• 제목/요약/키워드: l6S rDNA

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야생 효모의 분리.동정 및 이를 이용한 포도주 제조 (Isolation and Identification of Wild Yeast and Its Use for the Production of Grapewine)

  • 김정인;이남근;함영태
    • 미생물학회지
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    • 제43권3호
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    • pp.217-221
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    • 2007
  • 거봉 포도로부터 분리하여 동정한 야생효모 Saccharomyces cerevisiae IJ850을 이용, 국내산 캠벨얼리와 거봉포도를 발효시켜 적포도주를 제조하고, 이의 발효특성을 분석함으로서 포도주제조용 발효균주로서의 가능성을 알아보고자 하였다. 야생발효균주의 분리를 위하여 안성지역 거봉포도와 캠벨얼리 포도즙을 실온에서 6일 동안 스타터의 첨가없이 자연발효시켜 우세균주를 분리하였다. 거봉에서 분리된 효모의 발효능이 캠벨얼리에서 분리된 효모보다 1.8배정도 높았다. 거봉에서 분리한 발효균주를 분자 생물학적 인 방법 인 26S rDNA 염기서열에 근거하여 동정한 결과, Saccharomyces cerevisiae와 99.7%의 유사성을 나타내어 Saccharomyces cerevisiae IJ850으로 동정되었다. 분리균주를 이용한 포도주의 제조에서는 캠벨얼리와 거봉포도즙의 최종 당도를 $25^{\circ}Brix$로 포도당을 이용하여 보당하고, 이산화탄소를 발효조에 채우고, 실온에서 10일간 발효시켰다. 포도주의 수율은 캠벨얼리가 75%, 거봉이 85%였고 최종 알코올 도수는 캠벨얼리가 11.0%, 거봉이 13.0%이었다. 산업용발효균주인 S. cerevisiae EC-1118과 비교한 결과 총산도는 캠벨얼리와 거봉포도주 모두에서 산업용 발효균주인 EC-1118에 비하여 분리한 S. cerevisiae IJ850에서 낮은 수치를 보였다. 포도주의 pH와 색도 분석에서는 S. cerevisiae IJ850과 S. cerevisiae EC-1118로 제조한 포도주모두에서 비슷한 수치를 보여주었으나, 페놀 성분분석에서는 S. cerevisiae EC-1118로 제조한 캠벨얼리 포도주에서 125 mg/L의 함량을, S. cerevisiae IJ850으로 제조한 거봉포도주에서 75 mg/L의 함량을 나타내었다. 따라서 국내 거봉포도로부터 분리한 S. cerevesiae IJ850는 포도주 생산에 사용될 수 있는 균주로써 그 가능성을 보여주었다.

김치로부터 분리한 Lactobacillus plantarum JK-01의 동정 및 생리적 특성 (The Identification and Physiological Properties of Lactobacillus plantarum JK-01 Isolated from Kimchi)

  • 조진국;이관호;조성진;윤여창;황성구;허강칠;최일신
    • 한국축산식품학회지
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    • 제27권3호
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    • pp.363-370
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    • 2007
  • 김치의 L. plantarum의 생균제적 특성을 조사하기 위하여 김치에서 산생산과 성장능력 등이 우수한 25종의 Lactobacillus sp.를 분리하였고, API kit 분석에 의하여 L. plantarum을 동정하고 재차 16S rDNA 염기서열(99.9% 상동성)을 비교한 후 L. plantarum JK-01로 표기하였다. L. plantarum JK-01은 MRS broth에서 배양시 18시간 후 $2.9{\times}10^{10}CFU/ml$로 최대로 증식하는 빠른 성장특성을 나타냈으며 pH도 4.5로 조속히 하강하였다. 효소활성은 xylanase, amylase, protease, phytase의 순으로 높은 활성을 포함하고 있는 것으로 예측되었다. L. plantarum JK-01은 pH 2에서도 $1.36{\times}10^5CFU/mL$가 생존하였고, 1%의 담즙산에서도 약 $10^6CFU/mL$이상이 생존하여 내산성과 내담즙산성이 강한 것으로 나타났다. 또, $60^{\circ}C$에서도 $3.3{\times}10^3$ CFU/mL 정도로 생존하는 내열성이 있었으며, 대장균과 함께 배양시 18시간 후 대장균을 사멸시키는 것으로 나타났다. 이상의 결과로부터 분리한 L. plantarum JK-01은 생균제로서 충분히 이용가치가 있는 것으로 사료되었다.

