• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2019년도 춘계학술대회
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• pp.118-118
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• 2019

Abeliophyllum distichum Nakai belonging to Oleaceae is only species in Korean endemic genus, Abeliophyllum. Abeliophyllum distichum (AD) is divided into various types according to flower shape and color. AD is known to have various colors such as white, pink, and ivory. Recently, light yellow flowers have been registered as new varieties (Okhwang 1ho). To date, various ecological and morphological studies on AD have been carried out, but no studies have been made on the phytochemicals and activities according to various traits. In this study, we analyzed the phytochemicals and antioxidative activities of from four kinds of flowers (white, pink, ivory, light yellow) in full bloom. The contents of phytochemicals such as chlorogenic acid, Hirsutrin, Rutin, Acteoside and Isoacteoside were analyzed by HPLC. Antioxidant activity was evaluated by DPPH, ABTS. As a result, the content of each substance varied according to the flower color. These results will provide basic data for evaluating the usefulness of genetic resources in Korea and developing new functional materials in preparation for the Nagoya Protocol.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제48권4호
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• pp.423-428
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• 2020

In vitro evolution is a powerful technique for the engineering of yeast strains to study cellular mechanisms associated with evolutionary adaptation; strains with desirable traits for industrial processes can also be generated. There are two distinct approaches to generate evolved strains in vitro: the sequential transfer of cells in the stationary phase into fresh medium or the continuous growth of cells in a chemostat bioreactor via the constant supply of fresh medium. In culture, evolutionary forces drive diverse adaptive mechanisms within the cell to overcome environmental or intracellular stressors. Especially, this engineering strategy has expanded to the field of human cell lines; the understanding of such adaptive mechanisms provides promising targets for the treatment of human genetic diseases and cancer. Therefore, this technology has the potential to generate numerous industrial, medical, and academic applications.

• Genomics & Informatics
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• 제20권4호
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• pp.47.1-47.13
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• 2022

Klebsiella pneumoniae is a gram-negative bacterium that is known for causing infection in nosocomial settings. As reported by the World Health Organization, carbapenem-resistant Enterobacteriaceae, a category that includes K. pneumoniae, are classified as an urgent threat, and the greatest concern is that these bacterial pathogens may acquire genetic traits that make them resistant towards antibiotics. The last class of antibiotics, carbapenems, are not able to combat these bacterial pathogens, allowing them to clonally expand antibiotic-resistant strains. Most antibiotics target essential pathways of bacterial cells; however, these targets are no longer susceptible to antibiotics. Hence, in our study, we focused on a hypothetical protein in K. pneumoniae that contains a DNA methylation protein domain, suggesting a new potential site as a drug target. DNA methylation regulates the attenuation of bacterial virulence. We integrated computational-aided drug design by using a bioinformatics approach to perform subtractive genomics, virtual screening, and fingerprint similarity search. We identified a new potential drug, koenimbine, which could be a novel antibiotic.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제27권2호
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• pp.57-65
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• 2024

Paiche (Arapaima gigas), is a colossal freshwater fish native to the Amazon basin. Its geographic distribution spans various regions, including Brazil, Peru, Colombia, and Guyana, making it a significant component of the aquatic ecosystems in this area. Beyond its ecological role, the paiche holds substantial importance as a valuable fish resource for local communities, providing sustenance and economic opportunities. This review provides a comprehensive analysis of the reproductive aspects of the paiche, based on information published from January 2000 to January 2022. It encompasses a wide range of reproductive characteristics, including sexual differentiation, age at first maturity, and identification techniques. Additionally, it offers an evaluation of various mating behaviors, highlighting their respective advantages and disadvantages. The review also explores genetic and behavioral traits observed in both wild and captive specimens, offering valuable insights for the effective management of breeding programs.

• International journal of advanced smart convergence
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• 제13권3호
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• pp.150-155
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• 2024

Genomic data plays a transformative role in medicine, biology, and forensic science, offering insights that drive advancements in clinical diagnosis, personalized medicine, and crime scene investigation. Despite its potential, the integration and analysis of diverse genomic datasets remain challenging due to compatibility issues and the specialized nature of existing tools. This paper presents the GenomeSync system, designed to overcome these limitations by utilizing the Hadoop framework for large-scale data handling and integration. GenomeSync enhances data accessibility and analysis through SQL-based search capabilities and machine learning techniques, facilitating the identification of genetic traits and the resolution of forensic cases. By pre-processing DNA profiles from crime scenes, the system calculates similarity scores to identify and aggregate related genomic data, enabling accurate prediction models and personalized treatment recommendations. GenomeSync offers greater flexibility and scalability, supporting complex analytical needs across industries. Its robust cloud-based infrastructure ensures data integrity and high performance, positioning GenomeSync as a crucial tool for reliable, data-driven decision-making in the genomic era.

