Crystal structure of bis(1,2-diaminopropane)palladium(II) bis(oxalato)palladate(II) has been determined by X-ray crystallography. Crystal data: $Pd_2C_{10}H_{10}N_{4}O_{8}$, $M_W$ = 573.09, orthorhombic, space group $P_{ccn}$ (No = 56), a = 16.178(5), b = 16.381(6), c = 6.685(2)$\{AA}$, V = 1771.6 $\{AA}^3$, $M_W$W = 573.09, $D_c$ = 2.014 g${\cdot}c\;m^{-3}$, Z = 4, T = 294K, F(000) = 1056.0 and $\mu$ = 20.466 c$m^{-1}$. The intensity data were collected with $Mo-K\alpha$ radiation (${\lambda}$ = 0.7107 $\AA)$ on an automatic four-circle diffractometer with a graphite monochromater. The structure was solved by Patterson method and refined by full matrix least-squares methods using Pivot weights. The final R and S values were R = 0.065, $R_W = 0.059, R_{all}$ = 0.065 and S = 4.315 for 605 observed reflections. Both cation and anion complexes are essentially planar and have dihedral angle of $18(l)^{\circ}$ between thier planes. In the crystal structure, they do not have the Magnus's salt type mixed stacks; instead, the complex anions form regular stacks along the c-axis with the M-M bond length of $3.343(5)\AA$ and their stacks are surrounded by the complex cations through hydrogen bonds with the nitrogen-oxygen distances of 2.94(3) and $3.31(4)\AA.$
The crystal and molecular structure of sulfaguanidine monohydrate, $C_7H_{10}N_4O_2S{\cdot}H_2O$, was determined from visually estimated intensity data from Weissenberg photographs. The crystal data are monoclinic, space group $P2_1$/c with four molecules in a unit cell of dimensions, ${\alpha}=7.57{\pm}0.03,\;b=5.44{\pm}0.02,\;c=24.76{\pm}0.06{\AA},\;{\beta}=91.0{\pm}0.2^{\circ}$. The structure has been solved by an interpretation of a Patterson map and with a help of a direct procedure on a projection. The parameters were refined isotropically by block-diagonal least-squares methods using 1542 observed independent reflections to give R = 0.14. By hydrogen bonding a guanidyl nitrogen of a sulfaguanidine molecule is linked to the sulfonyl oxygens of the other molecules indirectly through two different water molecules. The role of water molecule is both a donor and an acceptor in hydrogen-bonding formation and these hydrogen bonds are tetrahedrally oriented. The hydrogen-bonding networks form infinite molecular layers parallel to (001) plane.
Lee, Hyeon Do;Kim, Un Sik;Park, Jong Yeol;Kim, Yang
Journal of the Korean Chemical Society
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v.38
no.3
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pp.186-196
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1994
Three fully dehydrated partially $Ag^+$-exchanged zeolite A(Ag_4Na_8-A, Ag_6Na_6-A, and Ag_8Na_4-A) were treated at $250^{\circ}C$ with 0.1 torr Rb vapor at 4 h. Their structures were determined by singlecrystal X-ray diffraction methods in the cubic space group $Pm{\bar3}m$ (a = 12.264(4) $\AA$, a = 12.269(1) $\AA$, and a= 12.332(3) $\AA$, respectively) at $22(1)^{\circ}C$, and were refined to the final error indices, R(weighed), of 0.056 with 131 reflections, 0.068 with 108 reflections, and 0.070 with 94 reflections, respectively, for which I > $3\sigma(I).$ In these structures, Rb species are found at three different crystallographic sites; three $Rb^+$ ions per unit cell are located at 8-ring centers, ca. 6.0∼6.8 $Rb^+$ ions are found opposite 6-rings on threefold axes in the large cavity, and ca. 2.5 $Rb^+$ ions are found on three fold axes in the sodalite unit. Also, Ag species are found at two different crystallographic sites; ca. 0.6∼1.0 $Ag^+$ ion lies opposite 4-rings and about 1.8∼4.2 Ag atoms are located near the center of the large cavity. In these structures, the numbers of Ag atoms per unit cell are 1.8, 3.0, and 4.2, respectively, and these are likely to form hexasilver clusters at the centers of the large cavities. The $Rb^+$ ions, by blocking 8-rings, may have prevented silver atoms from migrating out of the structure. Each hexasilver cluster is stabilized by coordination to 6-ring, 8-ring $Rb^+$ ions, and also by coordination to a 4-ring $Ag^+$ ion.
