• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2007년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.120-122
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• 2007

All living organisms use numerous signal-transduction pathways to sense and respond to their environments and thereby survive and proliferate in a range of biological niches. Molecular dissection of these signalling networks has increased our understanding of these communication processes and provides a platform for therapeutic intervention when these pathways malfunction in disease states, including infection. Owing to the expanding availability of sequenced genomes, a wealth of genetic and molecular tools and the conservation of signalling networks, members of the fungal kingdom serve as excellent model systems for more complex, multicellular organisms. Here, we employed Cryptococcus neoformans as a model system to understand how fungal-signalling circuits operate at the molecular level to sense and respond to a plethora of environmental stresses, including osmoticshock, UV, high temperature, oxidative stress and toxic drugs/metabolites. The stress-activated p38/Hog1 MAPK pathway is structurally conserved in many organisms as diverse as yeast and mammals, but its regulation is uniquely specialized in a majority of clinical Cryptococcus neoformans serotype A and D strains to control differentiation and virulence factor regulation. C. neoformans Hog1 MAPK is controlled by Pbs2 MAPK kinase (MAPKK). The Pbs2-Hog1 MAPK cascade is controlled by the fungal "two-component" system that is composed of a response regulator, Ssk1, and multiple sensor kinases, including two-component.like (Tco) 1 and Tco2. Tco1 and Tco2 play shared and distinct roles in stress responses and drug sensitivity through the Hog1 MAPK system. Furthermore, each sensor kinase mediates unique cellular functions for virulence and morphological differentiation. We also identified and characterized the Ssk2 MAPKKK upstream of the MAPKK Pbs2 and the MAPK Hog1 in C. neoformans. The SSK2 gene was identified as a potential component responsible for differential Hog1 regulation between the serotype D sibling f1 strains B3501 and B3502 through comparative analysis of their meiotic map with the meiotic segregation of Hog1-dependent sensitivity to the fungicide fludioxonil. Ssk2 is the only polymorphic component in the Hog1 MAPK module, including two coding sequence changes between the SSK2 alleles in B3501 and B3502 strains. To further support this finding, the SSK2 allele exchange completely swapped Hog1-related phenotypes between B3501 and B3502 strains. In the serotype A strain H99, disruption of the SSK2 gene dramatically enhanced capsule biosynthesis and mating efficiency, similar to pbs2 and hog1 mutations. Furthermore, ssk2, pbs2, and hog1 mutants are all hypersensitive to a variety of stresses and completely resistant to fludioxonil. Taken together, these findings indicate that Ssk2 is the critical interface protein connecting the two-component system and the Pbs2-Hog1 pathway in C. neoformans.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권11호
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• pp.1971-1982
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• 2017

Piliated Lactobacillus rhamnosus (pLR) strains possess higher adherent capacity than non-piliated strains. The objective of this study was to isolate and characterize probiotic pLR strains in human fecal samples. To this end, mouse polyclonal antiserum (anti-SpaA) against the recombinant pilus protein (SpaA) of L. rhamnosus strain GG (LGG) was prepared and tested for its reactivity and specificity. With the anti-SpaA, a method combining the de Man, Rogosa, and Sharpe (MRS) agar plating separation and colony immunoblotting (CIB) was developed to isolate pLR from 124 human fecal samples. The genetic and phenotypic characteristics of the resultant pLR isolates were compared by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting, and examination of adhesion to Caco-2 cells, hydrophobicity, autoaggregation, and in vitro gastrointestinal tolerance. Anti-SpaA specifically reacted with three pLR strains of 25 test strains, as assessed by western blotting, immunofluorescence flow cytometry, and immunoelectron microscopy (IEM) assays. The optimized MRS agar separation plus anti-SpaA-based CIB procedure could quantitatively detect $2.5{\times}10^3CFU/ml$ of pLR colonies spiked in $10^6CFU/ml$ of background bacteria. Eight pLR strains were identified in 124 human fecal samples, and were confirmed by 16S RNA gene sequencing and IEM identification. RAPD fingerprinting of the pLR strains revealed seven different patterns, of which only two isolates from infants showed the same RAPD profiles with LGG. Strain PLR06 was obtained with high adhesion and autoaggregation activities, hydrophobicity, and gastrointestinal tolerance. Anti-SpaA-based CIB is a rapid and inexpensive method for the preliminary screening of novel adherent L. rhamnosus strains for commercial purposes.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제47권4호
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• pp.491-500
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• 2005

