• Title/Summary/Keyword: cluster coefficient

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국내 5개 지역의 장뇌삼과 산삼의 유전 분석 (Genetic Analysis of 5 Mountain Cultivated Ginseng and Wild Ginseng in Korea)

  • 안지영;강상구;강호덕
    • 한국산림과학회지
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    • 제98권6호
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    • pp.757-763
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    • 2009
  • 우리나라에서 주요 장뇌삼 재배지역인 진안, 홍천, 풍기, 안동, 영주 등 5개 지역을 대상으로 지역 간 유연관계를 분석하였으며 산삼의 cDNA library 구축을 통하여 EST 분석을 실시하였다. 24개의 ISSR 표지자를 이용하여 PCR을 수행한 결과, 총 127개의 다형적 증폭산물을 얻을 수 있었으며 지역별로는 영주가 다형적 증폭산물의 수가 18개로 가장 많았다. 유집분석을 수행한 결과, 지역 간 유사도 범위는 0.46~0.58의 범위로 나타났고 영주를 제외한 홍천과 풍기, 안동과 진안이 각각 다른 그룹을 형성함에 따라 지리적 거리와 유전적 유사도와의 관련성은 찾을 수 없었다. 산삼 뿌리에서 cDNA library를 구축하여 EST를 통해 유전자 기능을 분석하였으며 11개의 cDNA의 염기서열을 결정한 후 아미노산 상동성을 비교한 결과, 9개의 EST들이 기능이 알려진 유전자들과 상동성을 나타내었고 2개는 기능이 알려지지 않은 것으로 나타났다. 특히 Homeodomain transcription factor 유전자와 상동성을 나타낸 PGM002를 탐침 DNA로 만들어 장뇌삼의 잎과 뿌리를 대상으로 Northern Blot을 실시한 결과, 장뇌삼의 뿌리에서만 발현되는 전사체임을 확인하였다.

Cancer: Scenario and Relationship of Different Geographical Areas of the Globe with Special Reference to North East-India

  • Sharma, Jagannath Dev;Kalit, Manoj;Nirmolia, Tulika;Saikia, Sidhartha Protim;Sharma, Arpita;Barman, Debanjana
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제15권8호
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    • pp.3721-3729
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    • 2014
  • Background: Cancer is becoming the most important public health burden around the globe. As per the GLOBOCAN 2008 estimates, about 12.7 million cancer cases and 7.6 million cancer deaths were estimated to have occurred in 2008. The burden of cancer cases for India in the year 2020 is calculated to be 1,148,757 (male 534,353; female 614,404) compared to 979,786 in 2010. The pattern of cancer incidence is varying among geographical regions, esophageal cancer for example being high in China, lung cancer in USA, and gallbladder cancer in Chile. The question remains why? Is it due to the diversity in genome pool, food habits, risk factor association and role of genetic susceptibility or some other factors associated with it? In India, the North East (NE)-India region is seeing a marked increase in cancer incidence and deaths, with a very different cancer incidence pattern compared to mainland India. The genome pool of the region is also quite distinct from the rest of India. Northeastern tribes are quite distinct from other groups; they are more closely related to East Asians than to other Indians. In this paper an attempt was made to see whether there is any similarity among the pattern of cancer incidence cases for different sites of NE-India region to South or East-Asia. Materials and Methods: Principal Component Analysis (PCA), Hierarchical Cluster Analysis (HCA), Pearson Correlation coefficient test was assessed to evaluate the linkage of North-East India region to other regions. A p value <0.05 was considered as statistically significant. Results: The results clearly shows that there are similarities in occurrence of cancer incidence patterns for various cancer sites of NE-India with South and East-Asian regions, which may lead to the conclusion that there might be a genetic linkage between these regions.

