• 한국동물위생학회지
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• 제30권4호
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• pp.489-496
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• 2007

An oligonucleotide microarray system was developed for the simultaneous detection of porcine epidemic diarrhea virus, transmissible gastroenteritis virus, porcine enteric calicivirus, porcine group A and C rotavirus. RNAs of the reference viruses and porcine diarrhea samples were extracted and amplified using one-step multiplex RT-PCR in the presence of cyanine 5-dCTP and hybridized on the microarray chip that spotted the virus-specific oligonucleotides. This system were approximately 10-to 100-fold higher in sensitivity than conventional RT-PCR, and the assay time was less than 3 hours. The relative sensitivity and specificity were 92% and 72.2%, respectively, based on 102 porcine diarrhea samples using RT-PCR as gold standard. These results suggested that the oligonucleotide microarray system in this study be probably more reliable and reproducible means for detecting porcine enteric viruses and that it could be of substantial use in routine diagnostic laboratories.

• 식물병연구
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• 제21권4호
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• pp.326-329
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• 2015

후자린산은 Fusarium이 생성하는 독소로서 다른 Fusarium 독소와 함께 독성을 증진시킬 수 있다. 후자린산 독소를 특이적으로 검출하기 위해 후자린산의 생합성유전자 중 전사인자인 FUB10을 증폭하는 프라이머를 제작하였다. Fub10-f와 Fub10-r 프라이머쌍으로 PCR을 수행했을 때, F. oxysporum, F. proliferatum, F. verticillioides, F. anthophilum, F. bulbicola, F. circinatum, F. fujikuroi, F. redolens, F. sacchari, F. subglutinans, F. thapsinum에서 약 550 bp의 단일밴드가 증폭되었으며 이들은 모두 후자린산을 생성하는 것으로 알려졌다. 반면 트라이코쎄신을 생성하는 종에서는 FUB10 특이 밴드가 증폭되지 않았다. 후자린산은 푸모니신을 생성하는 종에서 함께 생성될 수 있기 때문에 FUB10 프라이머와 푸모니신 생합성유전자인 FUM1 프라이머를 이용한 multiplex PCR을 수행하였다. 그 결과 푸모니신 생성종인 F. proliferatum과 F. verticillioides에서 밴드가 모두 증폭되었으며 이는 두 가지 독소를 생성할 수 있는 종에서 동시 검출이 가능함을 시사하였다.

• Journal of Preventive Medicine and Public Health
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• 제48권1호
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• pp.10-17
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• 2015

Objectives: An outbreak of acute febrile illness occurred in the Republic of Korea Air Force boot camp from May to July 2011. An epidemiological investigation of the causative agent, which was of a highly infective nature, was conducted. Methods: Throat swabs were carried out and a multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay was performed to identify possible causative factors. Results: The mean age of patients who had febrile illness during the study period was 20.24 years. The multiplex RT-PCR assay identified respiratory syncytial virus (RSV) as the causative agent. The main symptoms were sore throat (76.0%), sputum (72.8%), cough (72.1%), tonsillar hypertrophy (67.9%), and rhinorrhea (55.9%). The mean temperature was $38.75^{\circ}C$ and the attack rate among the recruits was 15.7% (588 out of 3750 recruits), while the mean duration of fever was 2.3 days. The prognosis was generally favorable with supportive care but recurrent fever occurred in 10.1% of the patients within a month. Conclusions: This is the first epidemiological study of an RSV outbreak that developed in a healthy young adult group. In the event of an outbreak of an acute febrile illness of a highly infective nature in facilities used by a young adult group, RSV should be considered among the possible causative agents.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제46권2호
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• pp.171-179
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• 2018

