Budding yeast has dozens of prions, which are mutually dependent on each other for the de novo prion formation. In addition to the interactions among prions, transmissions of prions are strictly dependent on two chaperone systems: the Hsp104 and the Hsp70/Hsp40 (J-protein) systems, both of which cooperatively remodel the prion aggregates to ensure the multiplication of prion entities. Since it has been postulated that prions and the remodeling factors constitute complex networks in cells, a quantitative approach to describe the interactions in live cells would be required. Here, the researchers applied dual-color fluorescence cross-correlation spectroscopy to investigate the molecular network of interaction in single live cells. The findings demonstrate that yeast prions and remodeling factors constitute a network through heterogeneous protein-protein interactions.
Serotonin (5-HT; 5-hydroxytryptamine) exerts multiple effects on central nervous system as well as behaviors such as mood and appetite. The signaling of serotonin is mediated by 7 families of serotonin receptors, designated 5-HT$_1$ to 5-HT$_{7}$. Six families of this receptor are G-protein coupled 7TM receptors, and the third intracellular loop of these receptors is proposed to interact with specific types of G-proteins. To investigate the specific interaction between the third intracellular loop of 5-HT$_{6}$ with G$\square$s, we have constructed a chimera protein that represent the third intracellular loop of 5-HT$_{6}$ within a leucine zipper motifs, In addition an alpha subunit of human G-protein that interact with 5-HT$_{6}$ was cloned into a bacterial expression vector. The two proteins were expressed in E. coli and purified in homogeneity. The interaction of the prepared proteins was examined by ELISA assay. The affinity between the two proteins and effect of insertion mutations were discussed.ussed.d.
Kim, Yun-Kyoung;Oh, Soo-Jin;Jin, Bong-Suk;Park, Chan-Hoo;Jeon, Hye Sung;Boo, Doo-Wan;Yu, Yeon-Gyu
Bulletin of the Korean Chemical Society
/
제30권3호
/
pp.577-581
/
2009
Interactions between the surface and capsid proteins of the hepatitis B virus (HBV) are critical for the assembly of virus particles. In this study, we developed a cell-based method to visualize the interactions between the capsid and surface proteins of HBV. Capsid-GFP, a capsid protein fused to a green fluorescence protein (GFP), forms nucleocapsid-like structures in the cytoplasm of mammalian cells. It relocates to the plasma membranes in cells expressing PH-PreS, a fusion protein consisting of the PreS region of the HBV surface protein and the PH domain of PLC-$\gamma$. Membrane localization of the capsid-GFP in these cells is prevented by an inhibitory peptide that blocks the interaction between the capsid and surface proteins. This dynamic localization of capsid-GFP is applicable for screening compounds that may potentially inhibit or prevent the assembly process of HBV particles.
Fas-associated death domain protein (FADD) recruits and activates procaspase-8 through interactions between the death effector domains of these two proteins. Cellular FLICE-inhibitory protein (c-FLIP) was identified as a molecule with sequence homology to caspase-8. It has been postulated that c-FLIP prevents formation of the competent death-inducing signaling complex in a ligand-dependent manner, through its interaction with FADD and/or caspase-8. However, the interaction of FADD and $c-FLIP_s$ (short form) in apoptosis signaling has been controversially discussed. We show the purification and the characterization of human full-length FADD and $c-FLIP_s$ expressed in Escherichia coli. The purified FADD and $c-FLIP_s$ are shown as homogeneity, respectively, in SDS-PAGE analysis and light-scattering measurements. The folding properties of the $\alpha$-helical structure of FADD and the super-secondary structure of $c-FLIP_s$ proteins were characterized by circular dichroism spectroscopy. Furthermore, we report here a series of biochemical and biophysical data for FADD-$c-FLIP_s$ binding in vitro. The binding of both FADD and $c-FLIP_s$ proteins was detected by BIAcore biosensor, fluorescence measurement, and size-exclusion column (SEC).
