• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제19권2호
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• pp.297-304
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• 2003

Mitochondrial cytochrome b 유전자를 이용하여 한국에서 채집된 5종을 포함한 올빼미과(Strigidae)의 12속 31종의 계통분석을 하였다. Maximum likelihood 분석과, Kimura two-parameter와 p-distance를 이용하여 유전적 근연 관계를 측정하였다. 본 연구에 이용된 959개의 염기서열 가운데, 459개의 서열에서 변이를 확인하였고, 398개의 서열은 계통학적 정보를 가졌다. 올빼미과는 Clade I (Aegolius) , Clade II (Athene, Micrathene, Glaucidium, Surnia), 그리고 Clade III(Bubo, Nyctea, Pulsatrix, Strix, Otus, Ptilopsis, Ninox) 등 세 개의 그룹으로 나뉘어졌다. 또한 Otus속은 지리적으로 다른 두 개의 그룹으로 분리되는 것이 확인되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제13권4호
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• pp.624-627
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• 2003

Benzo[a]pyrene (B[a]P) is an environmental pollutant that has been implicated in carcinogenesis. Saccharomyces cerevisiae was treated with B[a]P, and the responses of its cytochrome P450 (CYP) enzyme and DNA-damage checkpoint genes were examined through gene expression profiles using a reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). The DNA-damage checkpoint genes tested were the chk1 and pds1 genes, involved in a metaphase arrest, the swi6 gene targeted by G1 arrest, the pol2 gene related to S phase arrest, and the cln2 gene encoding a cyclin protein, all of which are based on rad9 and rad24. Among these genes, no noticeable effect was found when the cells were exposed to various concentrations of B[a]P. However, the transcriptional activity of CYP51 was significantly different when the cells were exposed to B[a]P. Accordingly, the present results indicate that cytochrome P450 plays a more significant role than DNA-damage checkpoint genes in the response of S. cerevisiae to B[a]P.

• BMB Reports
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• 제34권2호
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• pp.114-117
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• 2001

Cervi Parvum Cornu is widely used as a hemopoietic, tonifying, growth-promoting, cardiotonic, and immuno-modulating agent in Korea. In order to develop the quality control method of Cervi Parvum Cornu by the identification of the biological source or origin, the molecular approach was applied using PCR (polymerase chain reaction) and PCR-RFLF (PCR-restriction fragment length polymorphism) analysis. In the PCR analysis of the mitochondrial 12S rRNA gene and cytochrome b gene regions, no distinctive DNA bands from Cervidae (deer) antlers and Rangifer (reindeer) antlers were observed. However, when the amplified products in the mitochondrial cytochrome b gene region were subjected to restriction digestion with TaqI, Cervidae antlers showed an undigested state of 380 by band, differently from two bands of 230 by and 1S0 by from Rangifer antlers. Based on this finding, the base sequences of amplified PCR products in the range of mitochondria) cytochrome b gene from Cervidae antlers and Rangifer antlers were determined and subjected to restriction analysis by various endonucleases. The results showed that antlers from Rangifer species could be simply discriminated with other antlers from 8 Cervidae species (Chinese deer, Russian deer, Hong Kong deer, New Zealand deer, Kazakhstan deer, elk, red deer and Sika deer) by PCR-RFLP analysis using AtuI, HaeIII, HpaII or Sau3AI(MboI) as well as TaqI in the range of the mitochondrial cytochrome b gene.

• 한국어류학회지
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• 제18권1호
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• pp.12-19
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• 2006

본 연구에서는 극동지역 Oryzias latipes의 지리적 분포와 미토콘드리아 cytochrome b (cyt b)의 유전적 다양성과의 관계를 밝히기 위해 전국 9개의 지역에서 53개체를 채집하여 얻은 cyt b 염기서열과 GenBank에 등록되어있던 117개의 데이터를 종합하여 이를 142개의 haplotype으로 새로이 변환하였고, 이의 계통수를 작성 분석하였다. 분석 결과 극동지역 송사리는 3개의 haplogroup (A, B, C)으로 나뉘어지며, haplogroup A는 남한의 남한아지역을 중심으로 남한 전역에 분포하며, haplogroup B는 중국와 남한의 서한아지역에 걸쳐 분포하며, haplogroup C는 일본에만 분포하였다. Haplogroup A는 haplogroup B와 한반도내에서 지리적으로 가깝게 분포하고 있으나 계통적으로는 상당한 거리를 가지고 뚜렷하게 구별되었다. haplotype의 분지양상은 선행된 연구결과와 거의 일치하였다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제17권1호
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• pp.49-57
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• 2001