Analysis of Geographic and Pairwise Distances among Chinese Cashmere Goat Populations

  • Liu, Jian-Bin;Wang, Fan;Lang, Xia;Zha, Xi;Sun, Xiao-Ping;Yue, Yao-Jing;Feng, Rui-Lin;Yang, Bo-Hui;Guo, Jian
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제26권3호
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    • pp.323-333
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    • 2013
  • This study investigated the geographic and pairwise distances of nine Chinese local Cashmere goat populations through the analysis of 20 microsatellite DNA markers. Fluorescence PCR was used to identify the markers, which were selected based on their significance as identified by the Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO) and the International Society for Animal Genetics (ISAG). In total, 206 alleles were detected; the average allele number was 10.30; the polymorphism information content of loci ranged from 0.5213 to 0.7582; the number of effective alleles ranged from 4.0484 to 4.6178; the observed heterozygosity was from 0.5023 to 0.5602 for the practical sample; the expected heterozygosity ranged from 0.5783 to 0.6464; and Allelic richness ranged from 4.7551 to 8.0693. These results indicated that Chinese Cashmere goat populations exhibited rich genetic diversity. Further, the Wright's F-statistics of subpopulation within total (FST) was 0.1184; the genetic differentiation coefficient (GST) was 0.0940; and the average gene flow (Nm) was 2.0415. All pairwise FST values among the populations were highly significant (p<0.01 or p<0.001), suggesting that the populations studied should all be considered to be separate breeds. Finally, the clustering analysis divided the Chinese Cashmere goat populations into at least four clusters, with the Hexi and Yashan goat populations alone in one cluster. These results have provided useful, practical, and important information for the future of Chinese Cashmere goat breeding.

최적화된 다항식 방사형 기저함수 신경회로망을 이용한 수도권 여름철 초단기 강수예측 패턴 설계 (Design of Summer Very Short-term Precipitation Forecasting Pattern in Metropolitan Area Using Optimized RBFNNs)

  • 김현기;최우용;오성권
    • 한국지능시스템학회논문지
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    • 제23권6호
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    • pp.533-538
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    • 2013
  • 최근 빈번히 일어나는 국지성 집중호우로 인해 피해가 급격히 증가하고 있다. 인구가 밀집한 수도권과 같은 경우 산사태와 토석류 및 홍수로 인해 인명 및 재산피해가 심각하다. 따라서 집중호우에 대한 예측의 중요성이 증가하고 있다. 우리나라 악천후 강수의 특징으로는 태풍과 집중호우로 구분된다. 이는 지속시간과 지역에 따라 차이를 보인다. 또한, 지역적인 강수는 계절에 따라 변동성이 크고 비선형적이기 때문에 강수를 예측하는데 어려움이 따른다. 본 논문에서는 기상청에서 현업으로 사용하는 초단기 기상 분석 및 예측시스템 (Korea Local Analysis and Prediction System; KLAPS)의 기상 관측 자료를 이용하여 초단기 호우 예측 패턴 모델을 구현한다. 그리고 악천후 시 피해가 큰 수도권을 중심으로 여름철 호우 특보를 예측한다. 유전자 알고리즘(Genetic Algorithm; GA) 기반 다항식 방사형 기저함수 신경회로망(Radial Basis Function Neural Networks; RBFNNs)을 이용하여 초단기 강수 예측 패턴 모델을 설계한다. 최적화된 분류기를 설계하기 위하여 유전자 알고리즘을 이용하여 주요 파라미터인 입력변수의 수, 다항식 차수, 퍼지화 계수, FCM(Fuzzy C-mean) 클러스터 수를 동조한다.

