• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제32권2호
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• pp.524-530
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• 2011

In the present study, we demonstrate that SRM LC-MS/MS method developed by Luo et al. (ref. 10) can be successfully applied to the quantitative analysis of intracellular metabolites in E. coli that are collected at the exponential and stationary growth phases. A focus is given on measuring the changes in the concentrations of intracellular metabolites in batch cultures, which were induced during both the dynamically changing exponential and stationary growth phases. The following intracellular metabolites are quantified in the exponential and stationary phases of E. coli growth, using the SRM mode of a triple quadrupole mass spectrometer: glucose-1-phosphate, fructose-1,6-bisphosphate, phosphoenolpyruvate, pyruvate, acetyl-coenzyme A, 6-phosphogluconate, ribulose-5-phosphate, xylulose-5-phosphate, erythrose-4-phosphate. The determined intracellular metabolite concentration profiles are shown to be in a good agreement with the growth profiles of E. coli, which clearly indicates that SRM LC-MS/MS can be successfully used for following the metabolite changes induced at different growth stages.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권6호
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• pp.946-951
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• 2006

To study the effect of iron on Saccharomyces cerevisiae, whole-cell proteins of Saccharomyces cerevisiae were extracted and subjected to two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D-PAGE), and differentially expressed proteins were identified. The proteins separated were further identified by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry and were compared with a protein database. Of more than 300 spots separated by molecular weight and isoelectric points, 27 differentially expressed spots were identified. Ten proteins were found to be differentially expressed at high iron concentration. Triosephosphate isomerase (TPI), YDR533C hypothetical protein, superoxide dismutase (SOD), 60 kDa heat-shock protein (HSP60), pyruvate dehydrogenase beta subunit 1 (PDB1), and old yellow enzyme 2 (OYE2) were upregulated, whereas thiol-specific antioxidant (TSA), regulatory particle non-ATPase subunit 8 (RPN8), thiol-specific peroxiredoxin 1 (AHP1), and fructose-1, 6-bisphosphate adolase (FBA) were downregulated by iron. Based on the result, we propose that SOD upregulated by iron would protect the yeast from oxidative stress by iron, and that TSA downregulated by iron would render cells hypersensitive to oxidative stress.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제30권4호
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• pp.323-328
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• 2003

토양 내의 고농도의 염은 심각한 환경스트레스 중의 하나로 농작물의 생산을 감소시킨다. 식물은 염 스트레스로부터 벗어나기 위하여 많은 단백질을 합성한다든지 유전자들의 발현을 조절하는 등 여러 가지 생리, 생화학적인 변화를 일으킨다. 퉁퉁마디는 우리나라에 자생하는 염생식물로 갯벌과 염전주위에서 생육한다. 퉁퉁마디의 생화학적, 분자생물학적 내염성 기구를 이해하기 위하여 differential display방법으로 NaCl에 의하여 발현이 증가되는 cDNA들을 분리하였다. 본 연구에서는 그 중 하나인 ShADL의 특성을 조사하였다. ShADL은fructose-1, 6-bisphosphate aldolase와 높은 유사성을 보였다. 이 유전자는 1293bp길이에 359개의 아미노산으로 구성된 open reading frame을 포함하고 있으며, 이로부터 추정되는 분자량은 39 kDa이었다. ShADL단백질은 애기장대의 aldolase와 86％의 높은 유사성을 나타내었으며 같은 염생식물인 com-mon ice plant의 adolase와는 78％의 유사성을 보였다. Northern 분석결과, ShADL 유전자는 NaCl의 농도가 증가함에 따라 발현량이 급격히 증가하는 것으로 나타났다.

