrogen 키트보다 Takara 키트가 $10^2$ 및 $10^3$ SiHa 세포주에서 P<0.001를 나타내었고 $10^1$ 및 $10^2$ HeLa 세포주에서도 P<0.001를 나타내었다. 이를 통해 Takara 키트가 Invitrogen키트보다 민감도가 높음을 알 수 있었다. 또한 40개의 탈락세포검체의 8, 4, 2, 1 mL을 이용하여 상보적인 DNA 합성 키트를 비교한 결과 Invitrogen 키트보다 Takara 키트가 8, 4, 1 mL에서 P<0.01 및 0.5 mL에서 P<0.05을 나타내어 임상 검체를 이용하였을 때에도 Takara 키트가 Invitrogen 키트보다 민감도가 높음을 알 수 있었다. 본 연구는 적합한 상보적인 DNA 합성 키트를 확인하기 위해 수행되었으며, 상보적인 DNA 합성 키트가 real-time PCR 결과 다양성에 영향을 미친다는 것을 시사하였다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제21권2호
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• pp.84-102
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• 1978

대맥(大麥) 무배아반편종자(無胚芽半片種子)에 $10{\mu}M$ GA를 처리(處理)하여 배양(培養) 10시간(時間)에 배지(培地)에서 ABA의 농도(濃度)가 각각(各各) $0.1{\mu}M,\;5{\mu}M$ 및 $10{\mu}M$이 되도록 ABA 용액(溶液)을 첨가하여 ${\alpha}-amylase$ 생성(生成)의 소장(消長)을 그리고 $10{\mu}M$ GA와 $10{\mu}M$ ABA 혼합액(混合液) 처리(處理)하여 10시간(時間) 배양(培養) 후(後) 핵산(核酸)의 거동을 $10{\mu}M$ GA처리구(處理區)의 그것과 비교(比較)하였다. 대맥(大麥) 초엽(？葉)에 $10{\mu}M$ GA와 $10{\mu}M$ ABA를 처리(處理)하여 초엽의 생육(生育), chlorophyll, RNase의 활성(活性), 단백질(蛋白質) 및 총(繼) RNA 함량(含量)의 소장(消長)을 처리구(處理區)의 그들과 비교(比較)하였고 이들 hormone 처리(處理) 20시간(時間) 배양후(培養後) 핵산(核酸)의 거동 및 polysome과 menosome의 상대적(相對的) 분포(分布)를 조사(調査)하여 몇 가지 결론(結論)을 얻었으며 그 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1) GA 처리(處理)에 의(依)한 총(總) ${\alpha}-amylase$의 생성(生成)은 시간(時間)의 경과(經過)에 따라 직선적(直線的)으로 증가(增加)하였으며 ${\alpha}-amylase$의 분비(分泌)는 배양(培養) 18시간(時間)부터 활발(活潑)하였다. 2) $0.1{\mu}M$ ABA 첨가는 ${\alpha}-amylase$의 생성(生成)을 부분적(部分的)으로 저해(沮害)시켰으나 $5{\mu}M$ 및 $10{\mu}M$ ABA 첨가는 다같이 첨가 4시간(時間) 후(後)에 완전(完全)히 ${\alpha}-amylase$의 생성(生成)을 저해(沮害)시켰으며, 배양과정중(培養過程中) $5{\mu}M$ ABA 첨가는 GA의 농도(濃度)에 관계(關係)없이 완전(完全)히 ${\alpha}-amylase$의 생성(生成)을 저해(沮害)시켰다. 3) ABA는 무배아반편종자(無胚芽半片種子)에서 ${\alpha}-amylase$의 분비(分泌)에 별(別) 영향(影響)을 주지 않았다. 4) 무배아반편종자(無胚芽半片種子)에서 GA 단독(單獨) 처리구(處理區)와 GA-ABA 처리구간(處理區間)에 핵산(核酸)의 분획(分劃)에서 별(別) 이(異)가 없었다. 5) 초엽에서 GA의 처리(處理)는 r-RNA 획분(劃分)을 증가(增加)시킨 반면(反面) ABA 처리(處理)는 r-RNA 획분(劃分)을 감소(減少)시킴과 동시(同時)에 s-RNA 획분(劃分)을 증가(增加)시켰는권(權) 이는 이들 hormone이 RNase의 활성(活性)에 상이(相異)한 영향(影響)을 준 것으로 보였다. 6) 초엽에서 ABA 처리(處理)는 RNA-DNA 획분(劃分)의 성분비(成分比)를 감소(減少)시켰다. 7) 초엽에서 GA 처리(處理)는 RNase의 활성(活性)을 감소(減少)시켰으나 ABA 처리(處理)는 이의 활성(活性)을 증대(增大)시켰다. 8) 초엽에서 GA 처리(處理)는 총(總) RNA에 큰 영향(影響)을 주지 않았으나 ABA 처리(處理)는 이를 현저히 감소(減少)시켰다. 9) 초엽에 있어서 GA 처리(處理)는 초엽의 생장(生長) 및 chlorophyll 함량(含量)을 증가(增加)시켰으나 ABA 처리(處理)는 이들을 감소(減少)시켰다. 10) 초엽에서 GA 처리(處理)는 단백질(蛋白質) 및 polysome의 형성(形成)을 촉진(促進)시켰으나 ABA 처리(處理)는 이들을 감소(減少)시켰다. 11) ABA 처리(處理)는 polysome의 형성(形成)이 저해(沮害)되는 까닭은 ABA가 r-RNA의 합성(合成)을 저해(沮害)하는 것으로 보였다.