• 생명과학회지
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• 제31권7호
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• pp.626-630
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• 2021

본 연구는 랜드레이스와 제주재래흑돼지 교잡축군에서 MYH3 6-bp 결실 변이 유전자형과 육색 형질간의 상관관계를 분석하였다. 돼지의 등심(longissimus dorsi), 상완세갈래근(triceps brachii), 대퇴두갈래근(biceps femoris), 반막모양근(semimembranosus)을 이용하였다. 총 187두의 등심, 상완세갈래근, 대퇴두갈래근, 반막모양근에서 육색 형질인 적색도(CIE a^*), 황색도(CIE b^*), 명도(CIE L^*)를 조사하였다. Mismatch primer 세트를 이용하여 MYH3 6-bp 결실 변이 QQ, Qq, qq의 세가지 유전자형을 확인하였고, 그 빈도는 각각 0.358, 0.551, 0.091를 확인하였다. 적색도, 황색도, 명도와 MYH3 6-bp 결실변이 유전자형간의 상관관계를 확인한 결과 등심(p>0.05, p<0.001, p<0.001), 상완세갈래근(p<0.001, p<0.001, p<0.001), 대퇴이두근(p<0.01, p<0.001, p<0.001), 반각모양(p>0.05, p<0.001, p<0.001) 부위에서 QQ 유전자형이 qq 유전자형 보다 높은 결과를 확인하였다. 이번 연구에서 랜드레이스와 제주재래흑돼지 교잡축군에서 적색도, 황색도, 명도를 높일 수 있을 것이며, 또한 MYH3 6-bp 유전자 다형성을 이용하여 제주재래흑돼지를 이용한 교배프로그램에서의 육색 형질 향상을 위한 유전적 마커로서 사용되어 돼지고기 육질 향상에 도움될 것으로 사료된다.

• 한국자원식물학회지
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• 제36권4호
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• pp.413-434
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• 2023

본 연구에서는 다수성 및 고리그난 참깨 품종 육성에 활용될 수 있는 자원을 발굴하고자 아시아 및 아프리카 원산 참깨 165자원을 대상으로 농업형질 조사와 리그난 함량 분석을 수행하였다. 그 결과, 참깨 유전자원은 다양한 농업형질을 보였으며, 세사민, 세사몰린, 리그난 함량은 각각 0.5-12.6 mg/g, 0.1-3.5 mg/g, 1.1-16.1 mg/g의 높은 변이를 보였다. 대륙 원산에 따른 농업형질을 분석한 결과, 대부분의 농업형질이 아시아 원산자원과 아프리카 원산자원 간에 차이를 나타냈다. 아시아 원산자원이 아프리카 원산자원에 비해 개화기와 성숙기가 짧고, 초삭고가 낮고, 착삭부위장이 길며, 천립중이 가벼운 특성을 보였다. 그러나 대륙 원산에 따른 리그난 함량의 차이는 보이지 않았다. 농업형질과 리그난 함량 간의 상관관계를 분석한 결과, 리그난 함량은 개화기, 초삭고 형질과 양의 상관관계를, 착삭부위장, 천립중 형질과 음의 상관관계를 보여, 수량성 관련 농업형질과 리그난 함량은 음의 상관관계를 가짐을 알 수 있었다. 농업형질과 리그난 함량에 대한 주성분 분석결과, 세 개의 주성분이 전체 변이의 73.6%를 설명하였다. 대부분의 농업형질과 리그난 함량이 세 개의 주성분과 높은 상관관계를 보여, 본 연구에서 평가한 농업형질 및 리그난 함량은 참깨 165자원의 다양성을 설명하는 주요인으로 판단되었다. 또한, 농업형질과 리그난 함량에 대한 군집 분석 결과, 수량성이 낮고 리그난이 높은 군집 1 (67자원), 수량성이 높고 리그난 함량이 높은 군집 2 (34자원), 수량성이 군집 1과 3의 중간 정도이며 리그난 함량이 낮은 군집 3 (64자원)으로 나눌 수 있었다. 최종적으로, 참깨 165자원에 대한 농업형질 및 리그난 함량 분석 결과를 기반으로 다수성(IT29416, IT167042, K276848, K276849)및 고리그난(IT169254, IT170031, IT169250, IT154876, IT170034) 우수자원을 각각 발굴하였다. 선발된 우수자원은 다수성 및 고리그난 참깨 품종 육성 시 유용한 육종소재로 활용될 것으로 기대된다.

