• 제목/요약/키워드: environmental DNA

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Development of an ISSR-Derived SCAR Marker in Korean Ginseng Cultivars (Panax ginseng C. A. Meyer)

  • Lee, Jei-Wan;Kim, Young-Chang;Jo, Ick-Hyun;Seo, A-Yeon;Lee, Jeong-Hoon;Kim, Ok-Tae;Hyun, Dong-Yun;Cha, Seon-Woo;Bang, Kyong-Hwan;Cho, Joon-Hyeong
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제35권1호
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    • pp.52-59
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    • 2011
  • Recently, new ginseng cultivars having superior agricultural traits have been developed in Korea. For newly developed plant cultivars, the identification of distinctiveness is very important factors not only in plant cultivar management but also in breeding programs. Thus, eighty-five inter simple sequence repeat (ISSR) primers were applied to detect polymorphisms among six major Korean ginseng cultivars and two foreign ginsengs. A total of 197 polymorphic bands with an average 5.8 polymorphic bands and 2.9 banding patterns per assay unit across six Korean ginseng cultivars and foreign ginsengs from 236 amplified ISSR loci with an average 6.9 loci per assay unit were generated by 34 out of 85 ISSR primers. Three species of Panax ginseng including the Korean ginseng cultivars, P. quinquefolius, and P. notoginseng, could be readily discriminated using most tested primers. UBC-821, UBC-868, and UBC-878 generated polymorphic bands among the six Korean ginseng cultivars, and could distinguish them from foreign ginsengs. Sequence characterized amplified region (SCAR) marker system was introduced in order to increase the reproducibility of the polymorphism. One SCAR marker, PgI821C650, was successfully converted from the randomly amplified polymorphism by UBC-821. It showed the expected dominant polymorphism among ginseng samples. In addition, the specific polymorphism for Sunwon was generated by treating Taq I restriction enzyme to polymerase chain reaction products of PgI821C650. These results will serve as useful DNA markers for identification of Korean ginseng, especially Sunwon cultivar, seed management, and molecular breeding program supplemented with marker-assisted selection.

국내 배과원에 복숭아순나방붙이의 발생과 유사종 복숭아순나방의 페로몬 트랩 교차 유인 (Occurrence of Grapholita dimorpha in Korean Pear Orchards and Cross-trapping of Its Sibling Species, Grapholita molesta, to a Pheromone Lure)

  • 정충렬;안정준;엄훈식;서정흔;김용균
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제51권4호
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    • pp.479-484
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    • 2012
  • 최근 사과원에서 복숭아순나방붙이(Grapholita dimorpha)의 발생이 보고되었다. 복숭아순나방붙이는 이와 유사한 복숭아순나방(G. molesta)이 발생하는 또 다른 기주에서도 동시에 발생이 가능하다고 제기되었다. 본 연구는 국내 여러 지역의 배과원에서 복숭아순나방붙이의 발생이 있음을 보고한다. 복숭아순나방붙이의 종 동정은 형태적 특징과 분자마커를 이용하여 실시되었다. 이들 두 종의 공통된 성페로몬 주성분으로 상호 교차 포획이 이뤄질 수 있다. 복숭아순나방붙이 페로몬트랩에 복숭아순나방붙이와 복숭아순나방이 포획되고, 복숭아순나방 페로몬트랩에 복숭아순나방과 복숭아순나방붙이가 포획되었다. 복숭아순나방붙이 트랩에 이뤄진 교차 포획비율은 지역적으로 다른 배과원에서 상호 뚜렷한 차이가 나타났다. 더욱이 이 두 종의 발생 피크도 조사한 모든 야외 지역에서 시기적으로 뚜렷한 차이를 보였다. 이러한 결과는 배 과수원에서 두 종의 성페로몬 트랩으로 얻은 모니터링 자료는 각각 서로 다른 종의 포획이 혼재하며, 이는 해당종의 발생빈도와 발생밀도가 확대 해석될 수 있음을 본 연구 자료는 제시하고 있다.

