• Molecules and Cells
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• 제26권6호
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• pp.566-575
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• 2008

Twenty-five chipmunk species occur in the world, of which only the Siberian chipmunk, Tamias sibiricus, inhabits Asia. To investigate mitochondrial cytochrome b sequence variations and population structure of the Siberian chipmunk in northeastern Asia, we examined mitochondrial cytochrome b sequences (1140 bp) from 3 countries. Analyses of 41 individuals from South Korea and 33 individuals from Russia and northeast China resulted in 37 haplotypes and 27 haplotypes, respectively. There were no shared haplotypes between South Korea and Russia - northeast China. Phylogenetic trees and network analysis showed 2 major maternal lineages for haplotypes, referred to as the S and R lineages. Haplotype grouping in each cluster was nearly coincident with its geographic affinity. In particular, 3 distinct groups were found that mostly clustered in the northern, central and southern parts of South Korea. Nucleotide diversity of the S lineage was twice that of lineage R. The divergence between S and R lineages was estimated to be 2.98-0.98 Myr. During the ice age, there may have been at least 2 refuges in South Korea and Russia - northeast China. The sequence variation between the S and R lineages was 11.3% (K2P), which is indicative of specific recognition in rodents. These results suggest that T. sibiricus from South Korea could be considered a separate species. However, additional information, such as details of distribution, nuclear genes data or morphology, is required to strengthen this hypothesis.

• Molecules and Cells
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• 제28권6호
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• pp.529-536
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• 2009

Genome sequencing of the pig is being accelerated because of its importance as an evolutionary and biomedical model animal as well as a major livestock animal. However, information on expressed porcine genes is insufficient to allow annotation and use of the genomic information. A series of expressed sequence tags of 5' ends of five full-length enriched cDNA libraries (SUSFLECKs) were functionally characterized. SUSFLECKs were constructed from porcine abdominal fat, induced fat cells, loin muscle, liver, and pituitary gland, and were composed of non-normalized and normalized libraries. A total of 55,658 ESTs that were sequenced once from the 5′ ends of clones were produced and assembled into 17,684 unique sequences with 7,736 contigs and 9,948 singletons. In Gene Ontology analysis, two significant biological process leaf nodes were found: gluconeogenesis and translation elongation. In functional domain analysis based on the Pfam database, the beta transducin repeat domain of WD40 protein was the most frequently occurring domain. Twelve genes, including SLC25A6, EEF1G, EEF1A1, COX1, ACTA1, SLA, and ANXA2, were significantly more abundant in fat tissues than in loin muscle, liver, and pituitary gland in the SUSFLECKs. These characteristics of SUSFLECKs determined by EST analysis can provide important insight to discover the functional pathways in gene networks and to expand our understanding of energy metabolism in the pig.

• Molecules and Cells
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• 제41권3호
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• pp.224-233
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• 2018

Primary cilia are solitary, non-motile, axonemal microtubule-based antenna-like organelles that project from the plasma membrane of most mammalian cells and are implicated in transducing hedgehog signals during development. It was recently proposed that aberrant SHH signaling may be implicated in the progression of idiopathic pulmonary fibrosis (IPF). However, the distribution and role of primary cilia in IPF remains unclear. Here, we clearly observed the primary cilia in alveolar epithelial cells, fibroblasts, and endothelial cells of human normal lung tissue. Then, we investigated the distribution of primary cilia in human IPF tissue samples using immunofluorescence. Tissues from six IPF cases showed an increase in the number of primary cilia in alveolar cells and fibroblasts. In addition, we observed an increase in ciliogenesis related genes such as IFT20 and IFT88 in IPF. Since major components of the SHH signaling pathway are known to be localized in primary cilia, we quantified the mRNA expression of the SHH signaling components using qRT-PCR in both IPF and control lung. mRNA levels of SHH, the coreceptor SMO, and the transcription factors GLI1 and GLI2 were upregulated in IPF compared with control. Furthermore, the nuclear localization of GLI1 was observed mainly in alveolar epithelia and fibroblasts. In addition, we showed that defective KIF3A-mediated ciliary loss in human type II alveolar epithelial cell lines leads to disruption of SHH signaling. These results indicate that a significant increase in the number of primary cilia in IPF contributes to the upregulation of SHH signals.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권3호
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• pp.1499-1506
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• 2016

