• 제목/요약/키워드: m-family

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가축 유전체정보 활용 종축 유전능력 평가 연구 - 표지인자 효과 추정 모의실험 (Study on Genetic Evaluation using Genomic Information in Animal Breeding - Simulation Study for Estimation of Marker Effects)

  • 조충일;이득환
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제53권1호
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    • pp.1-6
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    • 2011
  • 연구는 유전체분석에 대해 모의실험한 연구로써 Reference Population (RP)이 구성되었을 때, 표현형 자료가 없고 유전체자료만 있는 Juven 1 또는 Juven 2 세대에 대해 유전평가의 정확도에 대해 알아보고자 연구를 실시하였다. 모의실험의 가정으로 염색체는 1개이며 염색체길이는 100cM로 가정하였다. 초기의 유효집단의 수는 100두의 다형성이 없는 초기집단에서 유전자 효과가 없는 표지인자(Marker)를 0.1cM 및 0.5cM 간격으로 균등하게 단일 염기 돌연변이에 의한 다형성을 발생시켰고 유전자 효과가 있는 QTL 좌위는 Marker와 동수의 비율로 임의위치를 지정하여 돌연변이에 의한 변이성을 생성하였으며 이때 유전자 효과는 Gamma 분포함수(scale=1.66, shape=0.4)에서 생성하였다. 배우자(gamete) 형성과정에서 Haldane의 가정하에 유전자 재조합을 생성하였으며 돌연변이 발생율은 Marker 및 QTL 좌위에서 $2.5{\times}10^{-3}$$2.5{\times}10^{-5}$의 확률로 발생시켜 1000세대까지 세대번식을 유지하였다. 이 후 1001세대부터 1004세대까지 세대당 2000두의 자손을 생성하였으며 이 때 유전력을 0.1 및 0.5의 가정하에 1001~1002 세대에서 표현형 자료를 생성하였고, 1003~1004세대는 오직 유전체자료만 생성하였다. Bayesian 방법을 이용하여 개체별 육종가를 추정하였으며 표지인자간 거리(0.1cM, 0.5cM), 유전력(0.1, 0.5) 및 반형매 집단크기(20두, 4두)에 따라 참육종가와 추정 육종가간의 상관으로 표현되는 육종가 정확도에 대해 비교한 결과 1003세 대에서 표지인자간 거리가 0.1cM 및 0.5cM일 때 육종가의 정확도는 각각 0.87, 0.81였고, 유전력이 0.1 및 0.5 일 때 각각 0.87, 0.94로 추정되었으며, 반형매 집단의 크기가 20두 일 때 0.87, 4두 일 때 0.84로 추정되었다. 위의 결과로 미루어 보아 다량의 SNP 표지정보 및 반형매 집단의 크기가 클수록 즉, 혈연계수가 높은 집단일 때 육종가의 정확도는 높게 나타났다. 유전체선발의 활용시 비교적 높은 정확도로써 조기선발이 가능하며 이로 인한 세대간격을 단축시킬 수 있어 개량의 효율을 높일 수 있을 것으로 사료된다. 반면에 유전체선발은 분석비용이 비싸며, 지속적인 유전체 선발시 특정유전자 선호로 인한 유전적 부동(Genetic Drift) 현상이 발생될 수 있기 때문에 지속적인 SNP 발굴에 대한 노력이 필요한(Meuwissen 2003) 단점이 있으나 한우 또는 젖소와 같은 대가축과 같이 세대간격이 긴 가축에서 유전체선발 할 경우 조기선발로 인한 세대간격 단축과 유전평가의 높은 정확도(0.8이상)로 인해 개량의 효율을 극대화 할 수 있을 것으로 사료된다.

