• 한국산학기술학회논문지
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• 제11권2호
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• pp.720-726
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• 2010

Haplotype은 연관성을 띠면서 함께 유전하는 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) 집단을 반영하고 있기 때문에 맞춤의학 분야에서 haplotype기반의 연구 중요성이 지속적으로 급증하고 있다. in silico 방법을 바탕으로 Haplotype 재조합을 위해 현재 가장 널리 사용되는 공개용 리소스 응용소프트웨어로는 PL-EM, Haplotyper, PHASE 및 HAP 등이 있다. PL-EM, Haplotyper 및 PHASE 등은 리눅스와 유닉스 시스템에서 구동되는 명령라인 응용 소프트웨어이고, HAP는 클라이언트-서버 환경에서 웹기반으로 구동되는 소프트웨어이다. 본 논문에서는 실험적으로 검증된 데이터들을 이용하여 공개용 리소스 소프트웨어들의 정확성을 검증하고, 그러한 검증결과를 토대로 선별된 Haplotyper와 PL-EM 등으로 개발한 통합 haplotye 재조합 시스템에 대해 소개하고자 한다. 개발된 통합 시스템은 사용자 친화적 웹 인터페이스를 갖는 클라이언트-서버 시스템으로 최종 사용자들에게 양질의 haplotype 분석 결과를 제공할 수 있다. Haplotyper의 경우 5명의 개체로부터 얻은 길이가 5인 SNP 유전자형 데이터를 가지고 결과를 분석하였고, PL-EM의 경우 15명의 개체로부터 얻은 길이가 13인 SNP 유전자형 데이터를 가지고 결과를 분석하였다. 그 결과 본 시스템은 두 부분으로 나누어 개개인의 haplotype 정보와 haplotype 집단 정보를 이해하기 쉽게 체계적으로 제공하는 것을 확인하였다. 이러한 측면에서 본 시스템은 haplotype 지도 작성을 통한 질병 유전자 발굴 및 맞춤의약 개발 연구에 매우 유용한 도구로 사용될 수 있으리라 여겨진다.

• Interdisciplinary Bio Central
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• 제1권1호
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• pp.1.1-1.5
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• 2009

Many organisms control their physiology and behavior in response to the local light environment, which is first perceived by photoreceptors that undergo light-dependent conformational changes. Phytochromes are one of the major photoreceptors in plants, controlling wide aspects of plant physiology by recognizing the light in red (R) and far-red (FR) spectra. Higher plants have two types of phytochromes; the photo-labile type I (phyA in Arabidopsis) and photo-stable type II (phyB-E in Arabidopsis). Phytochrome B (phyB), a member of the type II phytochromes in Arabidopsis, shows classical R and FR reversibility between the inter-convertible photoisomers, Pr and Pfr. Interestingly, the Pr and Pfr isomers show partitioning in the cytosol and nucleus, respectively. In the over 50 years since its discovery, it has been thought that the type II phytochromes only function to mediate R light. As described in the text, we have now discovered phyB has an active function in FR light. Even striking is that the R and FR light exert an opposite effect. Thus, FR light is not simply nullifying the R effect but has an opposing effect to R light. What is more interesting is that the phyB-mediated actions of FR and R light occur at different cellular compartment of the plant cell, cytosol and nucleus, respectively, which was proven through utilization of the cytosolic and nuclear-localized mutant versions of phyB. Our observations thus shoot down a major dogma in plant physiology and will be considered highly provocative in phytochrome function. We argue that it would make much more sense that plants utilize the two isoforms rather than only one form, to effectively monitor the changing environmental light information and to incorporate the information into their developmental programs.

• 한국수학교육학회지시리즈E:수학교육논문집
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• 제27권1호
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• pp.1-17
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• 2013

수학적 개념의 시각화는 단순히 학생들의 개념에 대한 이해를 돕는 것에서 그치는 것이 아니라 학생으로 하여금 시각화 과정을 통하여 스스로 발견하며 깨우치는 교육이 가능하도록 하는 것을 추구한다. 따라서 시각화 자료는 세심한 교육적 고려를 바탕으로 준비되어야 한다. 이를 위하여 본 연구에서는 동적 시각화 및 대수 계산에 적합한 Sage와 GeoGebra를 선택적으로 활용하여, 선형대수학을 수강하는 학생들의 수학적 개념의 이해를 돕기 위해 교재의 순서를 따라가면서, 이론에 추가되는 양방향의 시각적 도구를 개발하였다. 본 논문에서는 이 과정에서 개발된 선형대수학 수업에 필요한 시각적 이해를 돕는 다양한 도구들을 소개한다. Sage와 GeoGebra를 이용한 선형대수학 개념의 시각화에서 얻어진 경험은 다른 대학 수학 강좌뿐만 아니라 중 고등 수학에도 적용될 수 있다.