중국과 북동 중국에 서식하는 등줄쥐 2아종 (Apodemus agrarius coreae와 A. agrarius manchuricus)의 아종 내의 유전자 다양성의 정도를 파악하고 2아종간의 차이를 확인하기 위해, 미토콘드리아 DNA cytochrome b 유전자의 부분 염기서열을 분석하였다. 열 여덟마리의 A. agrarius coreae로부터 10 haplotype이, 그리고 2마리의 A. agrarius manchuricus로부터 1 haplotype이 밝혀졌다. 아종 coreae의 10 haplotype간의 Tamura-Nei nucleotide 거리는 0.36에서 1.86%였고, 2아종 coreae와 manchuricus간의 nucleotide 거리는 0.37에서 1.47%였다. 아종 coreae내 최대 genetic divergene 거리는 2아종간의 최대거리보다 크게 나타났다. 또한 2아종의 11 haplotype을 비교했을 때에, 뚜렷하게 아군으로 나뉘어지지 않았다. 본 염기서열의 분석 결과는 지금까지의 형태적 연구의 결과와 일치하지 않았으며, cytochrome b 유전자는 A. agrarius의 2아종을 구분하기에 좋은 유전자 marker가 아닌 것으로 판단됐다. 앞으로, A. agrarius의 2아종간의 유전적 관계를 밝히기 위해 미토콘드리아 DNA control region의 분석이 필요하다고 본다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제21권6호
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• pp.789-793
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• 2008

The gayal (Bos frontalis) in China is a very rare semi-wild and semi-domestic bovine species. There still exist remarkable divergences on the gayal's origin and taxonomic status. In the present study, the cytochrome b (Cyt b) gene entire sequences (1,140 bp) of 11 gayals in Yunnan China were analyzed. Combined with other bovine Cyt b sequences cited in GenBank, the phylogenetic trees of genus Bos were reconstructed by neighbor-joining (NJ) and maximum parsimony (MP) methods with Bubalus bubalis as outgroup. Sequence analysis showed that, among 1,140 sites compared for 11 gayals, 95 variable sites (8.33% of all sites) and 6 different haplotypes were observed, showing abundant mitochondrial genetic diversity in gayals. Both NJ and MP trees demonstrated that gayals in this study were markedly divided into three embranchments: one embranchment clustering with Bos gaurus, another clustering with Bos taurus, and the third clustering with Bos indicus. The result of phylogenetic analysis suggested that the gayal might be the domesticated form of the gaur, and a great proportion of the gayal bloodline in China was invaded by other bovine species.

• 생명과학회지
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• 제27권6호
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• pp.617-622
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• 2017

본 연구에서는 zebrafish에 사람의 cyt $b_5$ 유전자를 microinjection하여 발현시키고, 그 결과를 형광으로 확인하였다. HeLa cell에서 RT-PCR을 진행한 결과 414 bp의 cyt $b_5$ band가 증폭되었다. 염기서열 분석으로 재확인된 cyt $b_5$ insert를 pEGFP-N3의 형광 vector에 클로닝하였고, 이렇게 준비된 pEGFP-N3-cyt $b_5$ plasmid DNA를 1세 포기의 수정란에 microinjection하였다. cyt $b_5$를 microinjection한 치어를 형광현미경으로 관찰한 결과 대조군 치어보다 훨씬 선명한 형광을 띠는 것이 확인되었다. 최종적으로 치어에서 RNA를 분리하여 RT-PCR하였고 전기영동과 DNA sequencing으로 fusion 단백질의 발현을 재확인하였다. Cyt $b_5$의 발현으로 인해 zebrafish의 생존율이 다소 떨어지는 것으로 확인되었기에 독성 문제를 해결하기 위한 연구가 계속 필요할 것으로 사료된다. 이 연구는 향후 cyt $b_5$가 결핍되었을 경우 발생할 수 있는 여러 질병들을 유전자 차원에서 치료하고, 유용 유전자 클로닝을 위한 기술 개발에 발판이 될 수 있을 것으로 기대된다.

