• 전자공학회논문지S
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• 제35S권10호
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• pp.52-63
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• 1998

본 논문에서는 기존의 멀티캐스트 패킷 교환기의 문제점에 대한 개선 방안을 제안한다. 오버플로우에 의해 야기 되는 입력포트의 공평성 문제는 임의의 입력 포트로부터 복사 수를 가산 할 수 있는 동적 시작점 결정기에 의해 해결된다. 시작점은 매 타임 슬롯 마다 입력 버퍼의 점유도와 이전 타임 슬롯의 오버플로우를 기반으로 가변 된다. 입력 버퍼의 점유도를 이용함으로서 제안된 복사망은 기존의 방식에 비해 입력 트래픽의 변동에 대하여 우수한 적응성을 제공한다. 동적 시작점 결정기는 입력 트래픽의 양에 따라 복사 요청의 수를 제어하며 이것은 복사망의 전체 스루풋을 제고하는 필수적인 기능 이다. 오버플로우 발생시에 멀티캐스트 스위치의 스루풋을 향상시키는 호-분할(call-splitting) 방식도 동적 시작점 결정기에 의해 제공된다. 동적 시작점 결정기의 하드웨어는 고속 동작에 적합한 단순한 구조로 도출된다. 제안된 방식의 성능 평가를 위해 다양한 트래픽에 대한 모의 실험 결과가 제공된다.

• 한국양식학회지
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• 제11권4호
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• pp.457-463
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• 1998

미꾸라지(Misgrunus mizolepis)의 DNA로부터 클론된 핵기질 부착부위(MAR)를 포함하는 발현벡터인 pUC19N6-luc 벡터를 구성하였다. 이를 물고기 CHSE-214 세포주에 electroporation으로 transfection 시킨 후 유전자의 발현율, 벡터의 copy 수 및 염색체내 삽입 양상을 luciferase 활성도 분석, PCR 및 Southern blotting를 통해 분석하였다. 대조군 발현벡터에 luciferase 유전자는 전형적인 transient 발현양상을 나타내는데 비해, 미꾸라지 MAR가 포함된 pUC19N6-luc 벡터의 luciferase 유전자의 발현은 transfection 후 5일째부터 급격히 증가하는 양상을 보였다. Transfection된 CHSE-214 세포내에서 pUC19N6-luc 벡터는 대조군 벡터에 비해 높은 copy 수를 유지하였으나, 염색체내 삽입은 거의 비슷한 시간에 일어났다. 결론적으로 transfection 후 시간경과에 따른 pUC19N6-luc 벡터내의 luciferase 유전자의 발현 증가에 미치는 MAR의 효과는 벡터 copy수 증가 때문이 아니라, 염색체내 삽입후 형성되는 전사활성구조의 형성에 기인하는 것으로 판단된다.

• 한국전자파학회논문지
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• 제18권3호
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• pp.248-256
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• 2007

본 논문에서는 OFDMA(Orthogonal Frequency Division Multiple Access) 상향 링크 시스템에서 발생하는 높은 PAPR(Peak to Average Power Ratio) 문제를 해결하기 위한 방법으로 선택적 DFT(Discrete Fourier Transform) spreading 기법을 새롭게 제안한다. 제안된 방법은 기존의 DFT spreading 기법에 선택적 특성을 추가한 것으로, SLM(Selective Mapping) 기법과 DFT spreading 기법이 혼합된 형태를 갖는다. 그러나 제안된 기법은 copy branch를 사용함에 있어 그 복잡도의 증가를 최소화하기 위해 하나의 DFT만을 사용하고, DFT출력 신호에 여러 개의 각기 다른 matrix를 곱함으로써 여러 개의 copy branch를 생성한다. 여기서 사용된 matrix는 DFT 앞에서의 입력 데이터 위상 회전을 선형 변환함으로써 얻어진 것으로, 각각의 matrix는 그 복잡도가 하나의 DFT보다 매우 낮게 설계된다. 성능 분석을 위해 QPSK 변조 및 512 point IFFT의 사용을 가정하고 한 사용자에게 할당된 sub-carrier 수는 각각 75, 100인 두 가지 경우를 고려하였다. 성능 분석 결과에서, 제안된 선택적 DFT spreading 기법은 copy branch 수가 4일 때 약 5.2 dB 이상의 PAPR 저감 효과를 가지며, 이는 기존의 DFT spreading만을 사용하는 경우 보다 약 1.8 dB 이상, 그리고 32 copy branch를 사용하는 SLM보다도 약 0.95 dB 이상의 뛰어난 PAPR 저감 성능이다. 또한 복잡도의 비교에서도 사용자에게 할당된 sub-carrier의 수가 100일 때, 제안된 기법은 기존의 DFT spreading 기법 보다는 증가되었으나 제안된 기법의 성능에 가장 근접하는 32 copy branch의 SLM보다 약 91.79 % 저감된 곱셈 량을 갖는다. 제안된 기법의 효율성을 확인할 수 있으며, 사용자에게 할당된 sub-carrier의 수가 증가되어 단일 사용자가 모든 sub-carrier를 사용하는 경우, 즉 일반적인 OFDM과 같은 상황에서도 유사한 성능적 이득을 예상할 수 있다.