• 한국과학교육학회지
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• 제32권2호
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• pp.306-319
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• 2012

본 연구에서는 학생들의 학습양식 및 유형별 실험수업에 대한 인식을 알아보고 학생들이 가지고 있는 학습양식과 선호하는 실험수업 유형 사이에 어떠한 관계가 있는지 파악하고자 하였다. 이를 위해 인천광역시 소재 여자고등학교 1학년 학생 중 과학성적 우수학생 19명을 대상으로 학습양식을 검사한 후 확인실험, 발견실험, 탐색실험, 연구실험을 진행하였다. 실험수업이 끝난 후 각 실험수업 유형에 대한 학생들의 인식을 조사하고 필요한 경우 개인면담을 실시하였다. 이를 바탕으로 학생들을 선호하는 실험수업 유형별로 그룹화 하였으며 그룹 별 학습양식의 특성을 비교 분석하였다. 본 연구결과를 통해 내린 결론은 다음과 같다. 첫째, 학생들의 개인의 특성과는 무관하게 공통적으로 나타나는 학습양식이 있었다. 연구 참여 학생들은 우리나라 학생들에게 공통적으로 나타나는 높은 동기화(자기-동기화, 부모-동기화, 교사-동기화)와 구조화 선호도를 가지고 있었다. 둘째, 우수 학생은 성취감을 느낄 수 있는 비구조화 되고 개방적인 실험을 선호하였다. 또한 이런 실험수업 유형을 선호하는 학생은 학습양식 중 사회변인과 감정변인의 영향을 많이 받았다. 셋째, 학생들의 학습양식과 선호하는 실험수업 유형은 서로 관계가 있었다. 비구조화 되고 개방적인 실험수업 유형을 선호하는 학생들은 사회변인과 감정변인에 영향을 많이 받는 반면, 구조화되고 폐쇄적인 실험수업 유형을 선호하는 학생들은 신체변인에 영향을 많이 받았다. 이러한 결과는 Dunn과 Dunn(1993)의 학습양식 측정 결과가 일반 수업뿐 아니라 실험수업에도 적용될 수 있다는 가능성을 시사했다.

• 대한토목학회논문집
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• 제36권3호
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• pp.521-528
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• 2016

고속도로의 주요 영업소 톨부스는 일반적으로 2개 차종(경차포함 승용차, 승용차 이외의 중차량)의 교통수요 변동에 따른 사전 대응방식으로 각 차종에 대하여 운영된다. 이러한 의미에서 2개 차종에 대한 정확한 교통량 예측은 영업소의 첨단 운영에 있어 주요 요소 중 하나이다. 유감스럽게도, 기존 연구로 보고된 현행의 일변량 단기 예측 기법들을 이용하여 2개 차종의 교통량을 동시에 예측하기는 용이하지 않다. 이러한 실용적 학술적 배경으로 인해 수용 가능한 정확도의 수준에서 2개 차종의 장래 교통량 예측은 ITS 예측 분야의 매력적인 연구 주제 중 하나이다. 따라서 본 연구에서는 기존의 일변량 단기 예측기법의 단점을 극복함과 더불어 2개 차종의 교통량을 동시에 예측하기 위한 다중 입출력(Multiple In-and-Out, MIO) 모형을 제시하도록 한다. 제안된 MIO 모형은 대용량 이력자료의 실시간 이용이 가능한 자료 환경에서 비모수 접근법을 기반으로 개발되었다. 실제 자료를 이용한 적용가능 실험에서, 개발모형은 다변량 예측 수준에도 불구하고 폭 넓게 이용되는 일변량 예측모형 중 하나인 Kalman filtering에 비하여 예측 정확도 측면에서 우수하게 나타났다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제31권4호
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• pp.473-479
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• 2018