Background: Crocus sativus and its major constituent crocin are well established to have anti-cancer properties in breast cancer cells (MCF-7). However the role of C. sativus extract (CSE) and crocin on caspase signaling mediated MCF-7 cell death at molecular level is remains unclear. In this study, we tried to unravel role of CSE and crocin on caspase mediated MCF-7 cells death and their in vivo preclinical toxicity profiling and immune stimulatory effect. Materials and Methods: CSE extract was fractionated by HPLC and crocin was isolated and characterized by NMR, IR, and MS. MCF-7 cells were treated with both CSE and crocin and expression of Bcl-2 and Bax was assessed after 24 and 36 hours. Furthermore, caspase 3, caspase 8 and caspase 9 expression was determined by Western blotting after 24 hours of treatment. DNA fragmentation analysis was performed for genotoxicity of CSE and crocin in MCF-7 cells. The in vivo toxicity profile of CSE (300 mg/kg of b.wt) was investigated in normal Swiss albino mice. In addition, peritoneal macrophages were collected from crocin (1, 1.5 and 2 mg/kg body weight) treated mice and analyzed for ex vivo yeast phagocytosis. Results: Immunoblot analysis revealed that there was time dependent decline in anti-apoptotic Bcl-2 with simultaneous upregulation of Bax in CSE and crocin treated MCF-7 cells. Further CSE and crocin treatment downregulated caspase 8 and 9 and cleaved the caspase 3 after 24 hours. Both CSE and crocin elicited considerable DNA damage in MCF-7 cells at each concentration tested. In vivo toxicity profile by histological studies revealed no observable histopathologic differences in the liver, kidney, spleen, lungs and heart in CSE treated and untreated groups. Crocin treatment elicited significant dose and time dependent ex vivo yeast phagocytosis by peritoneal macrophages. Conclusions: Our study delineated involvement of pro-apoptotic and caspase mediated MCF-7 cell death by CSE and crocin at the molecular level accompanied with extensive DNA damage. Further we found that normal swiss albino mice can tolerate the maximum dose of CSE. Crocin enhanced ex vivo macrophage yeast phagocytic ability.

• Advances in Traditional Medicine
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• 제1권1호
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• pp.8-27
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• 2000

Components of extracellular matrix and the matrix-degrading enzymes are some of the key regulators of tumor metastasis and angiogenesis. Hyaluronic acid (HA), a matrix glycosaminoglycan, is known to promote tumor adhesion and migration, and its small fragments are angiogenic. Until now, we have compared levels of hyaluronidase, an enzyme that degrade HA, in normal adult prostate, benign prostate hyperplasia and prostate cancer tissues and in conditioned media from epithelial explant cultures, using a substrate (HA)-gel assay and ELISA-like assay (Kim et al., unpublished results). The present review described an overall characterization of hyaluronidases and its application to human diseases. The hyaluronidases are a family of enzymes that have, until recently, deed thorough explication. The substrate for these enzymes, hyaluronan, is becoming increasingly important, recognized now as a major participant in basic processes such as cell motility, wound healing, embryogenesis, and implicated in cancer progression. And in those lower life forms that torment human beings, hyaluronidase is associated with mechanisms of entry and spread, e.g. as a virulence factor for bacteria, for tissue dissection in gas gangrene, as a means of treponema spread in syphilis, and for penetration of skin and gut by nematode parasites. Hyaluronidase also comprises a component of the venom of a wide variety of organisms, including bees, wasps, hornets, spiders, scorpions, sh, snakes and lizards. Of particular interest is the homology between some of these venom hyaluronidases and the enzyme found in the plasma membrane of mammalian spermatozoa, attesting to the ancient nature of the conserved sequence, a 36% identity in a 300 amino acid stretch of the enzyme protein. Clearly, hyaluronidase is of biological interest, being involved in the pathophysiology of so many important' human disorders. Greater effort should be made in studying this family of enzymes that have, until recently, been overlooked. Also, oriental medical application of the hyaluronidase will be discussed with respect to inhibition and suppression of inflammation and malignacy.