Tandem affinity purification (TAP) method combined with LC-MS/MS is the most accurate and reliable way to study the interaction of proteins or proteomics in a genome-wide scale. For the first time, we used a TAP-tag as a mutagenic tool to disrupt protein interactions at the specific site. Although lots of commonly used mutational tools exist to study functions of a gene, such as deletional mutations and site-directed mutagenesis, each method has its own demerit. To test the usefulness of a TAP-tag as a mutagenic tool, we applied a TAP-tag to RNA polymerase II, which is the key enzyme of gene expression and is controlled by hundreds of transcription factors even to transcribe a gene. Our experiment is based on the hypothesis that there will be interrupted interactions between Pol II and transcription factors owing to the TAP-tag attached at the C-terminus of each subunit of Pol II, and the abnormality caused by interrupted protein interactions can be observed by measuring a cell-cycle of each yeast strain. From ten different TAP-tagged strains, Rpb7- and Rpb12-TAP-tagged strains show severe defects in growth rate and morphology. Without a heterodimer of Rpb4/Rpb7, only the ten subunits Pol II can conduct transcription normally, and there is no previously known function of Rpb7. The observed defect of the Rpb7-TAP-tagged strain shows that Rpb7 forms a complex with other proteins or compounds and the interruption of the interaction can interfere with the normal cell cycle and morphology of the cell and nucleus. This is a novel attempt to use a TAP-tag as a proteomic tool to study protein interactions.
Kim, Yun-Sook;Ha, Kwon-Soo;Kim, Young-Ho;Bae, Young-Seuk
BMB Reports
/
제35권6호
/
pp.629-636
/
2002
Protein kinase CKII (CKII) is required for progression through the cell division cycle. We recently reported that the $\beta$ subunit of protein kinase CKII ($CKII{\beta}$) associates with CKBBP1 that contains the Ring-H2 finger motif in the yeast two-hybrid system. We demonstrate here that the Ring-H2 finger-disrupted mutant of CKBBP1 does not interact with purified $CKII{\beta}$ in vitro, which shows that the Ring-H2 finger motif is critical for direct interaction with $CKII{\beta}$. The CKII holoenzyme is efficiently co-precipitated with the wild-type CKBBP1, but not with the Ring-H2 finger-disrupted CKBBP1, from whole cell extracts when epitope-tagged CKBBP1 is transiently expressed in HeLa cells. Disruption of the Ring-H2 finger motif does not affect the cellular localization of CKBBP1 in HeLa cells. The increased expression of either the wild-type CKBBP1 or Ring-H2 finger-disrupted CKBBP1 does not modulate the protein or the activity levels of CKII in HeLa cells. However, the stable expression of Ring-H2 finger-disrupted CKBBP1 in HeLa cells suppresses cell proliferation and causes the accumulation of the G1/G0 peak of the cell cycle. The Ring-H2 finger motif is required for maximal CKBBP1 phosphorylation by CKII, suggesting that the stable binding of CKBBP1 to CKII is necessary for its efficient phosphorylation. Taken together, these results suggest that the complex formation of $CKII{\beta}$ with CKBBP1 and/or CKII-mediated CKBBP1 phosphorylation is important for the G1/S phase transition of the cell cycle.
Lysyl oxidase-like 2 (LOXL2), a member of the lysyl oxidase (LOX) family, is a copper-dependent enzyme that catalyzes oxidative deamination of lysine residues on protein substrates. LOXL2 was found to be overexpressed in esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) in our previous research. We later identified a LOXL2 splicing variant LOXL2-delta72 and we overexpressed LOXL2-delta72 and its wild type counterpart in ESCC cells following microarray analyses. First, the differentially expressed genes (DEGs) of LOXL2 and LOXL2-delta72 compared to empty plasmid were applied to generate protein-protein interaction (PPI) sub-networks. Comparison of these two sub-networks showed hundreds of different proteins. To reveal the potential specific roles of LOXL2- delta72 compared to its wild type, the DEGs of LOXL2-delta72 vs LOXL2 were also applied to construct a PPI sub-network which was annotated by Gene Ontology. The functional annotation map indicated the third PPI sub-network involved hundreds of GO terms, such as "cell cycle arrest", "G1/S transition of mitotic cell cycle", "interphase", "cell-matrix adhesion" and "cell-substrate adhesion", as well as significant "immunity" related terms, such as "innate immune response", "regulation of defense response" and "Toll signaling pathway". These results provide important clues for experimental identification of the specific biological roles and molecular mechanisms of LOXL2-delta72. This study also provided a work flow to test the different roles of a splicing variant with high-throughput data.