A New Record of Sea Star Genus Nearchaster (Asteroidea: Notomyotida: Benthopectinidae) from East Sea, Korea

  • Shin, Sook
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제31권2호
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    • pp.135-138
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    • 2015
  • An asteroid specimen was collected in adjacent water of Gisamun, Gangwon-do in the East Sea, Korea at a depth of 170 m by fishing net at May 2013. It was identified as Nearchaster (Nearchaster) pedicellaris (Fisher, 1910) belonging to family Benthopectinidae of order Notomyotida, which was new to the Korean fauna. The genus, family, and order of this species were also new to Korean waters. The partial sequence of mitochodrial cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) was determined for the first time and registered at GenBank.

단백질의 기능 분석을 위한 클러스터링 알고리즘 연구 (Research for novel clustering algorithm for protein functional analysis)

  • 한석현;이강만
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2015년도 춘계학술발표대회
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    • pp.737-740
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    • 2015
  • 유전자의 기능분석이 필요한 유전자 데이터의 양의 증가로 기능분석을 위한 다양한 연구들이 진행되고 있다. 단백질의 기능과 구조가 밝혀지지 않은 새로운 단백질들의 그 기능을 예측하기 위해 제안된 가중치를 제안하여 새로운 클러스터링 알고리즘을 개발하였다. 단백질의 기능을 계통에 따라 구별하고 있는 pfam의 protein family database를 이용하여 기능을 알지 못하는 단백질에 대해 protein family를 분류하는 방법을 제안하고, 이미 알고있는 데이터를 이용하여 제안된 방법의 기능분석 및 성능을 평가하고자 한다.

상수리나무 채종원에서 수형목 풍매차대 35가계의 생장 및 가지특성 (Growth and Branch Characteristics of 35 Half-sib Families in a Seed Orchard of Quercus acutissima)

  • 전병환;강규석;한상억;오창영;김장수;김계환
    • 한국육종학회지
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    • 제41권3호
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    • pp.228-235
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    • 2009
  • 상수리나무 실생채종원에서 수형목 풍매차대 35 가계의 생장 및 가지특성 변이에 대한 연구결과를 요약하면 다음과 같다. 채종원 임령 12년생 때의 평균 수고는 9.96 m, 평균 흉고 직경 14.50 cm, 평균 지하고 1.04 m, 평균 수관폭 6.80 m, 평균 가지각도는 $18.82^{\circ}$이었고 평균 통직성 등급은 2.58로 조사되었다. 수고생장에 있어서 075 및 052 가계가 우수하였던 반면에 0511 및 0517 가계는 불량한 것을 나타났다. 또한 흉고직경 생장에 있어서는 075 및 0413 가계가 우수하였고 0725 및 0511 가계가 불량하였다. Pearson 상관 및 Spearman 순위상관 계수는 2006년과 2008년 조사에서 가지각도를 제외한 조사된 모든 형질에 있어서 정의 상관이 있는 것으로 나타났다. 아울러 수고 생장 및 흉고직경 생장이 우수한 가계가 통직성에서도 우수한 것으로 조사되었다. 분산분석 결과, 수고, 흉고직경, 원주재적 및 통직성에 있어 가계간 고도의 유의적인 생장 차이가 있는 것으로 나타났다. 그리고 지하고, 수관폭 및 가지각도에 있어서도 가계간 차이가 인정되었다. 채종원 임령 10년 및 12년의 경우에 개체유전력 보다는 가계유전력이 더욱 높게 추정되었다. 특히 가계유전력이 높게 추정된 수고, 흉고직경 및 통직성은 강한 유전적 영향을 받고 있는 것으로 나타났다. 이러한 결과로부터 개체선발보다는 가계선발에 의하여 더욱 높은 개량효과가 추정됨을 알 수 있었다. 가계선발에 의한 각 조사형질별 개량효과 기대치를 추정한 결과 가지각도에서 개량효과가 가장 높은 것으로 추정되었으며, 그 다음으로 흉고직경, 수고 순이었다. 최종적으로 생장 및 가지특성에 대한 분산분석, 유전력, 유전변이량 등에 근거하여 생장형질별 가중치를 부여하여 가계별 육종가를 추정하였다. 이러한 육종가는 상수리나무 채종원에서 유전간벌을 적용하는데 있어 선발 기준 등 기초 자료로 이용될 수 있을 것이다.

