• Title/Summary/Keyword: population biology

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잔디-애기자운군집(신칭): 애기자운 최남단 분포 개체군의 군락분류와 군락지리 (A New Association of Gueldenstaedtio-Zoysietum japonicae: A Syntaxonomical and Syngeographical Description of the Southernmost Population of Gueldenstaedtia verna in South Korea)

  • 이정아;김종원
    • Weed & Turfgrass Science
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    • 제6권1호
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    • pp.40-54
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    • 2017
  • 전통 장례 문화의 봉분 무덤은 적절한 관리에서 지속되는 잔디(Zoysia japonica) 뗏장을 바탕으로 하는 독특한 서식처이다. 본 연구는 지리적으로 최남단 분포의 애기자운이 출현하는 잔디 우점 이차초원식생에 대한 군락분류학적 기재이다. 현지 식생조사와 식생조사표 모둠화를 통한 단위식생의 추출은 Z.-M.학파의 식물사회 분류법을 따랐다. 유형화된 단위식생은 생태식물상 형질 분석과 선행 기재 단위식생과의 종조성적 비교가 성취되었다. 잔디-애기자운군집(신칭)이 처음으로 기재되었고, 김의털아군집, 전형아군집, 토끼풀아군집의 하위단위를 포함한다. 이들 아군집은 접근성과 관리양식에 대응한 종조성의 차이에서 구분되었다. 본 군집은 <지역생물기후구-대구형> 속에서 강한 대륙성 환경조건을 갖춘 미세 서식처에서만 분포하는 지역(regional) 식생형이면서 국지(local) 식생형으로 규정되었다. 잔디-애기자운군집은 대륙형 이차초원식생 가운데 한국인의 봉분 문화에 잇닿은 '뗏장초원식생'이고, 해양형의 잔디군단(억새군강, 양지사초군목)과 전혀 다른 식생형인 것으로 밝혀졌다. 잔디 우점의 이차초원식생일지라도 초지의 식물종다양성과 잔디-애기자운군집의 현지내 보존을 위하여 봉분을 포함한 뗏장에 대한 서식처로서의 이해와 적절한 생태적 관리가 요구되었다.

Human $CD103^+$ dendritic cells promote the differentiation of Porphyromonas gingivalis heat shock protein peptide-specific regulatory T cells

  • Kim, Myung-Jin;Jeong, Eui-Kyong;Kwon, Eun-Young;Joo, Ji-Young;Lee, Ju-Youn;Choi, Jeomil
    • Journal of Periodontal and Implant Science
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    • 제44권5호
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    • pp.235-241
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    • 2014
  • Purpose: Regulatory T cells (Tregs), expressing CD4 and CD25 as well as Foxp3, are known to play a pivotal role in immunoregulatory function in autoimmune diseases, cancers, and graft rejection. Dendritic cells (DCs) are considered the major antigen-presenting cells (APCs) for initiating these T-cell immune responses, of which $CD103^+$ DCs are derived from precursor human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs). The aim of the present study was to evaluate the capacity of these PBMC-derived $CD103^+$ DCs to promote the differentiation of antigen-specific Tregs. Methods: Monocyte-derived DCs were induced from $CD14^+$ monocytes from the PBMCs of 10 healthy subjects. Once the $CD103^+$ DCs were purified, the cell population was enriched by adding retinoic acid (RA). Peptide numbers 14 and 19 of Porphyromonas gingivalis heat shock protein 60 (HSP60) were synthesized to pulse $CD103^+$ DCs as a tool for presenting the peptide antigens to stimulate $CD3^+$ T cells that were isolated from human PBMC. Exogenous interleukin 2 was added as a coculture supplement. The antigen-specific T-cell lines established were phenotypically identified for their expression of CD4, CD25, or Foxp3. Results: When PBMCs were used as APCs, they demonstrated only a marginal capacity to stimulate peptide-specific Tregs, whereas $CD103^+$ DCs showed a potent antigen presenting capability to promote the peptide-specific Tregs, especially for peptide 14. RA enhanced the conversion of $CD103^+$ DCs, which paralleled the antigen-specific Treg-stimulating effect, though the differences failed to reach statistical significance. Conclusions: We demonstrated that $CD103^+$ DCs can promote antigen-specific Tregs from naive T cells, when used as APCs for an epitope peptide from P. gingivalis HSP60. RA was an effective reagent that induces mature DCs with the typical phenotypic expression of CD103 that demonstrated the functional capability to promote antigen-specific Tregs.