Objective: The study was designed to perform a genome-wide association (GWA) and partitioning of genome using Illumina's PorcineSNP60 Beadchip in order to identify variants and determine the explained heritability for the total number of teats in Yorkshire pig. Methods: After screening with the following criteria: minor allele frequency, $MAF{\leq}0.01$; Hardy-Weinberg equilibrium, $HWE{\leq}0.000001$, a pair-wise genomic relationship matrix was produced using 42,953 single nucleotide polymorphisms (SNPs). A genome-wide mixed linear model-based association analysis (MLMA) was conducted. And for estimating the explained heritability with genome- or chromosome-wide SNPs the genetic relatedness estimation through maximum likelihood approach was used in our study. Results: The MLMA analysis and false discovery rate p-values identified three significant SNPs on two different chromosomes (rs81476910 and rs81405825 on SSC8; rs81332615 on SSC13) for total number of teats. Besides, we estimated that 30% of variance could be explained by all of the common SNPs on the autosomal chromosomes for the trait. The maximum amount of heritability obtained by partitioning the genome were $0.22{\pm}0.05$, $0.16{\pm}0.05$, $0.10{\pm}0.03$ and $0.08{\pm}0.03$ on SSC7, SSC13, SSC1, and SSC8, respectively. Of them, SSC7 explained the amount of estimated heritability along with a SNP (rs80805264) identified by genome-wide association studies at the empirical p value significance level of 2.35E-05 in our study. Interestingly, rs80805264 was found in a nearby quantitative trait loci (QTL) on SSC7 for the teat number trait as identified in a recent study. Moreover, all other significant SNPs were found within and/or close to some QTLs related to ovary weight, total number of born alive and age at puberty in pigs. Conclusion: The SNPs we identified unquestionably represent some of the important QTL regions as well as genes of interest in the genome for various physiological functions responsible for reproduction in pigs.

• 정보처리학회논문지D
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• 제12D권4호
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• pp.627-636
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• 2005

지능형 웹 서비스는 시맨틱 웹과 에이전트 기술을 통하여 자동적인 서비스의 발견, 호출, 조합 및 상호운영, 실행 감시 및 복구를 수행하기 위한 목적으로 제안되었다. 이러한 지능형 웹 서비스의 목적을 실현하기 위해서는 컴퓨터가 지식을 추론하고 처리할 수 있게 하기 위한 온톨로지가 필수적으로 요구된다. 그러나 현재 지능형 웹 서비스를 위한 서비스 온톨로지의 생성은 서비스 개발자의 휴리스틱에 의존하여 많은 시간과 비용을 소모할 뿐만 아니라 서비스와 서비스 온톨로지간의 완벽한 매핑이 어렵다는 문제점을 가지고 있다. 또한 서비스 온톨로지를 기술하기 위한 마크업 언어를 서비스 개발자가 단기간 내에 학습하기에 많은 어려움이 있는 실정이다. 본 논문에서는 이러한 문제점들을 해결하기 위해 MDA 방법론을 사용하여 서비스 온톨로지를 효율적으로 설계 및 생성하기 위한 방안을 제안한다. 우리가 제안하는 방안은 MDA를 기반으로 UML을 사용하여 웹 서비스 모델을 설계하고 구축하는 과정에서 생성되는 모델을 재사용 한다. 즉, 플랫폼 독립적인 웹 서비스 모델을 서비스 온톨로지 기술 언어인 OWL-S에 종속적인 모델로 변환한 후 XMI를 통해 OWL-S 서비스 온톨로지로 변환한다. 본 논문에서 제안하는 방안은 이미 널리 사용되는 UML과 같은 소프트웨어 공학적 방법을 사용하기 때문에 서비스 개발자들이 쉽게 서비스 온톨로지를 구축할 수 있으며 하나의 모델로부터 서비스와 서비스 온톨로지 모델을 동시에 이끌어 낼 수 있는 장점을 가진다. 또한 모델로부터 자동적으로 서비스 온톨로지를 생성함으로써 시간과 비용을 절감할 수 있는 효과를 얻을 수 있다. 그리고 플랫폼 변화와 같은 외부 환경 변화에 유연하게 대처할 수 있다. 끝으로 본 논문에서는 제안된 방안의 타당성을 검증하기 위해 실제로 웹 서비스 모델을 설계하고 서비스 온톨로지를 생성하는 예를 보인다. 또한 생성된 서비스 온톨로지가 올바르게 생성되었는지를 유효성 검사를 통해 검증한다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제36권2호
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• pp.81-90
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• 1998

