• 대한임상검사과학회지
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• 제53권3호
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• pp.217-224
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• 2021

전 세계적으로 fluoroquinolone (FQ) 내성 그람음성균이 출현하고 있는 가운데, 최근 우리나라에서 FQ 내성 E. coli의 증가 추세는 심각한 우려를 낳고 있다. 이에 본 연구에서는 2018년 6월부터 12월까지 대전지역의 3차 병원에서 분리된 ciprofloxacin 내성 E. coli 56균주를 대상으로, 역학관계와 FQ 내성 결정인자의 양상을 조사하였다. 역학관계를 확인하기 위해 multilocus sequence typing (MLST)을 실시하였다. PCR과 염기서열 분석은 gyrA, gyrB, parC, parE 유전자의 QRDR에서 염색체상의 돌연변이와 aac(6)-Ib-cr, qepA, qnrA, qnrB, qnrC, qnrD 및 qnrS와 같은 PMQR 유전자의 빈도를 확인하였다. MLST 분석 결과, 12개의 ST를 확인하였으며, 이 중 가장 우세한 ST는 ST131 (31/56, 55.4%)이었고, 순차적으로 ST1193 (13/56, 23.2%), ST405 (3/56, 5.4%)의 결과를 보였다. ciprofloxacin 내성 E. coli 56균주 중 gyrA 유전자에서 83번째 아미노산인 serine (S)이 leucine (L)으로, 87번째 아미노산인 aspartic acid (D)가 asparagine (N)으로 치환되고, parC 유전자에서 80번째 아미노산인 serine (S)이 isoleucine (I)으로, 84번째 아미노산인 glutamic acid (E)가 valine (V)으로 치환된 결과(29/56, 51.8%)가 가장 빈번하게 확인되었고, aac(6)-Ib-cr (19/56, 33.9%)은 가장 흔한 PMQR 유전자로 확인되었다. 이러한 FQ 내성 결정인자의 결과는 다른 클론과 비교하여 ST131에서 더 빈번하게 확인되었다. ciprofloxacin 내성 E. coli 균주에 대한 역학적 특성의 지속적인 모니터링과 FQ 내성 결정인자에 대한 추가 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제30권1호
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• pp.10-24
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• 2014

Genetic diversity and differentiation of 50 Colletotrichum spp. isolates from legume crops studied through multigene loci, RAPD and ISSR analysis. DNA sequence comparisons by six genes (ITS, ACT, Tub2, CHS-1, GAPDH, and HIS3) verified species identity of C. truncatum, C. dematium and C. gloeosporiodes and identity C. capsici as a synonym of C. truncatum. Based on the matrix distance analysis of multigene sequences, the Colletotrichum species showed diverse degrees of intera and interspecific divergence (0.0 to 1.4%) and (15.5-19.9), respectively. A multilocus molecular phylogenetic analysis clustered Colletotrichum spp. isolates into 3 well-defined clades, representing three distinct species; C. truncatum, C. dematium and C. gloeosporioides. The ISSR and RAPD and cluster analysis exhibited a high degree of variability among different isolates and permitted the grouping of isolates of Colletotrichum spp. into three distinct clusters. Distinct populations of Colletotrichum spp. isolates were genetically in accordance with host specificity and inconsistent with geographical origins. The large population of C. truncatum showed greater amounts of genetic diversity than smaller populations of C. dematium and C. gloeosporioides species. Results of ISSR and RAPD markers were congruent, but the effective maker ratio and the number of private alleles were greater in ISSR markers.

• 한국어병학회지
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• 제33권2호
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• pp.127-138
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• 2020

코끼리조개 성패 및 유생으로부터 잠재적 병원성 세균 분리 및 동정을 수행하였다. 분리된 균주는 분자생물학적 기법 및 생화학적 검사를 통해 동정하였으며, 명확한 동정 및 계통수 분석을 위해 16S rDNA와 하우스키핑 유전자 (pyrH, recA, rpoA)를 결합하여 분석하는 MLSA를 적용하였다. 총 141개의 균주가 분리되었으며, 건강한 성패에서는 10개, 수포 병변을 보이는 빈사 상태의 성패에서 52개, 유생에서 79개가 분리되었다. 이 중 빈사상태의 성패에서 46개, 유생에서 39개의 균주가 Vibrio 속 세균으로 동정되었으며, 나머지 균주들은 모두 일반해양세균으로 동정되었다. Vibrio 속 세균 중에서는 수포 병변을 보이는 성패에서 Vibrio splendidus가 가장 많이 분리되었으며 기존의 V. splendidus와 함께 동일한 클러스터를 형성하였다. 하지만, 인위감염실험을 실시하지 않았고 건강한 유생에서도 V. splendidus가 분리되어 성패에서 나타난 수포와 V. splendidus와의 관계는 확실하지 않으며, 차후 추가 연구가 필요할 것으로 생각된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제48권3호
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• pp.389-398
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• 2020

