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Survey of the Applications of NGS to Whole-Genome Sequencing and Expression Profiling

  • Lim, Jong-Sung;Choi, Beom-Soon;Lee, Jeong-Soo;Shin, Chan-Seok;Yang, Tae-Jin;Rhee, Jae-Sung;Lee, Jae-Seong;Choi, Ik-Young
    • Genomics & Informatics
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    • 제10권1호
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    • pp.1-8
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    • 2012
  • Recently, the technologies of DNA sequence variation and gene expression profiling have been used widely as approaches in the expertise of genome biology and genetics. The application to genome study has been particularly developed with the introduction of the nextgeneration DNA sequencer (NGS) Roche/454 and Illumina/ Solexa systems, along with bioinformation analysis technologies of whole-genome $de$ $novo$ assembly, expression profiling, DNA variation discovery, and genotyping. Both massive whole-genome shotgun paired-end sequencing and mate paired-end sequencing data are important steps for constructing $de$ $novo$ assembly of novel genome sequencing data. It is necessary to have DNA sequence information from a multiplatform NGS with at least $2{\times}$ and $30{\times}$ depth sequence of genome coverage using Roche/454 and Illumina/Solexa, respectively, for effective an way of de novo assembly. Massive shortlength reading data from the Illumina/Solexa system is enough to discover DNA variation, resulting in reducing the cost of DNA sequencing. Whole-genome expression profile data are useful to approach genome system biology with quantification of expressed RNAs from a wholegenome transcriptome, depending on the tissue samples. The hybrid mRNA sequences from Rohce/454 and Illumina/Solexa are more powerful to find novel genes through $de$ $novo$ assembly in any whole-genome sequenced species. The $20{\times}$ and $50{\times}$ coverage of the estimated transcriptome sequences using Roche/454 and Illumina/Solexa, respectively, is effective to create novel expressed reference sequences. However, only an average $30{\times}$ coverage of a transcriptome with short read sequences of Illumina/Solexa is enough to check expression quantification, compared to the reference expressed sequence tag sequence.

유헬스케어 서비스 제공을 위한 주거복지동 계획방법에 관한 연구: 가양 7단지 영구임대주택을 중심으로 (A Design Methodology of the Welfare Building for Providing u-Healthcare Services: Focused on the Gayang 7th Apartment Complex)

  • 이지은;윤영호;양동석
    • 토지주택연구
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    • 제5권1호
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    • pp.1-10
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    • 2014
  • 주거 공간에 건강관리에 필요한 서비스가 제공되는 것은 'aging in place'의 실현을 가속화할 것이다. 그리고 이러한 주거공간의 변화는 의료비를 절감하고 삶의 질을 향상하는 복지 측면에서도 중요하다. 본 연구에서는 고령자가 스스로 건강을 관리할 수 있도록 헬스케어 서비스(Healthcare service)를 아파트 단지 내에 적용하는 계획방안에 대해 도출하고 주거복지동의 첫 사업 대상지인 가양 7단지 영구임대주택 단지를 중심으로 내용을 전개하고자 한다. 먼저 거주자의 헬스케어 서비스 이용의향에 대해 조사하고 관심이 높은 응답자를 중심으로 실제 시범사업이 적용된 서비스의 사용모습 관찰 및 심층 인터뷰를 통해 추후 계획시 고려할 사항에 대해 도출하였다. 가양 7단지의 경우 유헬스케어 서비스에 대한 요구는 고령자보다는 고령자 진입층에서 더 강력하게 나타나지만 공통적으로 주호의 협소함으로 기기 설치 및 측정에 어려움을 느끼고 있었다. 관찰조사 결과 주호는 사용자세의 불편함으로 입식구조의 측정공간 계획이 필요하며 장비보관장소도 필요하다. 그리고 헬스케어 서비스를 위한 프로그램은 건강측정, 건강관리, 외부 시설과 연계된 시설로 나눠 계획할 수 있으며, 이는 건강측정 공간을 기본형, 즉 최소형으로 하여 점차 확대 적용할 수 있다. 가양 7단지의 경우, 별도의 복지 건물이 신축되므로 기능을 복합적으로 구성하는 혼합형의 프로그램을 적용할 수 있으며, 반자립 사용자에 대한 서비스까지 확대 적용하는 계획이 필요하다.

