• 원예과학기술지
• /
• 제35권1호
• /
• pp.98-107
• /
• 2017

국내외에서 육성된 배 품종 및 유전자원에 대한 DNA 프로파일 데이터 베이스를 구축하여 유전적 연관성을 조사하고자 수행하였다. 배 동양 및 서양배 8품종을 387개의 microsatellite 마커를 이용하여 대립유전자의 패턴이 우수하면서 다형성 정도가 높은 11개를 선발하였다. 이들 마커와 배 품종 및 유전자원 72점에 대해 분석한 결과, 133개의 대립유전자가 검출되었으며, 분자 마커에 따라 4 ‚ 22개까지 다양한 대립유전자의 분포 양상을 나타냈다. PIC 값은 0.557 - 0.879 사이에 분포하였으며 평균 0.743으로 높게 나타났다. Microsatellite 마커에 의해 나타난 대립유전자를 근거로 계통도를 작성하였을 때 72품종 및 유전자원의 유전적 유사도는 0.02 ‚ 1.00까지 넓은 범위에 속하였고, 배나무의 식물분류학적 특성 및 품종 육성 계보에 따라 4개 대그룹으로 크게 나누어졌다. 대부분의 품종이 11개의 microsatellite 마커의 유전자형에 따라 식별이 가능하였다. 본 연구에서 microsatellite 마커에 기반한 배 품종 및 유전자원의 데이터베이스는 품종보호 출원품종의 구별성, 균일성, 안정성을 재확인하는데 매우 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• 생명과학회지
• /
• 제15권3호
• /
• pp.474-478
• /
• 2005

본 연구는 RAPD 기법을 이용한 종 특이 marker 개발 및 이 marker의 SCAR marker로의 개발을 목표로 수행되었다. Random primer 700개에 대하여 PCR 수행결과, 품종간, 개체간에 많은 다형성이 관찰되었으며 품종특이적인 양상을 나타내는 MG30, MG53의 primer는 각각 2.0kb, 2.3kb의 위치에서 제주말과 더러브렛종의 특이적인 RAPD 단편을 나타내었다. 이들 단편들 중 품종 특이적인 단편을 클로닝한 후 random primer가 포함된 부분의 염기서 열을 결정하였다. 10 bp의 RAPD random primer에 10bp의 염기를 추가하여 SCAR primer를 제작하였다. SCAR marker의 수행결과 RAPD marker와 같은 2.3kb, 2.0kb의 크기에서 제주마와 더러브렛종에 특이적인 하나의 밴드가 증폭되었다. 따라서 이 Cnh-SCAR marker는 보다 안정적이고 재현성 있는 marker로서 사용이 가능하여 제주말의 판별에 유용하게 사용될 수 있을 것이다.

• Reproductive and Developmental Biology
• /
• 제29권4호
• /
• pp.213-221
• /
• 2005

We used nine decamer primers to generate DNA fragment sizes ranging from 100 bp to 1,600 bp from two bullhead (Pseudobagrus fulvidraco) populations of Dangjin in Korea. 376 fragments were identified in the cultured bullhead population, and 454 in the population of wild bullhead from Dangjin: 287 specific fragments $(76.3\%)$ in the cultured bullhead population and 207 $(45.6\%)$ in the wild bullhead population. On average, a decamer primer was used to generate 34.2 amplified products in a cultured bullhead. A RAPD primer was used to generate an average of 3.1 amplified bands per sample, ranging between 2.5 and 6.0 fragments in this population. Nine primers also generated 24 polymorphic fragments (24/376 fragment, $6.4\%$) in the cultured bullhead population, and 24 (24/454 fragments, $5.2\%$) in the wild bullhead population. The OPA-16 primer, notably, produced which 11 out of 11 bands $(100\%)$ were monomorphic in the wild bullhead population. 110 intra-population-specific fragments, with an average of 12.2 per primer, were observed in the cultured bullhead population. 99 fragments, with an average of 11.0 per primer, were identified in the wild bullhead. Especially, 55 inter-population-common fragments, with an average of 6.1 per primer, were observed in the two bullhead populations. The bandsharing value (BS value) of individuals within the wild bullhead population was substantially higher than was determined in the cultured bullhead population. The average bandsharing value was $0.596\pm0.010$ within the cultured bullhead population,. and $0.657\pm0.010$ within the wild bullhead population. The dendrogram obtained with the nine primers indicates two genetic clusters, designated cluster $1\;(CULTURED\;01\~CULTURED\;11)$, and cluster $2\;(WILD\;12\~WILD\;22)$. Ultimately, the longest genetic distance displaying significant molecular differences was determined to exist between individuals in the two bullhead populations, namely between individuals WILD no. 19 of the wild bullhead population and CULTURED no. 03 of the cultured bullhead population (genetic distance = 0.714). RAPD-PCR allowed us to detect the existence of population discrimination and genetic variation in Korean population of bullhead. This finding indicates that this method constitutes a suitable tool for DNA comparison, both within and between individuals, populations, species, and genera.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제46권6호
• /
• pp.937-946
• /
• 2004