• 대한화장품학회지
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• 제33권1호
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• pp.17-22
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• 2007

본 연구에서는 돌나물추출물이 각질형성세포에서 hyaluronan synthase (HAS) mRNA 발현과 hyaluronan (HA) 생성에 미치는 영향을 알아보았다. 또한 돌나물추출물이 가지는 인체 피부에서의 보습력 증진 효과를 평가하였다. 돌나물추출물 처리에 따른 각질형성세포에서의 HAS-1, -2, -3 mRNA 발현 변화는 semi-quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR)을 통해 살펴보았고, HA의 생성량 변화는 enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)를 수행하여 확인하였다. 인체 피부에서의 수분함량 및 피부 수분 손실량에 미치는 영향은 Corneometer와 Tewameter를 이용하여 측정하였다. 그 결과, 돌나물추출물은 사람 각질형성세포의 HAS-2, -3 mRNA의 발현을 증가시켰고, HA의 생성량을 농도의존적으로 증가시킴을 확인하였다. 사람 피부에서는 수분 함량을 유지하는 효과가 우수하였으며, 표피 수분 손실량 또한 감소시켜 피부 보습제로서 매우 우수한 효과를 보였다 이상의 결과를 통해 돌나물은 피부에서 HA 생산을 촉진시키며, 피부 보습력을 증진시키는 화장품 소재로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 대한한방내과학회지
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• 제25권2호
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• pp.245-257
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• 2004

This study was done to evaluate the antiallergic effects of Naenghyohwan(NHH). Cytotoxic activity for lung fibroblast cells, cytokines transcript expression of IL-1, IL-4, IL-5, TNF-${\alpha}$, IL-6, IL-10, TGF-${\beta}$1, IFN-${\gamma}$, production of IL-4, IL-10. IFN-${\gamma}$, IgE in anti-CD40mAb plus rIL-4 stimulated murine splenic B cells and the production of histamin released in mast cells, and the expression of histamine release factor(HRF) in splenic B cells were measurd. The following results were obtained. NHH did not showed cytotoxicity in fibroblast cells. NHH increased the gene synthesis of TNF-${\alpha}$, IFN-${\gamma}$(m-RNA). NHH decreased the gene synthesis of IL-1${\beta}$, IL-4, IL-5, IL-6, TGF-${\beta}1$(m-RNA). NHH decreased the appearance of IL-4, IgE significantly. NHH increased the appearance of IL-10. IFN-${\gamma}$ significantly. NHH decreased the proliferation of B cells significantly. NHH decreased the appearance of histamin expression of HRF in mast cells significantly. The results suggest NHH is effective against the allergies. Continued studies of the antiallergic effects of NHH are urged.