• 제목/요약/키워드: cluster tool

검색결과 279건 처리시간 0.03초

클러스터 환경에서의 MPI 기반 병렬 서열 유사성 검색에 관한 연구 (Study on MPI-based parallel sequence similarity search in the LINUX cluster)

  • 홍창범;차정호;이성훈;신승우;박근준;박근용
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
    • /
    • 제11권6호
    • /
    • pp.69-78
    • /
    • 2006
  • 생물정보학 연구 있어서 아미노산이나 염기서열에 대한 유사성이나 상동성을 찾아내는 작업은 유전자의 기능에 대한 예측이나 단백질 구조를 예측하는 연구의 기반이 된다. 이러한 서열 데이터는 컴퓨터의 도입으로 매우 빠르게 증가하고 있다. 이러한 시점에서 서열에 대한 검색 속도는 매우 중요한 요소이기 때문에 대량의 서열정보를 다루기 위해서는 SMP(Sysmmetric Multi-Processors) 컴퓨터나 클러스터를 이용하고 있다. 본 논문에서는 서열 검색에 사용되는 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)의 속도향상을 위한 방법으로 클러스터 환경에서 병렬화 하는 nBLAST 알고리즘의 병렬화에 대해 제안한다. nBLAST는 기존의 BLAST 소스코드에 대한 수정 없이 병렬라이브러리인 MPI(Message Passing Interface)를 이용하여 질의를 분할하여 병렬화 하기 때문에 환경설정 등의 복잡한 과정을 거치지 않고 손쉽게 BLAST에 알고리즘에 대한 병렬화를 할 수 있다. 또한, 실험을 통하여 28대의 리눅스 클러스터에서 nBLAST를 수행하여 노드 수의 증가에 따른 성능 향상을 확인하였다.

  • PDF

Sensitivity Enhancement of RF Plasma Etch Endpoint Detection With K-means Cluster Analysis

  • Lee, Honyoung;Jang, Haegyu;Lee, Hak-Seung;Chae, Heeyeop
    • 한국진공학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국진공학회 2015년도 제49회 하계 정기학술대회 초록집
    • /
    • pp.142.2-142.2
    • /
    • 2015
  • Plasma etch endpoint detection (EPD) of SiO2 and PR layer is demonstrated by plasma impedance monitoring in this work. Plasma etching process is the core process for making fine pattern devices in semiconductor fabrication, and the etching endpoint detection is one of the essential FDC (Fault Detection and Classification) for yield management and mass production. In general, Optical emission spectrocopy (OES) has been used to detect endpoint because OES can be a simple, non-invasive and real-time plasma monitoring tool. In OES, the trend of a few sensitive wavelengths is traced. However, in case of small-open area etch endpoint detection (ex. contact etch), it is at the boundary of the detection limit because of weak signal intensities of reaction reactants and products. Furthemore, the various materials covering the wafer such as photoresist (PR), dielectric materials, and metals make the analysis of OES signals complicated. In this study, full spectra of optical emission signals were collected and the data were analyzed by a data-mining approach, modified K-means cluster analysis. The K-means cluster analysis is modified suitably to analyze a thousand of wavelength variables from OES. This technique can improve the sensitivity of EPD for small area oxide layer etching processes: about 1.0 % oxide area. This technique is expected to be applied to various plasma monitoring applications including fault detections as well as EPD.

  • PDF

클러스터헤더 후보노드를 이용한 에너지 효율적인 클러스터링 방법 (Energy-Efficient Clustering Scheme using Candidates Nodes of Cluster Head)

  • 조영복;김광득;유미경;이상호
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
    • /
    • 제16권3호
    • /
    • pp.121-129
    • /
    • 2011
  • 센서 네트워크에서 에너지 소비를 최소화하는 것은 가장 중요한 이슈 중 하나이다. 클러스터링 방법 중 LEACH 프로토콜은 에너지를 효율적으로 관리하기 위해 다수의 클러스터 영역을 분할하는 계층적 방법으로 동작된다. 그러나 LEACH 프로토콜은 매 라운드마다 새로운 클러스터를 구성하기 때문에 클러스터를 구성 할 때마다 소비되는 에너지는 전체 네트워크 수명을 단축시키는 요인으로 작용한다. 따라서 이 논문에서는 센서네트워크 환경에서 초기 라운드에 클러스터를 형성하고 클러스터헤더 후보노드를 선정하여 에너지 낭비를 해결하였다. 제안 모델은 초기 라운드에는 기존 LEACH보다 26% 에너지 소모가 증가한다. 그러나 라운드가 지속될수록 제안 방법은 최대 35%까지 전체 에너지소비가 감소됨을 네트워크 시뮬레이션 툴(NS-2)를 이용해 증명하였다.

클러스터 DBMS를 위한 노드상태 모니터링 도구 및 부하 분산 관리기의 설계 (Design of Node Monitoring Tool and Load Balancer for Cluster DBMS)

  • 남화진;장재우
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국정보과학회 2001년도 가을 학술발표논문집 Vol.28 No.2 (1)
    • /
    • pp.73-75
    • /
    • 2001
  • 다수의 단일노드를 고속의 네트웍으로 연결하여 단일 시스템처럼 인식할 수 있는 클러스터 DBMS 를 효율적으로 관리하기 위해서는 클러스터 관리 도구가 필요하나 관련 연구는 미흡한 실정이다. 본 논문에서는 클러스터 DBMS을 위한 관리도구로써 노드상태를 모니터링 할 수 있는 모니터링 도구를 설계한다. 아울러 이러한 모니터링 결과를 기반으로 각 노드의 부하를 측정하고 사용자의 요구를 적절히 분산시킴으로써 클러스터 DBMS의 성능을 향상을 도모할 수 있는 부하 분산 관리기를 설계한다.