Dynamin-related protein 2A (AtDRP2A, formally ADL6), a member of the dynamin family, is critical for protein trafficking from the TGN to the central vacuole. However, the mechanism controlling its activity is not well understood in plant cells. We isolated Arabidopsis sec13 homolog1 (AtSeh1) that interacts with AtDRP2A by a yeast two-hybrid screening. AtSeh1 has four WD40 motifs and amino acid sequence homology to Sec13, a component of COPII vesicles. Coimmunoprecipitation and protein pull-down experiments demonstrated specific interaction between AtSeh1 and AtDRP2A. AtSeh1 bound to the pleckstrin homology domain of AtDRP2A in competition with the C-terminal domain of the latter, and this resulted in inhibition of the interaction between AtDRP2A and PtdIns3P in vitro. AtSeh1 localized to multiple locations: the nucleus, the prevacuolar compartment and the Golgi complex. Based on these results we propose that AtSeh1 plays a role in regulating cycling of AtDRP2A between membrane-bound and soluble forms.
We isolated a novel ankyrin-repeat containing protein, rSIAP (rSlo Interacting Ankyrin-repeat Protein), as an interacting protein to the cytosolic domain of the alpha-subunit of rat large-conductance Ca$\^$2+/-activated K$\^$+/ channel (rSlo) by yeast two-hybrid screening. Affinity pull-down assay showed the direct and specific interaction between rSIAP and rSlo domain. The channel-binding proteins can be classified into several categories according to their functional effects on the channel proteins, i.e. signaling adaptors, scaffolding net, molecular tuners, molecular chaperones, etc. To obtain initial clues on its functional roles, we investigated the cellular localization of rSIAP using immunofluorescent staining. The results showed the possible co-localization of rSlo and rSIAP protein near the plasma membrane, when co-expressed in CHO cells. We then investigated the functional effects of rSIAP on the rSlo channel using electrophysiological means. The co-expression of rSIAP accelerated the activation of rSlo channel. These effects were initiated at the micromolar [Ca$\^$2+/]$\_$i/ and gradually increased as [Ca$\^$2+/]$\_$i/ raised. Interestingly, rSIAP decreased the inactivation kinetics of rSlo channel at micromolar [Ca$\^$2+/]$\_$i/, while the rate was accelerated at sub-micromolar [Ca$\^$2+/]$\_$i/. These results suggest that rSIAP may modulate the activity of native BK$\_$Ca/ channel by altering its gating kinetics depending on [Ca$\^$2+/]$\_$i/. To localize critical regions involved in protein-protein interaction between rSlo and rSIAP, a series of sub-domain constructs were generated. We are currently investigating sub-domain interaction using both of yeast two-hybrid method and in vitro binding assay.
In order to identify the domains of the G$_{\alpha}$16 subunit G protein that are responsible for its activation by the Interleukin-8 receptor, a serious of chimeras between G$_{\alpha}$16 and G$_{\alpha}$11 were assessed for their abilities to be activated by these receptors. Co-expression of IL-8 receptor and chimeras in which the carboxyl-terminal regions of G$_{\alpha}$11 were replaced from 30 up to 156 amino acid residues with the corresponding regions of G$_{\alpha}$16 demonstrated that C-terminal 156 amino acid residues of the G$_{\alpha}$16 were not sufficient to confer IL-8 receptor interaction specificity. Testing of a reciprocal serious of chimeras composed of G$_{\alpha}$16 sequences at the amino terminus and G$_{\alpha}$11 sequences at the carboxyl terminals revealed that sequences extending from the amino tar- minus to amino acid 209 of G$_{\alpha}$16 were sufficient to 7ndow the chimera with 75-80% of interaction specificity for 7-8-induced activation. These results suggest th,.7t combined interactions of the C-terminal 30 amino acid residues and certain domains extending from the arts.ino terminus to amino acid 209 of Gal 6 protein may be involved in its couplings to IL-8 receptor.tain domains extending from the arts.ino terminus to amino acid 209 of Gal 6 protein may be involved in its couplings to IL-8 receptor.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.