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Theoretical Investigations on Structure and Function of Human Homologue hABH4 of E.coli ALKB4

  • Shankaracharya, Shankaracharya;Das, Saibal;Prasad, Dinesh;Vidyarthi, Ambarish Sharan
    • Interdisciplinary Bio Central
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    • 제2권3호
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    • pp.8.1-8.5
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    • 2010
  • Introduction: Recently identified human homologues of ALKB protein have shown the activity of DNA damaging drugs, used for cancer therapy. Bioinformatics study of hABH2 and hABH3 had led to the discovery of a novel DNA repair mechanism. Very little is known about structure and function of hABH4, one of the members of this superfamily. Therefore, in present study we are intended to predict its structure and function through various bioinformatics tools. Materials and Methods: Modeling was done with modeler 9v7 to predict the 3D structure of the hABH4 protein. This model was validated with the program Procheck using Ramachandran plot statistics and was submitted to PMDB with ID PM0076284. The 3d2GO server was used to predict the functions. Residues at protein ligand and protein RNA binding sites were predicted with 3dLigandSite and KYG programs respectively. Results and Discussion: 3-D model of hABH4, ALKBH4.B99990003.pdb was predicted and evaluated. Validation result showed that 96.4 % residues lies in favored and additional allowed region of Ramachandran plot. Ligand binding residues prediction showed four Ligand clusters, having 24 ligands in cluster 1. Importantly, conserved pattern of Glu196-X-Pro198- Xn-His254 in the functional domain was detected. DNA and RNA binding sites were also predicted in the model. Conclusion and Prospects: The predicted and validated model of human homologue hABH4 resulted from this study may unveil the mechanism of DNA damage repair in human and accelerate the research on designing of appropriate inhibitors aiding in chemotherapy and cancer related diseases.

텍스트종류 '부음'의 한$\cdot$독 비교 연구 시론 - 텍스트의 통보적 기능과 거시구조의 텍스트유형학적 차이를 중심으로 - (Vorbereitende Bemerkungen zur kulturvergleichenden Untersuchung der Textsorte 'Todesanzeige')

  • 이성만
    • 한국독어학회지:독어학
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    • 제2집
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    • pp.307-342
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    • 2000
  • Die Arbeit zeigt an, dass die kulturspezifische Textsortenkonvention der Gebrauchstextsorte 'Todesanzeige' im Mittelpunkt steht, wobei anhand von Sprachgemeinschaften vorgegangen wird. Das setzt bestimmte $Verst\"{a}ndnisse$ von Text und Textlinguistik einerseits und von Textsorte und Textsortenlinguistik andererseits voraus. Zuerst versuche ich einen Standort der Todesanzeige im Rahmen der Gebrauchstextsorte zu bestimmen. Danach erstelle ich eine Typologie der Todesanzeige. Die Wahl der klassischen Todesanzeige erlaubt die Kon-stituierung eines zweisprachigen Korpus, das als Grundlage $f\"{u}r$ die in Kapiteln $4\~6$ angestellte Paralleltextanalyse dient. Im Mittelpunkt steht dabei die Makrostruktur und die Textfunktion, also die kommunikative Funktion im Text der $ausgew\"{a}hlten$ Anzeigen, deren Einzelteile auf Struktur und Funktion untersucht werden. Die Gesamtstruktur der Todesanzeigen ist von der Zeitung und dem damit zusammenhangenden Kulturraum $abh\"{a}ngig.\;Au{\ss}er$ dem obligato-rischen Mitteilungs- und Abschlussteil finden sich in beiden $Kulturra\"{u}men$ nicht alle makrostrukturellen Elemente. Kulturbedingte Unterschiede zwischen den koreanischen und deutschen Anzeigen gibt es auch in der $Vorkommensh\"{a}ufigkeit$ einzelner Elemente und in ihren inhaltlichen und syntaktischen Merkmalen sowie in der Handlungsstruktur des Textes. Unterschiede gibt es auch in der H\"{a}ufigkeit$, im Umfang und lnhalt der verschiedenen Elemente sowie in ihrer sprachlichen Formulierung.

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재조합 효모를 이용한 사람 H-Chain 교 L-Chain Ferritin의 생산 (Heterologous Expression of Human Ferritin H-chain and L-chain Genes in Saccharomyces cerevisiae)

  • 서향임;전은순;정윤조;김경숙
    • KSBB Journal
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    • 제17권2호
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    • pp.162-168
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    • 2002
  • 본 연구에서는 유도성 promoter인 GAL1과 상시성 promoter인 GPD와 ADH1 promoter 하류에 사람 ferritin H-chain 유전자(hfL) 및 사람 ferritin L-chain 유전자(hfL)를 연결하여 재조합 plasmid를 구축하고 이들을 S. cerevisiae 2805에 형질 전환시켜 외래 유전자를 성공적으로 발현시켰다. Ferritin 발현에 미치는 promoter의 영향을 비교한 바, 이 두 단백질 생간에 있어서 GAL1 promoter가 GPD나 ABH1 promoter 보다 더 효율적이었다. GAL1 promoter를 사용한 형질 전환체 (YG-H와 YG-L)에서 H-chain의 발현율은 전체 수용성 단백질 중 4.5%에 해당하였고, L-chain의 발현율은 9.8%에 이르렀다. 각 균주에서 발현된 H 및 L subunit은 비변성 젤은 사용한 전기 영동의 결과 대장균에서 생산된 재조합 단백질과 마찬가지로 자발적으로 holoprotein으로 조합되어졌다. 재조합 H-와 L-ferritin들은 단백질 내공에 철을 축적할 수 있음이 Prussian blue 염색으로 확인되었다. 그리고 효모 세포를 10 mM ferric citrate를 함유한 배지에서 배양했을 때, H-ferritin과 L-ferritin을 생산하는 재조합 효모 균주에 있어서의 펄의 농도는 각각 174.9 $\mu\textrm{g}$ Per gram(dry cell weight)과 148.8 $\mu\textrm{g}$ Per gram(dry cell weight)이었고 야생형 효모 균주에 있어서의 털의 농도는 49.4 $\mu\textrm{g}$ Per gram(dry cell weight)이었다. 이것은 사람 ferritin 유전자를 효모 균주에 발현시킴으로써 효모의 철 함량이 증진되었음을 유추하는 결과이다.