한국의 산양(우제목, 소과)의 미토콘드리아 Cytochrome b 염기서열 다양성 (Sequence Diversity of Mitochondrial Cytochrome b Gene in Grey Goral Naemorhedus caudatus(Artiodactyla, Bovidae) from Korea)

  • Koh, Hung-Sun;Yang, Byong-Guk;Lee, Bae-Kun;Lee, Jong-Hyong
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제18권1호
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    • pp.13-21
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    • 2002
  • 한국의 산양 (Naemorhedus caudatus)의 유전정보를 종보전에 활용하기 위하여, 한국의 2개 장소에서 채집한 6마리의 미토콘드리아 cytochrome b 유전자 염기서열(606 bp)의 양상을 조사하였다 상응하는 중국의 산양의 염기서열은 GenBank에서 얻어서 이용하였다. 한국의 산양의 4개 haplotype의 각각과 중국의 산양의 한 haplotype간의 nucleotide Tamura-Nei 거리는 0.0650부터 0.0803 가지의 변이를 보였으며, 산양은 소과 내에서 높은 수준의 염기서열 다양성을 나타냈다 한국의 산양에서, 양구표본의 3개 haplotype간의 거리는 0.0151부터 0.0185로, 양구집단의 유전자 다양성이 낮은 수준으로 감소되었음을 보여준다. 또한 양구의 3개 haplotype의 각각과 삼척의 한 haplotype간의 거리는 0.0343에서 0.0479였다. 지리적 거리의 멀어짐에 따르는 유전자 거리의 증가가 서식처 단절에 의해 야기되었다고 판단됨으로, 한국의 산양의 유전자 다양성의 감소를 막기 위한 여러 가지 보전 대책이 즉각적으로 수행되어야 할 것이다 산양의 분류학적 검토를 위하여 GenBank에 있는 히말라야산양 (N. goral)의 염기서열 (276 bp)도 이용하였으며, 산양은 히말라야산양과 뚜렷한 차이가 없었다. 산양과 히말라야 산양은 동종으로 판단할 수가 있지만, 두 종의 보다 많은 표본을 이용한 후속 연구가 필요하다

칩 기반 등온증폭법을 이용한 약제 내성 포도상구균의 검출 (Detection for Methicillin Resistant Staphylococcus aureus in Using Bio-Chip Based Loop Mediated Isothermal Amplification Assay)

  • 조민호;장원철;최재구
    • 대한화학회지
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    • 제57권1호
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    • pp.81-87
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    • 2013
  • 황색포도상구균은 병원에 의한 감염, 혈류 감염을 포함하는 중요한 병원체이다. 특히, 포도상구균의 혈액 수집의 신속한 동정과 메치실린 내성이 일어나게 되면 폐혈증으로 추측되어 진다. 본 저자는 적은 양의 핵산을 등온증폭반응에 적응시켜 증폭산물을 SYBR Green I을 결합하여 염기서열에 특이적으로 검출할 수 있는 새로운 방법을 제시하고 있다. 그리고 이 독특한 유전자 증폭방법은 등온의 상태에서 하나의 효소만으로 증폭이 가능하다. 포도상구균-등온증폭반응은 황색포도상구균에 특이적인 protein A를 암호화하는 spa 유전자와, 메치실린 내성인 pennicillin-binding protein-2를 암호화하는 mecA 유전자를 타겟으로 하여 MRSA와 MRSE를 검출하였다. 본 연구에서는 등온증폭법을 사용하여 황색포도상구균과 표피포도상구균의 임상샘플을 검출하였다. 황색포도상구균과 표피포도상구균을 10배위 정량 희석하여 시리즈별로 샘플을 만들어 실험을 수행하였다. 칩을 기반으로 하는 LAMP법은 포도상구균 감염여부를 쉽고, 빠르고, 정확하게 민감도 있는 검출을 가능하게 해 주었고, 샘플을 측정할 수 있는 한계값을 넘는 상황에 특이적으로 적용할 수 있다.