The prevalence of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) is increasing globally, resulting in high mortality rates. Although CRE is a relatively recent problem in Korea (the first case was not diagnosed until 2010), it is responsible for serious morbidities at an alarming rate. In this study, we carried out a molecular genetic analysis to determine the incidence of CRE and carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) at a general hospital in Korea between August 2017 and August 2019. Forty strains of CPE were isolated from various clinical specimens and analyzed via antimicrobial susceptibility testing, polymerase chain reaction to detect β-lactamase genes, deoxyribonucleic acid sequencing, multilocus sequence typing, curing testing, and conjugal transfer of plasmids. The results demonstrated that all 40 isolates were multidrug-resistant. The fluoroquinolone susceptibility test showed that 75% of the Enterobacteriaceae isolates were resistant to ciprofloxacin, whereas 72.5% were resistant to trimethoprim-sulfamethoxazole. Further, conjugation accounted for 57.5% of all resistant plasmid transfer events, which is 4.3-fold higher than that observed in 2010 by Frost et al. Finally, the high detection rate of transposon Tn4401 was associated with the rapid diffusion and evolution of CPE. Our results highlight the rapid emergence of extensively drugresistant strains in Korea and emphasize the need for employing urgent control measures and protocols at the national level.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제20권1호
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• pp.171-178
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• 2009

제한된 분할방법은 어떤 개체의 표현형을 가장 많이 설명할 수 있는 multilocus 유전자형들의 분할된 그룹을 찾는 것이며 연속형 데이터에 적합하다. 또한 이 방법은 인간의 여러 질병에 영향을 주는 유전자를 찾는 방법으로 주로 이용된다. 그러나 본 연구에서는 제한된 분할 방법을 인간의 질병뿐만 아니라 가축의 경제형질에도 적용할 수 있는 것을 보이기 위해 한우의 여러 경제형질인 등심단면적, 도체중과 일당증체량에 영향을 주는 유전자를 규명해 보았다. 그 결과 모든 경제형질에 영향을 주는 유전자로는 SNP (19_1)$^*$SNP (28_2)의 상호작용이 가장 좋은 SNP로 선정되었다. 따라서 이 유전자 SNP (19_1)$^*$SNP (28_2)가 한우의 경제형질에 가장 많은 영향을 준다는 것을 규명하였으며 제한된 분할 방법이 가축의 경제형질에도 적용할 수 있다는 것을 보였다.

• 식물병연구
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• 제29권1호
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• pp.64-71
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• 2023

In October 2021, soft rot disease seriously affected radish crop in Dangjin, Chungcheongnam-do, Korea. The infected radishes were stunted and turned dark green, with yellowish leaf foliage. A slimy, wet, and decayed pith region was observed in the infected roots. The bacterial strain KNUB-03-21 was isolated from infected roots. The biochemical and morphological characteristics of the isolate were similar to those of Pectobacterium brasiliense. Phylogenetic analysis based on the sequences of the 16S rRNA region and the concatenated DNA polymerase III subunit tau (dnaX), leucine-tRNA ligase (leuS), and recombinase subunit A (recA) genes confirmed that the isolate is a novel strain of P. brasiliense. Artificial inoculation of radish with P. brasiliense KNUB-03-21 resulted in soft rot symptoms similar to those observed in infected radish in the field; subsequently, P. brasiliense KNUB-03-21 was reisolated and reidentified. To our knowledge, this is the first report of P. brasiliense as a causal pathogen of radish soft rot in Korea.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제23권3호
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• pp.172-179
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• 2016

목적: Bacillus cereus 는 암환자들에서 기회감염을 일으킬 수 있다. 2013년에서 2014년 기간 동안 삼성서울병원 소아 암 병동에서 B. cereus 균혈증의 급격한 증가가 관찰되었다. 이에 증가된 B. cereus 균혈증에 대해 분자역학적 연구를 시행하였다. 방법: 2001년 1월부터 2014년 6월까지의 기간 동안 B. cereus 균혈증이 발생한 소아 암 환자들을 확인하였다. 이번 연구에서 B. cereus 균혈증은, 오염여부와는 상관없이, 혈액배양검사에서 적어도 한번 이상 B. cereus 가 확인된 경우로 정의하였다. 획득 가능한 균주들에 대해 multilocus sequence typing (MLST) 분석을 시행하였고, 후향적 챠트 리뷰를 실시하였다. 결과: 연구 기간 동안 총 19명의 B. cereus 균혈증 환자가 확인되었다. 그러나, 2013년도에는 B. cereus 균혈증 환자가 급격하게 증가하였다. 또한, 응급실 공사 중이던 2013년 7월의 1주, 2013년 10월의 한주 동안 각각 3명의 환자가 발생하였다. 그러나 MLST 분석상 일정한 패턴이 없는, 다양한 sequence types (STs)들로 확인되었다. 2013년 이전의 5개의 균주들의 ST는 ST18, ST26, ST177, ST147-like type, ST219-like type이었고, 2013년도의 균주들의 ST는 ST18, ST73, ST90, ST427, ST784, ST34-like type, ST130-like type으로 확인되었다. 고찰: MLST 분석상 B. cereus 균주들의 다양한 ST 분포가 확인되었다. 이번 연구에서 단일 ST의 B. cereus 에 의한 균혈증 발생의 가능성은 낮아보인다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제50권4호
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• pp.406-413
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• 2018

