에볼라 바이러스(Ebola virus disease)와 같은 전염병들은 사회적으로 큰 이슈가 되어 언론의 관심을 받으며 동시에 많은 연구의 대상이 되기도 한다. 이에 따라 국내외로 전염병과 관련된 텍스트 마이닝 연구가 활발하게 진행되고 있으나, 텍스트 마이닝 기법을 사용하여 상이한 특성을 가진 매체 간 주제를 분석한 연구는 아직까지 진행되지 않고 있다. 따라서 본 연구에서는 전염병 중 하나인 에볼라를 키워드로 하여 사회적 특성을 지닌 뉴스 기사와 바이오 분야의 전문적 특성을 지닌 연구 논문 간의 주제 분석을 진행하였다. 텍스트 분석에는 매체별 문헌 데이터로부터 다양한 토픽들을 추출하기 위해 토픽모델링 기법을 적용하였고, 매체 간의 구체적인 내용 분석을 위해 중요 개체를 선정하고 이를 중심으로 동시출현 단어 네트워크 분석을 수행하였다. 또한 각 매체별로 등장하는 주제를 시각적으로 표현하기 위해 토픽맵을 구축하였다. 분석 결과, 두 매체에서 다루는 주제의 차이점과 공통점을 발견할 수 있었으며 동시 출현 주제의 시계열 분석을 통해 매체 간 특성의 차이를 찾을 수 있었다. 본 연구를 통해 상이한 특성을 지닌 매체들의 주제와 개체들을 함께 제시하고, 매체 간의 공통점과 차이점을 보여줌으로써 매체별 정보 생산자들이 연구 및 현상 분석을 진행하는 데 있어 관점의 다양성을 제공할 수 있을 것이다.
최근 몇 년 동안 많은 연구에서 3차원 수치지도를 효율적으로 제작하기 위한 방법론들이 제시되어 왔으나 3차원 수치지도를 제작하는 과정은 아직도 많은 부분들이 수작업이나 반자동 기법에 의존하고 있다. 이는 3차원 수치지도의 제작 및 표현에 많은 시간과 비용을 소요시키게 되므로 3차원 수치지도의 활용성을 저하시키는 주요한 원인이 되고 있다. 따라서 본 연구에서는 이러한 단점을 극복하기 위해 3차원 객체들을 심볼(symbol)의 형태로 표현하고 이를 자동으로 3차원 지형지도에 안착시킴으로써 3차원 수치지도제작을 효율적으로 수행하기 위한 방법론을 제시하였다. 이를 위해 3차원 심볼 라이브러리(library)를 구축하였으며, 2차원 수치지도와 항공레이저측량 자료를 활용하여 심볼의 분류 및 자동 안착을 위한 요소 값들을 결정하였다. 마지막으로 구축된 알고리즘의 평가를 위해 실제 측량자료들을 활용하여 3차원 수치지도를 작성하고, 작성된 지도에 대해 심볼 선택 및 자동안착 과정에 대한 오류 검사를 수행함으로써 구축된 3차원 수치지도의 활용 가능성을 평가하였다. 그 결과 본 연구로부터 구축된 방법론들은 3차원 지도를 작성하는데 있어 안정적이고 효과적인 방법론으로써 사용될 수 있을 것으로 판단되었다.
Kim, Nam-Hoon;Choi, Hong-Il;Jung, Ju-Yeon;Choi, Beom-Soon;Ahn, In-Ok;Lee, Joon-Soo;Yang, Tae-Jin
한국자원식물학회:학술대회논문집
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한국자원식물학회 2010년도 정기총회 및 추계학술발표회
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pp.11-11
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2010
The Korean ginseng, Panax ginseng C. A. Meyer is a popular medicinal herb in Araliaceae. Genetic map in crops provides valuable information for breeding, genetic and genomic researches. However, little information is available for construction of genetic map in ginseng. Up to now, we have produced large amounts of expressed sequence tags (ESTs) from four ginseng cultivars (37Mb, 49Mb, 39Mb, 47Mb from Gopoong, Gumpoong, Chunpoong and Yunpoong respectively using pyrosequencing technique and 5Mb from normalized full-length cDNA library of Chunpoong) to obtain comprehensive information of gene expression, and constructed EST database including ESTs from public database. Till now, we designed 261 SSR primer sets using EST sequences and identified 106 intergenic polymorphic markers. And 44 of the 106 showed polymorphisms among panax ginseng cultivars. Among 44 markers, 27 SSR polymorphic markers were inspected to 51 $F_2$ population from Yunpoong x Chunpoong, which showed good at the fitness of Mendellian segregation ratio 1:2:1. To enrich the number of markers, and thus construct high resolution genetic map which can be used as frame map for further genome sequencing. we are planning to develop large scale EST-derived SNP markers which are available in the F2 population. This study provides genetic information as well as foundation for ginseng researches such as genetics, genomics, breeding, and the final goal for whole genome sequencing. This study was supported by Technology Development Program for Agriculture and Forestry, Ministry for Food, Agriculture, Forestry and Fisheries, Republic of Korea (Grant No. 609001-051SB210).
