Darwesh, Doaa B.;Al-Awthan, Yahya S.;Elfaki, Imadeldin;Habib, Salem A.;Alnour, Tarig M.;Darwish, Ahmed B.;Youssef, Magdy M.
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.32
no.5
/
pp.551-563
/
2022
L-asparaginase (E.C. 3.5.1.1) purified from bacterial cells is widely used in the food industry, as well as in the treatment of childhood acute lymphoblastic leukemia. In the present study, the Burkholderia pseudomallei L-asparaginase gene was cloned into the pGEX-2T DNA plasmid, expressed in E. coli BL21 (DE3) pLysS, and purified to homogeneity using Glutathione Sepharose chromatography with 7.26 purification fold and 16.01% recovery. The purified enzyme exhibited a molecular weight of ~33.6 kDa with SDS-PAGE and showed maximal activity at 50℃ and pH 8.0. It retained 95.1, 89.6%, and 70.2% initial activity after 60 min at 30℃, 40℃, and 50℃, respectively. The enzyme reserved its activity at 30℃ and 37℃ up to 24 h. The enzyme had optimum pH of 8 and reserved 50% activity up to 24 h. The recombinant enzyme showed the highest substrate specificity towards L-asparaginase substrate, while no detectable specificity was observed for L-glutamine, urea, and acrylamide at 10 mM concentration. THP-1, a human leukemia cell line, displayed significant morphological alterations after being treated with recombinant L-asparaginase and the IC50 of the purified enzyme was recorded as 0.8 IU. Furthermore, the purified recombinant Lasparaginase improved cytotoxicity in liver cancer HepG2 and breast cancer MCF-7 cell lines, with IC50 values of 1.53 and 18 IU, respectively.
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
/
v.15
no.1
/
pp.35-38
/
2007
In this study, ORF 46 of Bombyx mod nucleopolyhedrovirus(Bm46) fused with EGFP was expressed in Bombyx mod cell lines, larvae and pupae by BmNPV Bacmid system. Bm46 and EGFP were cloned into donor plasmid pFastBacHTb, which was transformed to competent DH10B cells containing helper and BmNPV bacmid by site-specific transposition. Recombinant bacmid was used to transfected BmN-4 cells to produce the recombinant baculovirus vBm-Bm46-EGFP. Recombination virus was injected into silkworm larvae and pupae. The expression of the fusion protein was monitored by examining green fluorescence using a fluorescent microscope. Intense fluorescence in cells and silkworm was observed at 4 days post-infection, indicating the Bm46-EGFP fusion gene was expressed successfully.
In developing a useful tool to detect parasitic dynamics in an estuarine ecosystem, a denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC) assay was optimized by cloning plasmid DNA from the grass shrimp Palaemonetes pugio, and its two parasites, the trematode Microphallus turgidus and bopyrid isopod Probopyrus pandalicola. The optimal separation condition was an oven temperature of $57.9^{\circ}C$ and 62-68% of buffer B gradient at a flow rate of 0.45 mL/min. A peptide nucleic acid blocking probe was designed to clamp the amplification of the host gene, which increased the amplification efficiency of genes with low copy numbers. Using the DHPLC assay with wild-type genomic, the assay could detect GC Gram positive bacteria and the bopyrid isopod (P. pandalicola). Therefore, the DHPLC assay is an effective tool for surveying parasitic dynamics in an estuarine ecosystem.
A gene coding for the GST of cotton (Gh-5) was cloned into Escherichia coli and experssed. The enzyme remained within the cytoplasm of E. coli. An 696 bp open reading frame was in the 988 base pair fragment of the recombinant plasmid pET-30b(+). The deduced protein sequence consists of 232 amino acids and has a molecular mass of 30235.58 Da. The cloned enzyme conjugated reduced glutathione and 1-chloro-2,4-dinitrobenzene (CDNB). Plant GST cDNA was expressed in microbe and produced polypeptide had function as an enzyme.
Cho, Gyu-Sung;KrauB, Sabrina;Huch, Melanie;Toit, Maret Du;Franz, Charles M.A.P.
