• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제31권9호
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• pp.1210-1217
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• 2021

Two gram-negative, catalase-positive, strictly aerobic, and white colony-forming bacteria, strains H242^T and B156^T, were isolated from soil in South Korea. Cells of strain H242^T were oxidase-positive and non-motile short rods, while those of strain B156^T were oxidase-negative and long non-motile rods. Ubiquinone-8 was identified as the sole isoprenoid quinone in both strains. C_16:0, cyclo-C_17:0, andsummed feature 3 (C_16:1 ω7c and/or C_16:1 ω6c) and phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, and diphosphatidylglycerol were identified in both strains as the major cellular fatty acids and polar lipids, respectively. The DNA G+C contents of strains H242^T and B156^T were 69.4 mol% and 69.3 mol%, respectively. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA and 92 concatenated core gene sequences revealed that strains H242^T and B156^T formed distinct phylogenic lineages from other Ramlibacter type strains. The DNA-DNA hybridization (DDH) value between strains H242^T and B156^T was 24.6%. Strains H242^T and B156^T were most closely related to Ramlibacter ginsenosidimutans BXN5-27^T and Ramlibacter monticola G-3-2^T with 98.4% and 98.6% 16S rRNA gene sequence similarities, respectively. Digital DDH values between strain H242^T and R. ginsenosidimutans and between strain B156^T and R. monticola were 23.5% and 26.1%, respectively. Phenotypic, chemotaxonomic, and molecular analyses indicated that strains H242^T and B156^T represent two novel species of the genus Ramlibacter, for which the names Ramlibacter terrae sp. nov. and Ramlibacter montanisoli sp. nov., respectively, are proposed. The type strains of R. terrae and R. montanisoli are H242^T (=KACC 21667^T=JCM 33922^T) and B156^T (=KACC 21665^T=JCM 33920^T), respectively.

• BMB Reports
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• 제54권2호
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• pp.118-123
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• 2021

The bacterial effector protein RavZ from a pathogen can impair autophagy in the host by delipidating the mammalian autophagy-related gene 8 (mATG8)-phosphatidylethanolamine (PE) on autophagic membranes. In RavZ, the membrane-targeting (MT) domain is an essential function. However, the molecular mechanism of this domain in regulating the intracellular localization of RavZ in cells is unclear. In this study, we found that the fusion of the green fluorescent protein (GFP) to the MT domain of RavZ (GFP-MT) resulted in localization primarily to the cytosol and nucleus, whereas the GFP-fused duplicated-MT domain (GFP-2xMT) localized to Rab5- or Rab7-positive endosomes. Similarly, GFP fusion to the catalytic domain (CA) of RavZ (GFP-CA) resulted in localization primarily to the cytosol and nucleus, even in autophagy-induced cells. However, by adding the MT domain to GFP-CA (GFP-CA-MT), the cooperation of MT and CA led to localization on the Rab5-positive endosomal membranes in a wortmannin-sensitive manner under nutrient-rich conditions, and to autophagic membranes in autophagy-induced cells. In autophagic membranes, GFP-CA-MT delipidated overexpressed or endogenous mATG8-PE. Furthermore, GFP-CA△α3-MT, an α3 helix deletion within the CA domain, failed to localize to the endosomal or autophagic membranes and could not delipidate overexpressed mATG8-PE. Thus, the CA or MT domain alone is insufficient for stable membrane localization in cells, but the cooperation of MT and CA leads to localization to the endosomal and autophagic membranes. In autophagic membranes, the CA domain can delipidate mATG8-PE without requiring substrate recognition mediated by LC3-interacting region (LIR) motifs.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권10호
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• pp.1292-1298
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• 2023