Modification of the TNM Staging System for Stage II/III Gastric Cancer Based on a Prognostic Single Patient Classifier Algorithm

  • Choi, Yoon Young;Jang, Eunji;Seo, Won Jun;Son, Taeil;Kim, Hyoung-Il;Kim, Hyeseon;Hyung, Woo Jin;Huh, Yong-Min;Noh, Sung Hoon;Cheong, Jae-Ho
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제18권2호
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    • pp.142-151
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    • 2018
  • Purpose: The modification of the cancer classification system aimed to improve the classical anatomy-based tumor, node, metastasis (TNM) staging by considering tumor biology, which is associated with patient prognosis, because such information provides additional precision and flexibility. Materials and Methods: We previously developed an mRNA expression-based single patient classifier (SPC) algorithm that could predict the prognosis of patients with stage II/III gastric cancer. We also validated its utilization in clinical settings. The prognostic single patient classifier (pSPC) differentiates based on 3 prognostic groups (low-, intermediate-, and high-risk), and these groups were considered as independent prognostic factors along with TNM stages. We evaluated whether the modified TNM staging system based on the pSPC has a better prognostic performance than the TNM 8th edition staging system. The data of 652 patients who underwent gastrectomy with curative intent for gastric cancer between 2000 and 2004 were evaluated. Furthermore, 2 other cohorts (n=307 and 625) from a previous study were assessed. Thus, 1,584 patients were included in the analysis. To modify the TNM staging system, one-grade down-staging was applied to low-risk patients according to the pSPC in the TNM 8th edition staging system; for intermediate- and high-risk groups, the modified TNM and TNM 8th edition staging systems were identical. Results: Among the 1,584 patients, 187 (11.8%), 664 (41.9%), and 733 (46.3%) were classified into the low-, intermediate-, and high-risk groups, respectively, according to the pSPC. pSPC prognoses and survival curves of the overall population were well stratified, and the TNM stage-adjusted hazard ratios of the intermediate- and high-risk groups were 1.96 (95% confidence interval [CI], 1.41-2.72; P<0.001) and 2.54 (95% CI, 1.84-3.50; P<0.001), respectively. Using Harrell's C-index, the prognostic performance of the modified TNM system was evaluated, and the results showed that its prognostic performance was better than that of the TNM 8th edition staging system in terms of overall survival (0.635 vs. 0.620, P<0.001). Conclusions: The pSPC-modified TNM staging is an alternative staging system for stage II/III gastric cancer.

Identification of QTLs for Some Agronomic Traits in Rice Using an Introgression Line from Oryza minuta

