• 한국임상수의학회지
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• 제32권1호
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• pp.1-4
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• 2015

개의 10번 염색체에 존재하는 Copper metabolism domain containing 1 (COMMD1) 유전자는 체내 구리 대사를 조절하는 COMMD1 단백질을 합성한다. COMMD1 유전자의 exon 2 결손변이는 단백질의 결핍을 유발하여 베들링턴 테리어 견종에서 상염색체 열성 유전질환인 구리 중독증을 일으킨다. 본 증에 이환된 개체는 담즙을 통한 구리의 배설이 저해되어 간 내에 구리가 축적된다. 본 연구에서는 국내 베들링턴 테리어 257두(수컷 109두, 암컷 148두) 혈액 시료를 사용하여 genomic DNA를 추출하였다. 유전자 결손변이의 분자생물학적 진단을 위해 다중 중합효소 연쇄반응법(multiplex PCR)을 이용하여 COMMD1 유전자의 exon 2 결손 발생 및 그 빈도를 조사하였다. 베들링턴 테리어 257두에서, 정상유전자 동협접합자가 131두(51%), 이형접합자가 108두(42%), 변이유전자 동형접합자가 18두(7%)로 확인되었다. 본 연구를 통해 한국 베들링턴 테리어 개체군의 유전변이 발생 및 그 빈도를 확인하였고, 이는 국내 베들링턴 테리어 개체군의 유전자 선택적 교배계획 설립 및 변이 유전자 확산을 예방하기 위한 기초 자료로서 의의가 있다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제71권5호
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• pp.335-340
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• 2011

Background: Community-acquired pneumonia (CAP) is an important cause of morbidity and mortality throughout the world in all age groups. Viral causes of CAP are less well characterized than bacterial causes. We analyzed the characteristics of hospitalized patients with CAP who had a viral pathogen detected by multiplex polymerase chain reaction (PCR). Methods: Multiplex real-time PCR was performed for respiratory viruses in samples collected from 520 adults who developed CAP at Chungnam National University Hospital. Clinical, laboratory, and radiological features at presentation as well as other epidemiological data were analyzed. Results: Of 520 patients with CAP, a viral pathogen was detected in 60 (11.5%), and influenza A was the most common. The virus detection rate in patients with CAP was highest in November. Two or more pathogens were detected in 13 (21.7%) patients. Seven patients had severe disease and were administered in the intensive care unit. Most patients (49/60, 81.7%) had comorbidities. However, nine (15%) patients had no comorbidities, and their age was <60 years. The ground glass opacity pattern was the most common radiological feature. Seven (11.7%) patients died from CAP. Conclusion: Viral pathogens are commonly detected in patients with CAP, and a respiratory virus may be associated with the severity and outcome of pneumonia. Careful attention should be paid to the viral etiology in adult patients with CAP.

• 한국버섯학회지
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• 제15권3호
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• pp.111-117
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• 2017

본 연구는 밀리타리스 동충하초의 교배형 유전자인 MAT1-1과 MAT1-2 두 종류에 특이적인 프라이머를 사용하여 multiplex PCR을 실시하였고, 그 결과 형성된 MAT1-1과 MAT1-2에 대한 233-bp와 191-bp에서 DNA 밴드를 통해 교배형 및 교배여부를 확인하였고 자실체 특성검정을 통해 품종특성이 우수한 새로운 동충하초 '도원홍초 2호'를 개발하였다. 신품종 '도원홍초 2호'의 자실체는 곤봉형이고 밝은 주황색을 띠었으며, 코디세핀 함량은 0.33%였고 자좌의 굵기와 길이는 각각 3.5 mm와 7.1 cm였다. '도원홍초'와 비교할 때, 새로운 '도원홍초 2호'의 수량은 7%가 증수되었고 경도가 높은 특징을 보였다. 균사생장의 적온은 $20{\sim}25^{\circ}C$였고 버섯 발생의 적온은 $18{\sim}22^{\circ}C$였으며, 접종에서부터 자실체 발생까지의 기간은 49.7일이 소요되었다. 신품종 '도원홍초2호'는 교배형 분자마커를 육종과정에 이용하여 효율성을 높였으며, 우수한 재배적 특성으로 동충하초 인공재배 및 산업적 생산에 기여할 것으로 판단된다.