• 한국작물학회지
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• 제64권4호
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• pp.422-431
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• 2019

본 연구는 옥수수 유수형성기(본 잎 6개)에 10일 동안 수분부족처리를 하였을 때 F₁ 옥수수 교잡종 식물체의 생리적 반응과 프로테옴 변화를 분석한 것이다. 실험에 사용한 품종은 일미찰과 광평옥이었다. 1. 정상구에 비해 수분이 결핍된 옥수수 교잡종에서는 평균 3개의 잎이 감소했고, 잎 면적은 각각 32~34 % 감소했으며, 경장은 일미찰에서는 약 14%, 광평옥에서는 약 27% 줄었다. 웅수 길이는 일미찰과 광평옥에서 각각 74, 82%가 감소하였다. 2. V4~6 엽기 때 10일간의 수분 결핍 처리는 옥수수의 모든 부분에서 건물중을 감소시켰으며 특히, 줄기의 건물중이 잎과 뿌리보다 훨씬 감소하였다. 일미찰과 광평옥에서 잎과 줄기의 건물중은 각각 약 83%, 73% 감소했으며, 수술 건물중은 각각 약 35, 86% 감소했다. 3. V4~6 엽기 때 10일간의 수분 결핍 처리는 옥수수의 모든 부분에서 건물중을 감소시켰으며 특히, 줄기의 건물중이 잎과 뿌리보다 훨씬 감소하였다. 일미찰과 광평옥에서 잎과 줄기의 건물중은 각각 약 83%, 73% 감소했으며, 수술 건물중은 각각 약 35, 86% 감소했다. 4. 이차원전기영동방법으로 정상구와 한발 스트레스를 받은 교잡종에서 다른 단백질 발현양상을 나타내는 21 개의 단백질 spot을 확인하였다. MALDI-TOF MS (matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry) 및 단백질 데이터베이스 분석을 통해 21개의 단백질 spot 중 탄수화물 대사에 관련된 단백질이 8개, 스트레스 관련 단백질이 6개, 지방산 이화작용 및 광합성에 관련된 단백질이 각각 2개, 에너지 대사 및 수송에 관련된 단백질이 각각 1개가 분석되었다. 5. 이들 단백질 중 Triosephosphate isomerase, fructose-bisphosphate aldolase, uncharacterized protein을 제외하고 한발 스트레스 처리시 일미찰과 광평옥 모두에서 단백질 발현양이 증가하였으며, lactoylglutathione lyase, delta 3,5-delta 2,4-dienoyl-CoA isomerase은 광평옥에서만 과발현되었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제53권6호
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• pp.789-793
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• 2015

In order to explore tick proteins as potential targets for further developing vaccine against ticks, the total proteins of unfed female Dermacentor silvarum were screened with anti-D. silvarum serum produced from rabbits. The results of western blot showed that 3 antigenic proteins of about 100, 68, and 52 kDa were detected by polyclonal antibodies, which means that they probably have immunogenicity. Then, unfed female tick proteins were separated by 12% SDS-PAGE, and target proteins (100, 68, and 52 kDa) were cut and analyzed by LC-MS/MS, respectively. The comparative results of peptide sequences showed that they might be vitellogenin (Vg), heat shock protein 60 (Hsp60), and fructose-1, 6-bisphosphate aldolase (FBA), respectively. These data will lay the foundation for the further validation of antigenic proteins to prevent infestation and diseases transmitted by D. silvarum.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권4호
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• pp.746-753
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• 2008

The hprK gene encoding bifunctional HPrK/P (kinase/phosphorylase) was cloned from L. mesenteroides SY1, a strain isolated from kimchi. hprK was transcribed as a monocistronic gene. His-tagged HPrH16A and HPrK/P were produced in E. coli BL21 (DE3) using pET26b(+) and purified. HPrK/P phosphorylation assay with purified proteins showed that the kinase activity of HPrK/P increased at slightly acidic pHs. Divalent cations such as $Mg^{2+}$ and $Mn^{2+}$ and glycolytic intermediates such as fructose-1, 6-bisphosphate (FBP) and phosphoenolpyruvate (PEP) increased the kinase activity of HPrK/P, but inorganic phosphate strongly inhibited it. Kinetic studies for the kinase activity of HPrK/P showed that the apparent $K_m$ values were 0.18 and $14.57{\mu}M$ for ATP and HPr, respectively. The $K_m$ value for the phosphorylase activity of HPrK/P was $14.16{\mu}M$ for P-Ser-HPr (HPr phosphorylated at the serine residue).

