• 한국환경보건학회지
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• 제47권5호
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• pp.479-485
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• 2021

Background: Vibrio vulnificus has been frequently detected in seawater, fish, and shellfish mainly in the coastal areas of Chungcheongnam-do Province. Objectives: This study was conducted to investigate the analyzed biochemical properties, genetic characteristics, and distribution of Vibrio vulnificus isolated from environmental sources in coastal areas of Chungcheongnam-do Province from 2019 to 2020. Methods: A total of 1,510 samples were obtained from six different sites in Chungcheongnam-do Province. Isolated strains from the samples were identified by a VITEK 2 system and MALDI-TOF. Antibiotic susceptibility testing for 85 isolates was done by microdilution minimum inhibitory concentration methods, and 11 isolates were analyzed for 16s rRNA sequences in multiple alignments. Results: Among the 1,510 samples taken during the investigation period, 306 strains were isolated and the detection rate of V. vulnificus was 20.3%. One hundred eighty-eight strains (24.6%) from seawater and 118 strains (15.8%) from mud flats were isolated. It was mainly detected in July (17.3%), August (36.5%), and September (28.8%), and the proportion was 82.0%. Based on the CLSI-recommended breakpoints, V. vulnificus isolates were all susceptible to amoxicillin/clavulanic acid, amikacin, gentamicin, ciprofloxacin and trimethoprim/sulfamethoxazole. However, nonsusceptible isolates to ampicillin, ampicillin/sulbactam, cefazolin, cefoxitin, imipenem, tetracycline and chloramphenicol were identified. In the analysis of the nucleotide sequences for 16s rRNA of V. vulnificus isolates, it was confirmed that mutations frequently occurred between nucleotide number 922 and 952, and 98.2% to 100% nucleotide identities between isolates was verified. Conclusions: The results of this study can be used as a basic data for infection control and prevention of Vibrio vulnificus infection by describing the distribution and characteristics of Vibrio vulnificus strains isolated in coastal areas of Chungcheongnam-do Province.

• 환경영향평가
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• 제30권6호
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• pp.380-392
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• 2021

어린 학생들에 대한 HQ (Hazard Quotient) 기반으로 학교교실 실내 공기질 지수 (IAQI-S)를 개발하였다. IAQI-S는 PM₁₀, PM_2.5, CO₂를 포함하며, IAQI-S의 기준농도는 지정된 HQ값을 통해 산출하였다. 본 연구에서 개발한 IAQI-S를 이용하여 2017년 11월부터 2020년 12월까지 실시간으로 측정한 전국 46개 학교 123개 학급을 평가해보았다. 종합지수 평가 결과, PM₁₀의 93.1%, PM_2.5의 94%가 '좋음'과 '보통' 등급에 포함되었다. 8시간 예측 이동 평균을 기반으로 한 IAQI-S는 CAI(Comprehensive Air-quality Index) 및 외국에서 발표되었던 IAQI와 비교하였다. IAQI-S는 CO₂를 포함하며 대기질지수 (CAI)에 비해 더 엄격한 수준으로 구성되어 있음을 알 수 있었다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제54권4호
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• pp.239-248
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• 2022

임상미생물학 분야에서 세균의 분류는 끊임없이 변화하는 상태에 있다. 무산소성 세균의 대규모 분류와 명명법은 지난 수십년 동안 발생되었는데, 주로 16S rRNA 염기서열 분석 및 전체 게놈 염기서열(WGS) 분석과 같은 분자 기술의 발전 때문이다. 새로운 균속과 균종이 추가되었고, 기존 균종과 균속은 재분류되었거나 재명명되었다. 임상미생물검사실의 주요 역할은 임상적으로 중요한 세균의 정확한 동정 및 적절한 감수성 시험, 그리고 신속한 보고 및 임상의와의 의사 소통이다. 무산소성 세균의 분류학적 변화는 진단적으로 적절한 보고 항균제의 선택과 항균제 감수성 해석 기준의 적용에 잠정적으로 영향을 미칠 수 있다. 이는 신흥 병원성 무산소성 세균의 항균제 내성 및 잘못된 동정은 환자 치료에 있어서 부적절한 경험적 치료를 유발할 수 있기 때문이다. 따라서, 임상미생물검사실은 주기적으로 무산소성 세균의 분류학적 변경 사항을 업데이트하고, 임상의에게 이러한 변경 사항을 적절하게 알려야 한다. 이 논문에서는 임상적으로 중요한 무산소성 세균의 분류에 관한 업데이트을 제시하였고, 이전의 균명 또는 동의어을 함께 기술하였다. 무산소성 세균의 분류 업데이트는 무산소성 세균 감염에 대한 항균제 요법을 안내하고, 치료 실패를 예방하는데 임상미생물검사실과 임상의 모두에게 도움이 될 수 있다.

