• 제목/요약/키워드: cell chip

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Hpall-Mspl Methylation Microarray를 이용한 비소세포폐암의 DNA Methylation Marker 발굴 (Identification of DNA Methylation Markers for NSCLC Using Hpall-Mspl Methylation Microarray)

  • 권미혜;이고은;권선중;최유진;나문준;조현민;김영진;설혜정;조영준;손지웅
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제65권6호
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    • pp.495-503
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    • 2008
  • 연구배경: 유전자의 후생적인 변화(epigenetic alteration)는 악성종양의 병인론에 있어서 유전자 변이와 동등한 위치를 점하고 있다. 특히 종양억제 유전자의 전사 촉진(promoter) 부위에 발생하는 비정상적인 메칠화(methylation)는 유전자의 발현을 침묵화(silencing)하고, 결과적으로 유전자의 기능 소실을 일으키게 된다. 저자들은 CpG island와 HpaII site를 가지고 있으며 암화 과정에 관여할 것으로 생각되는 유전자에 대하여 HpaII-MspI methylation microarray를 이용하여 새로운 종양억제 유전자를 발굴하고자 하였다. 방 법: 2005년 건양대학교 병원에서 수술한 비 소세포성 폐암 환자 10명에서 폐암조직과 상응하는 암 주변의 정상조직을 얻었으며, HpaII-MspI methylation microarray (Methyl-Scan DNA chip$^{(R)}$, Genomic tree, Inc, South Korea)를 이용하여 21개의 유전자에 대하여 DNA methylation profile을 분석하였다. 각각의 유전자에서 메칠화된 정도를 두 그룹에서 비교하였고, 정상 대조군으로 두 명의 젊고 건강한 기흉 환자에서 수술한 폐 조직에 대하여 methylation profile을 분석하였다. 결 과: 21개의 대상 유전자 중 10개의 유전자에서 폐암조직, 폐암 주변 정상 조직, 대조군에서 모두 공통적으로 과메칠화 되었고, 나머지 11개의 유전자 중 APC, AR, RAR-b, HTR1B, EPHA3, CFTR의 6개의 유전자에서 대조군에서 메칠화가 없으며, 폐암조직에서 폐암 주변 정상 조직에 비하여 더 빈번하게 과메칠화 되었다. 결 론: HTR1B, EPHA3, CFTR은 비소세포 폐암에서 후생적 변화로 발생하는 새로운 종양억제 유전자의 후보 유전자로서의 가능성이 있을 것으로 생각한다.

Distribution of Oncogenic Human Papillomavirus Genotypes at High Grade Cervical Lesions above CIN 2 Grade with Histological Diagnosis

  • Kim, Geehyuk;Park, Sungyoung;Wang, Hye-young;Kim, Sunghyun;Park, Sangjung;Yu, Kwangmin;Lee, Boohyung;Ahn, Seung-Ju;Kim, Eun-Joong;Lee, Dongsup
    • 대한의생명과학회지
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    • 제22권2호
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    • pp.37-45
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    • 2016
  • High risk human papillomavirus (HR-HPV) is major risk factor for uterine cervical cancer. There are approximately 15 types of HR-HPV. Liquid based cytology samples (116 samples) with high grade cervical lesions belonging to cervical intraepithelial neoplasia (CIN) 2, CIN 3, carcinoma in situ (CIS) and squamous cell carcinoma (SCC) were used after histologic confirmation. HR-HPV genotype assay was conducted using DNA chips. The HR-HPV infection rate was 81.9% with SCC samples showing the highest HR-HPV infection rate of 31%. CIN 3, CIS and CIN 2 showed infection rates of 25%, 16.4% and 9.5%, respectively. According to age with HR HPV infection rate, the 30~39 years-old group showed the highest infection rate by 92.3%. According to distribution with HR HPV genotyping, HPV 16 showed the highest infection rate by 42.3% whereas HPV 33 and HPV 58 showed infection rates of 11.7% and 10.8%, respectively. HPV 18 which is the second most common infected HPV genotype in the world showed 3.6%. Of the three most common oncogenic HR-HPV genotypes in CIN 2, we detected HPV 16, 35, 58; CIN 3 was HPV 16, 33, 58; CIS was HPV 16, 58, 33 (35/52); and SCC was HPV 16, 33, and 18 (31/52/58). Among the HPV 18, CIN 2, CIN 3, CIS and SCC showed 0.9%, 0.9%, 0% and 1.8%, respectively. The most often used preventive vaccines for cervical cancers use HPV 16 and HPV 18 as targets. However, results derived from this study suggest that a preventive vaccine against HPV 16 and HPV 18 would not be optimal for populations in this study.

