• 제목/요약/키워드: internal transcribed spacer(ITS)

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Fusarium oxysporum에 의한 콜라비 시들음병 (First Report of Fusarium Wilt Caused by Fusarium oxysporum on Kohlrabi in Korea)

  • 최인영;김주;주호종;박지현;신현동
    • 식물병연구
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    • 제21권1호
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    • pp.27-31
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    • 2015
  • 2014년 봄 전라북도농업기술원 시험포장에서 콜라비 시들음병이 관찰되었다. 병징은 생육초기 건전주에 비해 생육이 더디고 신초부터 시들음 증상이 나타나기 시작하였으며, 오래된 잎은 마르고 뒤틀리다가 더 이상 생육을 하지 않고 고사하였다. 감자한천배지에서 윤문형 핑크빛-흰색으로 양모상으로 생육하였다. 대형분생포자는 길이가 짧고 낫모양-일자형으로 세포벽이 얇고 주로 3개의 격벽이 있었다. 소형분생포자는 균사로부터 짧은 monophialides 위에 많이 형성되었으며, 투명하고, 난형 내지 타원형, 격벽이 없거나 1개이며, 드물게 2개이며, 크기는 $4-11{\times}2.5-5{\mu}m$이었다. 균학적 특징, 병원성 검정, ITS rDNA, TEF 염기서열 비교분석 등의 결과를 바탕으로 이 병은 우리나라에서 지금까지 보고되지 않은 Fusarium oxysporum에 의한 콜라비 시들음병으로 명명하고자 한다.

제주 수생식물에서 분리한 내생균류의 다양성 (Diversity of Endophytic Fungal Strains from Jeju Aquatic Plants)

  • 오유선;문혜연;고재덕;정남일
    • 생명과학회지
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    • 제27권6호
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    • pp.661-672
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    • 2017
  • 내생균류는 숙주식물 내에서 생물학적 그리고 비생물학적 스트레스로부터 저항성을 갖는데 도움을 준다. 수생식물은 수생환경에 서식하며 육상식물보다 수분스트레스에 더 많이 노출되어있다. 본 연구에서는 제주에 있는 남생이못, 수장동습지, 용수저수지, 강정천 4개의 습지에서 11개의 수생 수변식물을 채집하여 연구하였다. 전처리를 통해 식물 외생균을 제거하고 뿌리에서 내생균류를 분리하였다. 남생이못에서 126균주, 수장동습지에서 22균주, 용수저수지에서 44균주, 강정천에서 32균주가 분리되어 총 224개의 내생균류를 분리하였다. 분리된 균은 ITS를 이용해 동정한 후, 다양성 분석을 하였다. 남생이못에서 분리된 내생균류는 4개 문(Phylum), 7개 강(class), 12개 목(order), 19개 과(family), 30개 속(genus)로 구분되었다. 수장동습지에서 분리된 내생균류는 4개 문, 5개 강, 6개 목, 11개 과, 11개 속으로 구분되었으며, 용수저수지에서 분리된 내생균류는 4개 문, 5개 강, 7개 목, 12개 과, 13개 속으로 구분되었다. 강정천에서 분리된 내생균류는 1개 문, 2개 강, 5개 목, 7개 과, 9개 속으로 구분되었다. 4개의 습지에서 공통으로 분리된 속은 Alternaria속, Colletotrichum속, Fusarium속이었다. 향후 내생균류의 다양한 생태학적 분포와 다양성 규명에 대한 연구에 기초자료로 이용될 것이다.

한국농업미생물자원센터 (KACC)에 보존중인 Colletotrichum gloeosporioides와 C. acutatum의 재동정 (Reidentification of Colletotrichum gloeosporioides and C. acutatum Isolates Stored in Korean Agricultural Culture Collection (KACC))

  • 김대호;전영아;고승주;이종규;홍승범
    • 식물병연구
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    • 제12권3호
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    • pp.168-177
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    • 2006
  • 한국농업미생물자원센터(Korean Agricultural Culture Collection, KACC)에 보존되어 있는 Colletotrichum gloeosporioides 39 균주와 C. acutatum 5 균주를 ribosomal DNA-ITS와 $\beta$-tubulin 부분염기서열과 PDA와 Benomyl-PDA배지에서의 생장 특성에 의하여 재동정 하였다. 그 결과 13 균주가 Talhinhas 등의 C. acutatum A2 그룹으로, 5 균주가 C. acutatum A3 그룹으로, 1 균주가 C. acutatum A4 그룹으로, 18 균주가 Moriwaki 등의 C. gloeosporioides ribosomal DNA group(RG) 4로 2 균주가 C. gioeosporioides RG6로 2 균주가 c. boninense RG5로 2 균주는 C. coccodes RG2 그리고 1 균주는 c. dematium RG12로 재동정되었다. 이들 중에서 한국에서 분리된 31 균주는 12 균주가 C. acutatum A2 그룹으로, 1 균주가 C. acutatum A3 그룹으로, 14 균주가 C. gloeosporioides RG4 로 2 균주가 C. gloeosporioides RG6로 1 균주가 C. boninense RG5로 그리고 1 균주는 C. dematium RG12로 동정되었다. 더불어 C. acutatum/C. gloeosporioides의 분류적인 특징과 국내 주요 기주별 분포 등에 대하여 고찰하였다.