최근 P. aeruginosa의 carbapenem에 대한 내성은 전 세계적으로 증가하고 있는 실정이다. 특히 $metallo-{\beta}-lactamases$ (MBLs)는 carbapenem의 고도 내성에 관여하고 있는 것으로 보고되고 있다. 한편, Sequence type 235 (ST235)는 다제내성 클론으로써 국제적으로 보고되고 있으며, IMP-6와 VIM-2 유전자의 확산에도 관여하는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 2008년 3월부터 2014년 6월까지, 대전지역의 3차 병원에서 분리된 carbapenem 내성 P. aeruginosa에서 MBL 유전자를 분석하고 이에 대한 역학관계를 조사하고자 하였다. 항균제 감수성 양상은 디스크 확산법으로 확인하였고, MBL 유전자의 분석을 위해 PCR과 염기서열분석을 수행하였다. 더불어, 역학 관계를 조사하기 위해 multilocus sequence typing (MLST)를 실시하였다. 110 균주의 carbapenem 내성 P. aeruginosa 중, 32균주(29.1%)가 MBL를 생성하였고, IMP-6 (29균주, 90.6%)가 주요하게 확인되었다. VIM-2는 3균주(9.4%)에서 확인되었으며, 모두 ST357로 확인되었다. IMP-6를 생성하는 P. aeruginosa는 모두 다제내성을 보였고, ST235로 확인되었다. ST235 (55균주, 50.0%)는 가장 높은 비율로 확인된 클론이며 7년 동안 지속적으로 확인되었다. 이러한 다제내성 ST235의 확산을 방지하기 위해, carbapenem의 과도한 사용을 제한하고, 지속적으로 모니터링하는 전략이 개발되어야 할 것으로 사료된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권4호
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• pp.500-506
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• 2023

Carbapenem 내성 Klebsiella pneumoniae (Carbapenem-resistant K. pneumonia, CRKP)는 전 세계적인 공중 보건 문제로 대두되고 있다. 최근 Klebsiella pneumoniae carbapenemase-2 (KPC-2) 생성 sequence type (ST)307은 CRKP의 주요 클론으로 확인되었으며, 국내에서 ST307의 확산이 보고되었다. 본 연구에서는 2020년 3월부터 2021년 12월까지 대전지역의 3차 병원에서 분리된 CRKP 50균주를 대상으로, 분자 특성과 항균제 내성 양상을 조사하였다. 역학적 관계는 multilocus sequence typing (MLST)를 통해 분석하였고, 항균제 감수성 검사는 디스크 확산법을 통해 확인하였다. PCR과 DNA 염기서열분석은 carbapenemase 유전자 확인을 위해 수행하였다. CRKP감염은 남성과 60세 이상의 환자에서 훨씬 더 빈번하게 확인되었다. CRKP 50균주 중 46균주(92.0%)는 다제내성(MDR)을 보였고, 44균주(88.0%)는 carbapenemase-producing K. pneumoniae (CPKP)로 확인되었다. 주요 carbapenemase 유형은 KPC-2 (36균주, 72.0%)였으며, New Delhi metallo-enzyme-1 (NDM-1)과 NDM-5는 각각 7균주(14.0%)와 1균주(2.0%)에서 확인되었다. 특히, KPC-2 생성 K. pneumoniae의 88.9% (32/36)가 ST307에 속한 반면, NDM-1,-5 생성 K. pneumoniae의 87.5% (7/8)가 non-ST307에 속한 것을 확인하였다. 이러한 결과는 ST307의 확산 뿐만 아니라 non-ST307의 발달을 예방하기 위한 적절한 감염관리와 효과적인 감시체계가 필요하다고 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제18권10호
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• pp.1325-1330
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• 2008

키버들(Salix koriyanagi)은 관목으로 한국에 고유종이다. 전분 젤 전기영동을 사용하여 남강 상류 저습지에 분포하는 키버들 집단에서 유전적 다양성과 집단구조를 분석하기 위해 집단을 세분하였다. Moran's I값으로 세분화 된 1.0 m 간격별 구간 내 개체들의 대립유전자좌위에서 유의한 상관을 조사한 결과 약 6 m 간격 내 개체들의 뭉침이 나타났으며, 12 m 이상일 경우 유의한 차이가 나타났다. 따라서 키버들의 경우 집단구조가 12 m 이내에서 형성됨을 알 수 있었다. 대부분의 집단이 제한된 유전자 유동과 유효집단의 감소가 예상되며, 겨울철 가뭄과 여름철 홍수로 심한 병목을 유발하고, 주기적인 홍수와 배수로 인한 개체 수의 교란이 발생한 것으로 판단된다.