• 제목/요약/키워드: binding potential

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UN-REDD 기회비용 산정에서 위성영상 기반의 MRV 여건평가: 금강산을 사례로 (Evaluating MRV Potentials based on Satellite Image in UN-REDD Opportunity Cost Estimation: A Case Study for Mt. Geum-gang of North Korea)

  • 주승민;엄정섭
    • Spatial Information Research
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    • 제22권3호
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    • pp.47-58
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    • 2014
  • 삼림전용 축소를 통한 온실가스 흡수량의 검증 및 인증(MRV: Measurement, Reporting, Verification)이 REDD의 기회비용 산정과정에서 핵심요건으로 부각되고 있다. 본 연구의 목적은 북한 금강산을 사례지역으로 UN-REDD 기회비용 산정과정에서 위성영상을 활용한 MRV의 잠재력을 파악하고, MRV과정에서 발생할 수 있는 입증책임에 관련된 쟁점들을 사전에 점검하는 데 있다. UN-REDD 기회비용을 산정하는 과정에서, MRV에 필요한 지표를 도출하고 위성영상을 활용하여 역사적 벌채율, 토지이용, 토지피복, 탄소저장량 등에 대한 정보의 수집여부를 평가하였다. 위성영상의 육안판독은 금강산의 MRV 여건(산림면적, 산림의 황폐화 추세 등)을 대, 중, 소 3단계의 분류체계에 의거하여 가시적인 기록으로 제시하였다. 위성영상이 국제사법재판소, UN, UN-REDD 등에서 증거자료로 인정되기 때문에 기회비용 산정과정에서 법적으로 구속력을 가진 증빙자료로 활용될 수 있을 것으로 판단된다. 현지조사와 문헌조사를 활용한 MRV에 대해서도 측정자료 확보에 대한 불확실성과 불안으로 인하여 북한의 REDD에 대한 활발한 투자가 어렵게 되고, 북한의 산림보전에 관련된 정부 기업 개인들과 거래하는 것을 꺼려할 정도로 대안이 없는 것이 아니라는 것이 확인되었다. 본 연구를 통해 도출된 결과는 북한에서 REDD사업을 하려는 남측 기업과 GCF(녹색기후기금, Green Climate Fund)를 비롯한 탄소무역 분야에서 실무를 수행하는 관계자들에게 구체적인 참고자료로 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

순채 점액질 다당체 추출물의 피부 보습 효과 연구 (Skin Hydration Effect of Brasenia schreberi Mucilage Polysaccharide Extract)

  • 안세연;길소연;권오선;장윤희;진무현
    • 대한화장품학회지
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    • 제43권3호
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    • pp.223-230
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    • 2017
  • 본 연구는 순채 점액질 다당체의 인체 피부와 in vitro에서의 피부 보습효과를 확인하고 화장품 원료로서의 가능성을 평가하기 위한 것이다. 다양한 환경적 스트레스와 노화로부터 피부를 보호하기 위해서는 피부의 수분 보유량을 증가시키고 수분의 손실을 예방해야 한다. 본 연구진은 순채의 점액질로부터 추출한 다당체를 인체 피부에 도포했을 때, 특이적인 윤활성으로 피부에서의 거칠기(roughness)를 개선시켰다는 것을 확인했다. In vitro에서 각질형성세포에 순채 점액질 다당체를 처리했을 때, 피부장벽의 가교 역할을 하는 transglutaminase 1 (TGM1) 유전자의 발현이 증가하였다. 또한 물과 글리세롤의 이동을 조절하는 막관통 단백질 aquaporin 3 (AQP3)와 수분 보유 기질 히알루론산을 합성하는 효소인 hyaluronan synthase 3 (HAS3) 유전자의 발현 또한 증가함을 확인했다. 추가적으로 화장품 원료로서의 가능성을 평가하기 위한 실험에서, 항염증과 콜라겐 합성 촉진 효능을 보였다. 결과적으로 순채의 점액질 다당체는 기존에 없는 새로운 천연 원료로서, 피부에 보습 효과와 항염증, 콜라겐 합성 촉진 효능이 있음을 밝혔다.