Assessment of Relationship between Fyn-related Kinase Gene Polymorphisms and Overweight/Obesity in Korean Population

  • Jung, Mi-Young;Kim, Bum-Shik;Kim, Youn-Jung;Koh, In-Song;Chung, Joo-Ho
    • The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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    • 제12권2호
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    • pp.83-87
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    • 2008
  • The fyn-related kinase (FRK) belongs to the tyrosine kinase family of protein kinases. Recent studies have shown that Frk affects pancreatic beta cell number during embryogenesis and promotes beta cell cytotoxic signals in response to streptozotocin. To investigate the genetic association between FRK polymorphisms and the risk of obesity in Korean population, single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the FRK gene region were selected and analyzed. The body mass index (BMI) was calculated, and biochemical data (systolic blood pressure, diastolic blood pressure, hemoglobin A1C, triglyceride, total cholesterol, high density lipoprotein, and low density lipoprotein) of blood sample from each subject were also measured. One hundred fifty five healthy control and 204 overweight/obesity subjects were recruited. Genotype frequencies of six SNPs [rs6568920 (+8391G>A), rs3756772 (+56780A>G), rs3798234 (+75687C>T), rs9384970 (+68506G>A), rs1933739 (+72978G>A), and rs9400883 (+75809A>G)] in the FRK gene were determined by Affymetrix Targeted Genotyping Chip data. According to the classification of Korean Society for the Study of Obesity, control (BMI 18 to < 23) and overweight/obesity (BMI$\geq$23) subjects were recruited. For the analysis of genetic data, EM algorithm, SNPStats, Haploview, HapAnalyzer, SNPAnalyzer, and Helixtree programs were used. Multiple logistic regression analysis (codominant, dominant, and recessive models) was performed. Age and gender as covariates were adjusted. For biochemical data, Student's t test was used. The mean value of BMI in the control and overweigh/obesity groups was 21.1${\pm}$1.2 (mean${\pm}$SD) and 25.6${\pm}$2.0, respectively. All biochemical data of the overweight/obesity group were statistically significance, compared with the control group. Among six SNPs, two linkage disequilibrium (LD) blocks were discovered. One block consisted of rs1933739 and rs9400883, and the other comprised rs3756772 and rs3798234. One SNP (rs9384970, +68506G>A) showed an association with overweight/obesity in the codominant model (p=0.03). Interestingly, the AA genotype distribution in the overweight/obesity group (n=7, 3.5%) was higher than those in the control group (n=1, 0.6%), which is not found in either Japanese or Chinese subjects. Therefore, the AA genotype of rs9384970 may be a risk factor for development of obesity in Korean population. The results suggest that FRK may be associated with overweight/obesity in Korean population.

Fe/Ni 합금전착에 의한 다공성 그물군조 방열재료의 제조 연구 (Fabrication of Porous Reticular Metal by Electrodeposition of Fe/Ni Alloy for Heat Dissipation Materials)

  • 이화영;이관희;정원용
    • 전기화학회지
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    • 제5권3호
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    • pp.125-130
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    • 2002
  • 다공성 그물구조 금속을 반도체 칩 방열재료로써 활용하기 위한 실험을 실시하였다. 이를 위해 다공성 그물구조 구리와 반도체 칩 사이의 열팽창 차이를 최소화하기 위한 시도로써 다공성 구리에 대한 Fe/Ni 합금전착을 수행하였다. Fe/Ni 합금전착 실험으로 표준 Hull Cell을 구성하고 전류밀도 분포에 따른 Fe/Ni 합금층 내의 조성변화를 관찰하였으며, 실험결과 합금전착시 이상공석현상으로 인하여 전해액의 교반정도에 따라 합금층 조성이 크게 영향을 받는 것으로 나타났다. 본 실험에서는 paddle type 교반기를 사용하여 전해질의 확산을 제어하는 방법으로 원하는 조성의 Fe/Ni 합금층을 얻을 수 있었으며, 얻어진 Fe/Ni 후막을 대상으로 TMA 열분석을 실시한 결과 구리에 비해 훨씬 낮은 열팽창율을 보이는 것으로 나타났다. 또한, 본 실험에서 Fe/Ni 합금전착을 통하여 제작한 다공성 그물구조 금속을 대상으로 방열성능을 측정한 결과 구리 평판 대비 최대 2배 이상의 방열성능을 보여 반도체 칩 방열재료로의 활용 가능성을 높여 주었다.