• Genomics & Informatics
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• 제10권2호
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• pp.99-105
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• 2012

Dyslipidemia, mainly characterized by high triglyceride (TG) and low high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C) levels, is an important etiological factor in the development of cardiovascular disease (CVD). Considering the relationship between childhood obesity and CVD risk, it would be worthwhile to evaluate whether previously identified lipid-related variants in adult subjects are associated with lipid variations in a childhood obesity study (n = 482). In an association analysis for 16 genome-wide association study (GWAS)-based candidate loci, we confirmed significant associations of a genetic predisposition to lipoprotein concentrations in a childhood obesity study. Having two loci (rs10503669 at LPL and rs16940212 at LIPC) that showed the strongest association with blood levels of TG and HDL-C, we calculated a genetic risk score (GRS), representing the sum of the risk alleles. It has been observed that increasing GRS is significantly associated with decreased HDL-C (effect size, $-1.13{\pm}0.07$) compared to single nucleotide polymorphism combinations without two risk variants. In addition, a positive correlation was observed between allelic dosage score and risk allele (rs10503669 at LPL) on high TG levels (effect size, $10.89{\pm}0.84$). These two loci yielded consistent associations in our previous meta-analysis. Taken together, our findings demonstrate that the genetic architecture of circulating lipid levels (TG and HDL-C) overlap to a large extent in childhood as well as in adulthood. Post-GWAS functional characterization of these variants is further required to elucidate their pathophysiological roles and biological mechanisms.

• 원예과학기술지
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• 제28권6호
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• pp.1003-1013
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• 2010

장미 속에 포함된 23종의 59계통을 수집하고, 해당화의 15계통은 국내의 10개 지역에서 수집하였다. 이 종들의 유전적 관계는 형태적 분석과 RAPD 마커를 이용하여 확인하였다. 형태적 분석은 7개의 양적 형질을 측정하고 4개의 질적 형질은 수치화하였다. RAPD 분석은 20개의 primer를 사용하여 총 959개의 다형성 밴드를 얻었다. 형태적 특성 분석은 전반적으로 종들이 section의 특성으로 분류되었으나, 부분적으로 몇 몇 종들은 분류에 어려움이 있었다. RAPD 결과를 바탕으로 장미 속의 군집분석을 수행한 결과, 아속 $Platyrhodon$과 $Eurosa$를 구분할 수 있었다. 그 중 아속 $Eurosa$는 5개의 section으로 분리되었다; $Gallicanae$, $Cinnamomeae$, $Pimpinellifoliae$, $Synstylae$ 그리고 $Caninae$. 형태적 분석과 RAPD 분석 간의 상관 관계는 유의성이 낮았다($r$=0.35). Sect. $Cinnmomeae$에 속하는 해당화는 RAPD 분석을 통해 유전적 거리 0.28에서 3그룹으로 군집을 형성하였다. 결과적으로, 장미 속의 유전적 관계는 이전에 보고된 rose section system과 일치하였으며, 국내에서 수집한 해당화는 RAPD 마커 분석에 의해 3그룹으로 구분되었다.

• 응용통계연구
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• 제29권6호
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• pp.1117-1128
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• 2016

고차원 유전체 자료를 사용하는 유전체 연관 분석에서는 벌점 우도함수 기반의 회귀계수 규제화 방법이 질병 및 표현형질에 영향을 주는 유전자를 발견하는데 많이 이용된다. 특히, 네트워크 기반의 규제화 방법은 유전체 연관성 연구에서의 유전체 경로나 신호 전달 경로와 같은 생물학적 네트워크 정보를 사용할 수 있으므로, Lasso나 Elastic-net과 같은 다른 규제화 방법들과 비교했을 경우 네트워크 기반의 규제화 방법이 보다 더 정확하게 관련 유전자들을 찾아낼 수 있다는 장점을 가지고 있다. 그러나 네트워크 기반의 규제화 방법은 그룹 구조를 갖고 있는 고차원 유전체 자료에는 적용시킬 수 없다는 문제점을 가지고 있다. 실제 SNP 데이터와 DNA 메틸화 데이터처럼 대다수의 고차원 유전체 자료는 그룹 구조를 가지고 있으므로 본 논문에서는 이러한 그룹 구조를 가지고 있는 고차원 유전체 자료를 분석하고자 네트워크 기반의 규제화 방법에 주성분 분석(principal component analysis; PCA)과 부분 최소 자승법(partial least square; PLS)과 같은 차원 축소 방법을 결합시키는 새로운 분석 방법을 제안하고자 한다. 새롭게 제안한 분석 방법은 몇 가지의 모의실험을 통해 변수 선택의 우수성을 입증하였으며, 또한 152명의 정상인들과 123명의 난소암 환자들로 구성된 고차원 DNA 메틸화 자료 분석에도 사용하였다. DNA 메틸화 자료는 대략 20,000여개의 CpG sites가 12,770개의 유전자에 포함되어 있는 그룹 구조를 가지고 있으며 Illumina Innium uman Methylation27 BeadChip으로부터 생성되었다. 분석 결과 우리는 실제로 암에 연관된 몇 가지의 유전자를 발견할 수 있었다.