• 제목/요약/키워드: primer

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Nested PCR 기법을 이용한 인삼 뿌리썩음병원균의 특이적 검출 (Specific Detection of Root Rot Pathogen, Cylindrocarpon destructans, Using Nested PCR from Ginseng Seedlings)

  • 장창순;이정주;김선익;송정영;유성준;김홍기
    • 식물병연구
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    • 제11권1호
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    • pp.48-55
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    • 2005
  • Cylindrocarpon destructans는 인삼 및 수목에 뿌리썩음병을 일으키는 토양 전염병 식물병원균이다. 신속 정확한 검출 가능성을 알아보기 위하여 종 특이적인 primer와 nested PCR 기법을 활용하여 인삼 유묘로부터 뿌리썩음 병균 C. destructans로 2차 PCR증폭을 실시한 결과 병원성이 확인된 C.destructans에서만 400bp의 종특이적 증폭산물을 얻을 수 있었다. 종 특이성 primer 와 nested PCR 기법을 이용한 인삼뿌리썩음병균 DNA에 대한 반응 민감도는 최저 약 1fg으로 나타나 단 몇 개의 포자만 존재해도 검출이 가능하였다. 또한, nested PCR 기법은 실제 이병토양에 심었을 경우에도 C.destructans 에 감염된 인삼 유묘로부터만 정확하게 병원균을 검출해 내었다. 종특이적 primer 와 nested PCR 기법을 이용한 본 연구 결과는 실제 재배농가에서 인삼 경작시 뿌리썩음병 진단에 매우 유용하게 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

PCR 기법을 이용한 2009년 우리나라 서해안과 남해안 바지락, Ruditapes philippinarum의 Perkinsus olseni 감염에 관한 보고 (Survey of Perkinsus olseni infection in Manila clam, Ruditapes philippinarum in 2009 on the west and south coast of Korea using PCR technique)

  • 이남실;황지연;최동림;박명애
    • 한국어병학회지
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    • 제23권2호
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    • pp.145-153
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    • 2010
  • 내용은 2009년 하반기, 우리나라 남해안(고흥, 나로도)과 서해안(선재도, 파도리)의 네 지점에서 시료채취 한 바지락에서의 Perkinsus olseni 감염에 대한 모니터링 결과로, 이전에 국제수역사무국(OIE)의 manual에서 지정하던 P. olseni에 대하여 특이적인 primer set으로 사용한 PCR 분석 결과와 2009년에 새로이 지정하는 P. olseni에 대하여 특이적인 primer set을 사용한 분석 결과를 비교하고, 결과를 통한 P. olseni의 검출율을 조사하였다. 특히 2009년에 새로이 지정된 PolsITS-140F와 PolsITS-600R의 primer set을 사용한 결과는 신속한 검출여부 분석에 적합한 것으로 생각되었다. P. olseni의 검출경향은 파도리에서 가장 낮았으며, 고흥에서 가장 높았다. 파도리의 7월, 8월 그리고 12월의 결과를 제외하고는 전 지점에서 7월에서 12월까지 지속적으로 높은 검출율을 나타내었다. PolsITS-140F와 PolsITS-600R의 primer set을 이용한 PCR 산물의 염기서열을 분석한 결과, 선재도의 결과에서 두 군데의 염기차이를 나타내는 것 이외에는 모두 같은 것으로 확인되었다.

치면열구전색제의 열구 침투에 primer의 효과 (THE EFFECT OF PRIMER ON PENETRATION OF SEALANT)

