• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제18권4호
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• pp.1145-1155
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• 2007

In this paper, we consider the permutation tests for the multivariate data under the two-sample problem setting. We review some testing procedures, which are parametric and nonparametric and compare them with the permutation ones. Then we consider to try to apply the permutation tests to the multivariate data having the continuous and discrete components together by choosing some suitable combining function through the partial testing. Finally we discuss more aspects for the permutation tests as concluding remarks.

• Genomics & Informatics
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• 제20권1호
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• pp.14.1-14.4
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• 2022

Permutation testing is a robust and popular approach for significance testing in genomic research that has the advantage of reducing inflated type 1 error rates; however, its computational cost is notorious in genome-wide association studies (GWAS). Here, we developed a supercomputing-aided approach to accelerate the permutation testing for GWAS, based on the message-passing interface (MPI) on parallel computing architecture. Our application, called MPI-GWAS, conducts MPI-based permutation testing using a parallel computing approach with our supercomputing system, Nurion (8,305 compute nodes, and 563,740 central processing units [CPUs]). For 10⁷ permutations of one locus in MPI-GWAS, it was calculated in 600 s using 2,720 CPU cores. For 10⁷ permutations of ~30,000-50,000 loci in over 7,000 subjects, the total elapsed time was ~4 days in the Nurion supercomputer. Thus, MPI-GWAS enables us to feasibly compute the permutation-based GWAS within a reason-able time by harnessing the power of parallel computing resources.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제27권6호
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• pp.167-174
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• 2022

본 논문에서는 여러 개의 독립적인 모집단들 사이에서 상관계수들의 등가성에 대한 퍼뮤테이션 검정을 조사한다. 퍼뮤테이션 검정은 관측값들의 상호교환성에 기초하는 비모수적인 검정 방법이며 상호교환성이란 독립적이고 동일한 확률변수들의 개념을 일반화한 개념이다. 퍼뮤테이션 검정을 사용함으로써 근사적으로 정확한 검정에 가까운 검정을 실시할 수 있다. 퍼뮤테이션 검정은 근사적으로 보수적인 검정만큼의 검정력을 지니며, 표본의 크기가 작거나 정규성 가정이 충족되지 않을 때 유용한 방법이다. 본 논문에서는 먼저 상관계수들의 등가성을 검정하는 모수적인 방법들을 소개하고 이들을 퍼뮤테이션 검정과 비교한다. 끝으로 모든 검정들은 Iris 데이터를 예를 들어 비교된다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제26권8호
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• pp.157-164
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• 2021

회귀분석은 반응변수와 예측변수들 간의 관련성을 설명하기 위해 사용되는 잘 알려진 통계 테크닉이다. 특히 연구자들은 두 개의 독립 모집단에서의 모형들의 회귀계수들(절편과 기울기)을 비교하는데 관심이 있다. Gregory Chow에 의해 제안된 Chow 검정은 회귀모형들을 비교하고 선형회귀모형 안에 구조적 브레이크가 존재하는지를 검정하기 위해 보통 사용되는 방법들 중의 하나이다. 본 연구에서는 두 독립 선형회귀모형들의 등가성을 검정하기 위해 퍼뮤테이션 방법을 제안하고 Chow 검정과 비교한다. 그리고 퍼뮤테이션 검정과 Chow 검정의 검정력을 조사하기 위해 시물레이션 연구를 진행하였다.

• 응용통계연구
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• 제31권2호
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• pp.241-251
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• 2018

마이크로어레이 자료의 유전자집합분석은 개별유전자분석에 비해 검정력도 높일 수 있고 결과 해석이 쉬워서 이에 대한 연구가 활발히 진행되어 왔다. 표현형에 따라 유의한 차이를 보이는 유전자집합의 검색은 검정통계량들이 유도된 배경에 따라 결과에 차이를 보이지만 대체적으로 t-통계량의 제곱합을 이용한 순열검정이 제일 무난한 방법으로 여겨진다. 그러나 유전자집합분석에서 다중검정은 필수이고 많은 집합들의 유의성에 변별력을 주기 위해서는 순열검정에서 생성하는 치환표본의 수가 많이 필요하고 시간이 오래 걸린다는 문제점이 있다. 순열검정을 대신할 모수적 방법들을 검토한 결과, 적률을 이용한 근사가 각 집합의 유의확률 계산시간도 훨씬 단축하며 순열검정에서 구한 유의확률과 크기와 순위가 거의 일치함을 확인하였다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제24권6호
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• pp.159-164
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• 2019

The statistical inference of Cronbach's alpha measure of internal reliability is known to be inaccurate when sample size is small and the assumption of normality is violated. In this paper, we describe the permutation method in which we compute resampling p-values for testing the difference between two or more independent Cronbach's alpha coefficients. When the over-all permutation test is significant, we also make pairwise post-hoc comparisons using permutaion method. The permutation tests for the equality of two independent Cronbach's alpha coefficients and three independent Cronbach's alpha coefficients are illustrated with an example analysis of survey data.