• 미생물학회지
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• 제48권1호
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• pp.22-28
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• 2012

장염비브리오는 우리나라에서 하절기에 발생하는 식중독의 주요 원인균으로 주로 해수 및 어패류를 통해 인체에 감염된다. 최근 지구 온난화로 해수의 온도가 상승하면서 해양환경 중 세균들의 분포도가 증가하고 또 다양한 항생제에 대한 내성을 보이는 병원균들이 확산되고 있어 국민보건 및 수산양식 등의 분야에 큰 문제로 대두되고 있다. 이에 본 연구에서는 경기, 인천지역 7곳에서 해수 및 어패류 시료를 채취하여 장염비브리오균의 분포도를 모니터링하고 이들의 항생제 내성 양상을 분석하였다. 총 966건의 시료를 $CHROMagar^{TM}$ 및 TCBS 평판배지와 multiplex PCR기법으로 동정했을 때 전체 해수 시료의 61.9%, 어패류 시료의 41.8% 등 총 47.7%의 시료에서 장염비브리오균이 검출되었다. 이들 분리균주들의 항생제 내성을 13종의 항생제에 대해 분석한 결과 97.3%와 87.3%가 각각 vancomycin과 ampicillin에 대해 내성을 보였고 cephalothin (48.8%)과 rifampin (46.1%)에 대한 내성비율도 기타 다른 항생제들에 비해 상대적으로 높은 것으로 나타났다. 분리균주들의 항생제 감수성은 chloramphenicol (91.7%)과 trimethoprim-sulfamethoxazole (91.8%)에 대해 가장 높았고, gentamycin (82.3%), tobramycin (74.8%), nalidixic acid (71.6%), tetracyclin (69.4%), cefotaxime (63.0%) 등의 순서로 감수성 비율이 높았다. 분리균주들의 약 69%가 vancomycin과 ampicillin을 포함하여 3개 이상의 항생제에 대해 다중내성을 보였고 특히 11개 항생제에 대해 내성을 보이는 균주도 2개 검색되었다. 항생제 내성 장염비브리오 분리균주들의 플라스미드 프로파일을 분석한 결과 55.1%가 플라스미드를 보유하고 있었으며, 이들은 총 24가지 유형으로 분류되었으나 플라스미드 프로파일과 항생제 내성 간의 뚜렷한 상관관계는 관찰되지 않았다.

• 생태와환경
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• 제46권3호
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• pp.360-366
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• 2013

본 연구는 하수 및 가축분뇨 처리장 방류수, 하천수를 이용하여 반코마이신 내성 장구균(Vancomycin Resistant Enterococci, VRE)의 검출여부를 확인하고 검출된 장구균의 표현형을 분석함으로써 하천에 대한 공공처리시설의 방류수에 포함되어있는 엔테로코커스의 영향을 파악하여 항생제 내성균이 환경에 미치는 영향 및 항생제 내성 연구에 기초 자료가 되고자 하였다. 엔테로코커스의 동정시험 결과 모두 32균주가 검출되었고 이는 모두 E. faecium으로 동정되었다. Multiplex PCR 시행한 결과 32균주 모두 Van A 표현형에 해당하는 반코마이신 내성 장구균으로 확인되었다. 조사지점별 세균의 E. faecium 집락수의 측정 결과 하수처리장 지역에서 평균적으로 가장 높게 나타났고, 하천 지역의 경우 상류지점에서 하류 지점으로 갈수록 세균의 colony 숫자도 늘어나는 것으로 조사되었다. 하수처리장 방류수 시료 26균주에 대한 최소억제농도 검사 결과, 19개의 항생제 중 내성, 감수성을 보인항생제 수는 각각 14, 5종으로 내성을 보이는 항생제의 수가 약 70% 이상으로 대부분을 차지하였다. 하천 시료 6균주에 대한 최소억제농도 검사 결과, 19개의 항생제 중 내성, 감수성을 보인 항생제 수는 각각 14, 5종으로 내성을 보이는 항생제의 수가 약 70% 이상으로 대부분을 차지하여 하수처리장 방류수 시료의 검사 결과와 동일하였다.

• 한국임상수의학회지
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• 제27권1호
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• pp.62-65
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• 2010

Arowana (Scleropages formosus) is the most valuable group of ornamental fishes and very much in demand in the ornamental fish trade and commands high price ranging from hundreds to thousands of dollars per fish. In this paper, we described a case of mortality of arowana from a private aquarium in Korea. A bacterial pathogen from fish organs (brain, kidney, liver) was cultured, identified and confirmed using Vitek System 2, API 20E test, multiplex PCR and 16S rRNA gene sequencing. The morphological and biochemical properties of the bacterium isolated from the brain, kidney and liver of the fish were similar to Aeromonas sobria. Positive amplification products using the multiplex PCR assay for detection of A. sobria were obtained from these organs. The 16S rRNA gene of the isolates from fish was identical and exhibited 100% sequence similarity with A. sobria (AY987762.1) strain available from GenBank. This bacterium contained hemolysin gene, a virulence factor that plays an important role in outbreaks of disease and is pathogenic to humans as well as in fish. Although this opportunistic bacterium was isolated from a fish without any external symptoms, this pathogen may act as a reservoir and enhance chances of zoonosis to human such as during handling.