Ginsenoside Rg1 suppresses early stage of adipocyte development via activation of C/EBP homologous protein-10 in 3T3-L1 and attenuates fat accumulation in high fat diet-induced obese zebrafish

  • Koh, Eun-Jeong;Kim, Kui-Jin;Choi, Jia;Jeon, Hui Jeon;Seo, Min-Jung;Lee, Boo-Yong
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제41권1호
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    • pp.23-30
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    • 2017
  • Background: Ginsenoside Rg1 is a class of steroid glycoside and triterpene saponin in Panax ginseng. Many studies suggest that Rg1 suppresses adipocyte differentiation in 3T3-L1. However, the detail molecular mechanism of Rg1 on adipogenesis in 3T3-L1 is still not fully understood. Methods: 3T3-L1 preadipocyte was used to evaluate the effect of Rg1 on adipocyte development in the differentiation in a stage-dependent manner in vitro. Oil Red O staining and Nile red staining were conducted to measure intracellular lipid accumulation and superoxide production, respectively. We analyzed the protein expression using Western blot in vitro. The zebrafish model was used to investigate whether Rg1 suppresses the early stage of fat accumulation in vivo. Results: Rg1 decreased lipid accumulation in early-stage differentiation of 3T3-L1 compared with intermediate and later stages of adipocyte differentiation. Rg1 dramatically increased CAAT/enhancer binding protein (C/EBP) homologous protein-10 (CHOP10) and subsequently reduced the $C/EBP{\beta}$ transcriptional activity that prohibited the initiation of adipogenic marker expression as well as triglyceride synthase. Rg1 decreased the expression of extracellular signal-regulated kinase 1/2 and glycogen synthase kinase $3{\beta}$, which are also essential for stimulating the expression of $CEBP{\beta}$. Rg1 also reduced reactive oxygen species production because of the downregulated protein level of nicotinamide adenine dinucleotide phosphate hydrogen (NADPH) oxidase 4 (NOX4). While Rg1 increased the endogenous antioxidant enzymes, it also dramatically decreased the accumulation of lipid and triglyceride in high fat diet-induced obese zebrafish. Conclusion: We demonstrated that Rg1 suppresses early-stage differentiation via the activation of CHOP10 and attenuates fat accumulation in vivo. These results indicate that Rg1 might have the potential to reduce body fat accumulation in the early stage of obesity.

MicroRNA-3200-5p Promotes Osteosarcoma Cell Invasion via Suppression of BRMS1

  • Li, Gen;Li, Li;Sun, Qi;Wu, Jiezhou;Ge, Wei;Lu, Guanghua;Cai, Ming
    • Molecules and Cells
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    • 제41권6호
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    • pp.523-531
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    • 2018
  • Tumour metastasis is one of the most serious challenges of cancer as it is the major cause of mortality in patients with solid tumours, including osteosarcoma (OS). In this regard, anti-metastatic genes have potential for metastasis inhibition strategies. Recent evidence showed the importance of breast cancer metastasis suppressor 1 (BRMS1) in control of OS invasiveness, but the regulation of BRMS1 in OS remains largely unknown. Here, we used bioinformatics analyses to predict BRMS1-targeting microRNAs (miRNAs), and the functional binding of miRNAs to BRMS1 mRNA was evaluated using a dual luciferase reporter assay. Among all BRMS1-targeting miRNAs, only miR-151b, miR-7-5p and miR-3200-5p showed significant expression in OS specimens. Specifically, we found that only miR-3200-5p significantly inhibited protein translation of BRMS1 via pairing to the 3'-UTR of the BRMS1 mRNA. Moreover, we detected significantly lower BRMS1 and significantly higher miR-3200-5p in the OS specimens compared to the paired adjacent non-tumour bone tissues. Furthermore, BRMS1 and miR-3200-5p levels were inversely correlated to each other. Low BRMS1 was correlated with metastasis and poor patient survival. In vitro, overexpression of miR-3200-5p significantly decreased BRMS1 levels and promoted OS cell invasion and migration, while depletion of miR-3200-5p significantly increased BRMS1 levels and inhibited OS cell invasion and migration. Thus, our study revealed that miR-3200-5p may be a critical regulator of OS cell invasiveness.