치매환자에서 transposable elements에 의한 유전자 발현조절의 생물정보 분석 (Bioinformatics Analysis of Gene Expression Regulation by Transposable Elements in Dementia Patients)

  • 김대수;허재원;하홍석;김태홍;조운종;김희수
    • 생명과학회지
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    • 제16권7호
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    • pp.1188-1194
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    • 2006
  • 노년에 나타나는 정신병적 증상의 가장 흔한 원인 질환으로 만성적이고 서서히 악화되는 진행성이면, 기억력, 사고력, 학습능력 및 판단력 등의 손상을 포함한 인지기능의 장애이다. 고령화 사회가 도래하면서 노인성 치매환자가 매년 급격히 늘고 있으며 매년 수만 명이 노인성치매에 걸려 본인뿐 아니라 가족까지도 많은 고통에 시달리고 있다. 특히 노인성 치매의 경우는 환자 본인의 문제가 아니라 젊은 노동력을 환자의 보호자로 필요함으로 국가적 노동력의 손실로 이어지고 있다. 현재 연구에서 우리는 노인성 치매와 transposable elements와의 상호관계를 밝히기 위하여 공개된 유전자 데이터베이스에서 EST (expressed sequence tags)를 이용하여 생물정보학적 인 분석방법과 프로그램을 이용하여 치매의 원인으로 추정되는 후보유전자들을 찾아내었다. 이러한 분석을 통하여 치매환자에서 transposable elements의 발현으로 인해 유전자의 발현에 변화를 가지는 98개의 후보 유전자를 찾아내었다. 노인성질환인 치매와 transposable elements의 분석방법을 이용하면 치매의 원인을 규명하는데 많은 도움이 될 것이다.

중력이상을 이용한 한반도 모호면 추출에 관한 연구

  • 김정우;조진동;김원균;민경덕;황재하;이윤수;박찬홍;황종선
    • 대한자원환경지질학회:학술대회논문집
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    • 대한자원환경지질학회 2003년도 춘계 학술발표회 논문집
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    • pp.258-264
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    • 2003