Microelectromechnical system 소자를 위한 박막형 2차 전지용 TEX>$SnO_2$ 음극 박막의 충, 방전 특성 평가

  • 윤영수;전은정;신영화;남상철;조원일
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 1999년도 제17회 학술발표회 논문개요집
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    • pp.50-50
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    • 1999
  • 마이크로 공정을 이용한 초소형 정밀 기계는 공정 기술과 재료 기술의 발전에 의하여 더욱 소형화되고 있으며 특히 기능을 갖는 부분과 이 부분을 제어하는 주변회로의 on-chip화의 요구가 증가되기 시작하였다. 이와 같은 추세에 있어서의 문제점은 초소형 정밀기계 부품 소자의 구동을 위한 에너지원의 개발이다. 즉, 소자의 크기가 작아진 것에 부합되는 초소형의 전지가 필요하게 된 것이다. 따라서 보다 완전한 초소형 정밀 기계 및 마이크로 소자의 구현을 위하여 마이크로 소자와 혼성 (Hybrid) 되어 이용될 수 있는 고성능 및 초소형의 전지의 개발이 필수적이다. 초소형 전지의 구현을 위하여 Li계의 2차 전지를 선택하여 이를 박막화하고 반도체 공정을 도입할 수 있다. 이러한 전지를 박막형 2차 전지 또는 박막형 마이크로 전지(thin film Secondary Battery : TFSB or Thin Film Micro-Battery : TFMB)라 하며 이러한 2차 전지는 일반적인 벌크 전지와 동일하게 cathode/Electolyte/Anode의 구조를 갖는다. 박막의 특성상 전해질은 고상의 물질을 사용하는 것이 벌크형 2차 전지와 다른 점이다. TFSB의 성능은 주로 cathode에 의하여 결정되며 지금까지 많은 cathode 물질에 대한 연구 보고가 발표되고 있다. 반도체 공정을 이용한 TFMB의 제작시 무엇보다 중요한 점은 우수한 고상 전해질 및 anode 물질의 선택에 있다. 최근에 2차 전지를 위한 carbon계 anode를 대체할 수 있는 SnO에 대한 보고가 있는데 이는 한 개의 Sn 원자당 2개 이사의 Li가 반응하여 높은 용량을 갖는 전지의 제작이 가능하기 때문이다. Sno2의 anode는 매우 높은 충전용량을 갖는데 첫 번째 방전시에 Li2O를 생성하여 비가역적 반응을 나타내고 계속되는 충방전 동안 Li-Sn 합금이 생성되어 2차전지의 가역적 반응을 가능하게 한다. SnO2 는 대기중에서 Li 금속보다 안정하기 때문에 전지의 제작 공정 및 사용 면에서 매우 우수한 물질이지만 아직까지 SnO2 구조적 특성과 전지의 충, 방전 특성에 대한 관계의 규명을 위한 정확한 정설은 제시되고 있지 못하다. 본 연구에서는 TFSB anode 물질로써 SnOx박막을 상온에서 여러 전도성 콜렉터 위에 증착하여 그 충, 방전 특성을 보고하였다. 증착된 SnOx박막의 표면은 SEM, AFM으로 분석하였으며 구조의 분석은 XR와 Auger electron spectroscope로 하였다. 충, 방전 특성을 분석하기 위하여 리늄 foil을 대극과 참조 전극으로 하여 EC:DMC=1:1, 1M LiPF6 액체 전해질을 사용한 Half-Cell를 구성하여 100회 이상의 정전류 충, 방전 시험을 행하였다. Half-Cell test 결과 박막의 구조, 콜렉터의 종류 및 Sn/O비에 따라 서로 다른 충, 방전 거동을 나타내었다.