Probabilistic fatigue assessment of rib-to-deck joints using thickened edge U-ribs

  • Heng, Junlin;Zheng, Kaifeng;Kaewunruen, Sakdirat;Zhu, Jin;Baniotopoulos, Charalampos
    • Steel and Composite Structures
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    • 제35권6호
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    • pp.799-813
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    • 2020
  • Fatigue cracks of rib-to-deck (RD) joints have been frequently observed in the orthotropic steel decks (OSD) using conventional U-ribs (CU). Thickened edge U-rib (TEU) is proposed to enhance the fatigue strength of RD joints, and its effectiveness has been proved through fatigue tests. In-depth full-scale tests are further carried out to investigate both the fatigue strength and fractography of RD joints. Based on the test result, the mean fatigue strength of TEU specimens is 21% and 17% higher than that of CU specimens in terms of nominal and hot spot stress, respectively. Meanwhile, the development of fatigue cracks has been measured using the strain gauges installed along the welded joint. It is found that such the crack remains almost in semi-elliptical shape during the initiation and propagation. For the further application of TEUs, the design curve under the specific survival rate is required for the RD joints using TEUs. Since the fatigue strength of welded joints is highly scattered, the design curves derived by using the limited test data only are not reliable enough to be used as the reference. On this ground, an experiment-numerical hybrid approach is employed. Basing on the fatigue test, a probabilistic assessment model has been established to predict the fatigue strength of RD joints. In the model, the randomness in material properties, initial flaws and local geometries has been taken into consideration. The multiple-site initiation and coalescence of fatigue cracks are also considered to improve the accuracy. Validation of the model has been rigorously conducted using the test data. By extending the validated model, large-scale databases of fatigue life could be generated in a short period. Through the regression analysis on the generated database, design curves of the RD joint have been derived under the 95% survival rate. As the result, FAT 85 and FAT 110 curves with the power index m of 2.89 are recommended in the fatigue evaluation on the RD joint using TEUs in terms of nominal stress and hot spot stress respectively. Meanwhile, FAT 70 and FAT 90 curves with m of 2.92 are suggested in the evaluation on the RD joint using CUs in terms of nominal stress and hot spot stress, respectively.

Function of Global Regulator CodY in Bacillus thuringiensis BMB171 by Comparative Proteomic Analysis

  • Qi, Mingxia;Mei, Fei;Wang, Hui;Sun, Ming;Wang, Gejiao;Yu, Ziniu;Je, Yeonho;Li, Mingshun
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제25권2호
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    • pp.152-161
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    • 2015
  • CodY is a highly conserved protein in low G+C gram-positive bacteria that regulates genes involved in sporulation and stationary-phase adaptation. Bacillus thuringiensis is a grampositive bacterium that forms spores and parasporal crystals during the stationary phase. To our knowledge, the regulatory mechanism of CodY in B. thuringiensis is unknown. To study the function of CodY protein in B. thuringiensis, BMB171codY- was constructed in a BMB171 strain. A shuttle vector containing the ORF of cry1Ac10 was transformed into BMB171 and BMB171codY-, named BMB171cry1Ac and BMB171codY-cry1Ac, respectively. Some morphological and physiological changes of codY mutant BMB171codY-cry1Ac were observed. A comparative proteomic analysis was conducted for both BMB171codY-cry1Ac and BMB171cry1Ac through two-dimensional gel electrophoresis and MALDI-TOF-MS/MS analysis. The results showed that the proteins regulated by CodY are involved in microbial metabolism, including branched-chain amino acid metabolism, carbohydrate metabolism, fatty acid metabolism, and energy metabolism. Furthermore, we found CodY to be involved in sporulation, biosynthesis of poly-β-hydroxybutyrate, growth, genetic competence, and translation. According to the analysis of differentially expressed proteins, and physiological characterization of the codY mutant, we performed bacterial one-hybrid and electrophoretic mobility shift assay experiments and confirmed the direct regulation of genes by CodY, specifically those involved in metabolism of branched-chain amino acids, ribosomal recycling factor FRR, and the late competence protein ComER. Our data establish the foundation for in-depth study of the regulation of CodY in B. thuringiensis, and also offer a potential biocatalyst for functions of CodY in other bacteria.

