Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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2001.10a
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pp.1-9
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2001
scale genomic and postgenomic data means that many of the challenges in biomedical research are now challenges in computational sciences and information technology. The informatics revolutions both in clinical informatics and bioinformatics will change the current paradigm of biomedical sciences and practice of clinical medicine, including diagnostics, therapeutics, and prognostics. Postgenome informatics, powered by high throughput technologies and genomic-scale databases, is likely to transform our biomedical understanding forever much the same way that biochemistry did a generation ago. In this talk, 1 will describe how these technologies will in pact biomedical research and clinical care, emphasizing recent advances in biochip-based functional genomics. Basic data preprocessing with normalization and filtering, primary pattern analysis, and machine teaming algorithms will be presented. Issues of integrated biochip informatics technologies including multivariate data projection, gene-metabolic pathway mapping, automated biomolecular annotation, text mining of factual and literature databases, and integrated management of biomolecular databases will be discussed. Each step will be given with real examples from ongoing research activities in the context of clinical relevance. Issues of linking molecular genotype and clinical phenotype information will be discussed.
A total of 80 cows, including 40 top mastitis resistant and 40 top mastitis susceptible animals as Group I and Group II, were selected from a population of 520 cows based on clinical mastitis occurrence. PCR-SSCP analysis on four fragments within the 5'region and two fragments of Exons 4,15 of bovine lactoferrin (bLF) revealed that four fragments-P1,P4,E4,E15-had polymorphisms which totally included six base mutations, and only two of them had significant differences in allele frequencies between resistant and susceptible groups, P1 (53.7% vs. 70.0%, p<0.05) and P4 (55.0% vs. 68.8%, p<0.05). Further study on these two promising markers combined with the milk performance traits of cows demonstrated that their selection would result in higher fat percentage (p<0.05), lower Somatic Cell Score (SCS) (p<0.05) and Clinical Mastitis Residuals (CMR) (p<0.01) indicating higher mastitis resistance and lower milk yield (p<0.05). The putative transcription factor binding sites in the 5'region were also studied by using MatInspector 7.2.2 software, and two signal pathways regulating the expression of bLF including the NF-${\kappa}B$ pathway and nuclear hormone receptor pathway were predicted.
Park, Gye-Young;Lee, Seung-Hee;HwangBo, Bin;Yim, Jae-Joon;Lee, Choon-Taek;Kim, Young-Whan;Han, Sung-Koo;Shim, Young-Soo;Yoo, Chul-Gyu
Tuberculosis and Respiratory Diseases
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v.49
no.3
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pp.332-342
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2000
Background : The importance of pro-inflammatory cytokines, especially tumor necrosis factor $\alpha$ (INF-$\alpha$) and interleukin-1$\beta$ (IL-1$\beta$), have been extensively documented in the generation of inflammatory lung disease. Lung epithelial cells are also actively involved in initiating and maintaining inflammation by producing pro-inflammatory mediators. Understanding the mechanism of pro-inflammatory cytokine expression in lung epithelial cells is crucial to the development of new therapeutic modalities for inflammatory lung disease. Transcription of most pro-inflammatory cytokines is dependent on the activation of NF-${\kappa}B$. However, the relationship between pro-inflammatory cytokine expression and NF-${\kappa}B/I{\kappa}B$ pathway in lung epithelial cells is not clear. Methods : BEAS-2B, A549, Na-H157, NCI-H719 cells were stimulated with IL-$1{\beta}$ or TNF-$\alpha$ at various times, and then IL-8 and TNF-$\alpha$mRNA expressions were assayed by Northern blot analysis. IL-$1{\beta}$ or TNF-$\alpha$-induced NF-${\kappa}B$ activation was assessed by the nuclear translocation of p65 NF-${\kappa}B$ subunit. The degradation of $I{\kappa}B{\alpha}$ and $I{\kappa}B{\beta}$ by IL-$1{\beta}$ or TNF-$\alpha$stimulation was assayed by Western blot analysis. The phosphorylation of $I{\kappa}B{\alpha}$ was evaluated by Western blot analysis after pre-treating cells with proteasome inhibitor followed by IL-$1{\beta}$ or TNF-$\alpha$ stimulation. The basal level of IKK $\alpha$ expression was evaluated by Western blot analysis. Results: $I{\kappa}B{\alpha}$ and $I{\kappa}B{\alpha}$ was rapidly degraded after 5 minutes of incubation with IL-$1{\beta}$ or TNF-$\alpha$ in BEAS-2B, A549, and NCI-H157 cells. The activation of NF-${\kappa}B{\alpha}$ and the induction of IL-8 and TNF-$\alpha$ mRNA expression were observed by IL-$1{\beta}$ or TNF-$\alpha$ stimulation in these cells. In contrast, neither the changes in NF-${\kappa}B/I{\kappa}B$ pathway nor IL-8 and TNF-$\alpha$mRNA expression was induced by IL-$1{\beta}$ or TNF-$\alpha$ stimulation in NCI-H719 cells. IL-$1{\beta}$ and TNF-$\alpha$-induced $I{\kappa}B$ phosphorylation was observed in BEAS-2B, A549, and NCI-H157 cells, but not in NCI-H719 cells. The basal level of IKK$\alpha$ expression was not different between cell. Conclusion : NF-${\kappa}B/I{\kappa}B$ pathway plays an important role in the expression of pro-inflammatory cytokine in most lung epithelial cells. The absence of the effect on NF-${\kappa}B/I{\kappa}B$ pathway in NCI-H719 cells sæms to be due to the defect in the intracellular signal transduction pathway upstream to IKK.