한우의 생산이력제에 활용 가능한 20종의 microsatellite marker를 선정하고 다형성지수, F-통계량, 동일개체 출현확률, 친자감별 확률 및 유전적 거리지수 등을 MSA, CERVUS, FSTAT, GENEPOP, API-CALC 및 PHYLIP 프로그램 등을 연계적으로 활용하여 추정하였다. Heter- ozygosity 추정치에 근거하여 선발한 11개의 microsatellite(TGLA53, TGLA227, ETH185, TGLA122, BM4305, INRA23, ILSTS013, BMS1747, BM2113, BM2113, BL1009와 ETH3)는 Applied Biosystems사의 StockMakersTM와 비교하여 100배 정도의 동일개체 출현확률이 낮아 한우의 생산이력제 적용에 보다 효율적인 것으로 나타났다. 또한 DA 유전적 거리지수와 pairwise-FST 추정치를 활용하여 근접지역의 농장간 근연관계의 정도를 파악할 수 있는 자료로 활용할 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제51권5호
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• pp.361-368
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• 2009

본 연구는 제주재래마의 염색체 핵형을 제시하기 위하여 G-banding, C-banding 및 AgNORs를 분석하였다. 공시축은 제주도 축산진흥원에서 사육중인 천연기념물로 지정 된 제주재래마 37두와 대조축으로 더브렛종 24두를 대상으로 각 개체 별 혈액배양을 이용한 핵형분석을 수행하였다. 제주재래마의 핵형은 2n=64, XX 또는 XY로서 상염색체는 13쌍의 metacentic 또는 submetacentic 염색체와 18쌍의 acrocentic 염색체로 구성되어 있으며, X 염색체는 5번째 크기의 submetacentric이며, Y염색체는 30번째 크기의 acrocentric 형태이다. 제주재래마의 전체적 G-band 양상은 모든 상 염색체의 동원체 부위가 공히 light band로 나타나고, 그 이외의 부위는 상동 염색체 별 동일한 특징적 band 양상을 나타내었다. 전반적인 제주재래마의 핵형 양상은 국제 말 표준핵형위원회에서 제시한 말의 염색체 표지와 거의 차이가 없는 것으로 나타났다. 제주재래마의 C-banding 양상은 대부분 염색체의 동원체부분에서 일관된 heterochromatin 분포양상을 보이고 있고, 8번 염색체 동원체 부위에 heterochromatin 양적 다형성이 존재하였다. 제주재래마의 NORs 분포 양상은 품종 간, 개체 간 및 세포 간에 수와 발현량의 다형 현상을 보이기는 하나 모든 세포에서 1번 염색체 p-arm 말단부와 26, 31번 염색체의 동원체 부위에 나타나며, 세포 당 평균 NORs의 수는 4.68개로 분석되었다. 이상의 결과로부터 제주재래마에 대한 종의 기본적 유전 표지로서 제주재래마 염색체의 G-, C-, NOR-분염 표준 핵형을 제시하고자 한다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권4호
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• pp.247-252
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• 2002

1.5% NaCl이 함유된 배지에 캘러스를 치상하여 방사선을 처리한 결과 무처리구보다 처리구 (30, 50 Gy)에서 캘러스 생존율 및 재분화율이 증가하여 내염성 캘러스를 선발하는데 방사선의 적용이 효과적임을 알 수 있었고, 내염성 캘러스에서 재분화된 M$_3$세대 종자에서 내염성 계통들은 모품종보다 초장, 근장 및 근수의 생육이 우수하여 이러한 계통은 내염성 연구를 위한 유용한 유전자원으로 이용할 수 있을 것으로 생각된다. 또한 RAPD 기술은 대조구와 내염성 캘러스에서 재분화된 계통을 구분하는데 유용한 기술임을 알 수 있었다.