  • PDF

고속스핀들의 고무압을 이용한 가변예압장치 실용화를 위한 기초연구 (A Basic Study on the Application of a Variable Preload Device using Rubber Pressure for High Speed Spindle Systems)

  • 최치혁;심민섭;이춘만
    • 한국정밀공학회지
    • /
    • 제31권8호
    • /
    • pp.677-682
    • /
    • 2014
  • One of the most important element technologies for achieving high-precision in machine tool spindle systems is preload technology for the bearing of spindle systems. Fixed position preload, constant pressure preload, conversion preload and variable preload methods have been applied for the spindle systems. In this study, a new variable preload method using centrifugal force and rubber pressure is used for reducing installation costs through simplifying its structure. The main objective of the work is the verification of the operability in a preload device using the rubber pressure by the finite element analysis. It is shown that the variable preload device proposed in this study is applicable to high speed machine tool spindles.

한국 일부지역 성인의 건강행위이행에 관한 연구 (The Study on Health Behavior among Korean Adults)

  • 김애경
    • 대한간호학회지
    • /
    • 제28권4호
    • /
    • pp.931-940
    • /
    • 1998
  • This study was done to describe health behavior and determine affecting factors in Korean adults, based on the Health Behavior Assessment tool. The subjects were sample of 298 adults from five cities. The instrument for this study were Health Behavior Assessment tool (30 items, 4 scale). Frequency, percentage, t-test, ANOVA, cluster analysis with SPSS program were used to analyze the data. The results of the study are as follows ; 1) The average item score for health behavior was 2.56, the highest score on the subscale was limitation of liking(M=3.16), followed by stress management (M=2.98), nutrition(M=2.82), energy conservation (M=2.67). 2) A significant difference between age, sex, perception of health, and health behavior were found. 3) Pattern of health behavior among Korean adults focused on stress management in order to obtain emotional stability, and balance and harmony in dietary life, and energy conservation. Patterns of health behavior in Korean adults is unique in each individual. Therefore nursing intervention skill for health promotion have to be developed based on the health behavior in each individual.

  • PDF

QCanvas: An Advanced Tool for Data Clustering and Visualization of Genomics Data

  • Kim, Nayoung;Park, Herin;He, Ningning;Lee, Hyeon Young;Yoon, Sukjoon
    • Genomics & Informatics
    • /
    • 제10권4호
    • /
    • pp.263-265
    • /
    • 2012
  • We developed a user-friendly, interactive program to simultaneously cluster and visualize omics data, such as DNA and protein array profiles. This program provides diverse algorithms for the hierarchical clustering of two-dimensional data. The clustering results can be interactively visualized and optimized on a heatmap. The present tool does not require any prior knowledge of scripting languages to carry out the data clustering and visualization. Furthermore, the heatmaps allow the selective display of data points satisfying user-defined criteria. For example, a clustered heatmap of experimental values can be differentially visualized based on statistical values, such as p-values. Including diverse menu-based display options, QCanvas provides a convenient graphical user interface for pattern analysis and visualization with high-quality graphics.

데이터마이닝을 위한 동적 결정나무 (Dynamic Decision Tree for Data Mining)

  • 최병수;차운옥
    • Communications for Statistical Applications and Methods
    • /
    • 제16권6호
    • /
    • pp.959-969
    • /
    • 2009
  • 결정나무는 데이터마이닝에서 데이터를 분류하는 기법으로 가장 많이 사용되고 있으며, 데이터 탐색 소프트웨어 DAVIS에서는 동적 기능을 사용하여 데이터 시각화를 하는 것이 가능하다. 본 논문에서는 동적 데이터 분석의 기본 원리와 이를 결정나무에 적용하는 방법을 소개하고, 생성되는 동적 결정나무의 효율성과 유용성을 실제 데이터를 사용하여 분석한다.

A Simple and Fast Web Alignment Tool for Large Amount of Sequence Data

  • Lee, Yong-Seok;Oh, Jeong-Su
    • Genomics & Informatics
    • /
    • 제6권3호
    • /
    • pp.157-159
    • /
    • 2008
  • Multiple sequence alignment (MSA) is the most important step for many of biological sequence analyses, homology search, and protein structural assignments. However, large amount of data make biologists difficult to perform MSA analyses and it requires much computational time to align many sequences. Here, we have developed a simple and fast web alignment tool for aligning, editing, and visualizing large amount of sequence data. We used a cluster server installed ClustalW-MPI using web services and message passing interface (MPI). It also enables users to edit multiple sequence alignments for manual editing and to download the input data and results such as alignments and phylogenetic tree.

멀티미디어와 통계 소프트웨어를 활용한 회귀분석 학습 시스템 (Learning system for Regression Analysis using Multimedia and Statistical Software)

  • 안기수;허문열
    • 응용통계연구
    • /
    • 제11권2호
    • /
    • pp.389-401
    • /
    • 1998
  • 본 논문에서는 멀티미디어를 활용한 회귀분석 학습시스템 CybeRClass(Cyber Regression Class)를 소개하고자 한다. CybeRClass는 음성정보와 애니메이션 등을 활용하여 회귀분석에 대한 학습을 시켜주는 시스템이다. 이 시스템은 군집분석이나 판별분석 등의 다변량분석 학습이 가능하도록 설계되었다. 멀티미디어 기술을 위한 도구로는 Multimedia ToolBook을 사용하였으며, 통계계산과 통계그라픽을 위해서는 객체지향 통계 언어인 Xlisp-Stat을 사용하였다.

  • PDF