We propose a protein function finding algorithm that is able to predict specific molecular function for unannotated proteins through domain analysis from protein-protein network. To do this, we first construct protein-protein interaction(PPI) network in Saccharomyces cerevisiae from MIPS databases. The PPI network(proteins; 3,637, interactions; 10,391) shows the characteristics of a scale-free network and a hierarchical network that proteins with a number of interactions occur in small and the inherent modularity of protein clusters. Protein-protein interaction databases obtained from a Y2H(Yeast Two Hybrid) screen or a composite data set include random false positives. To filter the database, we reconstruct the PPI networks based on the cellular localization. And then we analyze Hub proteins and the network structure in the reconstructed network and define structural modules from the network. We analyze protein domains from the structural modules and derive functional modules from them. From the derived functional modules with high certainty, we find tentative functions for unannotated proteins.
KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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v.10
no.8
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pp.3529-3550
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2016
In heterogeneous networks (HetNets), energy saving is vital for a sustainable network development. Many techniques, such as spectrum allocation, network planning, etc., are used to improve the network energy efficiency (EE). In this paper, micro BSs utilizing cell range expansion (CRE) and spectrum allocation are considered in multi-channel heterogeneous networks to improve EE. Hotspot region is assumed to be covered by micro BSs which can ensure that the hotspot capacity is greater than the average demand of hotspot users. The expressions of network energy efficiency are derived under shared, orthogonal and hybrid subchannel allocation schemes, respectively. Particle swarm optimization (PSO) algorithm is used to solve the optimal ratio of subchannel allocation in orthogonal and hybrid schemes. Based on the results of the optimal analysis, we propose three service control strategies on the basis of large-scale user behaviors, i.e., adjust micro cell rang expansion (AmCRE), adjust micro BSs density (AmBD) and adjust micro BSs transmit power (AmBTP). Both theoretical and simulation results show that using shared subchannel allocation scheme in AmBD strategies can obtain maximal EE with a very small area ratio. Using orthogonal subchannel allocation scheme in AmCRE strategies can obtain maximal EE when area ratio is larger. Using hybrid subchannel allocation scheme in AmCRE strategies can obtain maximal EE when area ratio is large enough. No matter which service control strategy is used, orthogonal spectrum scheme can obtain the maximal hotspot user rates.
The accuracy of forecasting is remarkably important to reduce total cost or to increase customer services, so it has been studied by many researchers. In this paper, the artificial neural network (ANN), one of the most popular nonlinear forecasting methods, is compared with autoregressive integrated moving average(ARIMA) model through performing a prediction of container traffic. It uses a hybrid methodology that combines both the linear ARIAM and the nonlinear ANN model to improve forecasting performance. Also, it compares the methodology with other models in performance for prediction. In designing network structure, this work specially applies the genetic algorithm which is known as the effectively optimal algorithm in the huge and complex sample space. It includes the time delayed neural network (TDNN) as well as multi-layer perceptron (MLP) which is the most popular neural network model. Experimental results indicate that both ANN and Hybrid models outperform ARIMA model.
Journal of Satellite, Information and Communications
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v.11
no.2
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pp.29-35
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2016
High-availability seamless redundancy (HSR) is a fault-tolerant protocol for Ethernet networks that provides two frame copies for each frame sent. Each copy is forwarded on a separate physical path. HSR is a potential candidate for several fault-tolerant Ethernet applications, including smart-grid communications. However, the major drawback of the HSR protocol is that it generates and circulates unnecessary frames within connected rings regardless of the presence of a destination node in the ring. This downside degrades network performance and can deplete network resources. Two simple but efficient approaches have previously been proposed to solve the above problem: quick removing (QR) and port locking (PL). In this paper, we will present a hybrid approach, QRPL, by combining QR with PL, resulting in further traffic reductions. Our analysis showed that network traffic is significantly reduced for a large-sized HSR connected ring network compared to the standard HSR protocol, QR, and PL.
The Journal of Korean Institute of Communications and Information Sciences
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v.42
no.1
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pp.121-127
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2017
In the land mobile satellite (LMS) communication, a hybrid satellite-terrestrial relay networks (HSTRNs) using a maximal ratio combining (MRC) scheme are widely used to enhance the quality of signal from a satellite. In this paper, we derive equations for the TCP throughput and the spectral efficiency in the HSTRN and analyze results of the performance evaluation for TCP in various environments. In the simulation results, it is shown that increasing the number of terrestrial relays can enhance the TCP throughput and spectral efficiency thanks to the MRC scheme. However, the usage of the static number of terrestrial relays considering no channel states would cause the overhead. Furthermore, it has a limitation to enhance the network performance by only MRC scheme in HSTRN because the TCP performance is sensitive to the packet los rate. Therefore, we discuss the possible solutions that can additionally enhance the network performance and reduce the overhead.