Choi, Hyun Oh;Kim, Seung Gu;Park, Sang Hee;Lee, Jae Ki;Koo, Bon Kyung;Park, Chang Ho
Korean Journal of Clinical Laboratory Science
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v.45
no.3
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pp.87-90
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2013
The activated partial thromboplastin time (APTT) is used primarily to evaluate coagulation abnormalities in the intrinsic pathway. The proper specimen is very important factor for precise results of blood coagulation analysis. The objective of this study was to get to the conclusion of whether to analyze again and to collect blood sample over again when APTT result shows below the reference value. We evaluated 126 samples showing a value below 20.0 sec at ATPT result, which consist of 48 males and 78 females candidates during night duty from March 2012 to December 2012. Average comparisons of APTT result between first and retested analysis among study subjects were significantly different in male samples. APTT results comparison of recollected subjects among clotted samples were also significantly different with both sexes (p<0.000). We suggest that we should carefully check the samples to get accurate results and collect samples again in case of only obtaining improper samples; even though the APTT result show below reference value.
Background: To evaluate the effects of bufalin in A549 human lung adenocarcinoma epithelial cells in vitro and assess the underlying mechanisms. Materials and Methods: Human A549 non-small cell lung cancer (NSCLC) cells were treated with various concentrations of bufalin. Cell proliferation was measured by CCK-8 assay, apoptotic cell percentage was calculated by flow cytometry and morphological change was observed by inverted phase contrast microscopy/transmission electron microscopy. In addition, the membrane potential of mitochondria was detected by JC-1 fluorescence microscopy assay, and the related protein expression of cytochrome C and caspase-3 was analyzed by Western blotting. Results: Bufalin could inhibit the proliferation of A549 cells via induction of apoptosis, with the evidence of characteristic morphological changes in the nucleus and mitochondria. Furthermore, bufalin decreased the mitochondrial membrane potential with up-regulation of cytochrome C in the cytosol, and activation of caspase-3. Conclusions: Bufalin inhibits the proliferation of A549 cells and triggers mitochondria-dependent apoptosis, pointing to therapeutic application for NSCLC.
Lee, Jung Goo;Seo, Mi Kyong;Park, Sung Woo;Kim, Young Hoon
Korean Journal of Biological Psychiatry
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v.23
no.1
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pp.18-23
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2016
Depression is a complicated psychiatric illness with severe consequences. Despite recent advanced achievements of molecular neurobiology, pathophysiology of depression has not been well elucidated. Among new findings of pathophysiology of depression, the possible fast antidepressant effect by N-methyl-D-asparate receptor antagonist, such as ketamine, is regarded as a promising treatment target of depression. Ketamine stimulates the mammalian target of rapamycin (mTOR) signaling pathway and activation of mTOR signaling pathway may be a key mechanism of the antidepressant effect of ketamine. Thus, this review describes the role of mTOR signaling in the pathophysiology of depression and developing a new treatment target of depression.