  • 중력이상 및 수치고도모델을 이용하여 한반도 모호면 심도를 추출하였다 중력이상값은 인공위성고도레이더 관폭값을 주로 이용한 전지구 모델을 이용하여 데이터영역 뿐 만 아니라 주파수영역에서도 자료의 균질성을 확보하였다. 모호면 추출은 Kim et al. [2000a]에 의해 제안된 스펙트럼 대비법 및 후리에급수를 이용한 파워스펙트럼분석법을 이용하였다. 전자는 지각근형을 전제로, 지형에 의한 중력효과와 후리에어 중력이상을 파동수영역에서 대비하여 모호면의 심도를 계산하는 방법이고, 후자는 완전부우게 중력이상으로부터 푸리에변환을 이용하여 지하 밀도 변화층의 심도를 계산하는 방법이다. 이 두 모호면은 서로 0.53의 상관관계를 갖고 있으며, 이는 모호면 산출의 방법론적인 차이 및 계산상의 오차인 것으로 사료된다. 이렇게 두 가지 독립적인 방법으로 추출된 모호면을 하나로 통합하기 위한 한 방법으로, 두 모호면의 차이를 계산한 후, 이를 최소자승법을 이용, 두 모호면을 보정하였다. 결과적으로 한반도의 최종 모호면의 평균심도는 32.0km, 표준편차는 2.5km 이며, 최소, 최대 심도는 20.3, 36.6km으로 나타났다. 이 경우 지형에 의한 중력효과는 스펙트럼대비법에 의해 제거된 결과이나, 한반도의 지각이 완전한 지각판 내에 놓여 있어서 Airy-Heiskanin 지각균형설의 가정이 타당성이 있는가, 혹은 국부적인 응력장에 의해 한반도의 지각이 과연 얼마나 지지되고 있는가 하는 것에 대한 추가적인 연구가 필요하며, 이에 앞서, 일정한 밀도차를 갖는 연속적인 밀도변화층이 존재한다는 가정이 반드시 필요하다.에는 관련성을 갖고 있으며, 이는 유류 분해정도를 파악하는 지시자로써 특정 무기 오염물질을 이용할 수 있을 가능성이 있으므로 좀더 이들 관계성에 대한 연구가 진행될 필요성이 있다고 판단된다.고 과학적으로 분석할 수 있는 방법이 될 수 있을 것으로 기대된다. 의미를 되새기는 것으로 짧은 연구를 시작하겠다. 등은 활성 값이 70% 이상으로 퇴적물 독성이 상대적으로 낮았다. 이중나선 DNA 함량은 28.4 % - 49%로 대조군에 비해서 감소가 크다. 대부분의 정점이 대조군의 30% 내외로 정점 간의 차이는 크지는 않다. 그러나 다른 측정자료와 같이 정점 22에서 18%로 최소치를 나타내고, 정점 2, 12에서 20% 내외의 값을 보인다. 종합적으로 볼 때 오염물질의 유입이 크고, 광양제철 인근 정점 들이 모두 다른 정점에 비해서 낮아서, 퇴적물 독성이 높은 정점으로 조사되었다.hiwo의 광합성 능력은 낮은 농도들에서는 대조구와 유사하였으나, 5 $\mu\textrm{g}$/l의 높은 농도에서는 초기에 매우 낮은 광합성 능력을 보이다가 시간이 경과하면서 대조군보다 더 높은 경향을 나타냈다. 이러한 결과는 식물플랑크톤이 benso[a]pyrene의 낮은 농도에서 노출될 때는 이 물질을 탄소원으로 사용할 가능성이 있음을 시사한다. 본 연구의 결과들은 연안해역에 benso[a]pyrene과 같은 지속성 유기오염물질이 유입되었을 때 내정여부에 따라 식물플랑크톤 군집내 종 천이와 일차생산력에 크게 영향을 미칠 수 있음을 시사한다.TEX>5.2개)였으며, 등급별 회수율은 각각 GI(8.5%), GII