The Journal of Korean Institute of Communications and Information Sciences
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v.35
no.9B
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pp.1305-1313
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2010
Last few years, wireless personal area network (WPAN) has been widely researched for various healthcare applications. Due to restriction of device hardware (e.g., energy and memory), we need to design a highly-versatile MAC layer protocol for WBAN (Wireless Body Area Network). In addition, when an emergency occurs to a patient, a priority mechanism is necessitated for a urgent message to get through to the final destination. This paper presents a priority mechanism referred to as hybrid priority MAC for WBAN. Through extensive simulation, we show the proposed MAC protocol can minimize the average packet latency for urgent data. Thus, when patients have an emergency situation, our MAC allows adequate assistance time and medical treatment for patients. The simulation based on NS-2 shows that our Hybrid Priority MAC has the good performance and usability.
Journal of the Korea Society of Computer and Information
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v.10
no.4
s.36
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pp.259-274
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2005
In this paper, we propose a methodology to estimate the number of users in e-Commerce systems. There have been a lot of previous work under the closed-LAN system environment. But the study on the number of acceptable users in real network environment is hard to find in the literature. Our research applies a Hybrid Simulation by using QoS results for end-to-end high-speed Internet service, and experiments are performed with regard to LAN and WAN, network equipments, and various network bandwidth. As result of the experiments we observed that the response time of high-speed Internet service media(Wireless LAN, ADSL, Cable, VDSL) depends heavily on the sequence and depth of transactions and on the ratio of transactional and non-transactional interactions. That is, as the network and application get more loads, the number of acceptable users decreases. By adding a cache server and an L4 switch to the simulation model, we analysed the changes in the number of users and client response time.
Journal of the Institute of Electronics and Information Engineers
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v.51
no.11
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pp.83-93
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2014
It is a widespread concern that electrical interconnection based network-on-chip (NoC) will ultimately face the limitation in communication bandwidth, transmission latency and power consumption in the near future. With the development of silicon photonics technology, a hybrid optical network-on-chip (HONoC) which embraces both electrical- and optical interconnect, is emerging as a promising solution to overcome these problems. Today's leading edge systems-on-chips (SoCs) comprise heterogeneous many-cores for higher energy efficiency, therefore, extended study beyond regular topology based NoC is required. This paper proposes an energy and latency optimization topology design technique for HONoC taking into account the traffic characteristics of target applications. The proposed technique is implemented with genetic algorithm and simulation results show the reduction by 13.84% in power loss and 28.14% in average latency, respectively.
Yoo, Jinho;Lee, Jaeyong;Jang, Seongjin;Jung, Hayeon;Kim, Kichul;Choi, Jeung Won;Park, Juman;Park, Changkun
Journal of IKEEE
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v.26
no.1
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pp.77-82
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2022
The effect of the bias network on the performance of the W-band power amplifier(PA) was investigated. The performances of the typical RC and radial stub networks were examined, and a hybrid network was proposed for W-band application and its performance was confirmed. To verify this, a W-band PA was designed using a 60-nm GaN pHEMT process. When hybrid networks were applied, the PA had improved stability in all frequency bands, secured about 9 dB of power gain at operating frequencies 87 GHz to 93 GHz, and the maximum PAE was found to be about 12.3% at output power of 26.7 dBm.
Journal of information and communication convergence engineering
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v.7
no.1
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pp.7-12
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2009
The advanced computer network and Internet technology enables connectivity of computers through an open network environment. Despite the growing numbers of security threats to networks, most intrusion detection identifies security attacks mainly by detecting misuse using a set of rules based on past hacking patterns. This pattern matching has a high rate of false positives and can not detect new hacking patterns, making it vulnerable to previously unidentified attack patterns and variations in attack and increasing false negatives. Intrusion detection and prevention technologies are thus required. We proposed a network based hybrid Probe Intrusion Detection model using Fuzzy cognitive maps (PIDuF) that detects intrusion by DoS (DDoS and PDoS) attack detection using packet analysis. A DoS attack typically appears as a probe and SYN flooding attack. SYN flooding using FCM model captures and analyzes packet information to detect SYN flooding attacks. Using the result of decision module analysis, which used FCM, the decision module measures the degree of danger of the DoS and trains the response module to deal with attacks. For the performance evaluation, the "IDS Evaluation Data Set" created by MIT was used. From the simulation we obtained the max-average true positive rate of 97.064% and the max-average false negative rate of 2.936%. The true positive error rate of the PIDuF is similar to that of Bernhard's true positive error rate.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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