도시주부의 지출행동유형연구 (Expenditure Behavior types of Urban Housewives)

  • 이기영
    • 가정과삶의질연구
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    • 제14권3호
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    • pp.211-222
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    • 1996
  • The purpose of this study is to classify the expenditure behaviors of housewives into some types and to identify the characteristics of the types focucing on diverse expenditure behaviors of urban households. In this study it is assumed that the expenditure behaviors are classified by there factors-(1)the orientation of money saving (2)the orientation of time saving and (3)the orientation of others. The present study suggests following three questions. (1). Can the expenditure behaviors of urban housewives be classified according to the orientation of money saving the orientation of others? (2) What distictions exist among the types? (3) Which variables are useful in classifying the expenditure behaviors? For empirical analysis the data of the study was collected from 650 housewives living in Seoul. The statistical methods adopted for data analysis are frequency percentage mean Pearson's correlation coefficient factor analysis cluster analysis one way ANOVA Duncun's multiple ran e test and discriminant analysis. As the major findings 4 types were extracted, According to the level of each dimensions the names for the each type were given as "the type of attaching importance to money saving" "the type of attaching importance to time and appearance" "the type of attaching importance to money saving and time" "the type of attaching importance to money saving and time" "the type of attaching importance to money saving and time" "the type of attaching importance to money saving and appearance" In "the type of attaching importance to money saving" the significant portion of housewives have high school degrees and compared with other types this type includes more husbands having sales and service job 55% of housewives of "The type of attaching importance to time and appearance" have graduate or higher degrees. The significant part of earned incomes range from 3 million won to 5 million won. The rate of housewives employed in the professional job is higher than other types. In "The type of attaching importance to money saving and time" the rate of the employment of housewives in this type is the highest among the types. In "The type of attaching importance to money saving and appearance" the significant portion of housewives have graduate degrees. In the jobs of he spouses the management job is major. The consciousness of belonging to the middle class is higher than other types. In this type the level of education is high but that of income is not. The result of the discriminant analysis says that the earned income and the consciousness of belonging to a calss are the most critical variables to classify the expenditure behaviors into 4 type The accuray of the classification of the discrimination equation composed of these variables is 47,5% The accuracy is improved by 10%.

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가침박달 집단의 유전다양성 및 유전구조 분석 (Genetic Diversity and Population Genetic Structure of Exochorda serratifolia in South Korea)

  • 홍경낙;이제완;강진택
    • 한국산림과학회지
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    • 제102권1호
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    • pp.122-128
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    • 2013
  • 우리나라에 분포하는 가침박달 9개 집단의 유전다양성과 유전구조를 ISSR 표지자를 이용하여 분석하였다. 선발된 6개 ISSR primer에서 다형성 band는 35개로 primer당 평균 5.8개(S.D.=2.32), 집단별 다형적 유전자좌의 비율은 평균 78.7%로 나타났다. AMOVA에서 전체 유전변이의 27.8%는 집단간 차이에 기인하며, 72.2%는 집단내 개체 간 차이로 설명할 수 있었다. 베이즈 방법에 따른 유전분화는 ${\theta}^{11}$$G_{ST}$가 각각 0.249와 0.227로 추정되었으며, 전체 집단에 대한 근친교배율은 0.412로 계산되었다. 집단간의 지리적 거리와 유전적 거리에 대한 상관성 분석에서 지리적 거리가 멀수록 유전적으로 상이한 것으로 나타났다. 베이즈 군집분석에서 가침박달 집단은 유전변이 분포에 따라서 1) 대구 지역의 2집단 및 안동, 청송, 예천 집단이 하나의 구역으로, 그리고 2) 단양, 영월 집단과 3) 임실, 청주 집단이 각각 하나의 구역으로 묶여서 총 3개 구역으로 나눌 수 있었다. 구역의 유전변이는 백두대간과 정맥의 산줄기를 경계로 분포하는 것으로 생각되며, AMOVA에서 전체 유전변이량의 10.0%는 구역간, 19.7%는 집단간, 나머지 70.3%는 집단내 개체간 차이로 설명되었다. 아울러 가침박달의 현지내 유전자원보존을 위한 유전다양성 평가와 유전구조 분석결과의 적용에 대하여 살펴보았다.

