토양으로부터 직접 추출한 DNA를 cross hybridization하는 방법을 통해서 서로 다른 토양 환경 간에 미생물 군집의 유전형적 유사성과 상대적 다양성을 비교하였다. 그 결과 소나무삼림토양이 다른 토양에 비해 상대적 다양성이 높은 것으로 밝혀졌으며, 경작지, 나지, 초지, 신갈삼림 순으로 다양성 정도를 나타내었다. 또한 유전형적 유사성의 정도에 따른 집괴 분석 결과 소나무삼림과 경작지 토양, 신갈나무삼림과 초지 토양 그리고 나지 등 세 부류로 구분되었다.
This study was conducted to identify taxonomic differences in the characteristics of Acheilognathus majusculus and A. yamatsutae during their initial life history via an interspecific hybridization experiment. Hatching time required 36 h for MY and 49 h for YM at 21.5℃, showing a significant difference of 13 h between the hybrids. The hatching rates of the cross-bred eggs were 30% for cross MY (A. majusculus♀×A. yamatsutae♂) and 40% for cross YM (A. yamatsutae♀×A. majusculus♂). The hatching larvae size was total length 3.13-3.43 mm in MY and total length 3.89-4.22 mm in YM, which was larger in YM. The hybridization test between A. yamatsutae and A. majusculus that live in the same water stream confirmed that no interspecific reproductive isolation occurred.
This study was conducted to identify the taxonomic differences in the characteristics of Rhodeus ocellatus and Acheilognathus yamatsutae during their early life history via an interspecific hybridization experiment. Results showed that the hatching rates of the cross-bred eggs were 60% for cross OY (R. ocellatus ♀×A. yamatsutae ♂) and 70% for cross YO (A. yamatsutae ♀×R. ocellatus ♂). The dorsal fin rays of YO were similar to those of R. ocellatus. The hybridization test of A. yamatsutae and R. ocellatus living in the same water stream revealed that no interspecies reproductive isolation occurred. OY and YO showed similar maternal and paternal characteristic. The juvenile of OY did not resemble both paternal and maternal fin rays, indicating a difference. The hatching larvae of the hybrids showed the morphological characteristics of their parents but varied in terms of the shapes of their parts.
This study identified a new male-sterile germplasm of Chinese jujube, named male-sterile No. 2 (JMS2), and achieved controlled hybridization using that germplasm as the female parent. The anthers of JMS2 before flower bud opening became shrunken, dingy yellow and much smaller than normal ones, and they changed to brown after anthesis. No pollen was observed in anthers of JMS2 and its male-sterile trait remained stable over different years. A total of 1,642 fruits were obtained from ten intra- and interspecific cross combinations via controlled hybridization from 2008 to 2012 using JMS2 as the female parent. Of those, 27.3% produced seeds, on average (0-72.6%). The rate of fruit with seed (RFS) was significantly different between cross combinations or years. Compared to other cross combinations, the RFS in the combination of JMS2 ${\times}$ 'Xingguang' (a Chinese jujube cultivar with high resistance to jujube witches' broom disease) and JMS2 ${\times}$ 'Xing16' (a sour jujube genotype) remained high in different years and reached means of 48.7 and 58.1%, respectively. Finally, 150 plantlets were regenerated from immature embryos, and 51 of them were randomly selected and identified to be authentic hybrids using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. This is the first report of hybrids obtained from a cross between Chinese jujube and sour jujube.
Sau3AI으로 부분절단한 Serratia marcescens genomic DNA(5Kb 이상)을 pUC19의 BamHI site에 삽입하여 total genomic library를 준비하였다. Swollen colloidal chitin media에서 halo를 형성하는 2개의 E.coli 형질전환주를 선별하였다. 이들 colony가 chitinase 유전자를 갖음을 재확인하기 위하여 4-methylumbelliferyl N-acetyl-$\beta$-D-glucosaminide(4-MuFGlcNAc)를 이용하였다. 4-MuFGlcNAc는 chitinase에 대한 기질특이성을 나타내며 형광을 나타내는 기질로서 positive clone들은 360nm의 자외선을 조사하였을 경우 밝은 형광을 나타낸다. pUC19으로 부터 유래된 2 종류의 다른 chitinase clone, pCH1(11.0Kb) 및 pCH2(7.5Kb)를 genomic DNA library로 부터 분리하였으며, 이들의 제한효소지도를 작성한 결과 서로 다른 제한효소지도를 나타내었다. pCH1EA 및 pCH2로 부터 각각의 EcoRI-Xbal fragment를 subcloning함으로써 두개의 다른 chitinase 유전자의 위치를 결정하였다. pCH1EA 및 pCH2를 cross hybridization 한 결과 hybridization signal을 나타내지 않아 서로 유사성이 없는 것으로 사료된다.
