• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.28-28
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• 2022

This paper presents the first genome assemblies of Philippine mangoes that provide valuable reference for varietal improvement and genomic studies on mango and related fruit crops. WE sequenced whole genomes of3 species, Mangifera odorata (Huani), Mangifera altissima (Paho), and Mangifera indica 'Carabao' (Sweet Elena). 'Carabao' is the major export variety of the Philippines; Paho is identified as vulnerable by the IUCN Red List of Threatened Species; Huani has fruit sap acrid which is the primary defense mechanism against insects and birds. We used Falcon, a diploid aware -de novo assembler to assemble SMRT generated long-read sequences. Falcon-unzip was employed to phase the output assembly producing larger contig sets (primary contigs) and shorter contigs corresponding to haplotypes (haplotigs). Assembly statistics were generated by comparing the assembly to a reference genome, Tommy Atkins, using Quality Assessment Tool (QUAST). Moreover, the extent of duplication and completeness of gene content was measured using Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO). Draft assemblies with high duplications were processed using Purge Haplotigs and Purge Dups to lessen duplications with minimal impact on genome completeness. De novo assemblies of Huani, Paho and 'Carabao' were then generated with primary contig sizes of 463.64 Mb, 508.95 Mb and 401.51 Mb respectively. These draft assemblies of Huani, Paho and 'Carabao' showed 96.90%, 95.17% and 99.07% complete BUSCOs respectively which is comparable to 'Tommy Atkins' genome (98.6%). Using two mango transcriptome data (pooled RNA-seq from different mango varieties and tissues), 91-96% or 24-30 million reads were successfully mapped back for each generated assembly indicating high degree of completeness. The results obtained demonstrated the highly contiguous, phased, and near complete genome assembly of three Philippine mango species for structural and functional annotation of gene units, especially those with economic importance.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2012년도 한국컴퓨터종합학술대회논문집 Vol.39 No.1(A)
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• pp.293-295
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• 2012

가상화 기술은 물리적 컴퓨팅 자원을 사용자에게 논리적으로 제공하여 시스템의 효율성을 높이고 유연성을 향상시키기 위한 기술로 서버 통합이나 아마존 EC2와 같은 클라우드 컴퓨팅 환경에서 사용되고 있다. 이러한 가상화 환경에서는 다수의 가상머신들의 동시적인 I/O 수행으로 인해 저장장치에 병목현상이 발생된다. 또한 각 가상머신들의 중복된 데이터들을 저장하기 위해 불필요한 쓰기 비용이 발생하여 시스템의 성능 저하가 발생하게 된다. 본 논문에서는 이러한 가상화 환경에서의 I/O비용을 감소시키기 위해 SSD를 캐시로 사용하는 중복 제거 기법을 제안한다. 제안된 기법은 중복된 데이터를 제거하여 불필요한 디스크에 대한 I/O 수행을 감소시키며, 중복 발생 패턴의 특성을 고려하여 SSD의 빠른 쓰기 성능을 효과적으로 사용할 수 있는 캐시 구조 모델을 통해 가상화 환경에서 I/O 성능을 향상 시킬 수 있음을 보인다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.71-76
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• 2006

Comparative genomic hybridization (CGH) is a technique for studying chromosomal changes in cancer. As cancerous cells multiply, they can undergo dramatic chromosomal changes, including chromosome loss, duplication, and the translocation of DNA from one chromosome to another. Chromosome aberrations have previously been detected using optical imaging of whole chromosomes, a technique with limited sensitivity, resolution, quantification, and throughput. Efforts in recent years to use microarrays to overcome these limitations have been hampered by inadequate sensitivity, specificity and flexibility of the microarray systems. The oligonucleotide CGH microarray system overcomes several scientific hurdles that have impeded comparative genomic studies of cancer. This new system can reliably detect single copy deletions in chromosomes. The system includes a whole human genome microarray, reagents for sample preparation, an optimized microarray processing protocol, and software for data analysis and visualization. In this study, we determined the sensitivity, accuracy and reproducibility of the new system. Using this assay, we find that the performance of the complete system was maintained over a range of input genomic DNA from 5 ug down to 0.15 ug.

• 지질공학
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• 제28권3호
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• pp.431-441
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• 2018

본 연구에서는 오거비트에 대한 향후 연구개발 방향을 설정하기 위하여 전체 심층혼합처리공법에 대한 한국, 미국, 일본 및 유럽에서의 출원 공개/등록된 특허를 중심으로 특허 동향을 분석하였다. 심층혼합처리공법을 대상으로 기술 범위에 따라 1차적으로 날개 형태와 로드의 개수로 분류하고, 2차적으로 스크류 타입과 회전축의 타입에 따라 8가지로 분류하였다. 특허 검색 결과 총 2,815개가 검색되었으며 중복제거 및 필터링을 통하여 448건의 유효 분석대상 특허를 선별하였다. 특허건수와 성장단계를 통한 포트폴리오 분석 결과 성장가능성이 높다고 판단되는 오거를 핵심기술로 선정하였으며, 이에 대한 특허장벽 분석을 통하여 핵심기술과 유사성이 높은 특허가 있을 경우 회피설계 및 타기술과 차별화된 기술 개발을 할 수 있는 기초자료를 제시하였다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제59권2호
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• pp.91-95
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• 2016