• 한국임상수의학회지
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• 제27권5호
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• pp.618-621
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• 2010

서울 소재 수족관에서 관상용으로 사육되었던 giant grouper (Epinephelus lanceolatus) 한 마리가 폐사된 채발견되었다. 폐사어는 2주간 식욕부진, 무기력 및 침울의 증상을 보였다. 폐사어의 장기 (신장, 간 및 비장)로부터 세균을 순수 분리하여 Vitek System 2, API 20E test, multiplex PCR 및 16S rRNA gene sequencing을 수행하여 Photobacterium damselae subsp. damselae로 확진하였다. 본 증례에서, 우리는 국내 수족관에서 사육되었던 giant grouper에서의 Photobacterium damselae subsp. damselae의 분리 및 특성을 보고하고자 한다.

• 생명과학회지
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• 제21권2호
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• pp.257-264
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• 2011

2009년 7월부터 12월까지 순천 소재 한 병원에 내원한 환자의 검체로부터 methicillin 내성 Staphylococcus aureus (MRSA) 75균주와 methicillin 감수성 S. aureus (MSSA) 24균주를 분리하였다. 분리균의 항생제 감수성 조사는 디스크 확산법을 사용하여 측정하였다. 분리균의 독소 유전자 보유는 multiplex PCR을 이용하여 장독소(enterotoxin; SE), 독성 쇼크 증상 독소 1(toxic shock syndrome toxin-1; TSST-1), 피부박탈성 독소(exfoliative toxin; ET) 및 백혈구 용해 독소(Panton-Valentine leukocidin; PVL) 유전자를 검출하였다. 분리된 MRSA 60개 균주는 1개 혹은 2개의 독소 유전자를 가지고 있으며, 22.7%의 균주가 seb, sec, seg, sei와 tst 유전자를 동시에 보유하고 있었으며 18.7%는 sec, seg, sei와 tst 유전자를 동시에 보유하고 있었다. 백혈구 용해독소를 암호하는 pvl 유전자는 검출되지 않았다. MRSA는 sec, seg, sei와 tst 유전자 보유에 높은 상관성을 보였다. MRSA 균주들은 erythromycin (분리균의 89%), gentamicin (70.7%), ciprofloxacin (69.3%), clindamycin (61.3%)과 tetracycline (58.7%)에 내성이 높은 반면, MSSA 균주들은 erythromycin를 제외한 다른 항생제에는 민감하였다. 독소 유전자 seb, sec와 tst는 tetracycline 내성과 높은 상관관계가 있었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제52권5호
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• pp.551-555
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• 2014

Trichomonas vaginalis, a causative agent of trichomoniasis, may trigger symptomatic or asymptomatic non-gonococcal urethritis and chronic prostatitis in men. Despite the availability of highly sensitive diagnostic tests, such as nucleic acid amplification tests, including PCR, few prospective studies present data on male T. vaginalis infection in South Korea. In the present study, the prevalence of T. vaginalis and associated clinical conditions were evaluated in 201 male patients from a primary care urology clinic in South Korea. The prevalence of T. vaginalis infection in our cohort was 4% (8/201) by PCR. T. vaginalis infection was common in men older than 40 years (median age, 52 years). Among the 8 Trichomonas-positive patients, 87.5% (7/8) had prostatic diseases, such as prostatitis and benign prostatic hyperplasia, and 25.0% (2/8) and 12.5% (1/8) were coinfected with Chlamydia trachomatis and Mycoplasma genitalium, respectively. Our results suggest that T. vaginalis infection is not rare in men attending primary care urology clinics in South Korea, especially in those older than 40 years, in whom it may explain the presence of prostatic disease. The possibility of T. vaginalis infection should be routinely considered in older male patients with prostatic diseases in South Korea.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권1호
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• pp.83-95
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• 2023

These days, bacterial detection methods have some limitations in sensitivity, specificity, and multiple detection. To overcome these, novel detection and identification method is necessary to be developed. Recently, NGS panel method has been suggested to screen, detect, and even identify specific foodborne pathogens in one reaction. In this study, new NGS panel primer sets were developed to target 13 specific virulence factor genes from five types of pathogenic Escherichia coli, Listeria monocytogenes, and Salmonella enterica serovar Typhimurium, respectively. Evaluation of the primer sets using singleplex PCR, crosscheck PCR and multiplex PCR revealed high specificity and selectivity without interference of primers or genomic DNAs. Subsequent NGS panel analysis with six artificially contaminated food samples using those primer sets showed that all target genes were multi-detected in one reaction at 10⁸-10⁵ CFU of target strains. However, a few false-positive results were shown at 10⁶-10⁵ CFU. To validate this NGS panel analysis, three sets of qPCR analyses were independently performed with the same contaminated food samples, showing the similar specificity and selectivity for detection and identification. While this NGS panel still has some issues for detection and identification of specific foodborne pathogens, it has much more advantages, especially multiple detection and identification in one reaction, and it could be improved by further optimized NGS panel primer sets and even by application of a new real-time NGS sequencing technology. Therefore, this study suggests the efficiency and usability of NGS panel for rapid determination of origin strain in various foodborne outbreaks in one reaction.