Human papillomavirus (HPV) plays a critical role in the development of cervical carcinoma. This study analyzed the efficiency of multiplex real-time PCR in detecting and identifying HPV genotypes in samples from women who visited a Korean hospital for checkups. Cervical swab specimens were obtained from women who attended a checkup at the Health Improvement Center of Hospital in Dankook University Cheonan, South Korea and were referred for an HPV genotyping test between January and September 2014. A total of 1703 cervical swab specimens were collected consecutively during this period. PCR results were compared with those of the traditional cytological assay for the same population. Among the 1,703 specimens, 19.91% were HPV positive, of which 14.50% indicated a single infection and 5.40% indicated multiple infections. However, cytology identified only 2.52% of positive cases, including 1.23% cases of atypical squamous cells of undetermined significance, 1% of low grade squamous intra-epithelial lesion, and 0.29% of high grade squamous intra-epithelial lesion. The rate of high-risk and low-risk HPV in the abnormal cytology group was 48 and 23, respectively, and 274 and 136 in the normal group, respectively. HPV types 56, 52, 43 were the most prevalent in that order. Our results confirm the efficiency of the HPV DNA assay for the detection of 28 different HPV genotypes with reasonable sensitivity. A screening strategy that comprises the HPV DNA assay and cytology would help overcome the low sensitivity of a cytological diagnosis.

• Annals of Clinical Microbiology
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• 제21권4호
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• pp.86-91
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• 2018

배경: PANA RealTyper HPV kit (PANAGENE, Korea; PANA RealTyper)는 multiplex real-time PCR과 melting curve analysis를 이용하여 human papillomavirus (HPV)의 유전자형을 검출한다. 본 연구에서는 PANA Real Typer와 AdvanSure HPV GenoBlot assay (LG Life Sciences, Korea; AdvanSure assay)를 비교하였다. 방법: 자궁경부암 검진을 받은 환자에서 채취한 검체를 60개 수집하였다. AdvanSure assay와 PANA RealTyper는 고위험군 HPV 20종을 검출할 수 있다. 저위험군 HPV의 경우 AdvanSure assay는 15종을, PANA RealTyper는 2종의 유전자형을 구별할 수 있고 18종의 유전자형을 검출할 수 있다. 결과: 총 60개 중 40개 검체에서 54개의 고위험군 유전자형이 검출되었으며 18개 검체에서 20개의 저위험군 유전자형이 검출되었다. 고위험군에서 두 방법 간 일치율은 94.4-100%였다. PANA Real Typer에서만 양성으로 검출된 9개 유전자형 중 7개(HPV 16 (n=1), 39 (n=1), 52 (n=1), 58 (n=2), 68 (n=2))은 진양성으로 판별되었다. AdvanSure assay에서만 양성으로 나온 4개 유전자형 중 3개는 HPV 59였다. 저위험군에서 AdvanSure assay에서 검출된 19개 유전자형 중 HPV 6 2개, HPV 11 1개였다. HPV 6 중 한 개는 PANA RealTyper에서만 양성이었다. 결론: PANA RealTyper는 AdvanSure assay와 동등한 검출력을 보였으며, 임상 검사실에서 HPV 유전자형 검사에 유용하게 쓰일 수 있을 것으로 생각한다.

• 한국식품과학회지
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• 제53권1호
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• pp.1-11
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• 2021