We report the case of a 22-month-old boy with a new mosaic partial unbalanced translocation of 1q and 18q. The patient was referred to our Pediatric Department for developmental delay. He showed mild facial dysmorphism, physical growth retardation, a hearing disability, and had a history of patent ductus arteriosus. White matter abnormality on brain magnetic resonance images was also noted. His initial routine chromosomal analysis revealed a normal 46,XY karyotype. In a microarray-based comparative genomic hybridization (aCGH) analysis, subtle copy number changes in 1q32.1-q44 (copy gain) and 18q21.33-18q23 (copy loss) suggested an unbalanced translocation of t(1;18). Repeated chromosomal analysis revealed a low-level mosaic translocation karyotype of 46,XY,der(18)t(1;18) (q32.1;q21.3)[12]/46,XY[152]. Because his parents had normal karyotypes, his translocation was considered to be de novo. The abnormalities observed in aCGH were confirmed by metaphase fluorescent in situ hybridization. We report this patient as a new karyotype presenting developmental delay, facial dysmorphism, cerebral dysmyelination, and other abnormalities.

• 정보과학회 논문지
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• 제43권10호
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• pp.1165-1172
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• 2016

클라우드 스토리지 환경에서 중복제거 기술은 스토리지의 효율적인 활용을 가능하게 한다. 또한 클라우드 스토리지 서비스 제공자들은 네트워크 대역폭을 절약하기 위해 클라이언트 측 중복제거 기술을 도입하고 있다. 클라우드 스토리지 서비스를 이용하는 사용자들은 민감한 데이터의 기밀성을 보장하기 위해 데이터를 암호화하여 업로드하길 원한다. 그러나 일반적인 암호화 방식은 사용자마다 서로 다른 비밀키를 사용하기 때문에 중복제거와 조화를 이룰 수 없다. 또한 클라이언트 측 중복제거는 태그 값이 전체 데이터를 대신하기 때문에 안전성에 취약할 수 있다. 최근 클라이언트 측 중복제거의 취약점을 보완하기 위해 소유권 증명 기법들이 제안되었지만 여전히 암호데이터 상에서 클라이언트 측 중복제거 기술은 효율성과 안전성에 문제점을 가지고 있다. 본 논문에서는 전수조사 공격에 저항성을 갖고 암호데이터 상에서 소유권 증명을 수행하는 안전하고 실용적인 클라이언트 측 중복제거 기술을 제안한다.

• 한국가금학회지
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• 제41권4호
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• pp.305-311
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• 2014

복제수변이(Copy number variation, CNV)는 DNA 다양한 구조적 변화의 한 형태이다. 복제수변이는 인간의 질병 및 농업의 생산성에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 이전 우리나라의 닭의 품종은 유럽에서 유입되어진 품종을 기반으로 구축되어져 있었다. 따라서 농촌진흥청 국립축산과학원에서는 20년 동안 재래품종을 복원하려고 노력하였고, 5품종 12계통으로 복원하였다. 최근 염기서열분석 기술의 발달로, 해상도가 좋은 게놈 전체의 복제수변이를 발굴할 수 있게 되었다. 그러나 한국 재래닭 품종에 대해서는 체계적인 연구가 이루어지지 않고 있다. 본 연구에서는 한국 재래 닭(계통 L)에 대해서 게놈 전체의 염기서열을 분석하고 닭의 참고서열과 비교하여 재래닭에서 확인된 복제수 변이를 보고하였다. 닭의 28개 염색체에서 총 501개의 복제수 변이를 확인하였고, 이를 Gain과 Loss로 나누어서 표시하였다. 또한 우리는 501개의 복제수 변이를 포함하고 있는 유전자의 기능을 분류하였다. 그 결과, 전사 및 유전자 조절에 관련된 유전자들이 많이 분류되었다. 본 연구의 결과는 복제수 변이와 한국 재래닭의 경제형질 간의 연관성을 설명할 수 있는 기초자료로 활용될 것으로 사료된다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제47권1호
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• pp.44-53
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• 2023

Background: The genus Panax in the Araliaceae family has been used as traditional medicinal plants worldwide and is known to biosynthesize ginsenosides and phytosterols. However, genetic variation between Panax species has influenced their biosynthetic pathways is not fully understood. Methods: Simultaneous analysis of transcriptomes and metabolomes obtained from adventitious roots of two tetraploid species (Panax ginseng and P. quinquefolius) and two diploid species (P. notoginseng and P. vietnamensis) revealed the diversity of their metabolites and related gene expression profiles. Results: The transcriptome analysis showed that 2,3-OXIDOSQUALENE CYCLASEs (OSCs) involved in phytosterol biosynthesis are upregulated in the diploid species, while the expression of OSCs contributing to ginsenoside biosynthesis is higher in the tetraploid species. In agreement with these results, the contents of dammarenediol-type ginsenosides were higher in the tetraploid species relative to the diploid species. Conclusion: These results suggest that a whole-genome duplication event has influenced the triterpene biosynthesis pathway in tetraploid Panax species during their evolution or ecological adaptation. This study provides a basis for further efforts to explore the genetic variation of the Panax genus.