PAMB 00755^T, a bacterial strain, was isolated from Korean fir leaves. The strain exhibits yellow colonies and consists of Gram-negative, non-motile, short rods or ovoid-shaped cells. It displays optimal growth conditions at 20℃, 0% NaCl, and pH 6.0. Results of 16S rRNA gene-based phylogenetic analyses showed that strain PAMB 00755^T was most closely related to Sphingomonas chungangi MAH-6^T (97.7%) and Sphingomonas polyaromaticivorans B2-7^T (97.4%), and ≤96.5% sequence similarity to other members of the genus Sphingomonas. The values of average nucleotide identity (79.9-81.3%), average amino acid identity (73.3-75.9%), and digital DNA-DNA hybridization (73.3-75.9%) were significantly lower than the threshold values for species boundaries; these overall genome-related indexes (OGRI) analyses indicated that the strain represents a novel species. Genomic analysis revealed that the strain has a 4.4-Mbp genome encoding 4,083 functional genes, while the DNA G+C content of the whole genome is 66.1%. The genome of strain PAMB 00755^T showed a putative carotenoid biosynthetic cluster responsible for its antioxidant activity. The respiratory quinone was identified as ubiquinone 10 (Q-10), while the major fatty acids in the profile were identified as C_18:1ω7c and/or C_18:1ω6c (summed feature 8). The major polar lipids of strain PAMB 00755^T were diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, sphingoglycolipid, and phosphatidylcholine. Based on a comprehensive analysis of genomic, phenotypic, and chemotaxonomic characteristics, we proposed the name Sphingomonas abietis sp. nov. for this novel species, with PAMB 00755^T as the type strain (= KCTC 92781^T = GDMCC 1.3779^T).

• 한국식품영양과학회지
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• 제41권7호
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• pp.936-942
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• 2012

본 연구에서는 흰쥐에 마이크로웨이브를 조사한 후 폐조직을 대상으로 폐조직 기능장애를 일으키는데 주된 역할을 하는 혈전생성능을 arachidonic acid(AA) cascade계를 통해 관찰하여 마이크로웨이브에 의한 폐혈관 기능장애와 그에 대한 녹차 catechin의 항혈전 효과를 규명하고자 하였다. 실험군은 마이크로웨이브를 조사하지 않은 정상군과 마이크로웨이브를 조사한 군으로 나누고 마이크로웨이브 조사 군은 다시 식이 중 catechin 공급수준에 따라 catechin을 넣지 않은 군(MW group), catechin을 0.25% 급여한 군(MW-0.25C group), catechin을 0.5% 급여한 군(MW-0.5C group)으로 나누었다. 식이와 음료는 자유 섭식시키면서 2주간 사육한 후 2.45 GHz 대역의 주파수를 15분간 1회 조사하였으며 마이크로웨이브 조사 후 6일째 동물을 희생시켜 본 실험에 사용하였다. 실험군의 실험동물 수는 각각 10마리로 실험하였다. $PLA_2$ 활성은 마이크로웨이브 조사로 30% 증가하였으며 MW-0.25C군은 15% 증가였으나 MW-0.5C군은 정상군 수준이었다. 인지질분자종의 변화를 관찰한 결과 lyso PE가 MW군에서 47% 증가되었으나 MW-0.25C군 및 MW-0.5C군에서는 각각 18%, 20% 증가되었다. $TXA_2$ 생성은 MW군에서 50%의 현저한 증가를 보였으나 catechin 공급군인 MW-0.25C군 및 MW-0.5C군은 정상군 수준이었다. $PGI_2$ 생성은 MW군에서 31%의 유의적인 감소를 보였으나 catechin 공급군인 MW-0.25C군 및 MW-0.5군은 정상군 수준이었다. 따라서 혈전생성지표인 $PGI_2/TXA_2$ ratio는 정상군에 비해 MW군에서 43% 유의적으로 감소되었으나 MW-0.25C군 및 MW-0.5C군은 정상군 수준이었다. 지질과산화물의 함량은 MW군에서 34% 유의적으로 증가하였으며 catechin 공급군은 정상군 수준이었다. 결론적으로 마이크로웨이브에 피폭된 흰쥐 폐조직에서는 AA cascade계의 율속 효소인 $PLA_2$ 활성의 증가와 혈전생성지표로 인식하는 $PGI_2/TXA_2$ ratio의 불균형이 초래되었으나 catechin은 TBARS 농도를 낮추면서 $PLA_2$ 활성을 저해시키고 AA cascade계를 개선시킴으로써 항혈전 작용을 나타내었다.