중역에서의 보족어의 어순과 정보 구조 (Satzgliedstellung und Informnationsstruktur im Mittelfeld des Deutschen)

  • 임환재
    • 한국독어학회지:독어학
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    • 제4집
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    • pp.29-59
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    • 2001
  • In der vorliegenden Arbeit handelt es sich um die Satzgliedstellung und die Informationsstruktur im Mittelfeld des Deutschen. $F\"{u}r$ die erfolgreiche Beschreibung der Satzgliedstellung und der Informationsstruktur sollte man $zun\"{a}chst$ die grammatischen Bedingungen der Satzgliedstellung genau untersuchen. Dann kann man erwarten, dass die Subtraktion der grammatischen Bedingungen die kommunikativ relevante Struktur der Satzgliedstellung $blo{\ss}legt$. Beides ist aber so verzahnt, dass als erfolgversprechender Vorgehensweg nur bleibt, von einer kommunikativ neutralen Grundreihenfoge der Stellungsglieder auszugehen und alle Abweichungen davon als kontextuell gesteuerte $Ma{\ss}nahmen$ der Informationsstruktur zu deuten. Die grammatischen Bedingungen der Stellungsglieder im Mittelfeld haben $gem\"{a}{\ss}$ dem kategorialen Status, den morpho-syntaktischen Faktoren und der semantischen Rolle die Grundreihenfolge bestimmt. Und nach diesen grammatischen Bedingungen wird die Grundreihenfolge in die bewegliche und die feste Anordnung geteilt. Die feste bzw. bewegliche Anordnung der Stellungsglieder ist $f\"{u}r$ die Betrachtung der syntaktischen und kommunikativen Struktur im Deutschen von $gro{\ss}er$ Bedeutung. Die Grundreihenfolge im Mittelfeld bezieht sich nicht auf den Kontext. Sie ist deshalb merkmallos. Aber wenn diese Foige aufgrund der Veranderungen des Kontextes und der Situation makiert wird, kann diese Grundreihenfolge thematisiert und rhematisiert werden. Wie die Thema-Rhema Struktur $f\"{u}r$ den Ausdruck des Mitteilungswertes in einem Satz aussieht, wird von dem kognitiven Gesichtspunkt und dem sprachlichen Kontext entschieden. Mit diesem Textkontext spielt die engere Verbindung zu dem finiten Verb $f\"{u}r$ den Mitteilungswert eine $gro{\ss}e$ Rolle. Deshalb kann man sagen: Je enger die Stellungsglieder syntaktisch und semantisch an dem finiten Verb sind, desto $h\"{o}her$ wird ihr Mitteilungswert. Und wegen der engen Beziehungen zwischen der grammatischen Struktur und der Informationsstruktur haben wir versucht, die beiden Strukturen in der gegenseitigen $Abh\"{a}ngigkeit\;zu\;ber\"{u}cksichtigen$.

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아우구스티누스와 수사학 (Augustin und die Rhetorik)

  • 한석환
    • 철학연구
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    • 제116권
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    • pp.389-410
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    • 2010
  • 아우구스티누스는 수사학에서 그리스도교로 개종한 사람이라고 해도 좋을 만큼 개종한 다음에는 그 전에 종사했던 수사학과 거리를 두었던 사람이다. 그러나 "그리스도교 교양" 제4권에서는 그리스-로마의 고전적 수사학과 관계를 복원한다. 그런 의미에서 "그리스도교 교양" 제4권은 그리스도교의 옷을 걸친 고전 수사학 저작으로 평가 받는다. 문제는 왜 아우구스티누스가 다시금 수사학에 관심을 갖게 되었느냐는 것이다. 학자들 가운데는 설교 이론을 정립할 의도에서 수사학에 관심을 갖게 되었다고 해석하는 사람도 있고, 제2 소피스트 운동의 해독에서 수사학을 구출하기 위해 그랬다는 사람도 있다. 그러나 이 글은 당시 그리스도 교회 내에 팽배해 있던 신앙(지상)주의의 극단과 제2 소피스트 운동으로 대표되는 쾌락 일변도의 '지혜가 결여된 달변'의 극단을 탈피하여 그리스도교 지혜와 수사학적 달변을 통합함으로써 그리스도교 수사학을 정초한 데에 아우구스티누스와 "그리스도교 교양" 제4권의 중요성이 있다는 입장이다. 아우구스티누스는 내용(지혜)을 표현(달변)과 독립적으로 인정함으로써 그리스도 교회 내의 갈등을 해소하는 한편, 그의 교회 내 동료들에게 내용만으로는 성서와 하느님의 진리를 전달하는 데 충분치 않다고 강조한다. 그는 "그리스도교 교양" 제4권의 논변을 통해 그리스도교 설교자들에게 그리스-로마의 고전적 수사학으로 통하는 다리를 놓는다. 아우구스티누스가 "그리스도교 교양" 제4권을 저술한 의도는 결국 영적 구원의 '유용한 도구', 수사학 기술을 거부하는 교회 내 비판가들을 반박하는 데 있었다.