한국노인의 자가보고 치주건강상태와 구강건강관련 삶의 질의 연관성 (Association between the self-reported periodontal health status and oral health-related quality of life among elderly Koreans)

  • 장문성;김혜영;심연수;류인철;한수부;정종평;구영
    • Journal of Periodontal and Implant Science
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    • 제36권3호
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    • pp.591-600
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    • 2006
  • Purpose: This study assessed the impact of self-reported periodontal health on the oral health-related quality of life among elderly Koreans. Methods: Four hundred twenty one elderly Koreans in Seoul and suburban areas were selected with a cluster (institution) sampling method, and were requested to take oral examinations and finish questionnaires on the Oral Health Impact Profile-14(OHIP-14). and self-reported periodontal health status, such as periodontal symptoms, self-rated periodontal health and periodontal treatment need. As the dependent variable, OHIP-14 showed a positive skewed distribution (skewness: 1.17), we transformed to square-root form to apply parametric analyses. Bivariate analysis by t-test and ANOVA, and multivariate analysis with the two-level regression model accounting clusters were implemented. Results: Mean age of the subjects was 74.6 years and 66.5% were women. Fourteen items of OHIP-14 were summarized to one factor explaining 78.6% of total variance and produced the Chronbach alpha coefficient of 0.92. Results from the multivariate model, adjusting for age, sex, type of institutions, ability to pay, and number of teeth present, showed significantly lower OHIP-14 with reporting less than 3 periodontal symptoms (p(O.OOO1), rating their own periodontal health as above average level (p=O.0144), and thinking they don't need any periodontal treatments in the near future (p=O.0148), than their counterparts. The intraclass-corrrelation estimated by the final model was 0.028. Conclusion: This study demonstrates a significant association between self-reported periodontal health status and the oral health-related quality of life.

의이인과 염주의 RAPD분석 및 해부학적 특징에 의한 감별 (The Discrimination of Coisis Semen and Coisis lacrima-jobi Semen by the Random Amplified Polymorphic DNAs and Anatomical Characteristics)

  • 이미영;임성희;김호경;한경식;최용휴;주영승;오승은;고병섭
    • 한국약용작물학회지
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    • 제10권1호
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    • pp.17-23
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    • 2002
  • 의이인과 염주는 동속 근연종으로 외부형태가 유사하고 종피를 깎아 유통하기 때문에 육안으로 식별하기에는 한계가 있다. 특히, 염주는 일부 수입품에서 의이인과 비슷한 크기로 염주 종피를 깎아 유통시키고 있어 진 위 판별에 논란이 되고 있다. 본 연구에서는 의이인의 유통품을 외부 형태적 특징으로만 식별하기 어려운 문제를 해결하고자 내부형태 특성조사와 정색반응, RAPD등을 이용하여 감별을 위한 기초자료로 이용하고자 한다. 1. 의이인의 과피는 석세포로 구성된 층과 대보강세포와 섬유상 보강세포로 이루어진 2층 구조로 구분되는 반면, 염주의 과피는 외과피와 내과피는 석세포로 이루어져 있고 중앙의 중과피는 대보강세포와 섬유상 보강세포로 구성되어 뚜렷한 3층의 구조로 이루어진다. 2. TLC를 이용한 확인시험에서 Hexane : EtoAc = 10 : 1의 조건으로 전개하였을때 중국산 염주에서는 Rf가 0.2에서만 밴드가 형성되었다. 3. 중국의 "상용중약감정대전(常用中藥鑑定大典)"에서 제시된 요오드반응법에 의한 의이인과 염주의 정색반응은 구별이 어려웠다. 4. RAPD 분석에서 8개 primer에서 품종간 다형성 밴드가 관찰되었고, UBC primer 355와 362에서 중국 염주와 의성 염주의 특이 밴드(500bp, 1300bp)가 관찰되었다.