5-값 상호상관관계를 갖는 새로운 비선형 이진수열군의 설계와 선형스팬 분석 (Design and Analysis of Linear Span of A New Family of Non-linear Binary Sequences with 5-Valued Cross-Correlation Functions)

  • 최언숙;조성진;김한두
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제17권3호
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    • pp.619-626
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    • 2013
  • 여러 가지 디지털통신 시스템에서 많이 사용되고 있는 의사 난수열을 설계하는데 있어 가장 중요한 문제는 생성된 수열들 사이의 상호상관관계가 낮은 수열을 생성하는 것이다. 본 논문에서는 Gold 계열의 수열의 합성으로 이루어지는 새로운 이진수열군 $S^r=\{Tr_1^m\{[Tr_m^n(a{\alpha}^t+{\alpha}^{dt})]^r\}{\mid}a{\in}GF(2^n),\;0{\leq}t<2^n-1\}$를 제안하고 $d=2^{n-1}(3{\cdot}2^m-1)$일 때 상호상관관계 함숫값을 구한다. 여기서 n=2m이고 gcd(r, $2^m-1$)=1이다. 또한 특별한 r에 대하여 이진수열군 $S^r$의 선형스팬을 분석한다. 제안된 수열은 Gold 계열 수열의 확장이기도 하고 GMW수열의 확장이기도 하다.

해양미생물 Streptomyces sp. M3로부터 alginate lyase의 클로닝 및 발현 (Cloning and Expression of Alginate Lyase from a Marine Bacterium, Streptomyces sp. M3)

  • 김희숙
    • 생명과학회지
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    • 제19권11호
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    • pp.1522-1528
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    • 2009
  • 알긴산을 분해하기 위하여 갈조류로부터 분해활성이 있는 해양미생물을 분리하였다. 분리된 균주의 16S ribosomal DNA를 분석한 결과 이전에 보고했던 ALG-5 균주와 비슷한 Streptomyces sp.에 속하는 것으로 나타났다. 상동성이 있는 염기서열로 고안한 특이적인 primer로 PCR을 행함로서 Streptomyces sp. M3의 새로운 alginate lyase 유전자를 클로닝하였다. M3 alginate lyase의 예상 아미노산 서열에는 N-terminal 영역에 YXRSELREM 서열과 C-terimnal 영역에 YFKAGXYXQ 서열이 보존되어 있었다. M3 alginate lyase 단백질의 homology model은 Corynebacterium sp. ALY-1으로부터 얻은 단백질인 alyPG와 같이 $\beta$-jelly roll fold를 main domain으로 가지고 있음이 나타났다. M3 alginate lyase 유전자를 가지는 재조합 E. coli의 세포균질액은 polymannuronate block보다는 polyguluronate block에 대하여 높은 분해력을 가지고 있었다. 아미노산 서열 다중정열 및 homology modeling으로부터 얻은 결과는 M3 alginate lyase가 Family PL-7으로 분류될 수 있음을 말해 준다.

낮은 상호 상관관계를 갖는 비선형 확장 이진 수열 (Non-linear Extended Binary Sequence with Low Cross-Correlation)

  • 최언숙;조성진;권숙희
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제16권4호
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    • pp.730-736
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    • 2012
  • 의사난수열은 코드 분할 다중접속과 같은 무선통신에서 중요한 역할을 한다. 여러 사용자가 동시에 시스템에 접속할 때 충돌이 발생 할 수 있는데, 의사난수열의 낮은 상관관계는 그런 통신시스템에서 다중 접속 간섭을 최소화 할 수 있다. 본 논문에서는 Welch bound의 관점에서 최적의 상호 상관관계 함숫값을 갖는 $m$-수열, GMW 수열, Kasami 수열, No 수열 등을 모두 포함하는 낮은 상호 상관관계를 갖는 비선형 확장 이진 수열군을 제안한다. 그리고 제안한 수열의 상호상관관계를 분석한다.