본 논문에서는 최근 10년간(2010-2019년) 바이러스에 의한 식중독 통계 및 바이러스 검출법과 제어법에 대한 자료를 정리하여 나타냈다. 국내에서 지난 10년 동안 바이러스에 의해 발생한 식중독 사고 488건 중 94.9%가 노로바이러스에 의한 것으로 확인되어 노로바이러스가 국내에서 가장 주요한 식중독 바이러스로 생각된다. 노로바이러스를 검출하는 방법으로는 PCR을 이용한 방법이 주로 보고되고 있으며 현재(2020년 12월) 식품 공전에 등록된 방법(고시 제 2010-45호)에 따라 전기 영동을 기반으로 한 one-step RT PCR 및 semi-nested PCR 방법이 널리 이용되고 있다. 또한 최근 DNA sequencing 기술이 발달됨에 따라서 검출된 바이러스의 서열을 분석하여 이미 보고된 바이러스의 서열과 비교한 논문들이 많이 보고되었다. 이 외에도 real-time PCR을 적용한 논문들도 보고되고 있으며 앞으로는 전기 영동을 실시하는 conventional PCR을 대신하여 신속하게 정량 검출이 가능한 realtime PCR의 활용이 늘어날 것으로 생각한다. 기타 바이러스의 검출에 있어서도 역시 PCR을 활용한 방법이 주로 보고되고 있으며 multiplex PCR을 활용하여 여러 종류의 바이러스를 동시에 검출하고자 하는 노력이 이루어지고 있다. 더 나아가서, 자기 면역력 분리와 퀀텀닷 분석 방법 등을 이용한 신속 검출법이 제시되고 있어 앞으로 여러 식품에 오염된 바이러스를 현장에서 신속분리 및 검출하는데 이용할 수 있을 것으로 전망된다. 한편, 노로바이러스는 실험실에서 배양하기가 어렵기 때문에 노로바이러스 제어 연구는 대체재를 이용한 방법들이 주를 이루었다. 옴 가열을 포함한 여러 종류의 열처리와 초고압, 오존, 감마선, 광펄스 등의 비가열 처리를 이용하여 노로바이러스의 저감 정도를 살펴본 연구들이 최근 보고되었다. 일반적으로 물이나 완충용액보다는 식품 샘플에서 바이러스의 저감 정도가 낮게 관찰되었는데 식품 matrix가 이러한 물리적 처리에 간섭 효과를 나타내기 때문으로 생각되며 이를 극복하기 위해서는 여러 물리적, 화학적 처리를 조합하여 처리할 필요가 있다. 기타 바이러스 제어 연구에 있어서는 열, 광펄스, 고압력 등의 물리적 처리와 더불어 살균제(sanitizer)를 적용한 논문들이 보고되고 있으며 식중독 바이러스의 저감 메커니즘에 대한 체계적인 연구가 수행되고 있는 것을 확인하였다. 여러 물리적, 화학적 처리에 대해서 식중독 바이러스가 저항성을 갖는 이유와 사멸되는 메커니즘을 정확하게 이해한다면 추후 여러 식품에서의 바이러스에 대한 안전성을 확보하는데 도움이 될 것으로 사료된다.

• Molecules and Cells
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• 제23권3호
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• pp.379-390
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• 2007

We sequenced and characterized the complete mitochondrial genome of the Japanese fish tapeworm D. nihonkaiense. The genome is a circular-DNA molecule of 13607 bp (one nucleotide shorter than that of D. latum mtDNA) containing 12 protein-coding genes (lacking atp8), 22 tRNA genes and two rRNA genes. Gene order and genome content are identical to those of the other cestodes reported thus far, including its congener D. latum. The only exception is Hymenolepis diminuta in which the positions of trnS2 and trnL1 are switched. We tested a PCR-based molecular assay designed to rapidly and accurately differentiate between D. nihonkaiense and D. latum using species-specific primers based on a comparison of their mtDNA sequences. We found the PCR-based system to be very reliable and specific, and suggest that PCR-based identification methods using mtDNA sequences could contribute to the study of the epidemiology and larval ecology of Diphyllobothrium species.

• 한국어병학회지
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• 제33권2호
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• pp.119-125
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• 2020

2013년부터 2020년까지 제주지역 양식 넙치로 부터 연쇄구균 470 균주를 분리하였다. 분리된 균주를 대상으로 multiplex PCR방법을 이용한 종 동정결과 S. iniae가 92균주(19.6%), S. parauberis가 378균주(80.4%)로 조사되었다. 연도별 경향을 보면 2003년에는 S. iniae와 S. parauberis 분리비율이 각각 56.9%와 43.1%로 조사되었으나 이후 지속적으로 S. iniae의 분리율이 감소하고 S. parauberis 분리율이 증가하기 시작하여 2015년부터는 전체 분리주가 모두 S. parauberis로 확인되었다. S. parauberis로 동정된 균주들에 대하여 PCR을 통한 serotype 분석 결과 subserotype Ia 34.9%, subserotype Ib/Ic 46.3%, serotype II 18.8% 순으로 조사되었다. S. parauberis에 대한 serotype 분포변화 조사 결과에서는 2003년과 2004년에는 serotype II가 각각 59.1%, 50.0%로 가장 많았으나, 2005년부터 2009년 사이에는 subserotype Ib/Ic가 가장 많았으며(각각 57.6%, 86.0%, 84.6%, 57.9%, 83.3%), 2010년부터 이후에는 2015년을 제외하고는 subserotype Ia가 가장 높은 비율로 분리되었고, 최근 3년(2018년부터 2020년)동안을 보면 subserotype Ia가 가장 많은 약 70% 내외이며, subserotype Ib/Ic가 약 16~30%, serotype II는 2018년에는 분리되지 않았으나 2019년과 2020년에 각각 3.4%와 16.7%로 다시 증가하는 경향을 보였다. 넙치의 연쇄구균병은 성어에 발생하여 큰 경제적 피해를 유발하므로 이에 대한 대책연구를 위해서는 지속적인 모니터링 연구가 필요하다고 생각된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제26권2호
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• pp.114-119
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• 2011