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유류오염 토양에서 유류성분의 생분해와 무기오염 물질 함량의 관계성에 대한 예비 연구

  • 강진규;송윤구;문지원;이민희;이규호
    • 대한자원환경지질학회:학술대회논문집
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    • 대한자원환경지질학회 2003년도 춘계 학술발표회 논문집
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    • pp.241-244
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    • 2003
  • 유류오염 토양내 유류의 분해와 무기오염물질의 함량과의 관계성을 알아보기위해 부산 문헌지구의 유류 오염 토양 profile중 유류가 비교적 많은 두 층과 유기물이 다량 함유된 제주도 토양을 경유로 오염시킨 토양을 선택하여 유류가 분해 정도와 Pb, Zn, Cd, Ni의 함량을 측정 비교하였다. 토양 채취후 즉시 유류를 추출한 것, 15일간 별도의 미생물 영양원을 가하지 않고 습도와 통풍만을 행하여 토양내 존재하는 미생물들에 의하여만 유류가 분해되도록 한 것, $105^{\circ}C$에서 24시간 열처리를 행하여 미생물에 의한 분해보다는 물리적인 방법으로 비교적 강하게 처리한 것 세가지 경우에서 토양에서 추출한 유류를 분석한 결과 normal alkane이 서서히 상당량 분해되는 양상을 보여주었다. 토양내 Pb, Zn, Cd, Ni를 분석한 결과 부산 시료의 경우 두 층(B2, B3)모두 Cd은 검출한계 이하로, Ni의 경우 극소량의 함량을 보여주었다. Zn의 경우 B2는 28~29ug/g, B3는 12~14ug/g으로 세가지 경우 별 차이 없는 양상을 보여 주었다. 하지만, Pb의 경우 B2에서는 그 함량이 유류의 normal alkane의 분해와 함께 서서히 증가하는 경향을 확연히 보여주었으며, B3의 경우도 B2와 유사한 변화 양상을 보여주었다. 제주도 토양의 경우 Pb는 검출되지 않았고, Zn은 소량 검출되었다. Ba, Ni 함량은 normal alkane 분해에 따라 다소 증가하였다. 따라서, 본 예비실험을 통하여 유류오염 토양에서 유류의 분해와 일부 무기이온사이에는 관련성을 갖고 있으며, 이는 유류 분해정도를 파악하는 지시자로써 특정 무기 오염물질을 이용할 수 있을 가능성이 있으므로 좀더 이들 관계성에 대한 연구가 진행될 필요성이 있다고 판단된다.고 과학적으로 분석할 수 있는 방법이 될 수 있을 것으로 기대된다. 의미를 되새기는 것으로 짧은 연구를 시작하겠다. 등은 활성 값이 70% 이상으로 퇴적물 독성이 상대적으로 낮았다. 이중나선 DNA 함량은 28.4 % - 49%로 대조군에 비해서 감소가 크다. 대부분의 정점이 대조군의 30% 내외로 정점 간의 차이는 크지는 않다. 그러나 다른 측정자료와 같이 정점 22에서 18%로 최소치를 나타내고, 정점 2, 12에서 20% 내외의 값을 보인다. 종합적으로 볼 때 오염물질의 유입이 크고, 광양제철 인근 정점 들이 모두 다른 정점에 비해서 낮아서, 퇴적물 독성이 높은 정점으로 조사되었다.hiwo의 광합성 능력은 낮은 농도들에서는 대조구와 유사하였으나, 5 $\mu\textrm{g}$/l의 높은 농도에서는 초기에 매우 낮은 광합성 능력을 보이다가 시간이 경과하면서 대조군보다 더 높은 경향을 나타냈다. 이러한 결과는 식물플랑크톤이 benso[a]pyrene의 낮은 농도에서 노출될 때는 이 물질을 탄소원으로 사용할 가능성이 있음을 시사한다. 본 연구의 결과들은 연안해역에 benso[a]pyrene과 같은 지속성 유기오염물질이 유입되었을 때 내정여부에 따라 식물플랑크톤 군집내 종 천이와 일차생산력에 크게 영향을 미칠 수 있음을 시사한다.TEX>5.2개)였으며, 등급별 회수율은 각각 GI(8.5%), GII(13.4%), GIII(43.9%), GIV(34.2%)로 나타났다.ments of that period left both in Japan and Korea. "Hyojedo" in Korea is supposed to have been influenced by the letter design. Asite- is also considered to have been "Japan

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마늘 열수 추출물의 활성산소종 생성을 통한 인체백혈병세포의 apoptosis 유발 (Water Extract of Allium sativum L. Induces Apoptosis in Human Leukemia U937 Cells through Reactive Oxygen Species Generation)

  • 최우영;정경태;윤태경;최병태;이용태;이원호;류충호;최영현
    • 생명과학회지
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    • 제17권12호
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    • pp.1709-1716
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    • 2007
  • 본 연구에서는 몇 가지 암세포를 대상으로 마늘 열수추출물(WEAS)의 항암활성을 조사하였으며, 비교적 높은 감수성을 보인 백혈병세포를 대상으로 세포증식억제가 apoptosis 유도와 연관성이 있음을 제시하였다. WEAS에 의한 U937 세포의 apoptosis 유도는 세포주기 G2/M arrest와 연관성이 있었으며, 다양한 apoptosis조절 유전자들의 발현 변화를 동반하였음을 확인하였다. 이러한 apoptosis조절 인자들의 발현변화는 미토콘드리아 막 전위의 소실과 연관성이 있었으며, WEAS에 의한 암세포의 G2/M arrest에 의한 apoptosis 유발에 ROS가 중요한 조절자로 작용함을 알 수 있었다.