• 원예과학기술지
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• 제35권3호
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• pp.333-343
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• 2017

Bloomless cucumber fruits are commercially produced by grafting onto the pumpkin stocks (Cucurbita moschata) to restricted silicon ($SiO_2$) absorption. Inhibition of silicon absorption in bloomless stocks is conferred by a mutant allele of the CmLsi1 homologous to Lsi1 in rice. In this study, we characterized the Lsi1 homologs in pumpkin (C. moschata) and its cold-tolerant wild relative C. ficifolia ('Heukjong') in order to develop a DNA marker for selecting a bloomless trait and to establish the molecular basis for breeding bloomless stock cultivars of C. ficifolia. A Cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) marker (CM1-CAPS) was designed based on a non-sysnonymous single nucleotide polymorphism (SNP, C>T) of the CmLsi1 mutant-type allele, and its applicability for Marker-assisted selection (MAS) was confirmed by evaluating three bloom and five bloomless pumpkin stock cultivars. Quantitative RT-PCR of the CmLsi1 for these stock cultivers implied that expression level of the CmLsi1 gene does not appear to be associated with the bloom/bloomless trait and may differ depending on plant species and tissues. A full length cDNA of the Lsi1 homolog [named CfLsi1($B^+$)] of 'Heukjong' (C. ficifolia), was cloned and sequence comparison between CmLsi1($B^+$) and CfLsi1($B^+$) revealed that there exists total 24 SNPs, of which three were non-synonymous. Phylogenetic analysis of CfLsi1($B^+$) and Lsi1 homologs further revealed that CfLsi1($B^+$) is closesly related to Nodulin 26-like intrinsic proteins (NIPs) and most similar to CpNIP1 of C. pepo than C. moschata.

• 한국약용작물학회지
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• 제12권1호
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• pp.31-35
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• 2004

국내에서 육성 또는 외국에서 도입되어 재배되고 있는 고추냉이 (Wasabia japonica Matsum.) 7품종의 10개체와 울릉도 자생 1개체, 총 11개체에 대한 유연관계 분석을 위하여 RAPD분석을 실시하였다. RAPD분석에 사용한 random primer는 총 50종류였으며 screen 결과 21종류만이 11품종 전체에서 반응을 보였다. 21종류의 primer로부터 관찰된 밴드는 총 144개였으며 이중 다형화 (polymorphism)를 보이는 앤드는 68개 (47.2%)로 primer 한 개당 평균 3.2개의 다형화 밴드를 보였다. Primer별 밴드의 수는 $2{\sim}13$개로 다양하게 나타났고 평균 밴드의 수는 6.8개였다. 유집분석 결과 phenogram은 유사도지수 $0.81{\sim}0.96$의 높은 범위 내에서 11개체들이 단계통군으로 유집되었으나 품종내 개체간에는 뚜렷하게 유집되지 않았다. 울릉도에 자생하는 개체의 경우는Sayatori와 Himenisiki 품종을 제외한 나머지 8개체를 위한 자매군으로 유집되었다. 이러한 결과는 neighborjoining 분석에서도 같은 경향을 보였다. 따라서 고추냉이의 종내 유연관계 분석을 위한 방법으로 RAPD법은 유용하지 않은 것으로 나타났으며 좀더 정확한 유연관계분석을 위해서는 AFLP방법이나 계통분류에 널리 이용되는 핵, 업록체 DNA의 유전자 염기서열 비교와 같은 정밀한 분자계통학적 연구가 수행되어져야 할 것으로 사료된다.