울릉도 연안 수심 1500 m에 서식하는 해양미생물군집의 분포 (Marine Prokaryotic Diversity of the Deep Sea Waters at the Depth of 1500 m Off the Coast of the Ulleung Island in the East Sea (Korea))

  • 김미경;강용호
    • 미생물학회지
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    • 제48권4호
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    • pp.328-331
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    • 2012
  • 울릉도 연안의 심해(1500 m)에 서식하는 미생물의 다양성을 조사하였다. Ultramembrane filter를 사용하여 해양미생물을 여과한 다음 미생물군집 DNA를 정제하여 16S rDNA를 증폭하였다. Pyrosequencing 방법으로 염기서열을 분석한 결과 총 13,029 reads를 얻었으며, 이중에 54.1%가 uncultured bacteria, 23.4%가 alphaproteobacteria, 22.3%가 gammaproteobacteria이었고 flavobacteria, actinobacteria, epsilonproteobacteria 등이 0.2%이내에서 분포하고 있었다. 울릉도 지역의 해양심층수에서 배양이 가능한 것으로 알려진 미생물로서는 alphaproteobacteria의 Rhodobacteraceae과 (family), gammaproteobacteria의 Alteromonadaceae, Halomonadaceae, Piscirickettsiaceae과가 주로 분포하였다.

유교사상을 통한 청소년의 시민윤리의식 실증조사연구 (A Research on Investigation Results of Teenagers' Civic and Ethic Awareness - Confucian values and a Treatise of Human Nature)

  • 문기영;이인영
    • 한국철학논집
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    • 제52호
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    • pp.393-424
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    • 2017
  • 본 연구는 한국 청소년의 유교적 가치관과 시민윤리의식의 관계를 분석하고, 인성론에 입각한 시민윤리의식을 전망함으로서 교육적 방안을 제시하고자, 실증연구방법을 진행하였다. 실증연구에서는 청소년 대상으로 한 설문조사자료에 의하여 통계분석 및 논의를 거쳐 연구목적을 달성하였다. 실증연구 부분에서는 한국 청소년의 유교적 가치관에 대한 인식과, 그에 따른 시민윤리의식과의 관계를 분석하였다. 유교사상의 가치관이 시민윤리의식에 미치는 영향과 관계를 분석함으로서, 청소년들의 유교사상에 대한 수용성과 시민윤리적 유용성을 평가하였다. 본 연구의 대상은 서울, 경기에 소재한 중 고등학교에 재학 중인 남녀 학생 311부의 자료가 실제분석에 사용되었다. 첫째, 본 연구에서 분석하고자 하는 청소년의 유교적가치관 및 시민윤리의식의 수준과 응답경향을 알아보기 위해 기술통계분석을 실시하였으며, 그 결과, 조사대상자들의 유교적가치관에서 세계관 M=3.54, 인간관계관 M=3.66, 도덕함양 M=3.76, 사회질서 M=3.45로 모두 3.0점 이상의 긍정적인 수준을 보였으며, 특히 도덕함양에서 가장 우수한 점수를 나타내었고, 유교적 가치를 사회질서의 기준으로 생각하는 사회질서 요인은 다소 낮게 나타났다. 둘째, 연구대상 청소년의 개인적인 특성에 따른 유교적가치관 하위변인 및 전체 지각 차이를 검증한 결과, 성별에 따라 도덕함양에서 여학생(M=3.85)이 남학생(M=3.64)보다 높게 나타났으며, 가정의 주관적 경제수준에 따라 세계관에서 상위층(M=3.98)이 중하위층(M=3.25), 하위층(M=3.22)보다 높게, 인간관계관에서 중상위층(M=3.79)이 하위층(M=3.46)보다 높게 나타났다. 그리고 가족구성형태에 따라 도덕함양에서 확대가족(M=3.83)이 핵가족(M=3.62)보다 높게, 사회질서에서 확대가족(M=3.54)이 핵가족(M=3.36)보다 높게 나타났다. 셋째, 청소년의 유교적가치관이 시민윤리의식에 미치는 영향을 밝히기 위한 연구문제 검증을 위해, 다중회귀분석의 다층모형을 이용한 위계적 회귀분석을 사용하였다. 그 결과, 유교적 가치관은 인간관계관(${\beta}=.499$), 세계관(${\beta}=.412$), 사회질서(${\beta}=.341$), 도덕함양(${\beta}=.241$) 순으로 시민윤리의식 전체와 유의한 정(+)의 관계를 갖는 것으로 나타났으며, 유교적 가치관은 도덕함양(${\beta}=.458$), 인간관계관(${\beta}=.454$), 사회질서(${\beta}=.362$), 세계관(${\beta}=.158$) 순으로 자율성과 유의한 정(+)의 관계를 갖는 것으로 나타났고, 유교적 가치관은 인간관계관(${\beta}=.295$), 사회질서(${\beta}=.281$), 도덕함양(${\beta}=.232$) 순으로 공동체의식과 유의한 정(+)의 관계를 갖는 것으로 나타났다. 이상의 결과에서 청소년의 유교적 가치관은 시민윤리의식에 유의한 정(+)의 영향을 미치는 것으로 나타나, 유교적 가치관이 높을수록 시민윤리의식도 긍정적임을 알 수 있어, 결국 유교적 가치관이 현대사회 시민윤리의식에 중요한 역할을 하고 있음을 확인할 수 있었다. 그리고 이러한 분석결과를 토대로 한 구체적인 방안으로서, 본 연구에서는 인성론에 입각한 시민윤리의식 교육의 필요성 및 가능성을 언급하였으며, 이를 위해 인(仁)의 인간존중 사상, 이상적 인간상으로서 군자, 바람직한 사회이상 대동사회를 통한 유교윤리와 현대사회 시민윤리의식의 접점을 찾아야 함을 제안하였다.