• 한국정보시스템학회지:정보시스템연구
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• 제6권1호
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• pp.159-180
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• 1997

Database sharing system(DBSS) refers to a system for high performance transaction processing. In DBSS, the processing nodes are locally coupled via a high speed network and share a common database at the disk level. Each node has a local memory, a separate copy of operating system, and a DBMS. To reduce the number of disk accesses, the node caches database pages in its local memory buffer. However, since multiple nodes may be simultaneously cached a page, cache consistency must be ensured so that every node can always access the latest version of pages. In this paper, we propose efficient buffer invalidation schemes in DBSS, where the database is logically partitioned using primary copy authority to reduce locking overhead. The proposed schemes can improve performance by reducing the disk access overhead and the message overhead due to maintaining cache consistency. Furthermore, they can show good performance when database workloads are varied dynamically.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제23권5호
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• pp.544-549
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• 1995

The alkaline elastase is an extracellular serine protease of the alkalophilic Bacillus strain Ya-B. To increase the gene copy number and the production level of the alkaline elastase Ya-B, we designed, on the B. subtilis chromosome, a gene amplification of the 10.6 kb repeating unit containing amyE, aleE (alkaline elastase Ya-B gene) and tmrB. The aleE was inserted between amyE and tmrB, and B. subtilis APT119 strain was transformed with this amyE-aleE-tmrB-junction region fragment. As a result, we succeeded in obtaining tunicamycin-resistant (Tm$^{r}$) transformants (Tf-1, Tf-2) in which the designed gene amplification of 10.6 kb occurred in chromosome. The transformants showed high productivity of $\alpha $-amylase and alkaline elastase Ya-B. The copy number of the repeating unit (amyE-aleE-tmrB) was estimated to be 25, but plasmid vector (pUC19) was not integrated. The amplified aleE of chromosome was more stable than that of plasmid in absence of antibiotics.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권1호
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• pp.225-229
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• 2012

Background: Males have a higher prevalence of hepatocellular carcinoma (HCC) than females in general, but the reasons for the sex disparity are still obscure. DNA copy number alteration (CNA) is a major feature of solid tumors including HCC, but whether CNA plays a role in sex-related differences in HCC development has never been evaluated. Methods: High-resolution array comparative genomic hybridization (CGH) was used to examine 17 female and 46 male HCC patients with chronic hepatitis B virus (HBV) infection in Shanghai, China. Two-tailed Fisher's exact or ${\chi}^2$ tests was used to compare CNAs between females and males. Results: The overall frequencies and patterns of CNAs in female and male cases were similar. However, female HCC tumors presented more copy number gains compared to those in males on 1q21.3-q22 (76.5% vs. 37.0%, P = 0.009), 11q11 (35.3% vs. 0.0%, P = 0.0002) and 19q13.31-q13.32 (23.5% vs. 0.0%, P = 0.004), and loss on 16p11.2 (35.3% vs. 6.5%, P = 0.009). Relative to females, male cases had greater copy number loss on 11q11 (63.0% vs. 17.6%, P = 0.002). Further analyses showed that 11q11 gain correlated with 19q13.31-q13.32 gain (P = 0.042), 11q11 loss (P = 0.011) and 16p11.2 loss (P = 0.033), while 1q21.3-q22 gain correlated with 19q13.31-q13.32 gain (P = 0.046). Conclusions: These findings suggest that CNAs may play a role in sex-related differences in HBVassociated HCC development.