• Genomics & Informatics
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• 제20권4호
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• pp.44.1-44.13
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• 2022

Brugada syndrome (BS) is an autosomal dominant inheritance cardiac arrhythmia disorder associated with sudden death in young adults. Thailand has the highest prevalence of BS worldwide, and over 60% of patients with BS still have unclear disease etiology. Here, we performed a new viral metagenome analysis pipeline called VIRIN and validated it with whole genome sequencing (WGS) data of HeLa cell lines and hepatocellular carcinoma. Then the VIRIN pipeline was applied to identify viral integration positions from unmapped WGS data of Thai males, including 100 BS patients (case) and 100 controls. Even though the sample preparation had no viral enrichment step, we can identify several virus genes from our analysis pipeline. The predominance of human endogenous retrovirus K (HERV-K) viruses was found in both cases and controls by blastn and blastx analysis. This study is the first report on the full-length HERV-K assembled genomes in the Thai population. Furthermore, the HERV-K integration breakpoint positions were validated and compared between the case and control datasets. Interestingly, Brugada cases contained HERV-K integration breakpoints at promoters five times more often than controls. Overall, the highlight of this study is the BS-specific HERV-K breakpoint positions that were found at the gene coding region "NBPF11" (n = 9), "NBPF12" (n = 8) and long non-coding RNA (lncRNA) "PCAT14" (n = 4) region. The genes and the lncRNA have been reported to be associated with congenital heart and arterial diseases. These findings provide another aspect of the BS etiology associated with viral genome integrations within the human genome.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권1호
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• pp.40-47
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• 2005