  • 정혜선;이제호;최형준;최병재
    • 대한소아치과학회지
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    • 제26권2호
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    • pp.416-426
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    • 1999
  • 본 연구의 목적은 치면열구전색제 수복시에 상아질 접착제의 primer 도포의 치면열구전색제 열구 침투도 향상 효과를 확인하는 것으로, 발거된 영구 구치상에서 통상적으로 치면열구전색제를 도포한 대조군과 $Scotchbond^{TM}$ Multi-Purpose system과 $All-Bond^{(R)}$ 2 system의 primer 도포 후에 치면열구전색제를 도포한 실험군들의 열구 기저부까지 전색제 침투 성공율을 비교하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. $Scotchbond^{TM}$ Multi-Purpose system과 $All-Bond^{(R)}$ 2 system의 primer 를 사용한 군의 열구 기저부까지 치면열구전색제 침투 성공율은 primer를 사용하지 않은 대조군보다 높았으나 통계학적으로 유의성 있는 차이는 없었다(p>0.05). 2. 열구 깊이와 폭 및 '깊이/폭' 값은 열구 기저부까지 전색제 침투성공률에 대하여 통계학적으로 유의성 있는 효과를 나타내었다(p<0.05). 3. 열구 기저부까지 전색제 침투 성공률은 열구 깊이가 $25{\mu}m$ 증가할 때마다 약 0.9배로 감소하였고, 열구 입구의 폭이 $25{\mu}m$ 증가할 때마다 약 1.1배로 증가하였으며, 열구의 '깊이/폭' 비율이 1 증가할 때마다 약 0.6배로 감소하였다.

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방풍류의 감별을 위한 분자마커의 탐색과 활용 (Development and Application of PCR-based Markers for the Discrimination of Bang-Poong and Related Species)

  • 홍성미;이미영;고재철;고병섭
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제31권1호
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    • pp.1-6
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    • 2004
  • 한약재로 사용되는 방풍류는 절단되어 유통되므로 외부 형태적인 특징만으로 구분하기가 어려워 방풍류로 사용되는 방풍, 식방풍, 석방풍, 갯방풍 등 4종에 대해 PCR에 기초한 RAPD 마커를 이용하여 SCAR 마커를 개발하고자 하였다. RAPD 분석결과 밴드의 패턴은 다양하게 나타났으며 다형성의 밴드 수는 총 215개로 전체 밴드수의 98%였다. RAPD 분석에서 각 방풍류를 구별 할 수 있는 특이적인 밴드를 나타내는 primer는 방풍에서 4개의 primer, 식방풍은 6개의 primer, 석방풍은 4개의 primer, 갯방풍은 6개의 primer를 선발하였고, 그 중 특히 primer 425는 4종의 방풍류의 감별에 유용하였고, 이를 이용하여 SCAR마커로 전환하는데 이용하였다. 특이적인 단편을 클로닝하여 염기서열 분석으로 특이 primer를 제작하고 제작된 primer로 방풍류 시료 16개에 적용하였을 때, 국내의 야생에서 주로 자생하는 석방풍은 215 bp, 그리고 국내에서 가장 많이 재배 또는 생산되는 갯방풍은 177 bp와 300 bp에서 뚜렷하게 나타났다. 따라서 갯방풍과 석방풍의 감별 가능성을 제시할 수 있으며 개발된 SCAR 마커를 이용하여 시중에 유통되고 있는 방풍류 건조약재의 감별에 유용한 마커로 활용될 수 있을 것이다.

치과용 금합금에 대한 금속 프라이머 처리와 열순환 처리가 교정용 브라켓의 전단결합강도에 미치는 영향 (Effect of metal primer and thermocycling on shear bonding strength between the orthodontic bracket and gold alloy)