성인으로부터 분리된 Lactobacillus casei CU2604의 우유배지에서의 생장 특성 및 생리적 특성 (Growth Characteristics and Physiological Properties in Milk of Lactobacillus casei CU2604 Isolated from Adult Feces)

  • 김희진;최재경;이경민;임중현;엄석진;김근배
    • 한국축산식품학회지
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    • 제29권5호
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    • pp.619-626
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    • 2009
  • 이 연구는 성인분변으로부터 발효유 제조에 이용되는 probiotic로서의 우수한 능력을 지닌 균주를 선발하는데 목적을 두었으며 선택배지에서의 성장, 그람 양성, 현미경 관찰을 통해서 간균인 총 204개의 sample 중에서 10% skim milk에서 24시간 배양 후 커드 형성 여부에 따라 19개를 선발하였고, 2차 계대하여 48시간 후에 커드 형성 여부를 통해 6개를 선발하였다. 그 중에서 산 생성 능력이 우수한 균주를 3개 선발하여 원유로부터 분리한 L. casei MCL과 L. casei YIT 9029의 특성을 비교하였다. 선발된 균주는 그람 양성이고, 간균이며, 당 발효 실험과 16S rDNA 분석결과 Lactobacillus casei로 판명되어 L. casei CU2604, L. casei CU3204, L. casei LC8로 명명하였다. 이중 L. casei YIT 9029과 동일한 당 발효패턴을 보인 L. casei CU2604는 pH 변화와 생균수의 변화가 L. casei YIT 9029와 비슷한 양상을 보이고 PFGE 패턴이 같았다. 그러나 세포벽 지방산조성 분석결과를 통하여 L. casei YIT 9029와는 다른 균주임을 알 수 있었으며, 담즙내성, pH내성은 더 우수한 결과를 보였고, 또한 L. casei CU2604는 병원성균에 대하여 우수한 생육억제 능력을 나타내었다. 이러한 결과를 토대로 L. casei CU2604는 상업용 균주에 못지 않은 스타터로서의 특징을 가지고 있는 것으로 판단되며, 이 균주의 probiotics 특성에 대한 추가적인 연구가 진행 중에 있다.

Immunization with Brucella abortus recombinant proteins protects BALB/c mice from Brucella abortus 544 infection

  • Arayan, Lauren Togonon;Tran, Xuan Ngoc Huy;Reyes, Alisha Wehdnesday Bernardo;Huynh, Tan Hop;Vu, Hai Son;Min, WonGi;Lee, Hu Jang;Kim, Suk
    • Journal of Preventive Veterinary Medicine
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    • 제42권4호
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    • pp.157-162
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    • 2018
  • This study evaluated the protective effects of a combination of eight B. abortus recombinant proteins that were cloned and expressed into a pMal vector system and $DH5{\alpha}$: nucleoside diphosphate kinase (rNdk), 50S ribosomal protein (rL7/L12), malate dehydrogenase (rMDH), DNA starvation/stationary phase protection protein (rDps), elongation factor (rTsf), arginase (rRocF), superoxide dismutase (rSodC), and riboflavin synthase subunit beta (rRibH). The proteins were induced, purified, and administered intraperitoneally into BALB/c mice. The mice were immunized three times at weeks 0, 2, and 5 and then infected intraperitoneally (IP) with $5{\times}10^4CFU$ of virulent B. abortus 544 one week after the last immunization. The spleens were collected and the bacterial burden was evaluated at four weeks post-infection. The results showed that this combination produced a significant reduction of the bacterial burden in the spleen with a log reduction of 1.01 compared to the PBS group. Cytokine analysis revealed induction of the cell-mediated immune response in that TNF (tumor necrosis factor) and proinflammatory cytokines IL-6 (Interleukin 6) and MCP-1 (macrophage chemoattractant protein-1) were elevated significantly. In summary, vaccination with a combination of eight different proteins induced a significant protective effect indicative of a cell mediated immune response.

Lactobacillus plantarum Bacteriophage SC 921의 phage particle protein 및 genome의 특성 (Phage Particle Proteins and Genomic Characterization of the Lactobacillus plantarum Bacteriophage SC 921.)

  • 김재원;신영재;심영섭;유승구;윤성식
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제26권2호
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    • pp.117-121
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    • 1998
  • 김치로부터 분리한 Lactobacillus plantarum bacteriophage SC 921은 M.O.I가 0.2일 경우 용균효과가 빠르게 진행됨을 알 수 있었고, SDS-PAGE를 실시하여 phage particle protein을 조사해 본 결과 4개의 major protein으로 구성되어 있는데 이들은 각각 48, 34, 32, 29 kDa으로 구성되어 있다. Exo III로 30분간 반응시킨 후 S1 nuclease를 처리하여 DNA의 형태를 조사해 본 결과 intact DNA는 linear form의 double strand를 유전전달 물질로 가지고 있었다. 제한효소에 대한 절단 효과를 조사한 결과, Sma I에 대해서 1개, Xba I, Cla I, Kpn I, EcoRI에 대해서 각각 2, 4, 5, 6개의 절단부위를 가지고 있으며, Hind III에 대해서는 절단부위가 매우 많은 것을 알 수 있었다. Hind III를 이용하여 intact DNA의 genome size를 측정해본 결과 약 66.5 kbp정도였다. 위의 실험결과와 restriction enzyme mapping을 통해 기존에 알려진 bacteriophage B2와 비교해본 결과 숙주 균주는 같으나 단백질적인 구조나 유전전달물질로 본 구조는 서로 다름을 알 수 있었다.