목 적 : 인체의 세균성 호흡기감염 및 중추신경계 감염에 제일 중요하고 흔한 병원균인 폐구균은 전 세계적으로 다양한 항생제에 대한 내성이 발생되기 시작하여 점차 증가하며 최근에는 고도 내성균에 의한 중증 감염이 임상적으로 심각한 문제로 대두되고 있다. 특히 5세 이하의 어린 소아 연령에서 더욱 빈번하게 호흡기감염과 중추신경계 감염을 일으키는 특성이 있어 폐구균에 대한 항균력 평가에 대한 연구는 매우 중요하다. 이런 배경에 따라 국내 급성 중이염, 급성 부비동염 및 폐렴 환아에서 분리된 폐구균에 대하여 페니실린 내성을 파악하고 우리나라에서 이들 질환에 흔히 사용되고 있는 경구용 항생제인 amoxicillin, amoxicillin-clavulanate, cefaclor에 대한 항균력 평가를 실시하였다. 방 법 : 2000년 5월부터 2003년 6월 사이에 가톨릭의대 성모자애병원, 여의도 성모병원, 성빈센트병원, 성바오로병원, 대전성모병원, 고려의대 안산병원, 부산의대병원, 마산파티마병원, 인하의대병원에 외래 방문 또는 입원한 급성 중이염, 급성 부비동염 및 폐렴을 지닌 환아에서 분리 동정된 156개의 폐구균을 대상으로 하였다. 2003년 NCCLS의 기준에 의한 한천배지 희석법으로 페니실린에 대한 MIC를 일차적으로 확인하여 폐구균에 대한 페니실린 내성을 파악하였고, 급성 중이염, 급성 부비동염 및 폐렴에서의 내성률 차이를 확인하였으며, amoxicillin, amoxicillin-clavulanate, cefaclor에 대한 내성 정도를 파악하고 $MIC_{50}$ 및 $MIC_{90}$을 확인하여 감수성 차이를 비교하고 분석하였다. 결 과 : 급성 중이염, 급성 부비동염 및 폐렴 환아로부터 분리된 156 폐구균 검체에서 페니실린에 78.2%(중등도 내성률; 46.2%, 고도 내성률; 32.0%)의 높은 내성률이 확인되었고, 질환별로는 급성 부비동염의 페니실린 내성률이 71.4%, 급성 폐렴의 경우는 73.4%이었으나 급성 중이염의 경우는 92.7%로 두 질환에 비해 현저히 높은 차이점이 있음을 알 수 있었다. 한편 2003년 NCCLS 판정 MIC 기준에 따른 amoxicillin의 내성률은 16.7%(중등도 내성; 15.4%, 고도 내성; 1.3%)로 나타나 페니실린의 내성 결과와 뚜렷한 차이를 보였다. 그리고 amoxicillin-clavulanate의 경우는 내성률이 9.6%(중등도 내성 9.6%, 고도 내성; 0%)로 역시 penicillin 내성 결과와 현저히 다른 결과를 알 수 있었으며, amoxicillin보다도 내성률이 낮았고 고도 내성이 없는 결과를 보였다. 그러나 cefaclor의 내성 결과는 95.5%(중등도 내성 1.9%, 고도 내성; 93.6%)의 결과를 보여 매우 심각한 내성이 있음을 확인하였다. 결 론 : 본 연구 결과로 소아 급성 호흡기감염 환아로부터 분리된 폐구균에 대한 페니실린 내성이 매우 높음을 확인하였으며, 특히 급성 중이염 환아에서 분리된 폐구균에 대한 페니실린 내성이 가장 높아 급성 중이염 환아에게 항생제의 사용이 많았음을 추정할 수 있었다. 그러나 amoxicillin과 amoxicillin-clavulanate에 대한 항균력을 평가한 결과 amoxillin과 amoxicillin-clavulanate의 폐구균에 대한 내성은 페니실린보다 현저히 낮았고, 특히 amoxillin의 고도 내성률은 1.3%이었고, amoxicillin-clavulanate에서는 고도 내성을 보인 폐구균이 없는 결과를 보여 국내에서는 이들 항균제의 표준 용량으로 폐구균에 의한 소아 급성 호흡기감염 치료가 일차적으로 이루어 질 수 있음을 확인하였다. 반면 국내에서 경구 cephalosporin제 중 제일 사용이 많은 cefaclor의 경우는 95.5%의 내성을 보여 일차 약제로서의 역할이 없음을 알 수 있었다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제46권12호
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• pp.1186-1193
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• 2003