• 한국수산과학회지
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• 제32권1호
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• pp.30-36
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• 1999

한국 남해 연근해에서 어획된 12종의 주요 어류 (표$\cdot$중층회유어 5종; 멸치, 숭어, 전어, 방어, 고등어: 연안암초어 3종:조피볼낙, 참돔, 감성돔: 저서어 4종: 도다리, 붕장어, 넙치, 말쥐치)를 대상으로 하여 그들의 지질 및 총지방산 조성비의 계절변화를 검토하였다. NL의 주요 조성은 TG 및 ST이었으며, TG조성비는 TL함량과 로그함수로 정의 상관관계 (r=0.91, p<0.001)를 나타내었다. PL의 주요 조성은 PC와 PE였으며, 양자의 조성비는 TL 함량이 적은 어종에서 높은 경향을 나타냈다. 시험된 어류의 주요지방산은 16:0($19.5\pm1.99\%$), DHA($16.6\pm7.46\%$), 18:1 (n-9) ($15.8\pm8.39\%$), EPA ($8.46\pm3.70\%$), 16:1 (n-7) ($7.06\pm3.08\%$), 14:0 ($3.80\pm2.15\%$) 등이었다. 이들 주요 지방산중 MUFA인 18:1 (n-9)와 16:1 (n-7)의 조성비의 변화는 TL 함량 변화와 비례하였으나, PUFA인 DHA와 EPA의 조성비의 변화는 TL 함량 변화와 역비례하였다. 한편 이들 MUFA와 PUFA 조성비와의 변화 사이에는 로그함수로 역의 상관관계 (r=-0.87, p<0.001)를 나타냈다. 그러나 SFA(16: 0)의 조성비는 계절에 따른 지질함량 변동의 영향을 거의 받지 않았다. 또한 EPA 및 DHA의 함량은 지질함량과 정의 상관관계(r=0.95, p<0.001)를 보였다.

• 한국식품과학회지
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• 제17권4호
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• pp.289-294
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• 1985

우리나라 전통수산식품의 식품성분에 관한 일련의 연구로서 우렁쉥이 및 미더덕의 지방질을 실리스산 관크로마토그래피로 중성지방질 당지방질 및 인지방질로 분획하고 TLC 및 GLC로써 이들 지방질획분의 지방질조성 및 지방산조성을 분석하였다. 우렁쉥이 및 미더덕의 지방질함량은 각각 2.0%, 2.1%로 서로 비슷하였으며 중성지방질, 당지방질 및 인지방질의 함량은 중량비로서 우렁쉥이가 36.6%, 17.2% 46.2%였고, 미더덕이 36.3%, 19.2%, 44.5%로 어류에 비해 중성지방질의 함량은 낮은 반면, 인지방질의 함량은 상당히 높았다 우렁쉥이와 미더덕의 중성지방질 중에는 다같이 트리-글리세리드가 49.0%, 59.6%, 유리스테롤이 25.8%, 22.0%로 주성분이었고 그 외에 디-글리세리드, 모노-글리세리드, 스테롤에스테르, 탄화수소 및 유리지방산이 존재하고 있었다. 인지방질 중에서는 우렁쉥이, 미더덕 다같이 포스파티딜콜린이 각각 48.6%, 46.7%, 포스파티딜에타올아민이 32.4% 및 35.0%로서 주체를 이루고 있었고, 포스파티딜이노시톨, 포스파티딜세린 및 미확인물질이 소량 존재하고 있었다. 우렁쉥이 총지방질의 주요 구성 지방산은 20:5, 22:6, 16:0 및 18:1산이고 특히 20:5(21.3%) 및 22:6산 (16.3%)을 주체로 하는 polyene산이 전체지방산의 49.2%를 차지하였다 우렁쉥이 각 지방질획분의 주요구성 지방산을 보면 중성지방질은 16:0, 20:5. 22:6및 18:1산이었으며. 당지방질은 20:1, 16:0, 18:0 및 18:1산이었고, 인지방질은 20:5, 22:6 및 16:0산의 조성비가 높았다. 미더덕의 경우 총지방질에서 20:5. 16:0 및 22:6산 등이 주요구성지방산이었으며, 우렁쉥이의 경우와 마찬가지로 20:5(18.3%) 및 22:6산(14.2%) 등의 고도불포화지방산의 조성비가 높아 전체 지방산의 42.6%를 차지하였다. 미더덕 중성지방질의 주요구성지방산은 16 : 0, 16 : 1 및 20 : 5산이었고, 당지방질에서는 16 : 0, 20 : 1, 18 : 0 및 18 : 1 산, 그리고 인지방질에서는 20 : 5, 16 : 0 및 22 : 6산의 조성비가 높았다.