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.21
no.12
/
pp.1280-1286
/
2011
A quantitative, real-time PCR method was developed to enumerate Lactobacillus plantarum IWBT B 188 during the malolactic fermentation (MLF) in Grauburgunder wine. The qRT-PCR was strain-specific, as it was based on primers targeting a plasmid DNA sequence, or it was L. plantarum-specific, as it targeted a chromosomally located plantaricin gene sequence. Two 50 l wine fermentations were prepared. One was inoculated with 15 g/hl Saccharomyces cerevisiae, followed by L. plantarum IWBT B 188 at $3.6{\times}10^6$ CFU/ml, whereas the other was not inoculated (control). Viable cell counts were performed for up to 25 days on MRS agar, and the same cells were enumerated by qRT-PCR with both the plasmid or chromosomally encoded gene primers. The L. plantarum strain survived under the harsh conditions in the wine fermentation at levels above $10^5$/ml for approx. 10 days, after which cell numbers decreased to levels of $10^3$ CFU/ml at day 25, and to below the detection limit after day 25. In the control, no lactic acid bacteria could be detected throughout the fermentation, with the exception of two sampling points where ca. $1{\times}10^2$ CFU/ml was detected. The minimum detection level for quantitative PCR in this study was $1{\times}10^2$ to $1{\times}10^3$ CFU/ml. The qRT-PCR results determined generally overestimated the plate count results by about 1 log unit, probably as a result of the presence of DNA from dead cells. Overall, qRT-PCR appeared to be well suited for specifically enumerating Lactobacillus plantarum starter cultures in the MLF in wine.
Kim, Soo-Young;Lee, Si-Kyung;Park, Myeong-Soo;Na, Hun-Taek
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.26
no.9
/
pp.1605-1612
/
2016
Quinolone-resistant Salmonella strains were isolated from patient samples, and several quinolone-sensitive strains were used to analyze mutations in the quinolone resistance-determining region (QRDR) of gyrA, gyrB, parC, and parE and to screen for plasmid-mediated quinolone resistance. Among the 21 strains that showed resistance to nalidixic acid and ciprofloxacin (MIC 0.125-2.0 μg/ml), 17 strains had a mutation in QRDR codon 87 of gyrA, and 3 strains had a single mutation (Ser83 → Phe). Another cause of resistance, efflux pump regulation, was studied by examining the expression of acrB, ramA, marA, and soxS. Five strains, including Sal-KH1 and Sal-KH2, showed no increase in relative expression in an analysis using the qRT-PCR method (p < 0.05). In order to determine the genes involved in the resistance, the Sal-9 isolate that showed decreased susceptibility and did not contain a mutation in the gyrA QRDR was used to make the STM (MIC 8 μg/ml) and STH (MIC 16 μg/ml) ciprofloxacin-resistant mutants. The gyrA QRDR Asp87 → Gly mutation was identified in both the STM and STH mutants by mutation analysis. qRT-PCR analysis of the efflux transporter acrB of the AcrAB-TolC efflux system showed increased expression levels in both the STM (1.79-fold) and STH (2.0-fold) mutants. In addition, the expression of the transcriptional regulator marA was increased in both the STM (6.35-fold) and STH (21.73-fold) mutants. Moreover, the expression of soxS was increased in the STM (3.41-fold) and STH (10.05-fold) mutants (p < 0.05). Therefore, these results indicate that AcrAB-TolC efflux pump activity and the target site mutation in gyrA are involved in quinolone resistance.
Kim Tae-Hyun;Kim Hyung-Joon;Park Joon-Sung;Kim Younhee;Lee Heung-Shick
Korean Journal of Microbiology
/
v.41
no.2
/
pp.99-104
/
2005
Corynebacterial clones which exert regulatory effects on the expression of the glyoxylate bypass genes were isolated using a reporter plasmid carrying the enteric lacZ fused to the aceB promoter of Corynebacterium glutamicum. Some clones carried common fragments as turned out by DNA mapping technique. Subcloning analysis followed by the measurement of $\beta-galactosidase$ activity in Escherichia coli identified the region responsible for the aceB-repressing activity. Sequence analysis of the DNA fragment identified two independent ORFs of ORF1 and ORF2. Among them, ORF2 was turned out to be responsible for the aceB-repressing activity. ORF1 encoded a 23,216 Da protein composed of 206 amino acids. Sequence similarity search indicated that the ORF may encode a ECF-type $\sigma$ factor and designated sigH. To identify the function of sigH, C. glutamicum sigH mutant was constructed by gene disruption technique and the sigH mutant showed growth retardation as compared to the wild type strain. In addition, the mutant strain showed sensitivity to oxidative-stress generating agent plumbagin. This result imply that sigH is probably involved in the stress response occurring during normal cell growth.
Amin, Aatif;Sarwar, Arslan;Saleem, Mushtaq A.;Latif, Zakia;Opella, Stanley J.