  • 이영기;차정열;유형석;황충주
    • 대한치과교정학회지
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    • 제39권5호
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    • pp.320-329
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    • 2009
  • 치과용 금합금에 교정용 브라켓 접착 시 금속 프라이머와 열순환 처리가 전단결합강도에 미치는 영향을 알아보기 위하여 80개의 치과용 금합금 시편을 샌드블라스팅만 처리한 군과 3종류의 금속 프라이머(Alloy Primer, Metaltite, V-Primer)처리를 시행한 군으로 분류하고, 이를 열순환 처리 시행 여부에 따라 모두 8개 군으로 분류하였다. 만능물성 시험기를 사용하여 브라켓의 전단결합강도를 측정하고, modified ARI (Adhesive Remnant Index) scores를 통해 브라켓 접착면의 파절 양상을 평가하였다. 열순환 처리 미시행 시에는 금속 프라이머의 적용 시 샌드블라스팅만 단독으로 처리한 경우에 비하여 통계적으로 유의성 있는 전단결합강도의 증가가 있었다 (p < 0.05). 열순환 처리를 시행한 군에는 금속 프라이머의 처리에 의한 전단결합강도의 변화는 유의한 차이가 없었다 (p > 0.05). 금속 프라이머를 적용한 경우 열순환 처리 미시행 시에는 파절 양상이 브라켓과 접착제 계면에서의 파절 발생 빈도가 높았으나, 열순환 처리 시행 시에는 각 군 간 파절 양상에 유의한 차이가 없었다. 이상의 결과로 금속 프라이머의 적용이 치과용 금합금에 대한 교정용 브라켓 접착 시 초기 접착 강도에서는 유의성 있는 결합력의 증가를 보이나, 열순환 처리 시행 후에는 결합 강도에서는 유의한 차이가 없는 것으로 나타나 금속 프라이머에 의한 결합력 증가가 감소하는 것으로 생각한다.

Multiplex PCR 분석을 통한 건강한 20대 여성의 질 내에 서식하는 Lactobacillus 속 유산균의 신속한 검출 (Rapid Detection of Lactobacillus Genus Inhabiting in Vagina of 20's Healthy Women Using Multiplex PCR)

  • 오초롱;조홍범
    • 미생물학회지
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    • 제48권4호
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    • pp.309-313
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    • 2012
  • 본 연구는 multiplex PCR 방법을 적용하여 질 내부에 서식하는 유산균을 동시에 그리고 신속하게 검출하는 방법을 개발하는 것을 목적으로 수행되었다. 세균의 감염에 의한 질염 증상이 없는 건강한 20대 여성 166명으로부터 질 분비물을 채취하였다. 건강한 여성의 질 내부에 서식하는 것으로 확인된 Lactobacillus 속에 속하는 6종의 유산균을 종 특이 multiplex PCR primer를 제작하기 위해 선정하였다. Multiplex primer I은 L. iners, L. crispatus, L. gasseri를 선택적으로 검출하기 위해 특성화하였고 multiplex primer II는 L. acidophilus, L. jensenii, L. fermentum를 선택적으로 검출하기 위해 특성화하였다. Multiplex PCR 기술을 이용하여 분석한 결과 L. crispatus (77%)가 가장 높은 빈도로 검출되었고 L. acidophilus (57%)과 L. jensenii (57%)는 상대적으로 높은 빈도로 검출되었다. L. iners (59%)는 L. acidophilus (57%)와 L. jensenii (57%) 보다 높은 빈도로 검출되었지만 항생제 치료 과정 후 또는 세균성 질염의 경우에도 발견되는 균종으로 건강한 여성에게서 주로 서식하는 종이라고 결론 내리기는 어렵다. 결론적으로, 특정 유산균의 특이적인 primer를 이용한 multiplex PCR 기술은 질의 건강상태의 변화 또는 질의 질병으로부터 회복 과정을 예측할 수 있는 도구로서 유용할 것으로 생각된다.

SELF-ETCHING PRIMER와 레진계 근관 SEALER 사용시 근관벽의 형태와 치근단 근관밀폐에 대한 실험적 연구 (IN VITRO STUDY ON APICAL SEAL AND SEM MORPHOLOGY IN CANALS FILLED WITH RESIN-BASED ROOT CANAL SEALER AND SELF-ETCHING PRIMER)

