• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권10호
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• pp.1471-1477
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• 2017

Objective: Since athletic performance is a most importance trait in horses, most research focused on physiological and physical studies of horse athletic abilities. In contrast, the molecular analysis as well as the regulatory pathway studies remain insufficient for evaluation and prediction of horse athletic abilities. In our previous study, we identified AXL receptor tyrosine kinase (AXL) gene which was expressed as alternative spliced isoforms in skeletal muscle during exercise. In the present study, we validated two AXL alternative splicing transcripts (named as AXLa for long form and AXLb for short form) in equine skeletal muscle to gain insight(s) into the role of each alternative transcript during exercise. Methods: We validated two isoforms of AXL transcripts in horse tissues by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR), and then cloned the transcripts to confirm the alternative locus and its sequences. Additionally, we examined the expression patterns of AXLa and AXLb transcripts in horse tissues by quantitative RT-PCR (qRT-PCR). Results: Both of AXLa and AXLb transcripts were expressed in horse skeletal muscle and the expression levels were significantly increased after exercise. The sequencing analysis showed that there was an alternative splicing event at exon 11 between AXLa and AXLb transcripts. 3-dimentional (3D) prediction of the alternative protein structures revealed that the structural distance of the connective region between fibronectin type 3 (FN3) and immunoglobin (Ig) domain was different between two alternative isoforms. Conclusion: It is assumed that the expression patterns of AXLa and AXLb transcripts would be involved in regulation of exercise-induced stress in horse muscle possibly through an $NF-{\kappa}B$ signaling pathway. Further study is necessary to uncover biological function(s) and significance of the alternative splicing isoforms in race horse skeletal muscle.

• 방송공학회논문지
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• 제25권5호
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• pp.665-671
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• 2020

MPEG-I에서는 최대 6자유도(6DoF)를 가지는 몰입형(immersive) 비디오의 압축 표준화를 진행하고 있다. 360 비디오의 전방위 뷰(view)와 함께 움직임 시차(parallax)를 제공하는 3DoF+ 비디오는 고정된 위치에서 상체 움직임 정도의 제한된 공간에서 획득된 여러 뷰 비디오를 사용하여 임의의 원하는 시점의 뷰를 렌더링한다. MPEG-I 비쥬얼 그룹에서는 이러한 3DoF+ 비디오의 압축 표준화를 진행하고 있으며, 그 과정에서 TMIV(Test Model for Immersive Video)라는 시험모델을 개발하고 있다. TMIV에서는 다수의 입력 뷰 비디오들의 중복성을 제거하고 남은 텍스쳐 및 깊이 영상 패치(patch)들을 촘촘히 프레임으로 패킹한 아틀라스(Atlas)를 생성하고 이를 부호화한다. 본 논문은 보다 효율적인 3DoF+ 비디오 부호화를 위해서 작은 크기의 블록들을 제거하는 아틀라스 생성 기법을 제시한다. 제안기법은 TMIV 대비 자연영상과 그래픽 영상에서 각각 0.7%와 1.4%의 BD-rate 비트율 감소의 성능 개선을 보였다.

• Investigative Magnetic Resonance Imaging
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• 제22권3호
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• pp.150-157
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• 2018

Purpose: To assess associations between morphological characteristics of intracranial arteries in time-of-flight MR angiography (TOF-MRA) and atherosclerotic risk factors. Materials and Methods: From January 2014 to October 2015, a total of 129 patients (65 men and 64 women) without intracranial arterial stenosis > 50% were included in this study. All MRIs were performed using a 3T machine with 3D TOF-MRA sequences. We evaluated irregularity, tortuosity, and dilatation of intracranial arteries in maximal intensity projection (MIP) of TOF-MRA. Subjects' risk factors for atherosclerosis including history of hypertension and diabetes were collected by reviewing their medical records. Associations between morphological characteristics and each known atherosclerosis risk factor were examined using univariate regression analysis. Multivariate regression models were built to determine combined association between those risk factors and morphologic changes of intracranial arteries. Results: In multivariate analysis, hypertension (coefficient [95% CI]: 0.162 [0.036, 0.289], P = 0.012) and absence of diabetes (coefficient [95% CI]: -0.159 [-0.296, -0.023], P = 0.022) were associated with large diameter of intracranial arteries. Males (coefficient [95% CI]: 0.11 [-0.006, 0.23], P = 0.062) and higher age (coefficient [95% CI]: 0.003 [-0.001, 0.008], P = 0.138) had marginal association with increased diameter. Tortuosity was associated with old age (OR: 1.04 [1.02, 1.07], P < 0.001). Irregular contour of intracranial arteries was significantly associated with old age (OR: 1.05 [1.02, 1.09], P = 0.004), presence of diabetes (OR: 2.88 [1.36, 6.15], P = 0.0058), and previous ischemic stroke (OR: 3.91 [1.41, 11.16], P = 0.0092). Conclusion: Morphological characteristics (irregularity, tortuosity, dilatation) of intracranial arteries seen in TOF-MRA might be associated with atherosclerotic risk factors in subjects with no or mild stenosis.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권2호
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• pp.302-311
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• 2004