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강낭콩의 현탁배양시 증식과 세포벽 다당류 전환에 미치는 생장조절제 및 질소원의 장기간 효과 (Long-Term Effects of Growth Regulators and Nitrogen Sources on Proliferation and Turnover of Cell Wall Polysaccharides in Suspension Culture of Kidney Bean (Phaseolus vulgaris L.))

  • CHAI, Youn Kyung;KIM, Kyong Ho;YEO, Up Dong;SAKURAI Naoki
    • 식물조직배양학회지
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    • 제25권6호
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    • pp.477-485
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    • 1998
  • 감자 plastid 형질전찬을 위한 새로운 DNA 절편을 확보하고자, 감자의 trnK-matK 유전자를 PCR 방법으로 클로닝하고 특성을 조사하였다. 염기서열 분석을 통하여 trnK-matK 유전자에는 두 종류의 polymerase 인지부위[Prokaryotic site(plastid encoded polymerase)와 eukaryotic site (nuclear-encoded polymerase)]가 족재함을 알 수 있었다. 이 사실은 trnK-matK 유전자의 발현이 광합성조직과 비광합성조직에서 서로 다른 polymerase에 의하여 조절됨을 시사하였다. 한편 MatK의 아미노산서열을 분석한 결과 식물에 따라 아미노산 identity가 39-75%로 다양하였으나, 감자와 담배는 98%의 아주 높은 identity를 보였다. Northern분석을 통하여 포장과 기내에서 생육된 감자 식물체 모두에서, trnK-matK 의 전사 수준이 잎에서 높고 괴경에서는 낮음을 알 수 있었다. 한편 잎에서의 16s rDNA의 전사수준은 괴경에 비해 약 50배 높았다. 이것으로 미루어보아 괴경에서 수준이 낮을 것은, 괴경에서는 plastid genome copy 수가 적거나 plastid 수가 적기 때문으로 추정된다. 이상의 결과로서 엽록체와 amyloplst 모두에서 trunK-matK 유전자가 활발하게 발현되고 있음을 알 수 있었다. Plastid genomic DNA의 Southern 분석을 통하여 trnK는 1 copy로 존재하고, matK는 trnK intron을 포함하고 있음을 확인하였다. 따라서 감자 plastid형질전환의 새로운homologous recombination 부위로 trnK-matK유전자를 이용할 수 있을 것이다.

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Molecular Analysis of Colonized Bacteria in a Human Newborn Infant Gut

  • Park Hee-Kyung;Shim Sung-Sub;Kim Su-Yung;Park Jae-Hong;Park Su-Eun;Kim Hak-Jung;Kang Byeong-Chul;Kim Cheol-Min
    • Journal of Microbiology
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    • 제43권4호
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    • pp.345-353
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    • 2005
  • The complex ecosystem of intestinal micro flora is estimated to harbor approximately 400 different microbial species, mostly bacteria. However, studies on bacterial colonization have mostly been based on culturing methods, which only detect a small fraction of the whole microbiotic ecosystem of the gut. To clarify the initial acquisition and subsequent colonization of bacteria in an infant within the few days after birth, phylogenetic analysis was performed using 16S rDNA sequences from the DNA iso-lated from feces on the 1st, 3rd, and 6th day. 16S rDNA libraries were constructed with the amplicons of PCR conditions at 30 cycles and $50^{\circ}C$ annealing temperature. Nine independent libraries were produced by the application of three sets of primers (set A, set B, and set C) combined with three fecal samples for day 1, day 3, and day 6 of life. Approximately 220 clones ($76.7\%$) of all 325 isolated clones were characterized as known species, while other 105 clones ($32.3\%$) were characterized as unknown species. The library clone with set A universal primers amplifying 350 bp displayed increased diversity by days. Thus, set A primers were better suited for this type of molecular ecological analysis. On the first day of the life of the infant, Enterobacter, Lactococcus lactis, Leuconostoc citreum, and Streptococcus mitis were present. The largest taxonomic group was L. lactis. On the third day of the life of the infant, Enterobacter, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, S. mitis, and Streptococcus salivarius were present. On the sixth day of the life of the infant, Citrobacter, Clostridium difficile, Enterobacter sp., Enterobacter cloacae, and E. coli were present. The largest taxonomic group was E. coli. These results showed that microbiotic diversity changes very rapidly in the few days after birth, and the acquisition of unculturable bacteria expanded rapidly after the third day.