원격탐사는 넓은 지역을 직접 접촉하지 않고 정보를 취득할 수 있고 다양한 분야에 적용할 수 있음으로써 급속히 발전하게 되었다. 이에 따라 위성의 제원 또한 원격탐사의 발전과 함께 급속한 발전을 이루게 되었다. 이러한 이유로 여러 분야에서 활용에 관한 연구가 활발히 이루어지고 있다. 현재 활용에 관한 연구는 활발히 이루어지고 있지만, 자료처리에 관련된 연구가 부족한 실정이다. 예전보다 인공위성의 제원이 발전하면서 많은 양의 정보 획득이 가능해진 것과 동시에 데이터 크기 또한 매우 커졌다. 이는 과거에 비해 자료의 처리속도가 저하된다는 단점이 존재한다. 따라서 본 논문에서는 병렬 처리의 한 가지 기법인 NVIDIA에서 제공하고 있는 CUDA (Compute Unified Device Architecture) 라이브러리를 활용하여 위성영상 자료처리 성능의 최적화를 목적으로 하고 있다. 본 연구의 순서는 다음과 같다. 다목적실용위성(Korea Multi-Purpose Satellite, KOMPSAT)의 영상을 크기를 기준으로 5가지 Type으로 나눈다. 이렇게 나누어진 영상을 원격탐사 분야의 한 가지 방법인 NDVI (Normalized Difference Vegetation Index)로 구현한다. 이때 CPU (Central Processing Unit, 중앙처리장치) 기반과 GPU (Graphic Processing Unit, 그래픽처리장치) 기반의 두 가지 방법과 상용 소프트웨어인 ArcMap을 이용하여 NDVI를 구현한다. 그리고 동일한 영상 유무를 판단하기 위해 구현된 결과 영상들을 히스토그램과 시각적으로 비교하고 CPU 버전과 GPU 버전의 처리속도를 비교 분석하였다. 연구결과 CPU 버전과 GPU 버전의 결과 영상은 ArcMap으로 구현한 영상과 시각적 그리고 히스토그램 비교를 통해 같은 결과를 나타내어 NDVI 코드는 올바르게 구현되었으며, 처리속도는 CPU보다 GPU가 약 5배 정도 빠른 것으로 확인하였다. 본 연구에서 병렬 처리의 한 기법인 CUDA 라이브러리를 활용하여 위성영상 자료처리 성능을 향상시킬 수 있었으며, 향후 NDVI와 같은 단순한 픽셀 연산 이외에도 다양한 원격탐사 기법의 적용이 필요할 것으로 사료된다.
Sau3AI으로 부분절단한 Serratia marcescens genomic DNA(5Kb 이상)을 pUC19의 BamHI site에 삽입하여 total genomic library를 준비하였다. Swollen colloidal chitin media에서 halo를 형성하는 2개의 E.coli 형질전환주를 선별하였다. 이들 colony가 chitinase 유전자를 갖음을 재확인하기 위하여 4-methylumbelliferyl N-acetyl-$\beta$-D-glucosaminide(4-MuFGlcNAc)를 이용하였다. 4-MuFGlcNAc는 chitinase에 대한 기질특이성을 나타내며 형광을 나타내는 기질로서 positive clone들은 360nm의 자외선을 조사하였을 경우 밝은 형광을 나타낸다. pUC19으로 부터 유래된 2 종류의 다른 chitinase clone, pCH1(11.0Kb) 및 pCH2(7.5Kb)를 genomic DNA library로 부터 분리하였으며, 이들의 제한효소지도를 작성한 결과 서로 다른 제한효소지도를 나타내었다. pCH1EA 및 pCH2로 부터 각각의 EcoRI-Xbal fragment를 subcloning함으로써 두개의 다른 chitinase 유전자의 위치를 결정하였다. pCH1EA 및 pCH2를 cross hybridization 한 결과 hybridization signal을 나타내지 않아 서로 유사성이 없는 것으로 사료된다.
오늘날과 같이 급변하는 환경 하에서 대학도서관이 유기적 조직으로써 다양한 변화에 신축적으로 적응하면서 조직의 총체적인 성과를 측정하기 위해서는 자원을 중심으로 한 양적평가와 서비스를 중심으로 한 질적평가 이외에도 자원 활용의 효율성이나 효과성, 서비스의 제공 능력이나 조직구성원의 잠재능력 등 경영전반에 걸친 균형적인 성과측정표의 개발이 필요하다. 본 연구는 Kaplan과 Norton이 개발한 BSC 모형을 비영리조직인 대학도서관에 적합하게 수정하여 고객, 자원, 내부 프로세스, 학습 성장의 네 관점으로 그 모형을 개발하고, 각 관점별 전략에 대한 전략지도와 측정지표를 개발하였다. 궁극적으로 본 연구는 대학도서관에 전략적 계획과 균형성과표를 연계하여 적용함으로써 대학도서관 조직의 전략적 계획에서 성과까지의 전체적이고 포괄적인 그림을 제시하는 전략적 통합 경영지표를 제시하고자 하였다.