• 한국수산과학회지
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• 제35권5호
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• pp.512-518
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• 2002

전남의 남해안 지방에서 주로 생산되고 있는 고막과 새고막의 생시료와 자숙 시료를 육과 내장 부위로 나누어 이들의 식품학적 품질을 구명하기 위하여 일반성분, 지질 및 지방산 조성, 유리아미노산, 핵산관련물질 및 무기성분 등을 비교, 분석하였다. 수분은 새고막이 고막에 비해 많았고, 조단백질은 적었으며, 다른 성분은 비슷하였다. 고막과 새고막의 비극성지질의 주성분은 triglyceride이었고, 두 시료 모두 내장이 육에 비해 그 조성이 높았다. 극성지질의 주성분은 phosphatidyl choline과 phosphatidyl ethanolamine이었고, 각 시료간에는 phosphatidyl choline은 내장에, phosohatidyl ethanolamine은 근육에 함유율이 높았다. 주요지방산은 16:0, 20:5n-3, 18:1n-9, 16:1n-7, 18:0 및 U:6n-3이었다. 핵산관련물질은 AMP와 ADP가 주체를 이루고 있었으며, 이들은 내장보다 근육에 그리고 생시료보다 자숙시료에 다소 많았다. 또한 자숙함에 따라 ATP는 다소 감소하였으나 그외는 다소 증가하였다. 고막과 새고막의 주요 아미노산은 taurine, glycine, ala-nine, glutamic acid, phenylalanine 및 aspartic acid이었다. 고막생육은 자숙육에 비해 glycine, alanine 및 $\alpha$-amino-iso-butyric acid의 함량은 많았고, glutamic acid, aspartic acid 및 phenylala-nine의 함량은 적었다. 새고막 생육은 자숙육에 비해 taurine과 $\alpha$-amino-iso-butyric acid의 함량은 많았고, glutamic acid와 aspartic acid의 함량은 적었다. 무기성분은 인, 나트륨, 마그네슘, 철 및 칼슘이 주체를 이루고 있었고, 고막 자숙육은 생육에 비해 나트륨과 마그네슘의 함량이 많았으며, 인과 철의 함량은 적었다. 새고막 자숙육은 생육에 비해 나트륨, 마그네슘 및 칼슘의 함량이 많았다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제15권5호
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• pp.711-718
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• 2008

경북 영천 특산물인 상어 '돔배기'의 고품질화 연구의 일환으로 먼저 영천에서 '돔배기' 원료로 널리 사용되고 있는 귀상어 및 청새리상어육의 이화학적 품질특성을 측정하여 비교한 결과는 다음과 같다. 청새리상어육의 수분 함량이 귀상어육보다 낮은 대신 조단백질, 조지방 및 회분의 함량은 다소 높았으나 건물중으로 환산하면 큰 차이가 없었다. 상어육의 주된 아미노산은 leucine(715.47 mg%), lysine (589.62 mg%), arginine(514.24 mg%), proline(382.64 mg%), isoleucine(326.29 mg%), valine(302.32 mg%), phenylalanine (283.32 mg%), glutamic acid(265.74 mg%), asparagine (256.64 mg%) 및 alanine(239.74 mg%)로서 전체 총 아미노산의 40% 차지하고 있었으며, 귀상어육은 proline(119.58 mg%)을 제외하고 주된 아미노산 및 필수아미노산의 함량은 청새리상어육보다 낮았다. 상어육의 주된 지방산 조성을 보면 palmitic, stearic, oleic, arachidonic 및 docosahexaenoic acids로서 귀상어육은 포화지방산 및 불포화지방산 비율이 거의 유사하였으나 청새리상어육은 불포화지방산 함량이 다소 높았으며, 아울러 DHA 함량이 귀상어육보다 높았다. 상어 지질류는 인지질 함량(약 65%)이 가장 높게 나타났으며, 그 다음으로 스테롤, 중성지방, 유리지방산 순으로 낮았고, 인지질은 레시틴 및 세팔린이 대부분 차지하고 있었으며, 주된 지방산은 myristic, palmitoleic, stearic 및 docosaheaenoic acids 이었고 그 함량은 상어 종류에 따라 큰 차이가 없었다. 마지막으로 청새리상어육은 귀상어육보다 총휘발염기성질소 함량과 pH가 다소 높았으나 색상이 밝고 연하였다.