Comamonas testosteroni (formerly Pseudomonas sp.) NCIMB 10643 can grow on biphenyl and alkylbenzenes $(C_2-C_7)$ via 3-substituted catechols. Thus, to identify the genes encoding the degradation, transposon-mutagenesis was carried out using pAG408, a promoter-probe mini-transposon with a green fluorescent protein (GFP), as a reporter. A mutant, NT-1, which was unable to grow on alkylbenzenes and biphenyl, accumulated catechols and exhibited an enhanced expression of GFP upon exposure to these substrates, indicating that the gfp had been inserted in a gene encoding a broad substrate range catechol 2,3-dioxygenase. The genes (2,826 bp) flanking the gfp cloned from an SphI-digested fragment contained three complete open reading frames that were designated bphCDorfl. The deduced amino acid sequences of bphCDorfl were identical to 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase (BphC), 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase (BphD), and OrfI, respectively, that are all involved in the degradation of biphenyl/4-chlorobiphenyl (bph) by Ralstonia oxalatica A5. The deduced amino acid sequence of the orfl revealed a similarity to those of outer membrane proteins belonging to the OmpW family. The introduction of the bphCDorfl genes enabled the NT-l mutant to grow on aromatic hydrocarbons. In addition, PCR analysis indicated that the DNA sequence and gene organization of the bph operon were closely related to those in the bph operon from Tn4371 identified in strain A5. Furthermore, strain A5 was also able to grow on a similar set of alkylbenzenes as strain NCIMB 10643, demonstrating that, among the identified aromatic hydrocarbon degradation pathways, the bph degradation pathway related to Tn4371 was the most versatile in catabolizing a variety of aromatic hydrocarbons of mono- and bicyclic benzenes.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제37권2호
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• pp.174-185
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• 2010

Full-length cDNAs are essential for the correct annotation of genomic sequences and for the functional analysis of genes and their products. To elucidate the functions of a large population of Chinese cabbage (Brassica rapa) genes and to search efficiently for agriculturally useful genes, we have been taking advantage of the full-length cDNA Over-eXpresser (FOX) gene hunting system. With oligo dT column it purify the each mRNA from the flower organs, leaf and stem tissue. And about 120,000 cDNAs from the library were transformed into $\lambda$-pFLCIII-F vector. Of which 115,000 cDNAs from the library were transformed into T-DNA binary vector, pBigs for transformation study. We used normalized full-length cDNA and introduced each cDNA into Arabidopsis by in planta transformation. Full-length Chinese cabbage cDNAs were expressed independently under the CaMV 35S promoter in Arabidopsis. Selfed seeds were harvested from transgenic Arabidopsis. We had selected 2,500 transgenic plants by hygromycin antibiotic tolerant test, and obtained a number of transgenic mutants. Each transgenic Arabidopsis was investigated in morphological changes, fertility and leaf colour. As a result, 285 possible morphological mutants were identified. Introduced cDNA was isolated by PCR amplification of the genomic DNA from the transgenic mutants. Sequencing result and BLAST analysis showed that most of the introduced cDNA were complete cDNAs and functional genes. Also, we examined the effect of Bromelain on enhancing resistance to soft rot in transgenic Chinese cabbage 'Osome'. The bromelain gene identified from FOX hunting system was transformed into Chinese cabbage using Agrobacterium methods. Transformants were screened by PCR, then RT-PCR and real time PCR were performed to analyze gene expression of cysteine protease in the T1 and T2 generations. The anti-bacterial activity of bromelain was tested in Chinese cabbages infected with soft rot bacteria. The results showed that the over-expressed bromelain gene from pineapple conferred enhanced resistance to soft rot in Chinese cabbage.