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LPS로 유발된 대식세포의 염증반응에 대한 청상보하탕(淸上補下湯)의 효과 (Effect of Chungsangboha-tang on LPS induced Anti-inflammatory in THP-1 cells)

  • 이경희;김홍렬;정희재;이형구
    • 대한한방내과학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.12-24
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    • 2008
  • Background and Objective : Chungsangboha-tang (CSBHT) has analgesic, sedative, anti-convulsive and anti-histamine effects, so it alleviates the symptoms of asthma. For the comparison of anti-inflammatory effect(s) on CSBHT, PD098059 was used as a negative control. Materials and Methods : This study emphasized THP-1 cells, which had been well characterized as a human monocytic leukemic cell line. The cells resemble monocytes with respect to several criteria and can be differentiated into macrophage-like cells by treatment with PMA. By using the MTS assay, it was possible to prove the safety of CSBHT. Results : Results shows that the CSBHT did not affected cell survival within $10^{1}$ ng/ml to $10^{5}$ ng/ml. Especially, $10^{5}$ ng/ml CSBHT treated cells show 70% deduction of $TNF-{\alpha}$ gene expression against that of LPS treated group. Furthermore, $IL-1{\beta}$, IL-6, IL-8, IL-10 and $TNF-{\alpha}$ levels are down-regulated when treated with CSBHT with concentrations up to 100 ug/ml on monocyte-derived macrophages. Interestingly, CSBHT-treated samples showed that overall transcriptional activities were down-regulated to 20% of that of PD098059 ($TNF-{\alpha}$ inhibitor). At protein level, the expression of $TNF-{\alpha}$ showed similar results as that of transcriptional activity. Results show that the protein level decreased more in the CSBHT-treated group (487 ${\pm}$ 87 pg/ml) than in the LPS-treated group (703 ${\pm}$ 103 pg/ml). In addition, the protein level of IL-8 in the CSBHT treated-group (9.84 ${\pm}$ 3.28 ng/ml) decreased similar as the expression of the control and PD098059-treated groups. Conclusion : CSBHT affects immune response, especially allergic responses and suppression of inflammatory reaction. The results provide us an alternative way to care for clinical inflammatory diseases, not only asthma but also the other possible general inflammatory and allergic diseases.

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Ralstonia eutropha의 유가식 발효에 의한 Poly(3-hydroxybutyrate) 생산의 경제성 분석 (Economic Consideration of Poly(3-hydroxybutyrate) Production by Fed-batch Culture of Ralstonia eutropha KHB 8862)

  • 김갑진;양영기;이영하
    • 미생물학회지
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    • 제37권1호
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    • pp.92-99
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    • 2001
  • Pi1ot plant (200 l)에서의 유가식 배양에 의한 Ralstonia eutopha KHB 8862의 고농도 배 양을 통하여 Poly(3-hydroxybutyrate) (PHB)의 대량생산을 모색하였다. 그 결과 배양 80시간 후 168 g/l의 건체량과 건체량의 74%에 달하는 PHB를 생산할 수 있었으며, 이때의 고과당 시럽으로부터의 PHB 전환수율 및 PHB 생산성은 각각 0.27 (w/w) 및 1.6 $gl^{-1}$ $h^{-1}$ /이었다. 이를 토대로 본 연구에서는 미생물 발효에 의한 PHB 생산 cost 및 그 경제성을 분석하였다. 신규설비투자를 고려하지 않은 경우의 PHB의 생산 cost는 US$2.41/kg으로 산출된 반면에 신규 설비투자를 고려한 경우에는 US$3.15/kg으로 상승되었다. 탄소원의 PHB로의 전환수율과 발효 생산성 모두 PHB 생산비를 결정하는 중요요인이지만 전체 생산비의 37%를 차지하는 탄소원 원료비의 비중이 설비투자의 감가상각비 비중 (17%)에 비해 높기 때문에 생산성을 높이는 노력보다는 전환수율을 개선하는 것이 PHB 생산비용 절감의 핵심이 되는 것으로 나타났다. PHB chip으로의 제조시 PHB 생산 cost는 US$4.0/kg의 수준으로 현재로서는 범용 합성플라스틱에 비하여 경쟁력을 확보하지 못한다. 따라서 생산비 절감을 통한 범용수지로써 경쟁력 제고와 함께 바이오의약 분야 등의 고부가가치 영역에서의 새로운 용도 개발 등이 적극 요구된다.