목 적 : 염색체 취약부위는 세포를 특정의 화학물질에 노출시키거나 특수한 배양조건에서 배양 할 때 쉽게 파열되는 염색체상의 특정구역이다. 취약부위는 유전성질환 및 악성종양과 관련이 있으며, 현재에는 분자생물학적 실험기법의 개발로 분자수준에서 이해가 되고 있다. 새로운 취약부위 및 취약부위의 발현을 높이거나 쉽게 관찰할 수 있는 실험실적 조건을 알아보기 위하여 항암제로 사용되는 Ara-C를 이용하여 염색체파열을 조사하여 보았다. 한편 염색체 취약부위가 종양형성과 관련이 있다는 사실에 기초하여 Ara-C에 의해 발열되는 취약부위와 암유전자가 위치하는 부위 및 종양에서 일정하게 염색체변이가 관찰되는 특정의 염색체 부위와의 상관관계도 알아보고자 하였다. 방 법 : 정상 성인 남녀 각각 3명의 말초혈액 내 T-림프구를 세포배양 후 Ara-C를 첨가하고 다시 caffeine을 처리한 뒤 종전에 시행했던 방법과 동일하게 검체 처리하여 염색체파열 부위를 관찰하였다. 염색체 취약부위는 염색체상의 일정부위에서 100개의 염색체파열 당 2회 이상의 염색체파열이 6명 중 4명 이상에서 관찰되는 경우로 정의하였다. 결 과 : 1) T-림프구를 엽산이 부족한 MEN-FA 배지에서 배양 시 Ara-C는 100개의 분열세포 당 252.1개의 염색체파열을 유도하였으며, Ara-C를 처리하지 않은 대조군에서 25.2개가 관찰되어 Ara-C를 처리한 경우에 염색체파열이 의미 있게 많았다(P<0.05). 2) Ara-C에 의한 염색체파열은 엽산이 부족한 MEM-FA 배지에서 엽산이 충분한 RPMI 1640 배지에서 보다 많이 되었다(P<0.05). 한편, 2.0 mM 농도의 caffeine은 엽산만 부족한 배양 배지에서는 염색체파열을 상승시키지 못했으나, Ara-C와 병행사용 시 상승시켰다. 3) Ara-C에 의해 가장 많이 파열된 부위는 3p14.2.이었으며, 발현된 취약부위는 20부위였다. 4) 발현된 취약부위 중 7 부위는 JUN, SKI, REL, N-MYC, FHIT, MET, ETS-1, FOS의 암유전자가 위치하는 부위와 일치하였으며, 15부위는 급성림프구성백혈병, 급성골수성백혈병, 만성림프구성백혈병, 골수이형성성증, 악성흑색종, 신경모세포종, 소세포성폐암, 난소암, 유전성 신장암, 혼합성 지방육종시 염색체상에 이상이 있는 부위와 일치하였다. 결 론 : S기 특이성 항암제인 Ara-C는 정상성인의 T-림프구를 엽산이 부족한 MEM-FA배지에서 배양시 염색체 파열을 대조군에 비해 의미 있게 유도하였다. 한편으로 Ara-C 특이성 염색체 취약부위는 암유전자가 위치하는 부위 및 특정 종양에서 관찰되는 특이한 염색체변이가 있는 부위와 상당 예에서 일치하여 아직 알려지지 않은 암유전자를 찾거나 분석하는데 기초적인 자료를 제공할 뿐 아니라 염색체변화와 종양형성과정의 상관관계를 이해하는데 도움이 될 것으로 사료된다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권1호
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• pp.82-86
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• 2010

Jumping translocation (JT)은 여러 세포주에서 하나의 공여 염색체가 둘 이상의 수여 염색체와 염색체 재배열을 보이는 염색체의 구조적 이상으로 종양 세포인 림프성 혈액암에서 빈번하게 관찰되는 획득성(acquired) JT에 비해 체질성(constitutional) JT는 매우 드물게 보고되고 있다. 본 증례에서는 자연 유산된 수태산물에서 관찰된 체질성 JT 2례를 보고하고자 한다. 증례 1은 임신 7주 유산아 조직의 세포유전학적 검사에서 핵형분석 결과는 46,XY,add(18)(p11.1)[61]/45,XY,der(18;21)(q10;q10)[32]/46,XY,-18,+mar[16]/46,XY,i(18)(q10)[9]/45,XY,der(15;18)(q10;q10)[6]/46,XY,+1,dic(1;18)(p22;p11.1)[2]/45,XY,der(13;18)(q10;q10)[1]/46,XY[32]로 관찰되었다. 공여 염색체는 18번이고 수여 염색체는 1, 13, 15, 18, 21번이었다. 증례2는 임신 6주째 자연 유산된 유산아 조직으로부터 세포 유전학적 검사를 실시한 결과, 핵형은 46,XY,der(22)t(9;22)(q12;q13)[22]/46,XY,der(22)t(1;22)(q21;q13)[13]/46,XY,add(22)(q13)[5]/46,XY[23]고 관찰되었다. 공여 염색체는 22번이고 수여 염색체는1, 9번이었다. 2례모두de novo였고 acrocentric 염색체를 수반하였으며 절단점은 대부분 중심절과 중심절 주위, 말단체에 존재하였다. 본 증례는 매우 드물게 관찰되는 체질성 JT로서 임신 초기 세포 분열 단계에서 발생했고 다양한 세포주에서 나타난 비정상 핵형으로 인해 정상적인 배발달이 이루어지지 못하여 자연 유산된 것으로 생각된다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제18권2호
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• pp.109-116
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• 2011