• 한국버섯학회지
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• 제12권1호
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• pp.58-62
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• 2014

아위느타리(Pleurotus ferulae)의 품종 육성은 수량성이 높은 ASI 2803과 형태적으로 보기 좋은 외국 도입품종 ASI 2798의 단포자를 분리한 후 교배하여 13개의 교잡주를 우량계통으로 선발하였고, 수량성이 높은 ASI 2803보다 수량은 적으나 백색을 띄며 형태가 좋은 우량계통 GW10-68를 선발하여 농작물직무육성 신품종선정심의회에 상정하여 통과되어 '비산2호'로 명명되었다. 고유특성으로는 균사체 배양의 대선형성유무에서 모균주 ASI 2803, ASI 2798 및 비산1호와 대치배양하였을 때 뚜렸한 대선을 형성하였다. 유전적으로는 RAPD primer를 이용하여 신품종 '비산2호'의 DNA pattern는 ASI 2798 및 비산1호와는 DNA밴드 패턴이 구별되는 밴드양상을 보였으나 모균주 ASI 2803과는 유사한 밴드 패턴을 보여주었다. 가변특성은 균사생장 적온은 $25^{\circ}C$이며, pH의 범위가 pH5~8까지 넓게 형성되었다. 자실체 수량은 병당 $123.3{\pm}25.7g$으로 비산1호보다 수량이 적지만, 개체중에서는 오히려 높게 나타났다. 또한 대 길이는 비산1호보다 길고, 대의 색깔이 큰느타리보다 순백색을 나타내어 큰느타리와 차별화하여 재배하면 큰느타리 대체품종 뿐만 아니라 수출 품종으로도 기대된다.

• 한국버섯학회지
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• 제12권1호
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• pp.52-57
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• 2014

아위느타리(Pleurotus ferulae)의 품종 육성은 수량성이 높은 ASI 2803과 형태적으로 보기 좋은 국내 교배품종 ASI 2850의 단포자를 분리하여 교배하여 13개의 교잡주를 우량계통으로 선발하였고, 수량성이 높고 형태가 좋으면서 자실체 형성이 쉬운 균주 GW10-95를 선발하여 '비산1호'으로 명명되었다. 고유특성으로는 균사체 배양의 대선형성유무에서 모균주 ASI 2803 및 ASI 2850과 대치배양하였을 때 뚜렸한 대선을 형성하였다. 유전적으로는 RAPD primer를 이용하여 신품종 '비산1호'의 DNA 패턴은 모균주와는 다른 패턴을 형성하였다. 가변특성은 균사생장 적온은 $25^{\circ}C$이며 pH의 범위가 pH5~8까지 넓게 형성되었다. 자실체 수량은 농가실증시험에서 245 g으로 높게 나타났다. 또한 대길이는 ASI 2803보다 길고 굵어 수량이 높게 나타났다. 기존의 아위느타리보다 수량성이 높아 큰느타리 대체품종 뿐만 아니라 수출 품종으로도 기대된다.

• 한국버섯학회지
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• 제11권2호
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• pp.77-81
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• 2013

큰느타리(Pleurotus eryngii)의 품종 육성을 위한 육성경위로는 ASI 2824(큰느타리2호)와 ASI 2887(애린이3)를 교잡하여 G09-21를 계통 선발하였다. 선발된 G09-21과 다수성을 보여주는 ASI 2844와 교잡하여 5계통을 우량계통으로 선발하였다. 선발된 우량계통 중에서 품질이가장우수한 Pe21-53을 '설송'으로 명명되었다. 고유특성으로는 균사체 배양의 대선형성유무에서 모균주 큰느타리2호, 애린이3 및 ASI 2844와 대치배양하였을때 뚜렸한 대선을 형성하였다. 그리고 유전적으로는 RAPD primer를 이용하여 신품종 '설송'이 모균주와는 같은 pattern를 가지면서 다른 밴드도 존재하였다. 가변특성은 균사생장 적온은 $25^{\circ}C{\sim}30^{\circ}C$이며 pH의 범위가 pH 5~8까지 넓게 형성되었다. 자실체 수량은 850 cc 병당 $131.4{\pm}43.1$로서 수량지수는 102였다. 또한 대길이는 큰느타리2호보다 길고 굵으면서 유효경수가 적었으며 특히, 발이 후 생육기의 습도가 90% 이상에서 내성을 보여주었다. 신품종 '설송'은 대가 길고 굵어 내습성이 강하며 유효경수가 적은 소발생형으로 솎음작업이 필요치 않은 적정 재배조건 확립으로 노동력 및 인건비절감으로 농가 소득증대에 기여할 것으로 기대된다.