  • Rahman, Md Lutfor;Chu, Sang Ho;Choi, Min-Sun;Qiao, Yong Li;Jiang, Wenzhu;Piao, Rihua;Khanam, Sakina;Cho, Young-Il;Jeung, Ji-Ung;Jena, Kshirod K.;Koh, Hee-Jong
    • Molecules and Cells
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    • 제24권1호
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    • pp.16-26
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    • 2007
  • Wild progenitor species provide potential gene sources for complex traits such as yield and multiple resistances to biotic and abiotic stresses, and thus are expected to contribute to sustainable food supplies. An introgression line 'IR71033-121-15' was derived from a wild species Oryza minuta (2n = 48, BBCC, Acc No. 101141) at IRRI. Introgression analysis using 530 SSR and STS markers revealed that at least 14 chromosomal segments distributed over 12 chromosomes had been introgressed from O. minuta. An $F_{2:3}$ population from the cross between IR71033 and Junambyeo (a Korean japonica cultivar) consisting of 146 lines was used for quantitative trait loci (QTL) analysis of 16 agronomic traits. A total of 36 single-locus QTLs (S-QTLs) and 45 digenic epistasis (E-QTLs) were identified. In spite of it's inferiority of O. minuta for most of the traits studied, its alleles contributed positively to 57% of the QTLs. The other QTLs originated from either parent, IR71033 or Junambyeo. QTLs for phenotypically correlated traits were mostly detected on introgressed segments. Fourteen QTLs corresponded to QTLs reported earlier, indicating that these QTLs are stable across genetic backgrounds. Twenty-two QTLs controlling yield and its components had not been detected in previous QTL studies. Of these, thirteen consisted of potentially novel alleles from O. minuta. QTLs from O. minuta introgression could be new sources of natural variation for the genetic improvement of rice.

Quantitative Trait Loci Associated with Functional Stay-Green SNU-SG1 in Rice

  • Yoo, Soo-Cheul;Cho, Sung-Hwan;Zhang, Haitao;Paik, Hyo-Chung;Lee, Chung-Hee;Li, Jinjie;Yoo, Jeong-Hoon;Lee, Byun-Woo;Koh, Hee-Jong;Seo, Hak Soo;Paek, Nam-Chon
    • Molecules and Cells
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    • 제24권1호
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    • pp.83-94
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    • 2007
  • During monocarpic senescence in higher plants, functional stay-green delays leaf yellowing, maintaining photosynthetic competence, whereas nonfunctional stay-green retains leaf greenness without sustaining photosynthetic activity. Thus, functional stay-green is considered a beneficial trait that can increase grain yield in cereal crops. A stay-green japonica rice 'SNU-SG1' had a good seed-setting rate and grain yield, indicating the presence of a functional stay-green genotype. SNU-SG1 was crossed with two regular cultivars to determine the inheritance mode and identify major QTLs conferring stay-green in SNU-SG1. For QTL analysis, linkage maps with 100 and 116 DNA marker loci were constructed using selective genotyping with $F_2$ and RIL (recombinant inbred line) populations, respectively. Molecular marker-based QTL analyses with both populations revealed that the functional stay-green phenotype of SNU-SG1 is regulated by several major QTLs accounting for a large portion of the genetic variation. Three main-effect QTLs located on chromosomes 7 and 9 were detected in both populations and a number of epistatic-effect QTLs were also found. The amount of variation explained by several digenic interactions was larger than that explained by main-effect QTLs. Two main-effect QTLs on chromosome 9 can be considered the target loci that most influence the functional stay-green in SNU-SG1. The functional stay-green QTLs may help develop low-input high-yielding rice cultivars by QTL-marker-assisted breeding with SNU-SG1.

Fusarium oxysporum f. sp. lactucae에 의한 상추 시들음병 발생 및 품종간 감수성 비교 (Occurrence of Fusarium Wilt Caused by Fusarium oxysporum f. sp. lactucae and Cultivar Susceptibility on Lettuce)

  • 김진영;홍순성;이진구;이현주;임재욱;김진원;김홍기
    • 식물병연구
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    • 제14권2호
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    • pp.79-84
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    • 2008
  • 경기도내 주요 상추 시설재배지에서의 Fusarium 시들음병 발생을 2006년과 2007년에 걸쳐 조사한 결과 3월부터 11월까지 발생하였으며, 특히 여름철에 발병주율이 크게 증가하였다. 발병된 상추는 잎이 황화되고 포기 전체가 위축되는 증상을 보였고, 줄기 부위에 뚜렷한 도관부 갈변 증상이 관찰되었다. 시들음증상을 나타내는 상추 줄기에서 Fusarium균을 분리하였고, 균학적 특징을 분석했을 때 Fusarium oxysporum f. sp. lactucae로 동정되었다. 분리된 F. oxysporum을 토양에 접종한 결과 뿌리를 통해 쉽게 균사가 침입하였고, 점차 도관부를 통해 전체 줄기로 진전되었으며, 뿌리 주변에서 후막포자를 형성하였다. 병 발생이 높은 하우스의 토양 내 Fusarium균의 밀도는 건전 또는 병 발생이 낮은 토양보다 밀도가 높고, 병 발생을 일으키는 최소 병원균 밀도는 $10^3$cfu/g 이상으로 추정하였다. 병원균에 대하여 '선풍'과 '미풍포찹' 품종이 가장 감수성이었고, '미홍적축면'과 '진자축면'이 중도저항성 이었으며, 발병은 $25^{\circ}C$ 이상의 온도에서 더 빨리 진전되었다.