본 연구에서는 신선편의 채소와 과일에서 주로 검출되는 대장균(E. coli Ol577:H7), 리스테리아(L. monocytogenes), 살모넬라(Salmonella, spp.), 형색포도상구균(S. aureus)을 검출하고 동정할 수 있는 real time PCR 방법을 melting curve 분석을 활용하여 single tube 반응으로 두 종의 식중독균을 동시 검출하는 방법을 개발하고자 하였다. 대장균의 ${\beta}$-glucuronidase (uidA), 황색포도상구균의 thermonuclease (nuc), 리스테리아의 hemolycin (hly), 살모넬라의 tetrahionate reductase (ttr) 를 특이적으로 검출할 수 있는 4종의 프라이머 세트에 대한 real-time PCR의 melting curve 분석을 통하여 황색포도상구균과 대장균 동시분석 시 $T_m$ 값이 $80.6{\pm}0.9^{\circ}C$와 $86.9{\pm}0.5^{\circ}C$, 리스테리아와 살모넬라 동시분석 시 Tm 값이 $80.4{\pm}0.6^{\circ}C$와 $88.1{\pm}0.11^{\circ}C$로 확인하였고, 그 결과 정제되어진 각 식중독균의 genomic DNA를 주형으로 한 duplex real-time PCR 방법이 uniplex real-time PCR 방법과 마찬가지로 10 genome equivalents 까지 검출할 수 있는 민감도를 나타내었다. 또한, 양배추에 네 종의 식중독균을 접종하고, 증균배양 없이 DNA를 추출하여 duplex real-time PCR 을 수행한 결과 모든 식종목균에서 $10^3$ CFU/g의 검출 한계를 나타내었다. 결과적으로 개발된 melting curve 분석을 이용한 duplex real-time PCR 방법은 식품안전 증진을 위한 시간, 노동력, 비용 절감에 있어서 유효한 방법이 될 것으로 판단된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권5호
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• pp.745-752
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• 2015

Tuberculosis (TB) is the most common mycobacterial infection in developing countries, requiring a rapid, accurate, and well-differentiated detection/diagnosis. For the rapid detection and discrimination of Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) from non-tuberculous mycobacteria (NTM), a novel, simple, and primer-combined single-step multiplex PCR using three primer pairs (6110F-6110R, 1081F-1081R, and 23SF-23SR; annealing on each of IS6110, IS1081, and 23S rDNA targets), hereafter referred to as a triplex PCR, has been developed and evaluated. The expected product for IS6110 is 416 bp, for IS1081 is 300 bp, and for 23S rDNA is 206 bp by single PCR, which was used to verify the specificity of primers and the identity of MTC using DNA extracted from the M. tuberculosis H37Rv reference strain (ATCC, USA) and other mycobacteria other than tuberculosis (MOTT) templates. The triplex PCR assay showed 100% specificity and 96% sensitivity; the limit of detection for mycobacteria was ~100 fg; and it failed to amplify any target from DNA of MOTT (50 samples tested). Of 307 blinded clinical samples, overall 205 positive M. tuberculosis samples were detected by single PCR, 142 by conventional culture, and 90 by AFB smear methods. Remarkably, the triplex PCR could subsequently detect 55 positive M. tuberculosis from 165 culture-negative and 115 from 217 AFB smear-negative samples. The triplex PCR, targeting three regions in the M. tuberculosis genome, has proved to be an efficient tool for increasing positive detection/discrimination of this bacterium from clinical samples.