국내 토착 악구충을 발견하기 위하여 1994년 3월부터 1997년 6월까지 미꾸리 3,450마리, 황소 개구리 24마리, 무자치 55마리, 능구렁이 2마리, 유혈목이 62마리, 살모사류 87마리 및 고양이 (stomach only) 438마리를 조사하였던 바, 12마리의 살모사에서 총 21마리의 악구충 유충이 검출되었다. 종 동정을 위하여 검출한 유충의 일부는 glycerin-jelly 봉입 표본 및 조직절편 횡단표본 으로 제작하여 광학현미경으로 관찰하였고, 일부는 주사전자현미경으로 관찰하였다. 유충은 평균 $2.233{\;}times{\;}0.343{\;}mm$ 크기이었고, 작은 피극이 일정한 간격으로 배열되어 있는 약 210줄의 가로 주름을 가지고 있었다. 특징적인 head-bulb에는 소구 (booklet)가 전방에서부터 평균 36.8개, 39.0개, 41.7개 및 44.3개씩 4줄 배열되어 있었다. 중장 부위의 횡단면에서는 19-25개의 상피세 포로 이루어진 장벽이 관찰되었고, 대부분의 장상피세포는 1개씩의 큰 핵을 가지고 있었다. 주사 전자현미경 관찰에서는 충체 전단의 입 부위, 특징적인 head-bulb, 가로주름 (transverse striation)과 피극 (cuticularspine), ceivicalpapilla, 후단 부위 표피 등에서 특징적인 소견을 나 타내었다. 이상의 형태학적 특징을 근거로 하여 한국산 살모사에서 검출한 악구충의 유충을 돼지 악구충 (Gnohostoma hispidum)의 advanced third-stage larva로 동정하였고, 이 연구를 통하여 살모사 (Afkisfodon breuicaudus)가 돼지악구충의 중간숙주임이 최초로 밝혀졌다.

• 분석과학
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• 제29권6호
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• pp.283-292
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• 2016

범죄현장조사에 사용되는 인체에 유해할 수 있는 일반분말에 대한 대체수단으로 천연분말(오징어 먹물분말, 청대분말, 쌀분말)을 이용하여 비 다공성표면(유리, 플라스틱, 타일)상의 잠재지문을 현출(가시화)하였다. 현출된 잠재지문을 Automatic Fingerprint Identification System (AFIS)으로 분석한 특징점의 수를 흑색분말을 사용한 결과 특징점 수와 비교하였으며 또한 객관적이고 계량적인 평가방법의 개발을 위하여 각 분말로 가시화된 지문의 이미지를 농도계 이미지분석(densitometric image analysis)을 이용한 결과 값인 융선 피크의 면적값을 비교하였다. 천연분말들의 현출효과는 표면에 따라 다양하게 나타났다. 일반적으로 오징어 먹물분말은 대부분의 표면에서 좋은 현출을 보였으며 청대분말은 타일표면에서 그리고 쌀분말은 유리표면에서 최고의 현출을 보였다. 그러나 플라스틱 표면은 천연분말에 의한 지문현출이 가장 어려운 표면이었다. Field Emission Scanning Electron Microscope (SEM)를 이용한 이미지 분석에서 융선에 적절한 흡착력을 가지는 조건으로 천연분말 입자의 크기와 형태가 중요한 인자임을 확인할 수 있었다. 비록 기술적인 어려움으로 특징점의 수와 융선 피크의 면적값과의 상관관계를 볼 수는 없었으나 공평하고 객관적인 지문의 평가방법으로 기준 이미지의 사용을 통한 이미지 보정을 통하여 가능하리라고 사료된다. 저가의 저독성 천연분말은 추가적인 실험을 통하여 적절한 잠재지문 현출제로서의 가능성을 보일 것으로 사료된다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제32권3호
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• pp.1000-1006
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• 2011

The discovery of carbohydrate-based bioactive compounds has recently received considerable interest in the drug development. This paper stresses on the application of 1-methoxy-O-glucoside as the central scaffold, whereas salicylic pharmacophores were introduced with diverse spatial orientations probing into the structural preference of an enzymatic target, i.e. protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B). By employing regioselective protection and deprotection strategy, 2,6-, 3,4-, 4,6- and 2,3-di-O-propynyl 1-methoxy-O-glucosides were previously synthesized and then coupled with azido salicylate via click chemistry in forming the desired bidentate salicylic glucosides with high yields. The inhibitory assay of the obtained triazolyl derivatives leads to the identification of the 2,3-disubstituted salicylic 1-methoxy-O-glucoside as the structurally privileged PTP1B inhibitor among this bidentate compound series with micromole-ranged $IC_{50}$ value and reasonable selectivity over other homologous PTPs tested. In addition, docking simulation was conducted to propose a plausible binding mode of this authorized inhibitor with PTP1B. This research might furnish new insight toward the construction of structurally different bioactive compounds based on the monosaccharide scaffold.