분자지표를 이용한 고려인삼의 유전적 특성 비교 (Comparative Genetic Characteristics of Korean Ginseng using DNA Markers)

  • 신미란;조익현;정종욱;김영창;이승호;김장욱;현동윤;김동휘;김기홍;문지영;노봉수;강성택;이동진;방경환
    • 한국약용작물학회지
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    • 제21권6호
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    • pp.444-454
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    • 2013
  • The development of random amplified polymorphic DNA (RAPD) and expressed sequence tag-derived simple sequence repeats (EST-SSRs) provided a useful tool for investigating Korean ginseng genetic diversity. In this study, 18 polymorphic markers (7 RAPD and 11 EST-SSR) selected to assess the genetic diversity in 31 ginseng accessions (11 Korean ginseng cultivars and 20 breeding lines). In RAPD analysis, a total of 53 unique polymorphic bands were obtained from ginseng accessions and number of amplicons ranged from 4 to 11 with a mean of 7.5 bands. Pair-wise genetic similarity coefficient (Nei) among all pairs of ginseng accessions varied from 0.01 to 0.32, with a mean of 0.11. On the basis of the resulting data, the 31 ginseng accessions were grouped into six clusters. As a result of EST-SSR analysis, 11 EST-SSR markers detected polymorphisms among the 31 ginseng accessions and revealed 49 alleles with a mean of 4.45 alleles per primer. The polymorphism information content (PIC) value ranged from 0.06 to 0.31, with an average of 0.198. The 31 ginseng accessions were classified into five groups by cluster analysis based on Nei's genetic distances. Consequently, the results of ginseng-specific RAPD and EST-SSR markers may prove useful for the evaluation of genetic diversity and discrimination of Korean ginseng cultivars and breeding lines.

선호도 재계산을 위한 연관 사용자 군집 분석과 Representative Attribute -Neighborhood를 이용한 협력적 필터링 시스템의 성능향상 (Performance Improvement of Collaborative Filtering System Using Associative User′s Clustering Analysis for the Recalculation of Preference and Representative Attribute-Neighborhood)

  • 정경용;김진수;김태용;이정현
    • 정보처리학회논문지B
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    • 제10B권3호
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    • pp.287-296
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    • 2003
  • 추천 시스템에 있어서 협력적 필터링 기술은 많은 연구가 되고 있다. 그러나 협력적 필터링 기술을 이용한 추천 시스템은 초기 평가 문제와 희박성 문제가 발생한다. 이를 해결하기 위해서 본 논문에서는 선호도 재 계산을 위한 연관 사용자 군집과 베이지안 추정치를 이용한 사용자 선호도 예측 방법을 제안한다. 제안한 방법에서는 협력적 필터링 시스템에서 아이템의 속성을 고려하지 않는 단점을 보완하기 위해서 선호도에 가장 크게 영향을 미치는 대표 장르를 추출하여 유사한 이웃을 찾아 낼 때 예측에 이용하는 Representative Attribute-Neighborhood 방법을 사용한다. 협력적 필터링의 알고리즘에 군집 아이템 백터 내의 특정 아이템의 선호도를 재계산 하기 위한 연관 사용자 군집 분석을 적용하여 성능 향상을 하였다. 또 초기 평가 문제와 희박성 문제를 해결하기 위하여 Association Rule Hypergraph Partitioning 알고리즘을 사용하여 사용자를 장르별로 군집한다. 새로운 사용자는 Naive Bayes 분류자에 의해 이들 장르 중 하나로 분류된다. 또한, 분류된 장르 내에 속한 사용자들과 새로운 사용자의 유사도를 구하기 위해 Naive Bayes 학습을 통해 사용자가 평가한 아이템에 추정치를 달리 부여한다. 추정치가 부여된 선호도를 피어슨 상관 관계에 적용할 경우 결측치(Missing Value)로 인한 예측의 오류를 적게하여 예측의 정확도를 높일 수 있다. 제안된 방법은 기존의 방법보다 높은 성능을 나타냄을 보인다.