경안천에서 하수처리수와 생하수에 대한 algal bioassay (Algal Bioassay for the Treated and Raw Wastewater in the Kyongan Stream)

  • 이옥희;황순진;조경제;신재기
    • 생태와환경
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    • 제34권3호통권95호
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    • pp.192-198
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    • 2001
  • 경안천과 팔당호 유입부는 하수처리장 배출수와 미처리된 생하수의 영향이 큰 곳이다. 자연조류 개체군을 이용한 희석법(bioassay)으로 배출농도 및 수질의 fertility를 평가하였다. $NH_4$, SRP 및 SRSi의 농도와 조류 생물량은 정상관 관계로서 특히 P에 대한 상관성에 대해 유의포가 높았다(r=0.959, p<0.001).배양 초기 농도에 비해 하수처리장과 생하수의 $NH_4$는 96%, 7%, SRP는 78%, 66% 및 SRSi는 97%, 60% 감소하였으나 NO3는 변화가 없거나 오히려 증가한 경향을 보였고, chl-a범위는 $20{\sim}125\;{\mu}g/l$로서 최대 89배 증가하였다. Chl-a와SRP의 관계로부터 조류 생물량을 중영양 기준(<25\;{mu}g$\;chl-a/l$) 이하로 유지할 경우 배출 P농도는 $83\;{mu}g\; P/l$에 해당하였다. 또한 이 기준을 고려하여 하천 유량의 희석에 의존할 경우 현재 유량보다 $16{\sim}25$배의 수량이 요구되었다. 수량 확보는 현실적으로 매우 어렵기 때문에 조류 생장을 촉진하는 $NH_4$, SRP의 저감을 위한 고도하수처리는 필수적이다.

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광양만산 바지락(Ruditapes philippinarum: Bivalvia)의 개체군 생물학. I. 성장과 서식환경 (Population of Biology of Short-necked clam (Ruditapes philippinarum: Bivalvia) in Kwangyang Bay, Southern Coast of Korea. I. Growth and Benthic Environments)

  • 신현출;신상호
    • 한국패류학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.21-30
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    • 1999
  • 본 연구는 1994년 6월부터 1995년 7월까지 광양만의 조화조간대와 덕산조간대에 서식하는 바지락(Ruditapes philippinarum: Bivalvia)의 성장 양상을 알아보기 위하여 수행되었다. 조화조간대의 평균입도, 표층퇴적물내 유기물 함량, 저서미세조류의 엽록소-a 량은 각각 2.50-4.46 , 4.99-5.11%, 14.53-19.90 $\mu\textrm{g}$ $cm^{-3}$이었으며, 덕산조간대는 각각 0.83-1.66 , 2.22-2.34%, 6.20-6.90 $\mu\textrm{g}$ $cm^{-3}$이었다. 바지락의 각장은 봄-여름에 급격히 증가하였고, 가을로 가면서 서서히 둔화되다가, 겨울에 멈추었다. 반면에 육질부 중량은 봄과 가을에 증가하고, 여름과 겨울에 감소하였다. 상태지수 역시 육질부 중량과 동일한 경향을 보였다. 4개 연령군의 각장의 연성장은 von Bertalanffy 성장모델에 잘 적용되었고, 중량은 Gompertz 성장모델에 잘 적용되었다. 초기 각장 성장률 w, 최대 각장 성장률 AGR$_{max}$는 조화조간대가 덕산조간대보다 높았으며, 동일 조간대내에서는 하부조간대가 상부조간대보다 성장률이 높았다. 즉 개체군 서식밀도가 높은 조화조간대에서 이용가능한 잠재적 먹이량, 서식공간에 대한 경쟁이 심하여 개체 성장률이 낮았다.