피조개 양식장 내 용혈성 미생물의 다양성 분석 (Analysis of diversity of hemolytic microbiome from aquafarm of arkshell, Scapharca broughtonii)

  • 권병근;김영옥;남보혜;김우진;공희정;김봉석;지영주;이상준;안철민;김동균
    • 한국어병학회지
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    • 제26권3호
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    • pp.193-206
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    • 2013
  • 피조개, Scapharca broughtonii는 돌조개 과에 속하는 이매패류로 한국과 일본에서 매우 중요한 수산식품이며, 주로 국내 남해안 지역에서 양식되고 있다. 그러나 피조개 생산량은 여름철 대량폐사로 인하여 지난 10년 동안 급격하게 감소하였다. 대량폐사로 인한 경제적인 손실을 해결하기 위하여 피조개의 생리에 영향을 미치는 다양한 환경 인자에 대한 연구가 집중적으로 수행되어 왔으나 미생물학적인 연구는 미진한 실정이다. 본 연구에서는 피조개의 주요 혈액 성분인 헤모글로빈이 미생물의 병원성인자에 의하여 피해를 받아 발생하는 용혈현상과 피조개의 폐사와의 연관성을 규명하기 위하여 피조개 양식장의 용혈활성 미생물을 중심으로 분석하였다. 여름철 고수온기인 6월부터 9월까지 강진만과 진해만 피조개 양식장의 해저퇴적물과 피조개 체내에서 분리한 약 4,200여점의 배양가능 용혈성 미생물의 다양성 및 지역 특이적인 미생물을 분석하였다. 6월에 25속 118종, 7월에 24 속 89종, 8월에 30속 109종, 그리고 39속 141종의 미생물을 분리하였으며, 16S rDNA 정보를 통하여 지역별 미생물 다양성을 분석한 결과 폐사빈발 지역에서만 특이적으로 존재하는 140종의 미생물을 분리하였다. 이러한 지역 특이적 미생물 균총 연구는 피조개 대량폐사 원인 규명의 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 사료되며 나아가 다양한 패류의 폐사연구에도 기여할 것으로 기대된다.

해충저항성 유전자변형 벼(Agb0101) 유전자 이동성 평가 (Assessment of gene flow from insect-resistant genetically modified rice (Agb0101) to non-GM rice)

  • 오성덕;윤도원;손수인;박순기;장안철
    • 한국육종학회지
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    • 제49권3호
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    • pp.180-189
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    • 2017
  • 현재까지 국내에서는 생명공학작물이 상업적인 재배가 되고 있지 않으나 생명공학작물의 환경 방출을 위해서는 환경위해성 평가가 필수적 수행되어야 한다. 본 연구에서는 해충저항성 Bt 벼(Agb0101)로부터 모품종인 낙동벼와 잡초성벼인 R55 및 인디카벼인 IR36 로의 화분 매개에 의한 유전자 이동성을 평가하였다. 낙동벼로부터 729,917 립의 종자를 얻었으며, 잡초성벼(R55)로부터는 230,635 립의 종자와 인디카벼(IR36)에서는 596,318 립의 종자를 수확하였다. 교잡개체는 3회의 제초제 살포를 수행하여 제초제 저항성 개체 선별과 Cry1Ac1 immunostrip 검정으로 확인하였으며, 해충저항성 Bt 벼(Agb0101)에 특이적인 프라이머를 이용한 분자생물학적 방법을 통해 유전자 이동성 여부를 최종적으로 검증하였다. 총 파종된 종자수에 대한 교잡율은 낙동벼에서는 0.0027%, R55는 0.0017%, IR36은 0.0005%로 나타났으며, 모든 교잡개체들은 해충저항성 Bt 벼(Agb0101)에 근접한 1.2m 내에서 발견되었다. 화분 매개에 의한 해충저항성 Bt 벼(Agb0101)의 유전자 이동 특성은 기존에 연구된 결과들과 유사한 경향으로 보였으며, 벼의 개화기간 중 온도와 강우량 등 기상 조건이 화분에 의한 교잡을 결정하는데 중요한 요인으로 작용하였다. 이에 재배 지역의 기상 환경과 개화시기 중복 여부 등을 유전자변형 벼에 의한 일반 재배품종 및 야생(잡초성)벼로의 유전자 이동에 따른 저감 기술 개발과 안전관리 기준 작성에서 주요 영향 인자들로 고려되어야 할 것이다.