메타게놈 유래 미규명 유전자의 발현에 관련된 특성분석 (Structural Characteristics of Expression Module of Unidentified Genes from Metagenome)

  • 박승혜;정영수;김원호;김근중;허병기
    • KSBB Journal
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    • 제21권2호
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    • pp.144-150
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    • 2006
  • 본 연구는 메타게놈 유전자 특성과 E. coli에서 정상적으로 발현되는 유전자 특성을 생물정보학 기법으로 비교 분석하고 그 결과를 메타게놈 선별 연구에 활용하고자 하는데 그 목적을 두었다. 이를 위하여 메타게놈 유래의 URF 와 숙주세포로 이용되는 E. coli이 ORF에 대한 염기구조, 발현되는 단백질의 크기 및 분자량, 아미노산의 구성 및 코돈사용은 물론 전사와 번역에 관여하는 프로모터 부위와 리보솜 결합부위의 보존서열 특성을 비교 분석하였다. 메타게놈과 E. coli가 합성하는 단백질의 크기와 분자량은 매우 비슷한 경향을 보였으나, 아미노산의 조성비, G+C 함량 및 코돈사용에서는 매우 다른 경향을 나타내었다. 특히 전사와 번역에 직접적으로 관여하는 프로모터와 RBS 영역에서의 DNA 보존서열이 상당부분 부합되지 않아 E. coli에서 메타게놈의 발현율이 현저히 낮을 것으로 예측할 수 있었다. RBS와 같이 유전자 발현에 필수적인 조절인자가 메타게놈과 E. coli에서 큰 차이를 나타내는 문제점은 메타게놈으로부터 유용한 유전자원을 탐색하는 연구에서 심도있게 개선하여야 할 사항이다. 부분적으로는 라이브러리 구축에 사용되는 벡터 및 숙주의 개량을 통하여 위의 문제를 극복할 수도 있을 것이다.

베트남인 분변 및 김치로부터 분리된 유산균의 프로바이오틱스 기능성 연구 (Probiotic Properties of Lactic Acid Bacteria isolated from Feces and Kimchi)

  • 신현수;유성호;장진아;원지영;김철현
    • Journal of Dairy Science and Biotechnology
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    • 제35권4호
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    • pp.255-261
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    • 2017
  • 본 연구에서는 베트남인의 분변으로부터 분리한 유산균의 probiotics 특성을 연구하기 위해 형태학적, 생화학적 특성조사 및 내산성, 내담즙성이 뛰어난 6개의 균주를 선별하고 동정하였다. 6개의 균주의 16S rRNA 분석 결과, L. acidophilus V4, L. plantarum V7, V9, V10, V11, V12의 2개 group으로 동정되었다. 베트남인의 분변으로부터 분리한 유산균은 pH 1.5, 2.0, 3.0의 산성 및 담즙산(0.3% oxgall) 조건에서 내산성과 내담즙성을 측정한 결과, V4, V7, V9, V11, V12의 5개 균주에서 70% 이상의 우수한 내산성과 내담즙성을 확인하였다. 항산화 활성에서는 V4, V7이 상용균주인 L. paracasei BGP2와 비교하였을 때, 높은 항산화 활성을 보여 최종 2종을 한국전통식품으로부터 분리한 L. paracasei DK121와의 혼합균주 가능성을 알아보았다. 열 안정성 실험에서 V4, V7, DK121을 5:4:1(w/v)로 혼합한 혼합균주는 $55^{\circ}C$에서 5분 98.6%, 15분 76.4%, $65^{\circ}C$에서 5분 66%, 15분 63.8%로 단일균주보다는 낮은 생존율을 보였지만, 향후 적합한 혼합도간 연구를 통해 프로바이오틱 균주로서 충분한 가능성을 보여주었다. 장내 부착능에서는 선발균주 및 혼합균주 모두 상용균주와 비교했을 때 6.4 log CFU/g 이상으로 우수한 결합능을 보여 향후 내열성과 안정성을 갖는 우수한 균주라고 판단된다.