Glycine속의 야생 다년생종인 G. tomentella가 가지고 있는 내병성, 고단백 및 다년생 유전자등 유용형질들을 재배콩(G. max)에 도입하기 위한 종간교잡시 염색체수가 다른 4개의 G. tomentella (2n=38, 40, 78, 80) 계통들과 재배콩과의 교잡친화성 검정, 정역간 교잡효과, 교잡엽의 발육비교, 종간 교배적기 등에 대해 시험한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. G. tomentella의 염색체수가 2n=38, 40, 78, 80인 4개 계통과 재배콩인 울산콩, 뱀콩, 단엽콩과의 종간 교잡에서 G. tomentella의 염색체수가 2n=38인 계통과 교배된 것이 교배율 및 교배후 경과일수에 따른 협생존률이 가장 양호하여 2n=38계통이 재배콩과의 교잡친화성이 가장 높은 것으로 나타났다. 2. G. max(cv. Baemkong)와 G. tomentella(2n=38)와 종간교잡에서 정역교잡 효과는 G. max를 모본으로 했을 때가 G. tomentella를모본으로 했을 때보다 교배율이 더 높았고, 엽생존기간도 더 길어 정역교잡의 효과가 인정되었다. 3. G. max(cv. Baemkong)와 G. tomentella(2n=38)와의 종간교잡에서 교잡협의 발육상태를 자가수정된 모본의 협과 비교했을 때 G. max를 모본으로 한 것이 G. tomentella를 모본으로 한 것보다 협당 배주수의 감소율이 적었으나, 교배후 경과일수에 따른 협의 장, 폭 및 무게는 G. max를 모본으로 한 경우가 생육이 저조하였다. 4. 자연조건에서 G. max와 G. tomentella(2n=38)와의 종간 교잡을 할 경우 6월 이나 7월에 하는 것보다 대체로 온도와 습도가 높고 단일조건인 8월 중하구에 하는 것이 교배율이 높았다.
DNA/DNA의 연쇄 결합 반응에 대한 시뮬레이션을 열역학적 데이터를 이용하여 구현하였다. 1-Base의 non Watson-Crick 결합과, dangling end(결합이 이루어진 두개의 DNA strand 중 한쪽 끝이 다른 쪽 끝보다 길거나 짧은 경우)를 허용하는 nearest-neighbor model을 사용하여 구현된 이 모델에서는 한번의 hybridization만을 예측하는 것이 아니라 연속적인 결합 반응의 시뮬레이션이 가능하다. 이를 통해서 분자 알고리즘의 설계와 검증이 가능할 뿐만 아니라, cross-homology의 검사를 통한 시퀀스의 검증까지도 가능하다. 이러한 in silico 에서의 접근 방식은 효율적인 분자 알고리즘의 개발과 신뢰성 있는 시퀀스의 설계에 도움이 될 수 있다.
유전자의 기능을 분석하는 과정에서 특정한 염기 서열의 존재여부를 확인하는 분석법은 필수적이다. 현재 사용되고 있는 Southern및 Northern blotting방법은 시간이 오래 걸리며, 온도 등과 같은 외부 조건을 엄격하게 조절하여야 한다. 본 연구에서는 측방유동방식을 이용한 크로마토그라피법을 응용하여 새로운 간편용 DNA분석법을 개발하였다. 이 측방유동형 DNA 분석 스트립은 시료가 적용되는 샘플패드, 이동하여 분리되고 교잡반응이 일어나는 전개용 막, 그리고 시료가 계속하여 이동하기 위한 흡수패드로 구성되어 있다. 모델 시스템으로 HIV와 HCV에 대한 포획 및 표적 DNA를 합성하고 스트립을 제조하였다. 시료를 샘플패드에 적하한 후 교잡반응체의 생성여부와 상대적인 양은 GSI형광 스캐너로 분석하였다. 교잡반응이 매우 빠르게 진행되고 세척과정이 없음에도 불구하고 비특이적인 교차 반응이 거의 관찰되지 않았다. 기존의 DNA 교잡방법과 비교하여 볼 때 이 새로운 방법으로 DNA/DNA 교잡 실험을 보다 더 쉽고, 간편하고, 그리고 빠르게 할 수가 있을 것으로 예상된다.
DNA hybridization assay using probes prepared from liver was carried out to identify species characterization of the domestic animals. Gel electrophoresis showed that the target DNA extracted from raw muscle were 1kb and uniform pattern while fragments size of heated muscle were irregular. Hybridization was performed by adding 200ng/ml probe in hybridization solution and incubating for 12 hours at $68^{\circ}C$. To obtain good discrimination, applied washing buffer and washing step differently depending on the species. The probes of pig, horse and dog formed the specific hybrids with each target DNA respectively. Although cross reaction was detected in cattle, goat and sheep but signal intensity among these species made the discrimination possible each other. Such pattern was the same in the cases of chicken, turkey and duck. The hybridization pattern of heated muscle was similar to that of raw muscle in general, but the signal intensity was inferior to that of raw muscle. Species identification between closely related animal species, hybridized using the target DNA of such closely related animal species as a blocking agent, remarkable increase of discrimination from the evident decrease of non specific reaction compared with the control group. In addition, in the admixture where certain meat was included in the beef, pork, chicken meat, we could find whether any unjust meat was admixed or not. In this case, detection limit of certain meat in admixture was 1%.
Native chickens hold a significant share of the market in China. In response to the huge demand from the market, the productivity of Chinese native chickens needs to be improved. Cross breeding is an effective method to increase productivity, although it might affect meat quality. In this study, two pure lines (SD02 and SD03) of Erlang mountainous chickens were hybridized with a yellow feather and faster growing line (SD01). The effect of hybridization on carcass and meat quality (physiochemical and textural traits) was measured in the $F_1$ population at d 91 of age. The hybrids exhibited higher body weight and dressed weight, and amount of semi-eviscerated, eviscerated, breast muscle and abdominal fat (p<0.05). Abdominal fat yield also increased (p<0.05) compared to the offspring of the two pure-lines. Meanwhile, there was no significant difference in meat quality traits except for the myofiber diameter and density and the shear force of the breast muscle. Overall, the offspring of cross-lines were similar to pure lines in meat color, pH value, inosinic acid, crude protein, crude fat, dry matter, moisture content and amino acid composition in the breast muscle. These results suggest that productivity can be improved via cross-breeding while maintaining meat quality of the Erlang mountainous chicken.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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