본고는 링크드데이터를 위한 도서관 분야의 온톨로지 BIBFRAME 개발에 따라 국내에서 BIBFRAME 적용을 위한 구체적인 방안을 마련하는 것이다. 이를 위해 문헌연구, 사례조사, 설문조사를 실시하였고, 사례조사로 BIBFRAME을 개발한 미의회도서관과 BIBFRAME 프로젝트를 진행하는 LD4P를 분석하고, 설문조사에서는 국내 목록사서를 대상으로 링크드데이터 관련 용어의 이해도, 링크드데이터 구축을 위해 필요한 조건 등에 대해 조사하였다. 이를 바탕으로 국내에서 BIBFRAME을 도입하기 위한 적용방안을 다음과 같이 제시하였다. 첫째, 이름전거, 주제명 등의 기존 전거데이터를 링크드데이터로 출판하는 것뿐만 아니라 도서관에서 통제어휘로 사용하거나 데이터 값으로 사용하는 용어집도 링크드데이터로 생성해야 한다. 둘째, 국내에서 BIBFRAME의 적합성을 판단하고, 확장 모델링을 개발할 필요가 있으며, KORMARC과의 매핑 테이블 작성과 변환기 및 입력기의 시스템 개발도 요구된다. 셋째, BIBFRAME과 같은 링크드데이터 구축이 사서의 고유 업무가 될 수 있도록 사서를 대상으로 한 체계적인 교육프로그램이 개발되어야 한다. 따라서 본 연구는 국내에서 BIBFRAME 구축을 위한 실질적인 적용방안을 모색하였다는 점에서 그 의의가 있다.
Kim, Woo-Jin;Shin, Eun-Ha;Kong, Hee Jeong;Nam, Bo-Hye;Kim, Young-Ok;Jung, Hyungtaek;An, Cheul Min
Fisheries and Aquatic Sciences
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제16권4호
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pp.303-309
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2013
Microsatellite markers are important for gene mapping and for marker-assisted selection. Sixty-five polymorphic microsatellite markers were developed with an enriched partial genomic library from olive flounder Paralichthys olivaceus an important commercial fish species in Korea. The variability of these markers was tested in 30 individuals collected from the East Sea (Korea). The number of alleles for each locus ranged from 2 to 33 (mean, 17.1). Observed and expected heterozygosity as well as polymorphism information content varied from 0.313 to 1.000 (mean, 0.788), from 0.323 to 0.977 (mean, 0.820), and from 0.277 to 0.960 (mean, 0.787), respectively. Nine loci showed significant deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium after sequential Bonferroni correction. Analysis with MICROCHECKER suggested the presence of null alleles at five of these loci with estimated null allele frequencies of 0.126-0.285. These new microsatellite markers from genomic libraries will be useful for constructing a P. olivaceus linkage map.
Kim, Jong-Guk;Hwang, Seon-Kap;Kwon, Kaeg-Kyu;Nam, Joo-Hyun;Hong, Soon-Duck;Seu, Jung-Hwn
Journal of Microbiology and Biotechnology
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제2권4호
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pp.237-242
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1992
In order to clone the gene coding for alkaline phosphatase in the yeast Kluyveromyces fragilis, a genomic library was constructed using the yeast-E. coli shuttle vector pHN114 as a cloning vector. From the genomic library, a clone carrying the gene was isolated and the plasmid was designated as pSKH101. A restriction enzyme map was made using this plasmid. Subcloning experiments and complementation studies showed that alkaline phosphatase was active only in the original 3.1 kb insert. Southern hybridization analysis confirmed that the cloned DNA fragment was derived from K. fragilis genomic DNA. Using a minicell experiment, the product of the cloned gene was identified as a protein with a molecular weight of 63 KDa. A 0.6 kb HindIII fragment, which showed promoter activity, was isolated using the E. coli promoter-probe vector pKO-1.
The genomic DNA was prepared from trout liver which was treated with 3-methycholanthrene, and cloned into lambda EMBL3 at BamHl site. The genomic library was constructed via infections of these recombinant phages into E. coli K802, and screened by the most $5^I$-portion of trout CYP1A1 cDNA. After the screening of $10^9$ clones of the amplified library, 12 positive clones were isolated, and subjected to further screenings. The results of southern blot hybridization of genomic DNA prepared from the positive clone showed the presence of a single gene of CYP1A1, and 3.5 Kb PstI fragment that hybridizes with the most $5^I$-region DNA of CYP1A1 cDNA. The restriction map of PstI fragment was determined by the restriction digestion with various enzymes. The nucleotide sequence of the upstream genomic DNA of CYPIAI was determined by DNA sequencing of exonuclease III unidirectionally deleted PstI fragment DNA using $[^{35}/S]$dATP. This paper presented the upstream genomic DNA of CYP1A1 contained a part of coding region which was about 351 base pairs (from ATG to PstI site at 3563).
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[게시일 2004년 10월 1일]
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