화학적 추출법에 따른 (구)장항제련소 주변 토양의 중금속 오염특성 분석과 식물 전이 가능량 예측 (Study on Heavy Metal Contamination Characteristics and Plant Bioavailability for Soils in the Janghang Smelter Area)

  • 정슬기;안진성;김영진;김건하;최상일;남경필
    • 한국지하수토양환경학회지:지하수토양환경
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    • 제16권1호
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    • pp.42-50
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    • 2011
  • Potential risk of heavy metals to various receptors including humans depends on the bioavailability of the heavy metals in soil. In this study, the heavy metal extraction methods using 0.1N HCl and aqua regia were compared with the Tessier's sequential extraction method to assess whether these two methods can be used to determine the plant-available heavy metal concentrations. The contamination characteristics of copper (Cu), cadmium (Cd), lead (Pb), and arsenic (As) found in soils collected from 75 sites around the closed Janghang smelter were analyzed by extracting heavy metals using 0.1 N HCl, aqua regia, and the Tessier's sequential extraction method. The portion of metals bioavailable to plants is considered as the sum of the fraction 1 (exchangeable) and the fraction 2 (carbonates binding) of the Tessier's 5-step sequential extraction method, which were determined to be 3.1 ${\pm}$ 3.82, 0.6 ${\pm}$ 0.15, 20.6 ${\pm}$ 18.78, and 7.0 ${\pm}$ 6.48 mg/kg for Cu, Cd, Pb, and As, respectively, in this study. When the extraction using aqua regia and the Tessier's extraction method were compared, the extracted Cu and Pb concentrations did not show significant differences, whereas the extracted Cd and As concentrations showed significant differences. These results indicate that the portion of Cd and As in the fraction 5 of the Tessier's sequential extraction can not be extracted using aqua regia. Using aqua regia, which is the official test method, higher concentrations of Cu, Cd, Pb and As were extracted than the sum of the fraction 1 and 2. The results show that only 9, 40, 39 and 10% of Cu, Cd, Pb and As using aqua regia can be uptaken by plants (i.e., plant-available). Using 0.1N HCl, the portion of Cd equivalent to about 66% the fraction 1 could be extracted, while, with Pb, the portion of the fraction 1 and about 90% of the fraction 2 could be extracted. With As, the portion equivalent to the fraction 1, 2 and 79% of the fraction 3 was extracted, while with Cu, the portion equivalent to the fraction 1, 2, 3 and 20% of the fraction 4 was extracted using 0.1N HCl.

ErbB2의 kinase 영역이 β-catenin과 ErbB2의 결합에 필요하다 (ErbB2 kinase domain is required for ErbB2 association with β-catenin)

  • 하남출;슈완핑;넥컬즈렌;정연진
    • 생명과학회지
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    • 제17권3호통권83호
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    • pp.356-361
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    • 2007
  • ${\beta}-catenin$과 결합하는 ErbB2의 부위를 조사하기 위하여 proteasome에 의하여 분해되지 않는 ${\beta}-catenin$과 다양한 ErbB2 construct를 COS7 세포에 transfection한 후 ErbB2 단백질을 그것의 항체로 가라앉혔다. 이 때 공침한 ${\beta}-catenin$을 Western blot으로 분석하였다. C 말단에서부터 잘려진 ErbB2 단백질 중에 kinase 영역을 가지고 있는 것들만 ${\beta}-catenin$과 공침하였다. kinase 영역의 필요성을 확인하기 위하여 kinase 영역이 내부에서 제거된 ErbB2 construct를 ${\beta}-catenin$과 transfection 한 후 동일한 실험을 실시하였다. 이 실험에서 ${\beta}-catenin$는 kinase 영역이 내부적으로 제거된 ErbB2 단백질과 공침하지 않았다. 이 결과는 ${\beta}-catenin$과 결합하는 ErbB2의 위치는 kinase 영역내에 있음을 제시한다.