• Communications for Statistical Applications and Methods
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• 제11권3호
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• pp.657-668
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• 2004

Permutation test has been applied for the QTL(quantitative trait loci) analysis and we selected a major locus. K -means clustering analysis, for the major DNA Marker mining of ILSTS035 microsatellite loci in Hanwoo chromosome 6, has been described. Finally, bootstrap testing method has been adapted to calculate confidence intervals and for finding major DNA Markers.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제14권3호
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• pp.1451-1458
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• 2013

이 논문은 콤비나토리얼 문제인 조합(combination)과 순열(permutation), r-순열(r-permutation) 규칙에 의거하여 전수데이터를 생성하는 빠른 프로그램과 알고리즘을 다룬다. 이들 프로그램은 전수데이터 검사나 시뮬레이션의 입력값 선정과 같은 응용에서 사용된다. 본 연구에서는 조합, 순열, r-순열 문제의 규칙을 만족하는 프로그램들을 수집하여 부문별로 가장 빠른 프로그램을 선정하고 추가연구를 통하여 수집된 프로그램보다 수행시간을 단축한 프로그램을 완성하였다. 본 연구를 위해서 다음과 같은 선행조사가 이루어졌다. 첫째 인터넷에 공지된 백 개 이상의 프로그램을 수집하고 완성하였다. 둘째, 확보된 프로그램을 구동하여 수행시간을 측정하였고, 그 결과 가장 빠르게 수행하는 프로그램을 부분별로 발췌하였다. 셋째, 선별된 가장 빠른 프로그램에 대해서 알고리즘을 설명하고 의사코드로 정리하였다. 본 논문에서는 이러한 기초작업을 토대로 수행시간이 단축된 프로그램을 완성할 수 있었다. 첫째로 조합 문제에서는 재귀형식에서 비재귀형식으로 변형시켰고, 둘째로 r-순열 문제에서는 조합 프로그램과 순열 프로그램을 결합하는 방법으로 수행시간을 단축하였다. 분석결과에 따르면 전자와 후자는 수집한 가장 빠른 프로그램에 비해서 수행속도를 각각 22%에서 34%, 및 62%에서 226%의 범위로 개선하였다. 본 논문에서 제공한 의사코드를 바탕으로 응용에 쉽게 적용시킬 수 있으며, 전수조사 방법에 소요되는 수행시간을 예측하여 전수조사의 타당성 여부를 결정할 수 있다. 또한, 제공한 코드를 바탕으로 최소의 시간으로 전수데이터를 생성할 수 있다.

• 응용통계연구
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• 제22권5호
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• pp.1097-1102
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• 2009

Classification of subjects with unknown distribution in small sample size setup may involve order-restricted constraints in multivariate parameter setups. Those problems makes optimality of conventional likelihood ratio based statistical inferences not feasible. Fortunately, Roy (1953) introduced union-intersection principle(UIP) which provides an alternative avenue. Redescending M-estimator along with that principle yields a considerably appropriate robust testing procedure. Furthermore, conditionally distribution-free test based upon exact permutation theory is used to generate p-values, even in small sample. Applications of this method are illustrated in simulated data and read data example (Lobenhofer et al., 2002)

• Communications for Statistical Applications and Methods
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• 제31권5호
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• pp.571-584
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• 2024

To identify differentially expressed genes (DEGs), researchers use a testing method for each gene. However, microarray data are often characterized by large dimensionality and a small sample size, which lead to problems such as reduced analytical power and increased number of tests. Therefore, we propose a clustering method. In this method, genes with similar expression patterns are clustered, and tests are conducted for each cluster. This method increased the sample size for each test and reduced the number of tests. In this case, we used a nonparametric permutation test in the proposed method because independence between samples cannot be assumed if there is a relationship between genes. We compared the accuracy of the proposed method with that of conventional methods. In the simulations, each method was applied to the data generated under a positive correlation between genes, and the area under the curve, power, and type-one error were calculated. The results show that the proposed method outperforms the conventional method in all cases under the simulated conditions. We also found that when independence between samples cannot be assumed, the non-parametric permutation test controls the type-one error better than the t-test.