• 식물병연구
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• 제15권3호
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• pp.170-174
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• 2009

국내의 복숭아 과수원 중에 충북 음성지역의 유명 품종에서 약한 모자이크증상 잎으로부터 Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV)를 분리 동정하였다. 지표식물을 이용한 생물검정에서 Cucumis sativus의 접종 자엽에 원형모양의 반점이 관찰되었으며 상엽으로 전이되어 모자이크와 잎기형 증상을 나타내다가 고사하는 것으로 나타났다. 접종한 Chenopodium quinoa 접종엽과 상엽에도 모틀증상을 나타내었다. 목본 지표식물 Prunus persica GF305를 활용한 검정에서는 바이러스 감염된 줄기의 눈을 인위적으로 접종한 지 3개월 후에 잎에 라인 패턴의 모자이크 증상을 관찰할 수 있었다. 인위접종한 Cucumis sativus 잎조직의 세포 검경에서 parenchyma cells과 plasmodesmata 내에 존재하는 구형 바이러스 입자가 관찰되었다. PNRSV의 외피단백질 유전자 분석을 위해 RT-PCR 진단 프라이머와 조건을 설정하고 분석한 결과 675bp 위치에서 특이적으로 증폭된 것을 확인할 수 있었다. 또한 증폭산물을 회수하여 염기서열 분석한 결과 기 보고된 4개의 PNRSV isolate와 93.9~94.7%의 유전적 상동성을 보였다. 결론적으로 복숭아 과수원에서 분리한 바이러스주의 생물적 특성과 유전자 분석결과를 종합하여 Ilarvirus에 속하는 PNRSV인 것으로 최종 동정하였다.

• 생명과학회지
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• 제14권1호
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• pp.38-44
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• 2004

이소플라본의 함량이 매우 높은 것으로 알려진 국내 콩품종 신팔달로부터 2개의 유전자 IFS1 (SinIFS1)과 IFS2(SinIFS2)가 클로닝되었다. 유전자의 염기서열을 밝힌 후, 기존에 알려진 콩과의 다른 IFS 유전자들과 유전자 염기서열의 유사성을 비교 분석하였다. 유전자 SinIFS1은 전체 1,828bp의 nucleotide와 521개의 아미노산으로 이루어져 있었고 SinIFS2의 경우, 1912bp의 nucleotide와 521의 아미노산으로 이루어져 있었다. 두 유전자 모두 cytochrome P45O superfamily의 일원이었고, 상응하는 conserve된 motif들을 가지고 있었다. 콩과의 다른 식물에서 클로닝된 IFS들과의 염기서열비교에서는 매우 높은 염기서열 유사성(98% 이상)이 관측되었다. 유전자의 발현과 유발에 관한 노던분석 실험 결과, 무처리구로 사용한 암처리보다 모두 유발된 유전자의 발현을 나타났는데, 특히 곰팡이 elicitor 처리구의 경우, 무처리보다 6배 이상의 유전자 유발을 보였다. 그 다음으로는 자외선 처리가 높은 유전자 발현 유발효과를 나타내었고, 그 다음으로 저온과 명처리순으로 유발효과를 나타내었다.