Whole genome MBD-seq and RRBS analyses reveal that hypermethylation of gastrointestinal hormone receptors is associated with gastric carcinogenesis

  • Kim, Hee-Jin;Kang, Tae-Wook;Haam, Keeok;Kim, Mirang;Kim, Seon-Kyu;Kim, Seon-Young;Lee, Sang-Il;Song, Kyu-Sang;Jeong, Hyun-Yong;Kim, Yong Sung
    • Experimental and Molecular Medicine
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    • 제50권12호
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    • pp.1.1-1.14
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    • 2018
  • DNA methylation is a regulatory mechanism in epigenetics that is frequently altered during human carcinogenesis. To detect critical methylation events associated with gastric cancer (GC), we compared three DNA methylomes from gastric mucosa (GM), intestinal metaplasia (IM), and gastric tumor (GT) cells that were microscopically dissected from an intestinal-type early gastric cancer (EGC) using methylated DNA binding domain sequencing (MBD-seq) and reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) analysis. In this study, we focused on differentially methylated promoters (DMPs) that could be directly associated with gene expression. We detected 2,761 and 677 DMPs between the GT and GM by MBD-seq and RRBS, respectively, and for a total of 3,035 DMPs. Then, 514 (17%) of all DMPs were detected in the IM genome, which is a precancer of GC, supporting that some DMPs might represent an early event in gastric carcinogenesis. A pathway analysis of all DMPs demonstrated that 59 G protein-coupled receptor (GPCR) genes linked to the hypermethylated DMPs were significantly enriched in a neuroactive ligand-receptor interaction pathway. Furthermore, among the 59 GPCRs, six GI hormone receptor genes (NPY1R, PPYR1, PTGDR, PTGER2, PTGER3, and SSTR2) that play an inhibitory role in the secretion of gastrin or gastric acid were selected and validated as potential biomarkers for the diagnosis or prognosis of GC patients in two cohorts. These data suggest that the loss of function of gastrointestinal (GI) hormone receptors by promoter methylation may lead to gastric carcinogenesis because gastrin and gastric acid have been known to play a role in cell differentiation and carcinogenesis in the GI tract.

마우스 흑색종 B16F10세포에서 loganin의 티로시나아제 발현 억제를 통한 멜라닌 생성 억제에 대한 기전연구 (Loganin Inhibits α-MSH and IBMX-induced Melanogenesis by Suppressing the Expression of Tyrosinase in B16F10 Melanoma Cells)

  • 정희진;방은진;김병무;정성호;이길한;정해영
    • 생명과학회지
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    • 제29권11호
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    • pp.1200-1207
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    • 2019
  • Loganin은 Corni fructus의 주요 iridoid glycoside이며 항염증, 항당뇨 그리고 뇌신경보호 효과 등이 보고되었다. 본 연구에서는 ${\alpha}-MSH$와 IBMX처리된 B16F10세포에서 loganin의 melanogenesis억제효과의 신호전달 경로를 조사하였다. Loganin의 미백 활성을 확인하기 위해 B16F10세포에서 $1{\mu}m$에서 $20{\mu}m$사이의 농도를 처리하여 세포독성 실험을 수행한 결과 최대 $20{\mu}m$농도에서 독성을 나타내지 않았다. 또한 loganin은 ${\alpha}-MSH$와 IBMX처리된 B16F10세포에서 농도-의존적으로 멜라닌 생성을 감소시키는 것을 확인하였다. 또한 loganin의 멜라닌 생성을 억제하는 신호전달 경로를 Western blotting을 실시하여 조사하였다. Western blot결과에 따르면 loganin은 ${\alpha}-MSH$와 IBMX 처리된 B16F10세포에서 증가된 CREB인산화(Ser133)와 MITF 발현 및 tyrosinase의 유전자 발현을 감소시켰고 ERK의 인산화를 증가시켜 melanin 생성을 억제하였다. 결론적으로 loganin은 ${\alpha}-MSH$와 IBMX에 의해 유도된 과도한 멜라닌 합성을 CREB인산화와 MITF 및 tyrosinase의 유전자 발현을 억제하고 ERK의 활성화를 통해 멜라닌 합성을 감소됨을 확인하였다. 따라서 loganin은 과색소 침착과 관련된 피부질환의 보호제로서 활용될 가능성을 가지는 것으로 사료된다.