리기테다소나무의 조림적지(造林適地)에 관(關)한 연구(研究) (The Suitable Site for Planting Pinus rigida × P. taeda)

  • 이천용;이원규;박승걸;김갑성;오민영
    • 한국산림과학회지
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    • 제76권3호
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    • pp.200-205
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    • 1987
  • 리기테다소나무의 조림적지(造林適地)를 구명(究明)하기 위하여 우리나라 중부지방(中部地方)의 조림지(造林地)에서 91개(個) plot 를 대상으로 환경(環境), 토양(土壤) 및 기상인자(氣象因子)를 조사(調査)한 후(後) 지위등급(地位等級)을 외적기준(外的基準)으로 리기테다소나무의 생장(生長)에 관련하는 인자(因子)들을 다중회귀방법(多重回歸方法)으로 분석(分析)한 결과(結果)는 다음과 같다. (1) 생장(生長)에 영향하는 인자(因子)의 중요도(重要度)는 평균최저기온(平均最低氣溫), 표고(標高), 토양습도(土壤濕度), 지형(地形), 경사(傾斜), 토심(土深), 풍충도(風衝度), 견밀도(堅密度), 유기물함량(有機物含量)의 순(順)이었고 (2) 가장 영향을 크게 미치는 인자(因子)는 온도(溫度)($x_1$), 표고(標高)($x_2$), 토양습도(土壤濕度)($x_3$), 지형(地形)($x_4$)으로서 $Y=2.6369+0.1982x_1-0.0021x_2+0.1935x_3+0.1201x_4$라는 다중회귀식(多重回歸式)을 얻었다. (3) 이 식(式)에 의하면 리기테다소나무의 조림적지(造林適地)는 1월(月) 평균최저기온(平均最低氣溫)이 $-8^{\circ}C$ 이상(以上)으로, 표고(標高) 200m이하(以下), 토양습도(土壤濕度)는 적윤상태(適潤狀態)로, 산록(山麓), 계곡(溪谷) 또는 평탄지(平坦地)로서 한건풍충지(寒乾風衝地)가 아닌 곳이다.

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Deconstructionism in Issey Miyake's Fashion Design

  • Kwon, Hae-Sook
    • 패션비즈니스
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    • 제11권6호
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    • pp.87-100
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    • 2007
  • This study aims at analyzing the characteristics of deconestructionism expressed in Issey Myake's fashion who is one of the most creative designers in the world. Method and contents of this study are as follows. Through the review of literatures, three major categories such as interminacy of meaning, decentring, and intertextuality and eight subcategories have been identified as major features of deconestructionism. These subcategories for content analysis were selected to examine the characteristics of deconstructionism expressed in Issey Myake's design in depth. Interminacy of meaning was divided into unstructured and unconstructed factors while decentring into qualities of cross-gender, subculture, anti-fashion, and post-humanism. Lastly, intertextuality was classified into factors of disordered mixing mode and mixed styles. Materials for analysis were chosen from total 349 designs on the website,www.firstview.com, which carries Issey Miyake's collection from 2002 S/S through 2006 F/W. 2 fashion major analysts including the researcher participated in 1st analysis and two another fashion major analysts participated in 2nd analysis. The final level of consistency between analysts was over 97% for all categories. The data analysis quantitatively evaluates the frequency of each category and qualitatively evaluates the characteristics of design. The result is as follows. First, the avant-garde facets of inter-textuality are most prominent. In particular, Miyake has introduced the various novelly textiles to fashion and employed the mixtured styles, not to copy them but to create hybrid designs by using pastiches and mixing fashion styles. Moreover, he has used various fabrics in order to inflict shock and contrast but still create subtle harmony, thus enriching his fashion. Second, the indeterminacy of meaning is the second most frequently shown facet of Miyake's fashion design. Miyake has employed unconstructed expression techniques, which has projected unusual images free from basic forms of designs and also has used the unstructured styles which dismantle harmony and balance-the common rule of design. He has made a new attempt to acknowledge clothing as an expressive artwork by allowing clothes to take a complete form when a person actually wears them. He has demonstrated a unique perspective on cloth construction and presented a love for artistic collaboration in the development of his collections A distinct manufactured aesthetic is exaggerated, even hyperbolic. Thirdly, the aspects of decentralization were also shown in Miyake's design, however, it has been visibly decreased after 2002 S/S.