Moon, Dae Jun;Suh, Jeong-Min;Park, Jong Sam;Choi, Sik Young;Lim, Woo Taik
Journal of the Mineralogical Society of Korea
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v.30
no.2
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pp.45-57
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2017
Two single crystals of fully dehydrated $Cd^{2+}$-exchanged zeolites Y were prepared by the exchange of ${\mid}Na_{75}{\mid}[Si_{117}Al_{75}O_{384}]-FAU$ ($Na_{75}-Y$, Si/Al = 1.56) with aqueous $0.05M\;Cd(NO_3)_2$ (pH = 3.65) at 294 K, followed by vacuum dehydration at 723 K (crystal 1) and a second crystal, similarly prepared, was exposed to zeolitically dried benzene for 72 hours at 294 K and evacuated (crystal 2). Their structures were determined crystallographically using synchrotron X-rays and were refined to the final error indices using $F_o$>$4{\sigma}(F_o)$ of $R_1/wR_2=0.040/0.121$ and 0.052/0.168, respectively. In crystal $1({\mid}Cd_{36}H_3{\mid}[Si_{117}Al_{75}O_{384}]-FAU)$, $Cd^{2+}$ ions primarily occupy sites I and II, with additional $Cd^{2+}$ ions at sites I', II', and a second site II. In crystal $2({\mid}Cd_{35}(C_6H_6)_{24}H_5{\mid}[Si_{117}Al_{75}O_{384}]-FAU)$, $Cd^{2+}$ ions occupy five crystallographic sites. The 24 benzene molecules are found at two distinct positions within the supercages. The 17 benzene molecules are found on the 3-fold axes in the supercages where each interacts facially with one of site IIa $Cd^{2+}$ ions. The remaining 7 benzene molecules lie on the planes of the 12-rings where each is stabilized by multiple weak electrostatic and van der Waals interactions with framework oxygens.
Cholestryl Methyl and Propyl Carbonate(CH3OCOOC27H45, C3H7OCOOC27H45) are monoclinic, space group P21, with a=17.014(1), b=7.682(1), c=10.612(1)Å, β=103.05(1)°, Z=2, V=1351.16Å3, Dc=1.09 g/cm3 for methyl carbonate, and with a=13.683(1), b=11.864(2), c=18.904(2)Å, β=106.30(1)°, Z=4, V=2945.4Å3, Dc=1.06 g/cm3, Dm=1.06 g/cm3 for propyl carbonate. The intensity data were collected on an Enraf-Nonius CAD-4 diffractometer with a graphite monochromated Cu-Kα radiation. The structure was solved by direct methods and refined by full matrix least-squares methods. The final R factor was 0.051 for 2323 observed reflections for methyl carbonate and 0.074 for 3323 observed reflections for propyl carbonate. Compared with other cholesteryl derivatives, the cholesteryl ring and tail region of the molecules are normal. The molecules are stacked in clearly separated layers. At center of the layer, there are cholesteryl-C(17) side chain interactions. The interface region between layers is occupied by the loosely packed methyl carbonate chains. The structure of cholesteryl propyl carbonates have two propyl carbonates have two molecules(A, B) that are not related by crystal symmetry and have their tetracyclic system almost parallel to each other. Cholesteryl-cholesteryl interactions between symmetry related A-molecules, and cholesteryl-C(17) side chain interactions between symmetry related B-molecules occur at the center of the layers and these molecules stack along 2₁ screw axes. There are also C(17)chain-carbonate chain and C(17)chain-C(17)chain interactions in the interface region between layers. There is efficient packing between cholesteryl ring systems in propyl carbonates. Temperature ranges of cholesteric mesophases of cholesteryl alkyl cargonates are narrow for methyl, pentyl and hexyl carbonates, and rather broader for ethyl and propyl carbonates. Cholesteryl-isotropic transitions change very little with chain length.