Fusarium oxysporum에 의한 패션프루트 시들음병 (Fusarium Wilt Caused by Fusarium oxysporum on Passionfruit in Korea)

  • 좌재호;최인영;최민경;허병수;장종옥;신현동
    • 식물병연구
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    • 제24권1호
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    • pp.75-80
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    • 2018
  • 2014년부터 2016년까지 전라북도농업기술원(익산)과 국립원예특작과학원 온난화대응농업연구소(제주)에서 패션프루트 시들음병이 관찰되었다. 병징은 생육 초기 건전주에 비해 생육이 더디고 새순부터 시듦 증상이 나타나기 시작하였으며, 오래된 잎은 마르고 뒤틀리다가 더 이상 생육하지 않고 말라 죽었다. 감자한천배지에서 균사 생육은 직경이 35 mm/7일이었으며, 핑크빛-흰색으로 양모상이었다. 병원균의 대형분생포자는 무색으로 투명하며, 길이가 짧고 굴곡진 모양-일자형으로 세포벽이 얇고 주로 2-3개의 격벽이 있었다. 소형분생포자는 균사로부터 monophialides 위에 형성되었으며, 투명하고, 난형-타원형이며, 격벽이 없거나 1개인데, 드물게 2개인 경우도 있었고, 크기는 $3-12{\times}2.5-6{\mu}m$이다. 균학적 특징, 병원성 검정, ITS rDNA, $EF-1{\alpha}$ 염기서열 비교분석 등의 결과를 바탕으로 이 병은 우리나라에서 지금까지 보고되지 않은 Fusarium oxysporum에 의한 '패션프루트 시들음병'으로 명명하고자 한다.

Sclerotinia sclerotiorum에 의한 바질 균핵병 (Sclerotinia Rot on Basil Caused by Sclerotinia sclerotiorum in Korea)

  • 함수상;김병련;한광섭;권미경;박인희
    • 식물병연구
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    • 제23권1호
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    • pp.56-59
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    • 2017
  • 2011년부터 2013년까지 예산 지역의 농가포장에서 재배 중인 바질에서 균핵병으로 의심되는 증상이 지속적으로 관찰되었다. 초기에는 잎과 줄기가 갈색으로 변하기 시작하여 반점이 커지면서 점차 위쪽으로 진전, 위조하여 결국 전체적으로 썩어 죽는다. 잎과 줄기의 병반부에는 다량의 흰색 균사가 발생하며 $30-100{\mu}m$ 직경의 균핵이 형성하였다. PDA상에 균체는 흰색과 옅은 초콜릿 흑색으로 다양한 색을 나타내었고, 균핵은 검은색으로 대부분 불규칙한 구형이며 크기는 $5-50{\mu}m$였다. 병원균을 인위적으로 접종한 바질의 잎과 줄기에서는 자연 발생된 바질과 동일한 괴사와 위조증상을 보이며, 병반에서 역시 같은 균을 분리하였다. 이상과 같이 병원균의 균학적 특징, ITS 염기서열 분석, 병원성 검정 결과 본 병해는 Sclerotinia sclerotiorum에 의한 바질균핵병으로 명명할 것을 제안한다.

Cryptosporidium spp., Giardia intestinalis, and Enterocytozoon bieneusi in Captive Non-Human Primates in Qinling Mountains