Effect of Family Size and Genetic Correlation between Purebred and Crossbred Halfsisters on Response in Crossbred and Purebred Chickens under Modified Reciprocal Recurrent Selection

  • Singh, Neelam;Singh, Raj Pal;Sangwan, Sandeep;Malik, Baljeet Singh
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제18권1호
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    • pp.8-12
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    • 2005
  • Response in a modified reciprocal recurrent selection scheme for egg production was evaluated considering variable family sizes and genetic correlation between purebred and crossbred half sisters. The criteria of selection of purebred breeders included pullet's own performance, purebred full and half sisters and crossbred half sister's performance. Heritability of egg production of crossbreds (aggregate genotype) and purebred's was assumed to be 0.2 and genetic correlation between purebred and crossbred half sisters ($r_{pc}$) as 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 1.0, -0.1, -0.2, -0.3, -0.4, -0.5 and -1.0. Number of dams per sire to produce purebred and crossbred progenies assumed to be 5, 6, 7, 8, while number of purebred female progeny ($N_p$) and crossbred progeny ($N_c$) per dam were considered to be 3, 4, 5 and 6 in each case. Considering phenotypic variance as unity, selection indices were constructed for different combinations of dams and progeny for each value of $r_{pc}$. Following selection index theory, response in crossbred and purebred for egg production was computed. Results indicated that response in crossbreds depended mainly on crossbred family size and also on magnitude of$r_{pc}$ irrespective of its direction, and response was greater with large crossbred family size than the purebred families. Correlated response in purebreds depends both on magnitude and direction of $r_{pc}$ and was expected to be greater with large purebred family size only. Inclusion of purebred information increased the accuracy of selection for crossbred response for higher magnitude of$r_{pc}$ irrespective of its direction. Present results indicate that desirable response in both crossbred and purebred performance is a function of $r_{pc}$ and family sizes. The ratio of crossbred and purebred family sizes can be optimized depending on the objective of improving the performance of crossbreds and/or of purebreds.