• 생명과학회지
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• 제16권5호
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• pp.812-827
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• 2006

멸치의 유전적 집단구조 및 지리적 거리를 조사하기 위하여 한국근해 및 외해역 12개 정점에서 채집된 멸치의 미토콘드리아 DNA control 부위를 대상으로 염기서열을 상호 비교 및 분석했다. 염기서열 분석결과 89개체 중 29 haplotype이 나타났고, 상호 염기치환율은 0-3.5% 차이를 보였다. E9 haplotype이 근해 및 외해역에서 가장 넓게 분포하고 있는 것으로 나타났다 (58.3%). 반면에, E26, E27, E28, E29 haplotype 들은 서남해역 (정점 10)에서만 보였다. PHYLIP 프로그램을 이용한 유전적 관계에서도 두개의 clade로 분리되었다. E26, E27, E28, E29 haplotype을 제외한 나머지 haplotype 들은 상호 잘 유지되는 것으로 나타났다 (bootstrap 75% 이상). 그러나 clade A와 B bootstrap은 매우 약하게 나타났다 (51%). haplotype 간의 상호분석 결과 다양도는 0.75-1.00, 염기다양도는 0.015-0.0244로 보였다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제12권2호
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• pp.231-242
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• 2007

패턴 탐사에 관한 기존의 연구들[1,2,3,4,5,6,11,12,13]은 이동 객체의 위치 이력 데이터 집합에 대한 위치 일반화 접근법을 사용하지 않거나 사용해도 특정 공간상의 이동 패턴들 중 단순히 시공간 제약이 없는 빈발 패턴만을 추출하므로, 특정 지점들 간의 최적 이동 경로나 스케줄링 경로와 같은 시공간 제약을 갖는 빈발 패턴 탐사에는 적용하기 어렵다. 또한 패턴 탐사의 수행에 있어 기존의 기법들은 데이터베이스에 대한 반복 접근을 줄이기 위해 메모리 상에 패턴 트리를 생성하여 사용하므로 보다 많은 메모리 공간을 소요하게 된다. 따라서 이러한 기존 탐사 기법들의 문제점들을 해결하기 위한 보다 효율적인 패턴 탐사 기법이 필요한 실정이다. 효율적 탐사 기법을 개발하기 위하여 본 논문에서는 방대한 이동 객체의 이력 데이터 집합에 대한 탐사 수행 시간 및 탐사에 필요한 메모리 공간을 최소화하기 위해서 상세 수준의 데이터들을 의미있는 공간영역 정보로 변환하는 새로운 위치 일반화 방법을 제안한다. 제안된 방법은 패턴 탐사의 전처리 과정에서 $R^*$-Tree와 영역 Grid 해쉬 테이블(AGHT:Area Grid Hash Table)을 기반으로 이동 객체의 위치 속성들을 2차원 공간영역으로 일반화하여 이동 시퀀스를 생성함으로써 효율적인 이동 객체의 공간 이동 패턴 마이닝을 유도할 수 있다.

• 미생물학회지
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• 제51권1호
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• pp.86-95
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• 2015

독도의 해안에 군락을 이룬 해안식물 근권에서 호염성 및 염내성을 가지는 세균의 분리를 위해 3종의 해안식물의 군락을 선정한 후 각 식물의 군집 하부에서 토양시료를 채취하였다. 시료는 marine broth 한천배지를 이용하여 형태학적인 구분을 통해 순수분리 되었다. 분리된 161개 세균들을 NaCl 9.0% 농도로 조정된 배지에서 생존하는 26개 균주를 선발하여 genomic DNA를 얻은 후, 16S rRNA gene sequence를 증폭하여 부분동정 하였다. 이들의 유연관계 확인을 위해 계통수를 작성한 결과, 이들은 각각 Firmicutes (30.8%), Gamma proteobacteria (53.8%), Bacteroidetes (7.7%), Alpha proteobacteria (7.7%), Actinobacteria (7.7%)에 속하였으며, 이는 기존의 독도 토양 및 해수 미생물상 연구와 특징적 차이를 보인다. 또한, 분리된 세균의 종 조성도 기존 독도 토양 및 해양연구와 유의적으로 상이함을 보였다. 이에 더하여 선발된 26개 균주들 중에서 4균주가 12.0% 이상의 염농도에서 생장하였으며, 이들 중에서 3개 균주가 15.0% 이상의 염농도에서 생장하여 극호염성의 특성을 나타내었으며, 광범위한 염분농도에서도 생장하는 특성을 보였다. 이들은 해안식물 근권에서 독도 특유의 고염분 및 염분변화라는 환경적 스트레스를 극복하며 해안식물과 어떠한 상호작용을 하는 것으로 생각된다.