• 한국환경생태학회지
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• 제14권1호
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• pp.38-45
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• 2000

강원도 고성군 죽왕면과 토성면 일대의 소나무군락을 대상으로 1996년 4월에 발생한 산화에 따른 산림환경변화가 토양의 이화학성에 미치는 영향을 구명하기 위하여 비산화지역(NF) 산화후 비벌채지역(FNC), 산화후 벌채지역(FC) 및 산화후 조림지역(FCP)으로 분류하여 토양의 특성을 분석하였다. 전조사지역의 토성은 사질식양토이었고, 토양의 입경조성을 비교하면 비산화지역은 표토의 모래함량이 심토보다 낮았고, 점토함량은 높았지만 산화지역은 모두 표토의 모래함량이 점토에 비해 높았다. 토양공극 분포 중 전공극량은 지역별로 큰 차이가 없었으나, 조공극량과 투수성은 비산화지역 ＞ 산화후 비벌채지역 ＞ 산화후 조림지역 ＞ 산화후 벌채지역 순이었고, 세공극량과 가비중은 반대의 경향을 나타내었다. 이는 산화에 따른 산림환경변화로 지피식생이 제거되어 토양침식이 가속화되면서 토양 내 수분함유능력의 지표인 토양공극과 투수성에 큰 영향을 주면서 토양물리성을 악화시키고 있는 것으로 판단된다. 토양 pH는 비산화지역과 산화후 비벌채지역이 산화후 벌채지역과 조림지역보다 표토 및 심토 모두 높게 나타났다. 유기물함량 및 전질소함량 변화는 표토와 심토 모두 비산화지역＞ 산화후 비벌채지역＞ 산화후 조림지역＞ 산화후 벌채지역 순이었다. 양이온치환용량 및 치환성 양이온($K^{+}$ , $Na^{+}$ /, $Ca^{2+}$, $Mg^{2+}$)함량 변화는 모두 표토가 심토보다 높았으며, 지역별로는 비산화지역＞ 산화후 비벌채지역＞ 산화후 조림지역＞ 산화후 벌채지역 순으로, 이는 산화후 표토층의 침식으로 지력이 악화된 결과로 사료된다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제45권3호
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• pp.317-325
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• 2006

2004년 잎들깨 주요 해충을 조사하였던 바, 잎들깨 시설하우스내에서 발생하는 주요 해충들은 들깨진딧물(Aphis egomae), 들깨잎말이명나방(Pyrausta panopealis), 점박이응애(Tetranychus urticae), 차먼지응애(Polyphagotarsonemus latus), 차응애(Tetranychus kanzawai) 등이었다. 그 중에서 들깨진딧물은 방제를 하지 않았을 경우 100%에 가까운 피해를 주는 중요한 해충으로 밝혀졌다. 본 연구는 발생초기 100주당 1마리에서 80마리 수준으로 들깨진딧물 성충을 인위적으로 접종하였을 경우 잎들깨 포장에서의 경제적 피해 수준과 요방제수준을 밝히고자 수행 하였다. 100주당 $1{\sim}80$마리가 접종되었을 때 평균 피해주율은 6월 하순경 $2.4%{\sim}40.5%$였다. 시험기간 동안의 방제비용(C)를 시장가격(V)으로 나누었을 때 진딧물의 발생초기인 4월부터 6월 13일까지 경제적 손실을 일으키는 시점은 5.8%였으며 진딧물의 발생최성기인 6월 13일부터 6월 30일까지의 경우 9.3%였다. 들깨진딧물의 발생 초기에서의 경제적 피해수준은 주당 5.3마리였으며 발생최성기 때의 경제적 피해수준은 주당 0.6마리와 7.6% 피해주율 이었다. 경제적 피해수준의 80% 수준에서의 요방제 수준은 들깨진딧물의 발생최성기인 6월의 경우 주당 0.5마리와 피해주율 6.1%였다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제55권1호
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• pp.53-62
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• 2016