Nucleotide Analysis of Phaffia rhodozyma DNA Fragment That Functions as ARS in Saccharomyces cerevisiae

  • Chung, Hee-Young;Hong, Min-Hee;Chun, Young-Hyun;Bai, Suk;Im, Suhn-Young;Lee, Hwanghee-Blaise;Park, Jong-Chun;Kim, Dong-Ho;Chun, Soon-Bai
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제8권6호
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    • pp.650-655
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    • 1998
  • The chromosomal DNA fragment from Phaffia rhodozyma CBS 6938 which is able to autonomously replicate in the yeast Saccharomyces cerevisiae was cloned on an integrative URA3 plasmid. Its minimal fragment exhibiting autonomously replicating activiy in the S. cerevisiae gave a higher frequency transformation efficiency than that found for centromere-based plasmid, and enabled extrachromosoma1ly stable transmission of the plasmids in one copy per yeast cell under non-selective culture condition. The 836-bp DNA element lacked an ORF and did not contain any acceptable match to an ARS core consensus. Sequence analysis, however, displayed a cluster of three hairpin-Ioop-sequences with individual $\triangle {G_{25}}^{\circ}C$ free energy value of -10.0, -17.5, and -17.0 kcal. $mor^{-l}$as well as a 9-bp sequence with two base pair mismatches to the S. cerevisiae/E. coli gyrase-binding site. This 836-bp sequence also included one 7-bp sequence analogous to the core consensus of centromeric DNA element III (CDEIII) of S. cerevisiae, but CDEIII-like 7 bp sequence alone did not give a replicative function in this yeast.

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Construction of a Biofilter Immobilized with Rhodococcus sp. B261 for Removal of H2S Gas Generated by Livestock

  • Yun, Soon-Il
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제51권6호
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    • pp.307-314
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    • 2008
  • To explore the optimal conditions for the removal of $H_{2}S$ gas by biofiltration, various conditions, including inlet $H_{2}S$ concentration, flow rate, moisture, and cell number, were examined. Heterotrophic bacteria were isolated from the compost of the animal excreta. A strain that effectively removed $H_{2}S$ was selected and identified as Rhodococcus rhodochrous B261 by analysis of its 16S rDNA sequence. A cell number of $10^{7}\;cfu/g^{-}compost$ was sufficient to dominate the microbiota, and an effective removal was observed at $H_{2}S$ gas concentrations below 220 mg/L. The moisture content of 33-38% was suitable for activation of the microbial activity and delaying the desiccation. Higher flow rates resulted in lower removal rates of the $H_{2}S$ gas. Under the conditions of $10^7\;cfu/g^{-}compost$, $H_{2}S$ gas concentrations of 220 mg/L, and moisture content of 33-38%, the inlet $H_{2}S$ gas concentrations of 120 and 400 mg/L were completely removed for 34 and 12 days, respectively. The amount of sulfur removed was $2.99{\times}10^{-9}H_{2}S-S/cell$, which was suggested as the amount of sulfur removed by a single cell. The biofilter consisting of the compost and R. rhodochrous B261 could be suitable for a long-term biofilteration for the removal of $H_{2}S$ and other malodorous compounds.

Identification of Streptomyces sp. KH29, Which Produces an Antibiotic Substance Processing an Inhibitory Activity Against Multidrug-Resistant Acinetobacter baumannii

  • Lee, Keyong-Ho;Kim, Gye-Woong;Rhee, Ki-Hyeong
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제20권12호
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    • pp.1672-1676
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    • 2010
  • The Actinomycete strain KH29 is antagonistic to the multidrug-resistant Acinetobacter baumannii. Based on the diaminopimelic acid (DAP) type, and the morphological and physiological characteristics observed through the use of scanning electron microscopy (SEM), KH29 was confirmed as belonging to the genus Streptomyces. By way of its noted 16S rDNA nucleotide sequences, KH29 was found to have a relationship with Streptomyces cinnamonensis. The production of an antibiotic from this strain was found to be most favorable when cultured with glucose, polypeptone, and yeast extract (PY) medium for 6 days at $27^{\circ}C$. The antibiotic produced was identified, through comparisons with reported spectral data including MS and NMR as a cyclo(L-tryptophanyl-L-tryptophanyl). Cyclo(L-Trp-L-Trp), from the PY cultures of KH29, was seen to be highly effective against 41 of 49 multidrug-resistant Acinetobacter baumannii. Furthermore, cyclo(L-Trp-L-Trp) had antimicrobial activity against Bacillus subtilis, Micrococcus luteus, Staphylococcus aureus, Saccharomyces cerevisiae, Aspergillus niger, and Candida albicans, However, it was ineffective against Streptomyces murinus.