• 생명과학회지
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• 제27권4호
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• pp.435-441
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• 2017

퍼클로레이트($ClO_4^-$)는 토양, 지하수, 그리고 지표수의 신규 오염물질이다. 원소 황을 전자공여체로 이용하여 퍼클로레이트를 분해하는 농화배양에 존재하는 세균 군집에 대한 정보는 이전 연구를 통해 밝혀졌다. 본 연구에서는 정량 및 정성적인 분자기법으로 이 농화배양 내 고세균 군집을 조사하였다. 농화배양 내의 16S rRNA 유전자 copy수를 실시간 정량 PCR로 조사한 결과 고세균의 이 유전자 copy수는 세균의 1.5%를 나타냈다. 그래서 이 농화배양 환경에서 적응하는 고세균의 수가 적어 세균이 우점하는 것으로 나타났다. DGGE 밴드패턴을 통해 농화배양과 식종균으로 이용한 활성슬러지의 고세균 군집조성이 다르다는 것을 알 수 있었다. 농화배양의 가장 우세한 DGGE 밴드는 Methanococci와 연관되는 것으로 나타났다. 향후 이 우점 고세균 개체군의 대사적 역할이 규명되면 퍼클로레이트를 제거하는 농화배양 내 존재하는 미생물 군집을 이해하는데 도움이 될 것이다.

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 1996년도 한국생물과학협회 국제학술대회
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• pp.244.2-244
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• 1996

No Abstract, See Full Text

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권12호
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• pp.1809-1815
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• 2019

Objective: Copy number variations (CNVs) are a major source of genetic diversity complementary to single nucleotide polymorphism (SNP) in animals. The aim of the study was to perform a comprehensive genomic analysis of CNVs based on high density whole-genome SNP markers in Chinese Dongxiang spotted pigs. Methods: We used customized Affymetrix Axiom Pig1.4M array plates containing 1.4 million SNPs and the PennCNV algorithm to identify porcine CNVs on autosomes in Chinese Dongxiang spotted pigs. Then, the next generation sequence data was used to confirm the detected CNVs. Next, functional analysis was performed for gene contents in copy number variation regions (CNVRs). In addition, we compared the identified CNVRs with those reported ones and quantitative trait loci (QTL) in the pig QTL database. Results: We identified 871 putative CNVs belonging to 2,221 CNVRs on 17 autosomes. We further discarded CNVRs that were detected only in one individual, leaving us 166 CNVRs in total. The 166 CNVRs ranged from 2.89 kb to 617.53 kb with a mean value of 93.65 kb and a genome coverage of 15.55 Mb, corresponding to 0.58% of the pig genome. A total of 119 (71.69%) of the identified CNVRs were confirmed by next generation sequence data. Moreover, functional annotation showed that these CNVRs are involved in a variety of molecular functions. More than half (56.63%) of the CNVRs (n = 94) have been reported in previous studies, while 72 CNVRs are reported for the first time. In addition, 162 (97.59%) CNVRs were found to overlap with 2,765 previously reported QTLs affecting 378 phenotypic traits. Conclusion: The findings improve the catalog of pig CNVs and provide insights and novel molecular markers for further genetic analyses of Chinese indigenous pigs.

• Genomics & Informatics
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• 제15권4호
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• pp.136-141
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• 2017

Accurate detection of genomic alterations, especially druggable hotspot mutations in tumors, has become an essential part of precision medicine. With targeted sequencing, we can obtain deeper coverage of reads and handle data more easily with a relatively lower cost and less time than whole-exome or whole-genome sequencing. Recently, we designed a customized gene panel for targeted sequencing of major solid cancers. In this study, we aimed to validate its performance. The cancer panel targets 95 cancer-related genes. In terms of the limit of detection, more than 86% of target mutations with a mutant allele frequency (MAF) <1% can be identified, and any mutation with >3% MAF can be detected. When we applied this system for the analysis of Acrometrix Oncology Hotspot Control DNA, which contains more than 500 COSMIC mutations across 53 genes, 99% of the expected mutations were robustly detected. We also confirmed the high reproducibility of the detection of mutations in multiple independent analyses. When we explored copy number alterations (CNAs), the expected CNAs were successfully detected, and this result was confirmed by target-specific genomic quantitative polymerase chain reaction. Taken together, these results support the reliability and accuracy of our cancer panel in detecting mutations. This panel could be useful for key mutation profiling research in solid tumors and clinical translation.