Duroc 품종은 돼지 사육에 있어 산육성과 육질 향상을 위해 이용되고 있다. 본 연구는 육종에 많이 이용되는 Duroc 품종의 모계 특이적인 서열의 검색과 계통유전학적 유연관계의 정립을 위하여 미토콘드리아 유전체의 전체 염기서열을 결정하고 집단 내 다형성을 조사하였다. mtDNA 전체 서열의 길이는 16,584-bp 이고, D-loop과 tRNA, rRNA 유전자 영역에서는 삽입/결실이 확인되었다. 4개의 coding gene (COⅡ, COⅢ, ND3, ND4)에서 불완전한 종결코돈을, ND4L과 ND2 유전자는 선택적 개시코돈 양상을 보였다. Duroc 집단에 대한 분석 결과 조절영역에서의 특이적인 11-bp 중복 단위가 일부 개체(15.2%)에서 발견되었고, ND2의 개시코돈과 CYTB 유전자에서도 다형현상을 보였다. 각각의 유전자 영역에서의 다형성은 서로 연관되어 있었고, 그 결과 Duroc 집단은 크게 두 가지 haplotype으로 구분되었다. 계통수에서 Duroc mtDNA 서열은 유럽계열 cluster에 위치하였으나, haplotype 분석과 기존에 연구결과들을 종합해 보면 Duroc 품종은 여러 모계선조 집단에서 기원한 것으로 보이며, 유럽과 아시아 계열 모두가 품종 형성에 이용된 것으로 사료된다된 것으로 사료된다.

• 한국식품과학회지
• /
• 제40권1호
• /
• pp.101-105
• /
• 2008

시판되고 있는 선식 원료를 수거하여 최근 새로운 식중독균으로 보고되고 있는 Enterobacter sakazakii 분리 실험을 실시하였다. 그 결과 총 23종의 선식 원료 중 8개의 선식 원료에서 E.sakazakii로 추정되는 콜로니를 분리할 수 있었으며 API 20E kit를 이용하여 1차적으로 동정한 결과, 다시마 분말, 멸치 분말, 현미 분말, 청국장 분말 및 멥쌀 분말에서 E. sakazakii를 분리할 수 있었다. 이후 3 종의 primer를 이용한 PCR을 실시하여 2차적으로 동정하였다. 또한, 분리된 균주에 대한 RAPD-PCR을 실시하여 최종적으로 8종의 분리균으로 molecular typing을 할 수 있었다.

• 한국농림기상학회지
• /
• 제3권2호
• /
• pp.114-120
• /
• 2001

대기오염 농도가 높은 종로, 잠실, 그리고 남산지역과 대조구로 태능지역의 가로수로 식재된 은행나무 (Ginkgo biloba L)를 대상으로 대기오염에 노출되었을 때의 생육상황을 조사한 결과는 다음과 같다. 1. 서울에서 생육하고 있는 가로수 은행나무의 대기오염에 의한 엽록소 함량은 태능 48.77, 남산 47.90, 종로 46.88, 그리고 잠실 40.92로 태능지역이 가장 높게 나타났다. 각 지역별 흉고직경은 남산 23.8 cm, 종로 23.4cm, 태능 23.3cm,잠실 21.6cm로 조사지역간 흉고직경의 차이는 잠실지역 이외에는 별로 없다. 2. 대조구인 태능지역 보다 조사된 남산과 종로지역의 은행나무 엽록소 함량이 낮았다. 3. 잠실지역의 낮은 흉고직경은 도심지 가로수의 생육상황이 대기오염물질보다는 다른 외부인자에 의해서 영향 받을 수 있음을 나타낸다. 4. 분석에 사용된 Got-2, Pgi-2, Pgm, Acon, Mnr, Mdh, Skdh,및 6Pgd의 8개 동위효소에서 정색반응이 확인되었으며, 8개의 유전자좌 중 Pgi-2와 Mdh가 대립유전자에선 Pgi-2와 Pgm에서 각각 통계적인 유의성(P＜0.01)이 인정되었다. 5. T(tolerant), S(sensitive) 두 group으로 나누어 분석된 동위효소분석은 유전자당 대립유전자수(A/L)는 T가 2.63, S가 2.5로 나타났다.

• 생명과학회지
• /
• 제16권6호
• /
• pp.1001-1005
• /
• 2006

SSR markers를 이용하여 벼의 품종간 유전적 유연관계 분석과 품종식별 방법에 대한 연구를 수행하여 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. SSR primer 50개와 벼 보급종 21품종을 PCR 반응시킨 결과 다형성을 뚜렷하게 나타내는 primer는 23개였으며, 각 marker에 의해 발생된 대립유전자의 수는 $2{\sim}9$까지 검출되었고, 평균값은 3.00개로 나타났다. 유전적 다형성 정도를 나타내어 주는 SSR marker의 PIC 값은 최소 0.091에서부터 최대 0.839까지 다양하게 분석되었다. SSR marker를 이용하여 분석된 벼 21품종에 대한 전체 유전적 유사도는 $0.59{\sim}0.92$의 범위에 속하였고 유사도 지수 0.65를 기준으로 할 때 4개의 그룹으로 구분되었다. SSR marker중에서 RM206, RM225, RM418, RM478은 marker genotype에 의해 21 품종에 대해 각각 고유한 밴드 특성을 나타내어 품종판별이 가능한 것으로 나타났다. 금후 이 연구결과는 벼 보급종의 품종식별을 위해 효과적으로 이용될 수 있는 것으로 나타났다.