25,26,27,28-Tetraacetoxycalix[4]arene·monohydrate is orthorhombic, space group Pbca with a = 14.979(4), b = 15.154(4), c = 27.890(3) ${\AA}$, Z = 8, V = 6330.6 ${\AA}^{-3}$, D$_c$ = 1.28 $g{\cdot}cm^{-3}$, (Mo K${\alpha}$) = 0.71069 ${\AA}$, ${\mu}$ = 0.86 cm$^{-1}$, F(000) = 2600, and R = 0.069 for 3376 unique observed reflections with I > 1.0 ${\sigma}$(I). The structure was solved by direct methods and refined by cascade diagonal least-squares refinement. All the C-H bond lengths(= 0.96 ${\AA}$), the methyl groups and the methylene groups are fixed and refined as the rigid groups with ideal geometry. The macrocycle exists in the 1,3 alternate conformation (by Conforth) making the angles of 110.7, 684, 113.7 and 68.8$^{\circ}$ between the benzene rings and the methylenic mean plane, and four each acetoxy groups are twisted away from their own benzene rings with the angles of 68.2, 97.6, 78.9 and 71.3$^{\circ}$, respectively. The relative dihedral angles between two opposite side of the benzene rings are 135.6$^{\circ}$ for the rings (1) and (3) and 135.2$^{\circ}$ for (2) and (4). A water molecule which has nearly the same height of the methylenic plane of the macrocycle in the c-axis, is located within the distances of 2.942(5) ${\AA}$ from the O(8) atom of the carbonyl group and 2.901 ${\AA}$ from, another O(2)(1/2-x, -1/2+y, z). The shortest contact between the molecule is 3.193 ${\AA}$ from the O(4) to the C(3)(1/2+x, 1/2-y,-z).
The crystal structure of biotite-1M from Bancroft, Ontario, was determined by Rietveld refinement method using high-resolution neutron powder diffraction data at -26.3$^{\circ}C$, 2$0^{\circ}C$, 30$0^{\circ}C$, $600^{\circ}C$, 90$0^{\circ}C$. The crystal structure has been refined to a R sub(B) of 5.06%-11.9% and S (Goodness of fitness) of 2.97-3.94. The expansion rate of a, b, c unit cell dimensions with elevated temperature linearly increase to $600^{\circ}C$. The expansivity of the c dimension is $1.61{\times}10^{40}C^{-1}$, while $2.73{\times}10^{50}C^{-1}$ and $5.71{\times}10^{-50}C^{-1}$ for the a and b dimensions, respectively. Thus, the volume increase of the unit cell is dominated by expansion of the c axis as increasing temperature. In contrast to the trend, the expansivity of the dimensions is decreased at 90$0^{\circ}C$. It may be attributed to a change in cation size caused by dehydroxylation-oxidation of $Fe^{2+}$ to $Fe^{3+}$ in vacuum condition at such high temperature. The position of H-proton was determined by the refinement of diffraction pattern at low temperature (-2.63$^{\circ}C$). The position is 0.9103${\AA}$ from the O sub(4) location and located at atomic coordinates (x/a=0.138, y/b=0.5, z/c=0.305) with the OH vector almost normal to plane (001). According to the increase of the temperature, $\alpha$* (tetrahedral rotation angle), $t_{oct}$ (octahedral sheet thickness), mean distance increase except 90$0^{\circ}C$ data. But the trend is less clearly relative to unit cell dimension expansion because the expansion is dominant to the interlayer. Also, ${\Psi}$ (octahedral flattening angle) shows no trends as increasing temperature and it may be because the octahedron (M1, M2) is substituted by Mg and Fe.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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