  • 강삼희;박동성;유현미;오태석
    • Restorative Dentistry and Endodontics
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    • 제25권4호
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    • pp.543-549
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    • 2000
  • Gutta-percha와 근관sealer를 사용한 근관 충전은 가장 많이 이용되고 성공률이 높은 방법이지만, 현재 사용되는 모든 근관sealer는 미세누출을 나타낸다. 따라서 더 효과적인 근관 폐쇄를 이루기 위한 재료 및 방법들이 연구되어왔다. 이중 상아질 접착제는 근관 충전재와 함께 사용되어 미세누출을 감소시키지만, 근관 내에 사용하기에 술식이 복잡하고 기술이 요구된다. 본 연구의 목적은 gutta-percha와 레진계 근관 sealer로 충전한 근관에서 self-etching primer를 미리 도포한 경우와 도포하지 않은 경우의 치근단 미세누출을 비교하고, self-etching primer를 도포함에 있어 근관 내에 적용하는 방법에 따른 미세누출을 비교하는 것이다. 또한 근관sealer와 상아질 계면을 주사전자현미경으로 관찰하여, 이 결과를 미세누출과 관련시켜보고자 하였다. 36개의 발거된 사람의 단근치에서 치관부를 절단, 제거하고 ProFile로 근관 형성한 후, 무작위로 선택하여 4개의 군으로 분류하였다. 1군에서는 주사기와 30게이지 주사 바늘로 self-etching primer를 근관 내에 적용하였고, 2군에서는 self-etching primer를 paper point에 적셔 근관 내에 적용하였다. 3군에서는 self-etching primer를 적용하지 않았다. 1, 2, 3군의 치아를 gutta-percha와 AH26 sealer를 사용하여 continuous wave 충전법으로 충전한 후 치근단공 주위 3mm를 제외한 치근변에 nail polish를 2회 도포하였고, 4군(음성 대조군)은 치근면 전체에 도포하였다. 1군과 2군에서 각각 2개의 치아는 주사전자현미경적 관찰을 위해 준비하였다. 모든 치아를 Methylene Blue 수용액에 48시간동안 침적, 수세한 후 치아 장축에 평행하게 양분하여 10배의 실물확대현미경 하에서 치근단 색소 침투를 관찰하였다. Self-etching primer를 도포한 군과 도포하지 않은 군 사이에는 평균 미세누출량에 유의한 차이가 없었다. 주사 바늘로 적용한 군과 paper point로 적용한 군 사이에도 평균 미세누출량에 유의한 차이가 없었다. 상아질과 근관 sealer계면의 주사전자현미경 관찰 결과 일부분에서 긴밀한 접착 관계를 나타내었고, 다른 부분에서는 간극을 나타내었다.

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실란계 프라이머를 활용한 바닥 마감재 부착성능 평가 (Evaluation of Adhesive Performance of Surface Finishing Material with Primer Based on Silane)

  • 정권영;윤다애;장석준;길배수;윤현도
    • 한국구조물진단유지관리공학회 논문집
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    • 제21권4호
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    • pp.39-46
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    • 2017
  • 본 연구에서는 프라이머 도포 여 부 및 압축강도수준 그리고 바닥 마감재 시공재령에 따른 주차장용 바닥 마감재 부착성능을 평가하였다. 또한 현행 KS 기준에서는 바닥 마감재 부착성능을 모르타르 공시체를 활용하여 평가하도록 제안하고 있지만, 실제 현장에서 바닥 마감재는 콘크리트 상부면에 시공되기 때문에 바탕면 변화에 따른 부착성능을 추가변수로 계획하여 평가를 진행하였다. 모르타르는 현행기준에서 제안하고 있는 배합표에 준하여 제작하였으며, 콘크리트 설계기준강도는 18, 30, 50 MPa로 계획하였다. 프라이머는 모르타르 및 콘크리트 재령 28일 변수에 따라 바닥 마감재와 함께 도포되었으며, KS 기준에 준하여 바닥 마감재 재령 일에 따라 부착성능을 평가하였다. 변수에 따른 부착성능 평가결과 바닥 마감재 재령이 경과함에 따라 바닥 마감재 부착성능은 향상되는 것으로 나타났으며, 압축강도가 높아짐에 따라 바닥 마감재 부착성능 또한 향상되는 것으로 나타났다. 이는 파괴양상을 고려하였을 때 콘크리트 쪼갬 인장강도의 영향을 받은 것으로 판단된다. 프라이머 도포에 따른 부착성능은 유사한 것으로 나타났으며, 프라이머의 사용은 부착강도에 문제없이 콘크리트 표면의 내구성을 향상시킬 수 있을 것으로 판단된다. 또한 콘크리트 및 모르타르 바탕면의 부착강도 특성을 비교한 결과 바닥재의 부착강도는 구성재료 보다 압축강도에 큰 영향을 받는 것으로 나타났다. 따라서 현행 KS 기준의 모르타르 바탕면 실험체의 부착강도를 근거로 실제현장의 부착강도를 예측할 수 있을 것으로 판단된다.