목 적 : 폐구균은 소아의 비인두에 상재하면서 다양한 국소 및 침습성 감염을 일으키며, 특히 2세 이하의 소아에서 발병 빈도가 높다. 2008년 미국 CLSI의 기준이 개정되면서 국내 폐구균의 페니실린 감수성률이 증가하였고 이에 따라 국내 경증 폐구균 감염증의 경험적 치료로서 경구 페니실린 및 amoxicillin의 사용이 가능하다. 최근 약력동학적 모델을 이용하여 항생제의 치료 효과를 평가하는 연구들이 보고되고 있으며, 본 연구는 이러한 모델 분석을 통해 국내 소아에서의 폐구균 감염증 치료시, 경험적 항생제로서 amoxicillin의 적절한 용량 결정에 도움이 되는 기초 자료를 얻고자 한다. 방 법: 2008년 9월부터 10월까지 서울에 위치한 어린이집을 방문하여 건강한 무증상 소아로부터 분리한 폐구균 23균주를 대상으로, 베타락탐 및 마크로라이드 항생제에 대한 MIC 값을 측정하였다. 베타락탐 항생제의 경우 각 균주의 MIC 값에서 fT>MIC가 50% 이상 되는것을 목표치로 정하고 목표치 획득 확률(PTA)이 90% 이상일 경우 적절한 항생제 요법으로 간주하였다. 소아의 상기도내에 보균된 폐구균 균주가 중이염 등의 폐구균 감염증의 원인 균주가 될 가능성이 높다는 전제하에, 이러한 Monte Carlo simulation 모델에서 구해진 PTA값에 본 연구에 포함된 폐구균 균주의 MIC 값을 적용하여 분석하였다. 결 과:건강한 소아의 인후에서 분리된 23개 폐구균균주중 베타락탐 항생제인 정주용 penicillin, amoxicillin 및 cefotaxime에 대한 감수성 균주의 분율은 각각 78.3%, 82.6% 및 82.6%였고, 마크로라이드 항생제인 erythromycin에 대한 감수성 균주는 단 한 개였다. Fallon등19)이 제시한 Monte Carlo simulation 모델에서 약10 kg의 소아에게 amoxicillin을 40 mg/kg/일의 용량으로 투여 시 $MIC{\leq}1.0{\mu}g$/mL인 폐구균의 경우 PTA 값이 90%였으나, MIC 값이 2 ${\mu}g$/mL로 증가되면 PTA 값이 52%로 감소하였다. 그러나 amoxicillin을 90 mg/kg/일의 용량으로 투여 시 MIC 값이 2 ${\mu}g$/mL인 폐구균의 경우에도 PTA가 97%로 좋은 치료 반응이 예상된다. 이 모델에 국내의 건강한 소아의 인두에서 분리된 폐구균 균주의 MIC 값을 적용하여 약력동학적인 면을 고려한 적절한 항생제 용법을 판단하였다. 본 연구에서 분리된 23개의 폐구균 균주 중 amoxicillin에 대한 MIC 값이${\leq}1.0 {\mu}g$/mL인 경우는 7 균주(30.4%), ${\leq}2 {\mu}g$/mL인 경우는 19 균주(82.6%)로, 국내 소아의 급성 중이염과 같은 폐구균 감염증에서 경구용 amoxicillin을 90 mg/kg/일의 용량으로 투여시 80% 이상에서 좋은 치료 성적을 기대할 수 있었다. 결 론 : 국내 소아의 폐구균 감염증에서 경험적 항생제로 amoxicillin을 투여할 경우, 약력동학적 모델을 이용하면 90 mg/kg/day의 고용량이 더욱 효과적일 것으로 생각되며, 저용량의 amoxicillin 또는 마크로라이드 처방은 치료 실패의 확률이 높을 것으로 추정된다.