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Retinoic Acid가 돼지 지방전구세포의 분화와 유전자 발현에 미치는 영향 (Effects of Retinoic Acid on Differentiation and Gene Expression of Pig Preadipocytes)

  • 임희경;최강덕;;최영숙;정정수
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제50권4호
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    • pp.475-484
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    • 2008
  • 본 연구는 retinoic acid(RA)가 돼지지방전구세포의 분화와 유전자 발현에 미치는 영향을 구명하기 위해서 수행하였다. 지방전구세포는 갓난 돼지의 등지방에서 분리했으며 RA는 배양중인 세포에 4일 동안 처리하였다. 배양중인 세포에서 RNA를 추출한 후 14,688개의 유전자가 부착되어 있는 cDNA microarray와 혼성화 하여 유전자 발현 양상을 분석하였다. 지방전구세포의 분화는 GPDH의 활성도에 의해 측정했다. RA는 돼지지방전구세포의 분화를 78% 억제했다. Retinoic acid 처리에 의해 지질 대사에 관계된 유전자를 포함하여 특히 sphin- gomyelin phosphodiesterase, apolipoprotein R precursor, growth factor receptor-bound protein 14, retinoic receptor RXR gamma의 발현이 증가 되었다. 그리고 세포 성장에 중요 역할을 하는 vascular endothelial growth factor D precursor, growth hormone receptor precursor의 유전자의 발현이 감소되었다. 이러한 결과는, RA가 성장촉진인자 또는 성장호르몬 수용체의 조절을 통해서 돼지 지방전구세포의 분화를 억제함을 나타낸다.

모터구동 회로 응용을 위한 대전력 전류 센싱 트렌치 게이트 MOSFET (Current Sensing Trench Gate Power MOSFET for Motor Driver Applications)

  • 김상기;박훈수;원종일;구진근;노태문;양일석;박종문
    • 전기전자학회논문지
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    • 제20권3호
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    • pp.220-225
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    • 2016
  • 본 논문은 전류 센싱 FET가 내장되어 있고 온-저항이 낮으며 고전류 구동이 가능한 트렌치 게이트 고 전력 MOSFET를 제안하고 전기적 특성을 분석하였다. 트렌치 게이트 전력 소자는 트렌치 폭 $0.6{\mu}m$, 셀 피치 $3.0{\mu}m$로 제작하였으며 내장된 전류 센싱 FET는 주 전력 MOSFET와 같은 구조이다. 트렌치 게이트 MOSFET의 집적도와 신뢰성을 향상시키기 위하여 자체 정렬 트렌치 식각 기술과 수소 어닐링 기술을 적용하였다. 또한, 문턱전압을 낮게 유지하고 게이트 산화막의 신뢰성을 증가시키기 위하여 열 산화막과 CVD 산화막을 결합한 적층 게이트 산화막 구조를 적용하였다. 실험결과 고밀도 트렌치 게이트 소자의 온-저항은 $24m{\Omega}$, 항복 전압은 100 V로 측정되었다. 측정한 전류 센싱 비율은 약 70 정도이며 게이트 전압변화에 대한 전류 센싱 변화율은 약 5.6 % 이하로 나타났다.

The association of PBX1 polymorphisms with overweight/obesity and metabolic alterations in the Korean population

  • Ban, Ju-Yeon;Kang, Soon-Ah;Jung, Kyung-Hee;Kim, Hak-Jae;Uhm, Yoon-Kyung;Kim, Su-Kang;Yim, Sung-Vin;Choe, Bong-Keun;Hong, Seung-Jae;Seong, Yeon-Hee;Koh, In-Song;Chung, Joo-Ho
    • Nutrition Research and Practice
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    • 제2권4호
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    • pp.289-294
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    • 2008
  • Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 (PBX1), which is located on chromosome 1q23, was recently reported to be associated with type 2 diabetes mellitus. We examined whether single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the PBX1 gene are associated with overweight/obesity in a Korean population. We genotyped 66 SNPs in the PBX1 gene and investigated their association with clinical phenotypes found in 214 overweight/obese subjects and 160 control subjects using the Affymetrix Targeted Genotyping chip array. Seven SNPs (g.+75l86C>T, g.+78350C>A, g.+80646C>T, g.+138004C>T, g.+185219G>A, g.+191272A>C, and g.+265317T>A) were associated with the risk of obesity in three models (codominant, dominant, and recessive) (P=0.007-0.05). Haplotype 1 (CAC) and 3 (TAC) of block 3 and haplotype 2 (GGAAT) of block 10 were also strongly associated with the risk of obesity. In the control group, subjects that had homozygote for the major allele for both g.+185219G>A and g.+191272A>C showed lower high density lipoprotein-cholesterol (HDL-C) level compared to those possessing the minor allele, suggesting that the association between the homozygote for the major allele for both g.+185219G>A and g.+191272A>C and HDL-C is attributable to the increased risk of obesity. This study suggests that the PBX1 gene is a possible risk factor in overweight/obese patients.