환경유전자의 국내 담수어류 모니터링 적용 연구 (Application of Environmental DNA for Monitoring of Freshwater Fish in Korea)

  • 김정희;조현빈;장민호;우승현;조영호;윤주덕
    • 생태와환경
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    • 제53권1호
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    • pp.63-72
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    • 2020
  • 본 연구에서는 멸종위기종이 서식하는 4개 하천(금강, 지천, 황지천, 섬진강)에서 환경유전자(environmental DNA, eDNA)와 보편적 어구를 이용한 조사 방법을 적용하여 지점별 종 다양성을 확인하고, 이를 통해 eDNA의 활용을 고찰하였다. eDNA 조사를 통해서 확인된 종 수는 지점 평균(±표준편차) 19종(±4.4)이며, 이는 어구를 이용한 정량 조사의 10종(±4.8)과 비교하여 높게 나타났다. 대부분의 지점에서 eDNA 조사가 어구를 이용한 조사보다 효율이 높게 나타났다. 반면 eDNA 조사 결과 고유종 및 근연종에 대해서 동정의 오류가 확인되어, universal primer (MiFish primer set)에 대한 국내 적용의 한계를 확인하였다. 또한 멸종위기종의 서식 여부도 일부 종에 대해서 eDNA 조사 결과가 현장 조사 및 문헌과의 차이를 보였다. 현재 개발된 universal primer는 국내에서 서식하는 모든 담수종의 서식을 확인하는 데 있어서 결과의 신뢰성을 담보할 수 없기 때문에 universal primer의 보완 및 개발이 필요하며, 멸종위기종과 같은 특정종의 서식 확인을 위해서는 종특이적 마커 개발을 통한 적용이 고려되어야 한다. 마지막으로 eDNA의 현장 조사 방법에 대한 매뉴얼이 개발될 경우, 수생태계 조사에 대한 활용성이 증대될 수 있을 것이다.

품종 특이성을 이용한 제주마 판별 표지인자 재발 (Development of Sequence Characterized Amplified Regions (SCAR) Showing for Cheju Native Horse)

  • 조병욱
    • 생명과학회지
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    • 제15권3호
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    • pp.474-478
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    • 2005
  • 본 연구는 RAPD 기법을 이용한 종 특이 marker 개발 및 이 marker의 SCAR marker로의 개발을 목표로 수행되었다. Random primer 700개에 대하여 PCR 수행결과, 품종간, 개체간에 많은 다형성이 관찰되었으며 품종특이적인 양상을 나타내는 MG30, MG53의 primer는 각각 2.0kb, 2.3kb의 위치에서 제주말과 더러브렛종의 특이적인 RAPD 단편을 나타내었다. 이들 단편들 중 품종 특이적인 단편을 클로닝한 후 random primer가 포함된 부분의 염기서 열을 결정하였다. 10 bp의 RAPD random primer에 10bp의 염기를 추가하여 SCAR primer를 제작하였다. SCAR marker의 수행결과 RAPD marker와 같은 2.3kb, 2.0kb의 크기에서 제주마와 더러브렛종에 특이적인 하나의 밴드가 증폭되었다. 따라서 이 Cnh-SCAR marker는 보다 안정적이고 재현성 있는 marker로서 사용이 가능하여 제주말의 판별에 유용하게 사용될 수 있을 것이다.