Although there are many potential cytotoxic molecules released from bacteria, the role of these molecules on the apoptosis of various cancer cells is not well understood. Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) is a Gram-negative, aerobic and rod-shaped bacterium, and has a number of virulence factors. To understand the cytotoxic effect of bacterial extracts on the colorectal cancer cell line, HCT 116 cells, we examined alteration of the cell viability, proliferation, cell cycle and apoptosis of HCT 116 cells after treatment with extract of P. aeruginosa (PaE). These cytotoxicity of PaE occurred in a time- and a dose-dependent manners. In addition, PaE arrested the cell cycle of HCT 116 cell in a time-dependent manner. PaE inhibited the protein levels of Bcl-2 and induced the release of cytochrome c from mitochondria of HCT 116 cells. The decrease of procaspase-3 was induced by the treatment of PaE. These results indicate that PaE has a cytotoxicity in HCT 116 cells via the induction of apoptosis associated with mitochondrial pathway. Therefore, PaE may used as the potential target for the treatment of colorectal cancer.
Tran, Na Ly;Lee, In Kyu;Choi, Jungkyun;Kim, Sang-Heon;Oh, Seung Ja
BMB Reports
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v.54
no.8
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pp.431-436
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2021
In recent years, restoring anti-tumor immunity has garnered a growing interest in cancer treatment. As potential therapeutics, immune checkpoint inhibitors have demonstrated benefits in many clinical studies. Although various methods have been applied to suppress immune checkpoints to boost anti-tumor immunity, including the use of immune checkpoint inhibitors, there are still unmet clinical needs to improve the response rate of cancer treatment. Here, we show that acetate can suppress the expression of poliovirus receptor (PVR/CD155), a ligand for immune checkpoint, in colon cancer cells. We demonstrated that acetate treatment could enhance effector responses of CD8+ T cells by decreasing the expression of PVR/CD155 in cancer cells. We also found that acetate could reduce the expression of PVR/CD155 by deactivating the PI3K/AKT pathway. These results demonstrate that acetate-mediated expression of PVR/CD155 in cancer cells might potentiate the anti-tumor immunity in the microenvironment of cancer. Our findings indicate that maintaining particular acetate concentrations could be a complementary strategy in current cancer treatment.
Objective : This paper provides a narrative review of the research literature on the neurophysiological and neurochemical mechanisms of local vibration while studying the treatment principles and mechanisms of Whidam's vibrator Sugi therapy. Methods : Searches related to vibration therapy research were conducted in PUBMED using "Vibration", "Whole Body Vibration", "Localized Vibration", and "Focal Vibration". The Conditions were limited to review and systematic review. Results : Roberto Casale's paper was selected as an inquiry task and reviewed critically and narratively by referring to other papers. The stimulation process of local vibration (LV) was broadly classified into receptor transmission (pain reception phase), ascending sensory pathway to the spinal cord (segmental phase), and action of the cortex and subcortical structures (systemic control phase) according to the pain pathway. In addition, the role of C-tactile mechanoreceptors, changes in neurotransmitters and neurohormones, LV stimulation below perception threshold (lower threshold), pain control and kinesiologic illusions were specially addressed. In addition, the expression and function of Piezo Channels were added to supplement the human pain and tactile sensing mechanism. Conclusions : LV exerts pain control mechanisms through different interactions that can interfere with pain transmission and pain perception. Since LV provides sufficient neurophysiological reasons for clinical application, it is necessary to expand the use of Whidam's vibrator Sugi therapy to a wider range of clinical applications.
In humic substances, fulvic acid (FA) is a subclass of diverse compounds known as humic substances, which are by-products of organic degradation from microorganisms. FA can suppress the proliferation of tumor cells. Despite numerous studies, the exact mechanism for the various effects of FA is not clearly understood. Based on results demonstrating anti-proliferation effects on human cancer, we investigated whether FA has similar effects on lung cancer in this study. Firstly, the anti-cancer effect of FA in pulmonary epithelial tumor cell lines (TC-1 cells) was examined by confirming its inhibitory effect on the cell proliferation of TC-1 cells. TC-1 cell proliferation was reduced by FA on a dose-dependent and time-dependent manner. After 24 hours of FA treatment, cell morphological changes such as cell volume decrease, non-adherence and increased number of apoptotic cells were clearly observed. In addition, FA induced a DNA ladder pattern by increased of DNA fragments in TC-1 cells. In the intracellular regulatory pathway by FA, we confirmed that FA induced the reduction of the anti-apoptotic protein, Bcl-2 protein levels. These results indicate that FA has anticancer effect by inducing intracellular apoptotic pathway. Further research on the mechanism of anticancer effects will be basic data for the development of potential anticancer drugs.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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