  • Du, Shuai-Zhi;Zhao, Guang-Hui;Shao, Jun-Feng;Fang, Yan-Qin;Tian, Ge-Ru;Zhang, Long-Xian;Wang, Rong-Jun;Wang, Hai-Yan;Qi, Meng;Yu, San-Ke
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제53권4호
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    • pp.395-402
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    • 2015
  • Non-human primates (NHPs) are confirmed as reservoirs of Cryptosporidium spp., Giardia intestinalis, and Enterocytozoon bieneusi. In this study, 197 fresh fecal samples from 8 NHP species in Qinling Mountains, northwestern China, were collected and examined using multilocus sequence typing (MLST) method. The results showed that 35 (17.8%) samples were positive for tested parasites, including Cryptosporidium spp. (3.0%), G. intestinalis (2.0%), and E. bieneusi (12.7%). Cryptosporidium spp. were detected in 6 fecal samples of Macaca mulatta, and were identified as C. parvum (n=1) and C. andersoni (n=5). Subtyping analysis showed Cryptosporidium spp. belonged to the C. andersoni MLST subtype (A4, A4, A4, and A1) and C. parvum 60 kDa glycoprotein (gp60) subtype IId A15G2R1. G. intestinalis assemblage E was detected in 3 M. mulatta and 1 Saimiri sciureus. Intra-variations were observed at the triose phosphate isomerase (tpi), beta giardin (bg), and glutamate dehydrogenase (gdh) loci, with 3, 1, and 2 new subtypes found in respective locus. E. bieneusi was found in Cercopithecus neglectus (25.0%), Papio hamadrayas (16.7%), M. mulatta (16.3%), S. sciureus (10%), and Rhinopithecus roxellana (9.5%), with 5 ribosomal internal transcribed spacer (ITS) genotypes: 2 known genotypes (D and BEB6) and 3 novel genotypes (MH, XH, and BSH). These findings indicated the presence of zoonotic potential of Cryptosporidium spp. and E. bieneusi in NHPs in Qinling Mountains. This is the first report of C. andersoni in NHPs. The present study provided basic information for control of cryptosporidiosis, giardiasis, and microsporidiosis in human and animals in this area.

토마토 Cf-9 저항성 품종에 잎곰팡이병을 일으키는 Fulvia fulva 균주의 국내 발생 (Occurrence of Leaf Mold Pathogen Fulvia fulva Isolates Infecting Tomato Cf-9 Cultivars in Korea)

  • 이지현;박명수;김진철;장경수;최용호;김흥태;최경자
    • 원예과학기술지
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    • 제31권6호
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    • pp.740-747
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    • 2013
  • 2012년 충남 부여에서 Fulvia fulva 저항성 유전자 Cf-9를 가지고 있는 토마토 품종('큐티', '도태랑다이아', '유니콘', '라피토')에서 잎곰팡이병이 크게 발생하였다. 이들 4개 Cf-9 토마토 품종으로부터 총 15개 균주를 분리하였다. 이들은 모두 형태적 특성이 같았으므로 이들 중 9개 균주를 선발하여 ITS rDNA 염기서열을 분석하여 동정한 결과, 모든 균주는 F. fulva임을 알 수 있었다. Cf-4, Cf-5 그리고 Cf-9 저항성 품종에 대한 분리한 15개 균주의 병원성을 검정하였다. 모든 균주들은 Cf-9 품종인 '큐티'와 '슈퍼도태랑' 그리고 Cf-5 품종 '요요캡틴'에서 강한 병원성을 나타냈다. 반면에 Cf-4 품종인 '슈퍼도태랑'에서는 5개의 균주만이 병원성을 나타내었고, 나머지 균주들에 대해서 이 품종은 저항성을 보였다. 그리고 Cf-9 품종에는 감수성을 그리고 Cf-4 품종엔 저항성을 나타내는 두 균주를 선발하여 Cf-9 품종으로 보고된 시판 중인 토마토 17개 품종에 대한 이들의 병원성을 조사하였다. 이들 중 15개 품종은 감수성을, 그리고 2개 품종은 저항성을 보였다. 이는 저항성 두 품종이 다른 저항성 유전자를 가지고 있기 때문으로 생각되었다. 본 논문은 우리나라에서 Cf-9 토마토 품종에 잎곰팡이병을 일으키는 F. fulva 균주의 발생을 처음으로 보고하는 것이다.

무제치늪에 자생하는 식물의 뿌리에서 분리한 내생진균의 군집분석 및 다양성 분석 (Community Analysis of Endophytic Fungal strains Isolated from the Roots of Plants Inhabiting Mujechi-neup)