본 연구의 목적은 벼메뚜기(Oxya chinensis sinuosa) 분말 섭취가 유산소성 운동훈련(트레드밀 달리기)의 병행 유무에 의해 ICR 생쥐의 에너지 대사를 증가시키는지를 알아보고자 하는 것이다. 이 목적을 달성하기 위하여, 28 마리의 ICR 생쥐를 보통식 대조군(CON), 보통식 대조군으로서 운동훈련 병행군(COEX), 벼메뚜기 분말이 혼합된 사료 섭취군(GH), 그리고 벼메뚜기 분말이 혼합된 사료를 섭취함과 동시에 운동훈련을 병행군(GHEX)으로 구분하였다. 벼메뚜기 분말 사료섭취 및 운동은 6주간 진행하였다. 체중증가율은 유의하지 않았다. 지방량은 GH와 GHEX에서 유의하게 감소하였다. 혈중 glutamic oxaloacetic transaminase와 glutamic pyruvic transaminase 수준은 처치 집단간 변화가 없었다. 제2형 당수송체 및 제4형 당수송체는 처치 집단간 유의한 차이가 없었다. GHEX의 fibronectin type III domain-containing protein 5 단백질 발현량이 가장 높았다. AMP-activated protein kinase 단백질 수준은 GHEX에서 유의하게 증가하였다. Glycogen synthase kinase 3 beta 단백질 발현량은 GHEX가 CON과 비교할 때 감소하였다. 이러한 결과들은 벼메뚜기 분말을 섭취하면서 지구성 운동훈련을 하는 경우에 에너지 대사에 영향을 준다는 것을 제시하고 있다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제55권1호
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• pp.1-9
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• 2016

식용곤충은 대체 식량자원으로 관심이 증가되고 있다. 본 연구의 목적은 누에나방 번데기 분말 섭취 유무에 따른 저항성운동 훈련(등장성 수축)이 ICR 마우스의 근육량 증가에 미치는 영향을 분석하였다. 이를 위하여 ICR 마우스 28마리를 대조군(CON), 저항성운동 훈련군(EX), 누에나방 번데기 분말 섭취군(SP), 누에나방 번데기분말 섭취 저항성운동 훈련군(SPEX)으로 그룹 당 각각 7마리씩 분류하였다. 체중증가율은 EX와 SPEX가 CON과 SP에 비해 유의하게 억제되었다. 혈중 총 단백질 농도는 SPEX가 다른 그룹에 비하여 가장 높았다. 알부민 농도 변화는 운동훈련 병행 시에만 증가하였다. 혈액 GOT와 GPT 수준은 유의차가 없었다. Akt와 Gsk-$3{\beta}$의 단백질 발현의 유의차는 없었다. 그러나 번데기 분말 섭취 시 Akt 증가 및 Gsk-$3{\beta}$의 감소 경향이 나타났다. 비복근 근육 양은 저항성 운동 훈련을 하였을 때만 증가하였다. 그리고 또한, 번데기 분말 섭취 시 근육량은 유의차가 없었으나 증가하는 경향을 보였다. 이러한 결과는 저항성 운동훈련과 누에나방 번데기 분말 섭취는 간독성을 유발하지 않고 근육량을 증가시킬 수 있다는 점을 시사한다. 그러나 보다 상세한 결과를 제시하기 위해 부가적인 연구가 필요할 것이다.

• 식물분류학회지
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• 제43권4호
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• pp.274-284
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• 2013

본 연구는 제주도 한라산 북동사면의 선흘 곶자왈에 위치하고 있는 동백동산의 선태식물을 대상으로 하였다. 식물상 조사 결과, 선류는 22 과 44 속 62 종, 태류는 12 과 16 속 23 종으로 총 85 종이 확인되었다. 이 중 Diphyscium perminutum Takaki, Racomitrium japonicum Dozy & Molk., 그리고 Isopterygium minutirameum (M$\ddot{u}$. Hal.) A. Jaeger.는 한국미기록식물에 해당하여 본 연구를 통해 기재하였다. 태류지수는 27.0%이고, 직물형의 생활형에 해당하는 선태식물이 가장 많이 분포하는 것으로 나타났다. 또한 중습성 또는 습성의 환경에 주로 생육하는 선태식물의 비율이 건조한 환경에서 주로 출현하는 선태식물의 비율보다 높았다. 본 연구를 통해 조사지 내의 상록활엽수림, 습지, 나지 등에 의한 다양한 환경 요인이 종의 조성과 분포에 영향을 미치고 있는 것으로 파악되었다. 그리고 이 지역에서 암석은 선태식물에 미소환경을 제공하는 데 있어 주요한 요인으로 작용하는 기질이었다. 특히, 동백동산의 소택지에 분포하는 선태식물은 면적에 비해 독특하고 다양하며, 관속식물과 함께 모자이크 공간 유형의 식물군락을 이루는 것으로 나타났다. 아울러 제주고사리삼과 자생지의 보존과 복원을 위한 기초 자료를 제공할 수 있도록 한국 고유 양치식물인 제주고사리삼이 자생하는 소택지를 대상으로 한 보다 정밀하고 종합적인 조사를 제안하는 바이다.