교직과목 수업에서 음악 테크놀로지 기반 학습(Music Technology-Based Learning: MTBL) 활용 사례 연구: 교육방법 및 교육공학 수업사례 (The Case study of using MTBL(Music Technology-Based Learning) in a Teaching Profession Course: A Case Study on the Instructional Methods and Educational Technology Class)

  • 김은진
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제13권7호
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    • pp.497-510
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    • 2013
  • 본 연구의 목적은 '교육방법 및 교육공학'이라는 교직과목에 음악 테크놀로지 기반 학습(Music Technology-Based Learning: MTBL)을 활용한 수업사례이다. 이를 위해 본 연구에서는 '교육방법 및 교육공학' 과목에 MTBL를 활용한 팀별 프로젝트 수업을 진행하였으며, 16주간의 수업진행 후 본 사례연구에 대한 개방형 설문과 심층인터뷰를 실시, 분석하여 다음과 같은 결론을 도출하였다. 본 사례연구에 MTBL 활용은 이론중심의 교직과목에 다양한 교육매체를 활용한 수업으로 '흥미, 재미', '능동적인 학습 참여' 등 학습자들의 호의적인 반응과 이와 다르게 MTBL의 활용은 '교직과목과 연계가 안됨', '융복합수업의 어려움' '수업 이외 개별 공부 시간이 요구됨' 등 교직과목에서의 MTBL 활용에 대한 부정적인 학습자들의 시각도 볼 수 있었다. 본 연구의 분석결과, 교직과목에서 MTBL 활용은 부분적으로 본 사례연구 과목을 이해하는 도움이 되는 결과를 볼 수 있었다. 그러나 이론중심의 교직과목에 MTBL의 활용은 현재까지 어려움도 가지고 있다. 따라서 MTBL 수업은 하나의 새로운 교수-학습 접근 방안으로 창의적이고 전문적인 교사를 양성하기 위한 교직과정의 개발 및 운용을 위해 더 많은 사례연구과 수업개발이 필요하다.

3G MVNO를 통한 선불요금제 활성화 정책 - 선불요금, 상호접속, 사업자선택, 도매제공 및 번호이동 - (A Prepaid System Promotion Policy for the 3G MVNO - Carrier Selection, Interconnection, Number Portability, Prepay, Wholesale Provision -)

  • 김병운
    • 정보화정책
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    • 제18권3호
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    • pp.88-107
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    • 2011
  • 본 논문의 목적은 2010년 3월 22일 개정된 전기통신사업법 제32조(이용자보호) 제3항, 제4항, 제5항과 제38조(전기통신서비스 도매제공) 신설 관련 3G(WCDMA) MVNO를 통한 선불요금제 활성화 정책을 제시하는 것이다. 한국은 '11년 6월 현재 선불요금, 상호접속, 사업자선택, 도매제공 그리고 번호이동성 등의 제도개선의 부족으로 인하여 이동전화 선불요금제 가입자가 매우 미미한 수준이다. 그러나 해외 통신서비스 규제기관 및 사업자들은 스마트폰 및 데이터 사용 비중을 높이는 다양한 고객수요를 수용하기 위해 이동전화 선불요금제에 점차 더 많은 정책과 전략을 보이고 있다. 본 논문은 현행 전기통신사업법 하에서 3G MVNO를 통한 선불요금제 활성화를 위해서는 선불데이터시스템과 이동망 분리, 선불요금의 월정액제 하이브리드와 무선망을 통한 휴대폰의 직접충전(Top-up) 시스템 도입, USIM 제도 개선, 이동망 사업자선택제 도입, 선 후불 간 소매가할인 차등, 도매제공의 소매가할인 개정과 의무제공사업자 확대, 그리고 선 후불 간 번호이동성 도입 정책의 심도 있는 검토를 제안하고 있다.