  • 천우재;최혜림;김현;남윤종;오유선;정민지;이난영;하상철;김종국
    • 생명과학회지
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    • 제26권12호
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    • pp.1446-1457
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    • 2016
  • 이 논문은 무제치늪에서 채집한 기장대풀(Isachne globosa Kuntze), 솔방울고랭이(Scirpus karuisawensis Makino), 이삭귀개(Utricularia racemosa Wall.), 좀개수염(Eriocaulon decemflorum Maxim.)등 4종의 식물 뿌리에서 서식하는 내생곰팡이의 분포 및 다양성을 확인하기 위해 조사하였다. 총 226 균주가 분리되었고, 3문(Phyla), 7강(Class), 10목(Order), 22과(Family), 31(genera)속으로 분리되었다. 내생진균에서 가장 많이 분리된 속은 Acephala (19.9%), Tolypocladium (16.3%), Neopestalotiopsis (11.5%), Perenniporia (7.1%) 순으로 확인하였다. 다양성지수 분석에 있어서, 이삭귀개(Ur)가 다른 식물 종에 비해 종 풍부도 (Menhinick's index = 2.37), (Margalef's index = 4.46)와, 종 균등도 (Simpson's index diversity = 0.91), 그리고 종 다양성(Shannon's indx = 2.57)로 높게 나왔다. 이러한 분석 결과를 봤을 때, 이삭귀개(Ur)에서 내생진균이 가장 다양하게 서식할 수 있는 것으로 보여진다.

솔부엉이의 함기골 개방골절에 의한 속발성 폐 아스퍼질러스 감염 증례 (Pulmonary Aspergillosis Secondary to Open Fracture of Pneumatic Bone in a Brown Hawk Owl (Ninox scutulata))

  • 한재익;이영선;이숙진;강효민;장혜진;장동우;나기정
    • 한국임상수의학회지
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    • 제30권3호
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    • pp.218-221
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    • 2013
  • 비행곤란을 나타내는 솔부엉이가 구조되어 충북대학교 동물의료센터에 의뢰되었다. 신체검사와 방사선 검사에서 좌측 상완골의 개방골절을 확인하였다. 3일 후 수내정과 와이어를 이용해 골절부 정복을 실시하였으나, 수술 후 2일 만에 급사하였다. 부검시 2~3 mm 크기의 녹색 결절이 왼쪽 폐의 표면과 내부에 다발성으로 발생하였다. 조직검사 결과 포자와 균사가 폐포에 다량 증식되고, 일부가 폐 실질에 침입하여 염증과 괴사를 유발하였다. 진균을 분리하여 Sabouraud dextrose 배지에 $30^{\circ}C$에서 7일간 배양한 결과, 청녹색의 밸벳 양상을 나타내는 곰팡이를 관찰하였다. ITS, ${\beta}$-tubulin 및 calmodulin 유전자를 증폭하여 동정한 결과 A. fumigatus로 확인되었다. 최종적으로 함기골 개방골절에 따른 이차적인 폐 아스퍼질러스증으로 사망한 것으로 진단하였다.

New Species of the Genus Metschnikowia Isolated from Flowers in Indonesia, Metschnikowia cibodasensis sp. nov.

  • Sjamsuridzal, Wellyzar;Oetari, Ariyanti;Nakashima, Chiharu;Kanti, Atit;Saraswati, Rasti;Widyastuti, Yantyati;Ando, Katsuhiko
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제23권7호
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    • pp.905-912
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    • 2013
  • A novel species, Metschnikowia cibodasensis, is proposed to accommodate eight strains (ID03-$0093^T$, ID03-0094, ID03-0095, ID03-0096, ID03-0097, ID03-0098, ID03-0099, and ID03-0109) isolated from flowers of Saurauia pendula, Berberis nepalensis, and Brunfelsia americana in Cibodas Botanical Garden, West Java, Indonesia. The type strain of M. cibodasensis is ID03-$0093^T$ (= NBRC $101693^T$ =UICC $Y-335^T$ = BTCC-$Y25^T$). The common features of M. cibodasensis are a spherical to ellipsoidopedunculate shaped ascus, which contains one or two needle-shaped ascospores, and lyse at maturity. Asci generally develop directly from vegetative cells but sometimes from chlamydospores. The neighbor-joining tree based on the D1/D2 domain of nuclear large subunit (nLSU) ribosomal DNA sequences strongly supports that M. cibodasensis (eight strains) and its closest teleomorphic species, M. reukaufii, are different species by a 100% bootstrap value. The type strain of M. cibodasensis, ID03-$0093^T$, differed from M. reukaufii NBRC $1679^T$ by six nt (five substitutions and one deletion) in their D1/D2 region of nLSU rDNA, and by 18 nt (five deletions, four insertions, and nine substitutions) in their internal transcribed spacer regions of rDNA, respectively. Four strains representative of M. cibodasensis (ID03-$0093^T$, ID03-0095, ID03-0096, and ID03-0099) showed a mol% G+C content of $44.05{\pm}0.25%$, whereas that of M. reukaufii NBRC $1679^T$ was 41.3%. The low value of DNA-DNA homology (5-16%) in four strains of M. cibodasensis and M. reukaufii NBRC $1679^T$ strongly supported that these strains represent a distinct species.