• 한국어류학회지
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• 제12권4호
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• pp.223-229
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• 2000

한국산 미꾸리과 어류의 계통유전학적 관계를 고찰하고자 8종의 mitochondrial cytochrome b의 유전자 서열을 비교한 결과 대부분 이전의 형태학적 연구의 결과와 일치하였다. 그러나 종개속 Orthrias과 쌀미꾸리속 Lefua의 분류학적 위치는 미꾸리과 Cobitidae와 paraphyletic group으로 나타났으며 이 두 속의 sequence divergence는 0.184~0.272으로 나타나 미꾸리과와 잉어과 사이의 divergence와 유사하였다. 한편 참종개속 Iksookimia 2종과 북방종개 Cobitis melanoleuca는 각각 다르게 분화한 결과를 보여 주었으며 또한 중국산 미꾸리와 한국산 영덕 미꾸리의 sequence divergence는 0.099로 종간의 divergence를 보여주어 주목되었다. 미꾸리과 어류 가운데 참종개속의 일부 어류는 분류학적 위치로 보아 이들의 기원이 미꾸리과의 속간 잡종기원으로 생각된다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제64권3호
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• pp.225-236
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• 2021

The epipyrone (EPN) biosynthetic gene cluster of Epicoccum nigrum is composed of epnC, epnB, and epnA, which encode cytochrome P450 oxidase, glycosyltransferase, and highly reducing polyketide synthase, respectively. Gene inactivation mutants for epnA, epnB, and epnC were previously generated, and it was found that all of them were incapable of producing EPN and any of its related compounds. It was also reported that epnB inactivation abolished epnA transcription, generating ΔepnAB. This study shows that the introduction of native epnC readily restored EPN production in ΔepnC, suggesting that epnC is essential for polyketide release from EpnA and implies that EpnC works during the polyketide chain assembly of EpnA. Introduction of epnC promoter-epnA restored EPN production in ΔepnA. The ΔepnB genotype was prepared by introducing the epnA expression vector into ΔepnAB, and it was found that the resulting recombinant strain did not produce any EPN-related compounds. A canonical epnB inactivation strain was also generated by deleting its 5'-end. At the deletion point, an Aspergllus nidulans gpdA promoter was inserted to ensure the transcription of epnA, which is located downstream of epnB. Examination of the metabolite profile of the resulting ΔepnB mutant via LC-mass spectrometry verified that no EPN-related compound was produced in this strain. This substantiates that C-glycosylation by EpnB is a prerequisite for the release of EpnA-tethered product. In conclusion, it is proposed that cytochrome P450 oxidase and glycosyltransferase work in concert with polyketide synthase to generate EPN without the occurrence of any free intermediates.

• 생명과학회지
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• 제23권1호
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• pp.24-30
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• 2013

본 연구는 mtDNA cytochrome b (Cyt b) 유전자 서열을 토대로 한국흑우의 유전적 다양성 및 계통유전학적 위치를 파악하기 위하여 실시하였다. 한국흑우 38두로부터 결정된 mtDNA Cyt b 유전자 전체서열 내에서 염기삽입 및 결실 없이 1개의 silent mutation이 동정되었다. 또한 2개의 haplotype으로 분류되었고, 염기변이율 및 haplotype 다양성지수에 기초한 한국흑우의 유전적 다양성은 기존에 보고된 중국 품종에 비해 낮게 나타났다. 한국, 일본, 중국에 분포하고 있는 12품종 101개 서열을 수집하여 한국흑우와의 유연관계를 확인하였다. 한국흑우에서 분류된 2개의 haplotype은 모두 B. taurus 계열에 포함되었으며, 한우, 일본흑우, Yanbian, Zaosheng 등 4개 품종과 하나의 그룹을 형성하였다. 또한 품종별 Dxy 유전거리 산출 결과, 한국흑우는 한우 및 일본흑우에 비해서 중국의 Yanbian, Zaosheng 품종과 더 가까운 유연관계를 보였다. 본 연구의 결과는 가축유전자원으로서 한국흑우의 보존 및 유전적 특성 구명을 위한 중요한 자료로 활용이 가능할 것으로 사료된다.