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청계천 복원 후 어류상 변화와 참갈겨니 Zacco koreanus의 개체군 특성 (The Fish Fauna Changes and Characteristics Populations of Zacco koreanus in Cheonggye Stream after the Rehabilitation, Korea)

  • 변화근
    • 한국환경생태학회지
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    • 제27권6호
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    • pp.695-703
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    • 2013
  • 2011년 4월부터 2012년 5월까지 복원된 청계천 수역에서 어류상과 참갈겨니(Zacco koreanus) 개체군을 조사하였다. 출현한 어종은 총 3과 24종이었고 고유종은 각시붕어(Rhodeus uyekii), 줄납자루(Acheilognathus yamatsutae), 가시납지리(Acheilognathus gracilis), 몰개(Squalidus japonicus coreanus), 참갈겨니(Zacco koreanus) 등 이었다. 각 조사지점에서 우점종은 피라미(Zacco platypus, St. 1, 3, 4)와 참갈겨니(St. 2) 이었다. 2008년 이전 조사와 비교 시 본 조사에서 새로 출현한 어종은 각시붕어, 가시납리리, 참마자(Hemibarbus longirostris), 줄몰개(Gnathopogon strigatus), 몰개, 모래무지(Pseudogobio esocinus), 강준치(Erythroculter erythropterus), 민물검정망둑(Tridentiger brevispinis) 등 이었다. 인위적인 방류로 도입된 종은 비단잉어(Cyprinus carpio), 중국붕어(Carassius auratus,), 금붕어(Carassius auratus), 갈겨니(Zacco temmincki), 참갈겨니, 미꾸라지(Misgurnus mizolepis) 등으로 추정된다. 참갈겨니 전장과 체중의 관계식 회귀계수 값은 $3.58(BW=0.000007T{_L}^{3.58})$이었고 비만도 (K)는 평균 0.82이었다. 전장이 20~80mm는 만 1년생, 90~120mm는 만 2년생, 130mm 이상은 만 3년생 이상으로 추정되었다. 참갈겨니는 청계천에서 도입된 이후 안정적으로 산란이 이루어지고 있는 것으로 추정되었다.

충남지역 논 잡초 발생분포조사 (A Survey of Weeds Occurrence on Paddy Fields in Chungnam Province in Korea)

  • 황기선;원옥재;박수혁;엄민용;한성민;서수정;이인용;이증주;박기웅
    • Weed & Turfgrass Science
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    • 제2권4호
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    • pp.341-347
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    • 2013
  • 본 조사는 2013년에 충남지역 17개 시 군의 524지점에서 논 잡초 발생현황을 파악하기 위하여 수행되었다. 충남 전 지역 논 잡초 조사결과, 23초종이 조사되었다. 그 중 일년생 잡초가 19종, 다년생 잡초가 4종으로 나타났다. 물피의 발생비율이 25.25%로 가장 우점하였고, 물달개비 11.87%, 올방개 9.27%, 사마귀풀 8.47% 순으로 나타났다. Braun-Branquet에 의한 우점도 평가에 의하면 조사대상지의 95.2%가 우점도 1(개체수는 많지만 피도가 10%이하로 출현)이하로 적절한 잡초방제가 이루어진 것으로 조사되었다. 이번 연구결과를 이용하여 앞으로 충남지역 논 잡초의 발생양상을 예측하며 잡초군락의 변화를 파악함으로써 체계적인 논 잡초 관리방안을 마련할 수 있을 것으로 판단된다.