• 한국산림과학회지
• /
• 제102권1호
• /
• pp.59-65
• /
• 2013

대추나무는 우리나라에서 중요한 과수이다. 이전의 대추나무의 분류는 형태적 특성에 근거하였다. 그러나 표현형적인 특성은 환경의 영향 받아 정확한 품종 식별에 문제가 있다. 반면에 DNA 표지자는 빠르고 정확하게 식물종을 식별할 수 있다. I-SSR은 DNA를 이용한 분자표지의 하나로 유전적 유연관계와 가까운 관계에 있는 품종들의 식별에 유용하다. 본 연구에서는 16개의 I-SSR primer를 이용하여 5종의 한국 대추나무 품종과 중국에서 도입된 1종의 대추나무 품종을 분석하였다. I-SSR 분석을 통하여 primer당 6.25개인 100개의 증폭산물을 얻었고, 그 중 45개의 증폭산물(45%)이 다형성을 나타냈다. Primer별로 증폭된 밴드의 수는 2개에서 13개였다. 다형성 유전자좌의 비율은 10%에서 100%였다. I-SSR 지문분석 결과 '보은대추'와 '대리대추'는 분자수준에서 품종 특이적인 식별 가능한 DNA 패턴들이 나타났다. 군집분석결과 유전적 유사도지수는 0.68~0.92로 나타났다. '보은대추'와 '대리대추'가 독립적인 그룹들로 유집되었으며, '월출대추', '금성대추', '무등대추' 그리고 '복조대추'가 한 그룹으로 합쳐졌다. 이상의 결과로, I-SSR 표지를 이용한 분석방법은 '복조대추'와 '보은대추' 품종의 식별에 활용될 수 있음이 확인되었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제31권8호
• /
• pp.1119-1126
• /
• 2018

Objective: Present investigation was aimed to study the Single Nucleotide Variants of the luteinizing hormone beta ($LH{\beta}$) gene and to analyze their association with the semen quality (fresh and post-thawed frozen semen) and luteinizing hormone (LH) concentrations in Murrah buffalo bulls. Methods: Polymerase chain reaction-single stranded conformational polymorphism (PCR-SSCP) and Sanger sequencing method is used to study genetic variability in $LH{\beta}$ gene. LH assay was carried out using enzyme-linked immunosorbent assay method. A fixed general linear model was used to analyze association of single nucleotide polymorphism (SNP) of $LH{\beta}$ gene with semen quality in 109 and LH concentrations in 80 Murrah bulls. Results: $LH{\beta}$ gene was found to be polymorphic. Total six SNPs were identified in $LH{\beta}$ gene g C356090A, g C356113T, g A356701G, g G355869A, g G356330C, and g G356606T. Single Stranded Conformational Polymorphism variants of pattern 2 of exon 1+pattern 2 of exon 2+pattern 1 of exon 3 had highly significant (p<0.01) effect on sperm concentration (million/mL), percent mass motility, acrosome integrity and membrane integrity in fresh and frozen semen whereas significant (p<0.05) effect was observed on percent live spermatozoa. SSCP variants of pattern 2 of exon 1+pattern 2 of exon 2+pattern 1 of exon 3 had highly significant (p<0.01) effect on luteinizing hormone concentrations too. Conclusion: The observed association between SSCP variants of $LH{\beta}$ gene with semen quality parameters and LH concentrations indicated the possibilities of using $LH{\beta}$ as a candidate gene for identification of markers for semen quality traits and LH concentrations in Murrah buffaloes.

• 한국균학회지
• /
• 제42권2호
• /
• pp.159-164
• /
• 2014

큰느타리 품종구분을 위한 마커의 개발을 위하여 큰느타리 전체 유전자 염기서열을 바탕으로 제작한 484개의 SSR마커를 사용하여 다형성 분석을 실시하였다. 그 결과 각 275개의 primer에서 다형성이 관찰되었다. 이 중 품종간에 다양한 패턴을 나타내는 5개의 마커를 최종 선발하였다. 이들 마커의 PIC 값은 0.6627에서 0.6848로 나타났고, 평균값은 0.6775였다. 이 결과를 밴드 이미지 인식 방법으로 dendrogram을 작성하였다. UPGMA 집괴분석 결과, 큰느타리 품종은 크게 Cluster 1과 Cluster 2로 구분되었다. SSR primer를 이용한 PCR 결과 나타나는 품종별 고유의 DNA 밴드를 품종특이적 마커로 개발하기 위하여, 선발된 마커중에서 SSR312과 SSR366, SSR178과 SSR 277 마커를 조합하여 초위성체 유래 다중 표지 세트를 개발하였다. Multiplex-SSR 마커의 사용을 통해 두번의 PCR 반응만으로 본 연구에서 사용된 12개의 큰느타리 품종을 구분할 수 있었다.