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.29
no.2
/
pp.274-282
/
2019
Mercury-resistant ($Hg^R$) bacteria were isolated from heavy metal polluted wastewater and soil collected near to tanneries of district Kasur, Pakistan. Bacterial isolates AZ-1, AZ-2 and AZ-3 showed resistance up to $40{\mu}g/ml$ against mercuric chloride ($HgCl_2$). 16S rDNA ribotyping and phylogenetic analysis were performed for the characterization of selected isolates as Bacillus sp. AZ-1 (KT270477), Bacillus cereus AZ-2 (KT270478) and Bacillus cereus AZ-3 (KT270479). Phylogenetic relationship on the basis of merA nucleotide sequence confirmed 51-100% homology with the corresponding region of the merA gene of already reported mercury-resistant Gram-positive bacteria. The merE gene involved in the transportation of elemental mercury ($Hg^0$) via cell membrane was cloned for the first time into pHLV vector and transformed in overexpressed C43(DE3) E. coli cells. The recombinant plasmid (pHLMerE) was expressed and the native MerE protein was obtained after thrombin cleavage by size exclusion chromatography (SEC). The purification of fusion/recombinant and native protein MerE by Ni-NTA column, dialysis and fast protein liquid chromatography (FPLC/SEC) involved unfolding/refolding techniques. A small-scale reservoir of wastewater containing $30{\mu}g/ml$ of $HgCl_2$ was designed to check the detoxification ability of selected strains. It resulted in 83% detoxification of mercury by B. cereus AZ-2 and B. cereus AZ-3, and 76% detoxification by Bacillus sp. AZ-1 respectively (p < 0.05).
Background : Activation of the transcription factor NF-${\kappa}B$ has been shown to protect cells from tumor necrosis factor-alpha, chemotherapy, and radiation-induced apoptosis. NF-${\kappa}B$-dependent cIAP expression is a major antiapoptotic mechanism for that. NF-${\kappa}B$ activation and cIAP expression in A549 lung cancer cells which is relatively resistant to radiation-induced cell death were investigated for the mechanism of radioresistance. Materials and methods : We used A549 lung cancer cells and Clinac 1800C linear accelerator for radiation. Cell viability test was done by MTT assay. NF-${\kappa}B$ activation was tested by luciferase reporter gene assay, Western blot for $I{\kappa}B{\alpha}$ degradation, and electromobility shift assay. For blocking ${\kappa}B$, MG132 and transfection of $I{\kappa}B{\alpha}$-superrepressor plasmid construct were used. cIAP expression was analyzed by RT-PCR and cIAP2 promoter activity was performed using luciferase assay system. Results : MTT assay showed that cytotoxicity even 48 hr after radiation in A549 cells were less than 20%. Luciferas assay demonstrated weak NF-${\kappa}B$ activation of $1.6{\pm}0.2$ fold compared to PMA-induced $3.4{\pm}0.9$ fold. Radiation-induced $I{\kappa}B{\alpha}$ degradation was observed in Western blot and NF-${\kappa}B$ DNA binding was confirmed by EMSA. However, blocking NF-${\kappa}B$ using MG132 and $I{\kappa}B{\alpha}$-superrepressor transfection did not show any sensitizing effect for radiation-induced cell death. The result of RT-PCR for cIAP1 & 2 expression was negative induction while TNF-${\alpha}$ showed strong expression for cIAP1 & 2. The cIAP2 promoter activity also did not show any change compared to positive control with TNF-${\alpha}$. Conclusion : We conclude that activation of NF-${\kappa}B$ does not determine the intrinsic radiosensitivity of cancer cells, at least for the cell lines tested in this study.
Kim, Ki-Chan;Lee, Seung-Don;Han, Ju-Hee;Sohng, Jae-Kyung;Liou, Kwang-Kyoung
한국생물공학회:학술대회논문집
/
2000.11a
/
pp.749-754
/
2000
PCR primers were designed based on consensus sequences of dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase, one of the enzymes involved in the biosynthesis of deoxysugar. The PCR product (360 bp) was obtained from Thermus caldophilus GK24. Colony hybridization was carried out to the cosmid library constructed from T. caldophilus GK24 genomic DNA by the PCR product DNA fragment. We isolated a cosmid clone (pSMTC-1) that was subcloned to call pKCB series plasmid (BamHI fragments), partially sequenced and analyzed. pKCB80 (4.2 kb-BamHI DNA fragment) of them showed ORFs that was orfA, orfB, orfC and orfD. The orfABCD gene cluster is the deosysugar biosynthetic gene ; orfA (glucose-1-phosphate thymidylytransferase), orfB (dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase), orfC (dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase) and orfD (dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase). The gene cluster that was related in biosynthesis of dTDP-L-rhamnose was also identified by computer analysis, and we proposed that the biosynthetic pathway of deoxysugar analyzed from DNA sequencing of pKCB80 is from D-glucose-1-phosphate, dTDP-D-glucose, dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose via dTDP-4-keto-L-rhamnose to dTDP-L-rhamnose.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.