• Journal of Photoscience
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• 제5권4호
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• pp.157-162
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• 1998

The effect of heat treatment in the light on the subsequent CO2 fixation was studied with isolated spinach chloroplasts to define the role of light during heat stress. The degree of inhibition in CO2 fixation after heat treatment at 35$^{\circ}C$ under full light intensity (600W/$m^2$) was same as that in the dark. However, heat treatment of isolated chloroplasts in the light manifested thylakoidal damage, which did not occur in the dark. Under weak light (10~30 W/$m^2$ ) where no thylakoidal damage occurred, the inhibition was substantially alleviated , showing protective effect of light . The inhibition caused by heat treatment in the dark or light is prevented by the addition of a few combined compounds to the medium prior to treatment. Fructose-1-6- bisphosphate(with aldolase)and ribose-5-phosphate, known to be effective combined with oxaloacetate in preventing inhibition after heat treatment in the dark were equally effective in the light even without oxaloacetate. Addition of sugar phosphate reduced the Mehler reaction, which may occur in fast rae under high light. However, the addition of bicarbnate and catalase that would remove Mehler reaction did not provide any protection, indicating that protective role of sugar phosphate is elsewhere. Furghermore, in whole plants rapid recovery from heat stress was observed in the light. The apparently lesser or equal inhibition in spite of additional thylakoidal damage under heat stres in the light and less requirement for the protection against heat treatment suggest that the inhibitory effect of heat stress is alleviated by light treatment.

• 원예과학기술지
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• 제30권4호
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• pp.463-470
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• 2012

최근 원예산업의 발달로 인해 모종의 연중 생산량이 증가되고 플러그 트레이를 이용한 양질의 모종을 편리하게 키울수 있는 육묘기술이 보급되면서 상토의 사용량이 크게 증가되었다. 본 연구에서는 4가지 점토광물 일라이트, 필라이트, 제올라이트, 벤토나이트의 상토 첨가 시 고추의 초기 성장에 대한 효과를 알아보았다. 또한 일라이트 처리 시 고추 잎과 줄기의 시료에 대한 프로테옴 분석을 수행하였다. 포트에 있는 상토에 4가지 점토광물을 각각 처리한 이후에 트레이서 재배된 모종 중에서 건강하고 규칙적인 크기를 가진 모종을 선별하여 포트에서 재배하였다. 본 연구는 6주 동안 충북대학교 유리 온실에서 수행되었다. 4가지 점토광물 처리에 따른 고추의 초장, 뿌리와 줄기의 생중량과 건중량은 무처리와 비교해서 모든 점토광물 처리구에서 높게 나타났다. 그리고 고추의 뿌리, 줄기, 잎에서 양이온 $K^+$, $Ca^{2+}$, $Mg^{2+}$의 흡수량은 무처리구보다 모든 점토광물 처리구에서 높게 나타났다. 고추 시료에 대한 프로테옴 분석을 실시한 결과 잎 조직에서는 에너지 대사에 관련 단백질인 plastid fructose-1, 6-bisphosphat aldolase class 1, aldolase 및 glyceraldehydes 3-phosphate dehydrogenase가 대조구보다 더 많이 발현되는 것을 보여주었다. 줄기 조직에서는 에너지 대사에 관련된 NAD-dependent formate dehydrogenase, potassium(K) 운송 단백질, 지베렐린 반응 조절에 관련된 GIA/RGA 단백질 등이 대조구보다 더 많이 발현되는 것을 보여주었다. 프로테옴 분석으로 얻어진 결과를 보면 일라이트 처리 시 특이하게 차별적으로 발현된 단백질이 고추의 초기 생장 증진에 관련된 것으로 사료된다. 그러므로 점토광물의 처리에 대한 채소작물의 반응에 관련된 몇몇 단백질의 동정은 그들의 분자적인 기작 구명을 이해하는 데 새로이 기여할 것으로 사료된다.