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자생 수생식물의 인공연못에의 이용성 평가 (Evaluation of Native Hydrophytes Suitable for Artificial Pond)

  • 김귀순
    • 화훼연구
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    • 제16권1호
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    • pp.63-70
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    • 2008
  • 인공연못 녹화를 위해 국내 11개 연못에서 수집한 84종의 자생 수생식물을 $6m{\times}3m{\times}1.5m$ 크기의 인공연못에 식재하여 12개월간 생장시킨 후 관상가치가 뛰어나고, 체내 N, P함량이 많아 수질정화용으로 이용 가능성이 높을 것으로 예상되는 종을 선발하였다. 체내 N함량이 높은 종은 마름, 어리연꽃, 수련, 벗풀, 물수세미였으며, P함량은 물옥잠, 벗풀, 소귀나물에서 높았다. 생태연못 조성에 이용할 수 있는 종으로 4월에 5종, 5월 19종, 6월 23종, 7월 32종, 8월 31종, 9월 28종, 10월 26종을 각각 선발하였다. 연못의 pH는 22개월 동안 6.8~7.6수준이 유지되었으며, EC는 식물 생장기인 봄과 여름에는 비교적 낮았으나 가을로 갈수록 높았다. 인공조성 연못의 1년 경과 후 식생은 당초 78종(Potamogeton octqandrus, Salvinia natans, Potamogeton malaianus etc.)에서 38종(Scirpus tarbernaemontani, Scirpus karuizawensis, Scirpus triqueter etc)으로 감소되었으며, 종 다양성면에서 종수는 38종, 총 개체수는 1,437개, 종풍부성지수는 11.72, 최대 다양성지수는 0.97로 나타나 인공연못이 비교적 안정되게 유지되었다.

노인장기요양보험제도에서 재가노인돌봄의 변화에 대한 연구 (The Impact of the Korean Long-Term Care Insurance System on its Family Caregivers: Focusing on Family Caregiving Arrangement)

  • 양난주;최인희
    • 사회복지연구
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    • 제44권3호
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    • pp.31-56
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    • 2013
  • 한국에서 2008년부터 시행된 노인장기요양보험제도는 요양욕구가 인정된 모든 노인에게 장기요양서비스 공급이라는 사회적 지원을 제도화하였다. 이를 계기로 한국 노인돌봄의 사회적, 제도적 환경은 새롭게 형성되었다. 이러한 새로운 조건에서 가족돌봄의 위치와 의미를 재조명하고자 하는 것이 본 연구의 문제의식이다. 이를 위해 공식적인 돌봄서비스를 이용하는 노인들에 대한 가족돌봄의 변화를 분석하였다. 분석의 초점은 공식과 비공식, 제도적 서비스와 가족돌봄의 통합으로서 노인돌봄의 양상을 파악하고 이 안에서 공식적 돌봄의 역할과 가족돌봄에서 일어난 변화를 파악하는 데 있다. 이를 위해 노인장기요양보험제도를 이용하는 가족돌봄자(노인의 배우자 및 자녀) 중 재가서비스 이용자 18명을 대상으로 심층면접조사를 실시하였고, 질적내용분석을 통해 연구결과를 도출하였다. 연구 결과, 표준화된 방문요양 및 방문목욕 등 노인장기요양서비스는 개별 사례별로 상이한 비중과 의미로 이용되고 있었다. 공식돌봄과 비공식 가족돌봄의 결합양상은 다양하게 나타났는데 본 연구에서는 네 가지 서로 다른 양상을 발견할 수 있었다. 요양보호사에 의한 노인장기요양서비스를 중심으로 노인돌봄을 구성하는 양상, 가족돌봄자가 다양한 돌봄자원을 동원하며 조정하는 역할을 하는 돌봄혼합의 양상, 중증노인이 재가서비스를 이용하면서 형성되는 노인돌봄의 양상, 그리고 무엇보다 노인장기요양보험제도의 현실화과정에서 공식돌봄과 비공식돌봄을 일치시키는 변종(hybrid)방식으로 가족요양보호사 방식의 노인돌봄 양상이 그것이다. 본 연구는 표준화되고 공식화된 노인장기요양보험제도의 재가서비스 이용이 실제 다양한 노인의 욕구와 가족돌봄자원이라는 현실을 만나면서 다양한 노인돌봄의 양상으로 현실화되고 있는 것을 드러냈다는 데 의미를 가진다. 이는 노인돌봄이 공식, 비공식 돌봄의 결합으로 작동하고 있음을 증명하는 것이며 공식적 돌봄서비스의 공급이 실제 가족돌봄의 조건과 현실 위에서 이루어져야 한다는 것을 보여준다. 따라서 노인장기요양서비스 공급에서 노인이용자의 삶의 조건이자 공간으로서 가족과 지역사회의 다양한 특성이 포함되어야 한다는 시사점을 준다고 하겠다.