• 제목/요약/키워드: bZIP

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옥수수 유전자 기능 분석을 위한 전사인자의 이해 (Transcription Factor for Gene Function Analysis in Maize)

  • 문준철;김재윤;백성범;권영업;송기태;이병무
    • 한국작물학회지
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    • 제59권3호
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    • pp.263-281
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    • 2014
  • 전사인자는 식물에서 유전자 발현을 조절하기 위해 필수적이며, 유전자의 promoter나 enhancer 부위에 결합하며, 기본 전사 조절, 전사의 향상, 발달, 세포내 신호전달, 환경에 반응, 세포 주기의 조절 등의 역할을 수행한다. 옥수수 게놈의 염기서열 분석은 전사인자의 유전자 발현 조절의 기작을 이해하는데 도움을 줄 것으로 기대된다. 과거 옥수수의 전체 게놈의 중복으로 옥수수에서 4,000개 이상의 전사인자가 코딩 될 것으로 예상된다. 본 논문에서는 옥수수의 ABI3/VP1, AP2/EREBP, ARF, ARID, AS2, AUX/IAA, BES1, bHLH, bZIP, C2C2-CO-like, C2C2-Dof, C2C2-GATA, C2C2-YABBY, C2H2, E2F/DP, FHA, GARP-ARR-B, GeBP, GRAS, HMG, HSF, MADS, MYB, MYB-related, NAC, PHD, WRKY 전사인자의 특징을 간략히 서술하고, 전사인자의 염기서열을 분석하여 sequence logo를 통하여 각각의 도메인을 표시하였다. 이러한 전사인자 및 관련된 유전자의 분자생물학적 연구는 옥수수에서 중요한 기능을 하는 유전자의 발굴 및 육종을 위한 목표 유전자의 선발에 도움을 줄 것으로 기대된다.

누에 배양세포(Bm5)로부터 분리한 새로운 전사제어인자 ATFC의 특성분석 (Isolation and Characterization of a Novel Transcription Factor ATFC Activated by ER Stress from Bombyx mori Bm5 Cell Lines)

  • 구태원;윤은영;김성완;최광호;황재삼;박수정;권오유;강석우
    • 생명과학회지
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    • 제13권5호
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    • pp.596-603
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    • 2003
  • 누에배양세포주(Bm5)에 N-glycosylation 저해제인 tunicamycin를 처리하여 인위적으로 UPR를 유도하고 이로부터 cDNA 유전자은행을 제작한 후, 정상세포주에 비하여 발현량이 증가하는 40개의 차별화 발현 cDNA 클론을 선발하였다. 차별화발현 클론 중에서 기존에 밝혀진 전사제어인자와 1차 아미노산의 구조적 유사성을 나타내는 클론(ATFC)에 대하여 유전자의 구조와 발현특성을 분석한 결과는 다음과 같다. 유전자의 구조분석 결과, ATFC는 효모의 전사제어인자 Hac1p와 구조적으로 매우 유사하게 $\alpha$-helix 상의 7개 아미노산 잔기 마다 leucine이 7회 반복하여 출현하는 leucine zipper 모티프가 존재하고 있었으며, leucine zipper 바로 앞쪽에는 분자 샤페론이나 folding enzyme의 프로모터 부위에 존재하는 UPRE에 결합할 것으로 추정되는 염기성 아미노산이 풍부한 basic region이 존재하고 있었다. 또한, ATFC 유전자에 대하여 분자샤페론 및 folding enzyme의 전사 촉진 기능을 해석하기 위하여 누에 배양세포주(Bm5)에 각종 스트레스 유도제를 처리한 후 ATFC의 발현특성을 분석한 결과, 정상 세포주에서는 발현이 되지 않았으나 스트레스 유도제가 처리된 세포주에서는 ATFC의 전사체가 강하게 발현됨을 확인 할 수 있었다. 따라서 ATFC 유전자는 소포체 내의 정확하게 접혀지지 않았거나 조립되지 못한 단백질을 정확하게 접혀지게 하고 조립되게 하여 정상구조를 가지는 단백질로 재생하는 분자샤페론이나 folding enzyme의 전사를 촉진시키는 효모 Hac1p와 매우 유사한 기능을 수행할 것으로 추정할 수 있었다. 이상의 결과는, 효모를 제외한 모든 생물종에서 UPR pathway에 관련한 전사제어인자의 최초의 보고이다. 억제로 야기되는 것 같다.증진시키기 위해 행동변화단계에 따른 맞춤형 교육 프로그램을 개발하여 적용하였고, 그 결과, 행동변화단계별 교육 프로그램이 자궁경부암 조기검진의 수검 행동을 증진시키는데 효과적인 것으로 나타났다.lomus thermophilum, Thermotoga neapolitana 등에서 밝혀진 바와 같이 glutamic acid 부위가 xylanase의 활성부위라 여겨진다.倍), 수층(水層)이 약(約) 100배(100倍)로 나타나 홍삼(紅蔘)엑기스의 갈변색소형성(褐變色素形成)은 비효소적(非酵素的) 갈변반응(褐變反應)인 amino-carbonyl 반응(反應)이 주도적(主導的) 역할(役割)을 하고 있음을 알 수 있다. (6) 총당(總糖)과 갈변반응속도(褐變反應速度)는 유의성(有意性)이 있었으며 $100^{\circ}C$의 경우 20시간(20時間)에 가장 색도(色度)가 높아 갈변반응속도(褐變反應速度)가 0.2로 나타났다. the esophageal mucous cells pf Bryzoichthys lysimus contained small amount of neutral mucin, while on the other hand a feww mucous cells contained small amount of neutral mucin and minimal amount of sialomucin. But the esophageal mucous cells of Takifugu pardalis contained considerable amount of neutral mucin only.분해가 더욱 촉진되었으며, 30℃에서 교반 처리를 행한 경우가 10℃에서 교반 처리를 행한 경우 보다 지방분해가 더욱 촉진되었다. 산양유 원유는 30℃에서 교반 처리 시간이 연장되어도 지방분해는 뚜렷한 증가를 나타내지 않았다.와

THE DEVELOPMENT OF A ZERO-INFLATED RASCH MODEL

  • Kim, Sungyeun;Lee, Guemin
    • 한국수학교육학회지시리즈B:순수및응용수학
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    • 제20권1호
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    • pp.59-70
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    • 2013
  • The purpose of this study was to develop a zero-inflated Rasch (ZI-Rasch) model, a combination of the Rasch model and the ZIP model. The ZI-Rasch model was considered in this study as an appropriate alternative to the Rasch model for zero-inflated data. To investigate the relative appropriateness of the ZI-Rasch model, several analyses were conducted using PROC NLMIXED procedures in SAS under various simulation conditions. Sets of criteria for model evaluations (-2LL, AIC, AICC, and BIC) and parameter estimations (RMSE, and $r$) from the ZI-Rasch model were compared with those from the Rasch model. In the data-model fit indices, regardless of the simulation conditions, the ZI-Rasch model produced better fit statistics than did the Rasch model, even when the response data were generated from the Rasch model. In terms of item parameter ${\lambda}$ estimations, the ZI-Rasch model produced estimates similar to those of the Rasch model.

Isolation and characterization of the rice NPR1 promoter

  • Hwang, Seon-Hee;Hwang, Duk-Ju
    • Plant Biotechnology Reports
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    • 제4권1호
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    • pp.29-35
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    • 2010
  • NPR1 is a positive regulator of systemic acquired resistance in Arabidopsis and rice. Expression of the rice gene OsNPR1 is induced by salicylic acid (SA). To identify the region of the OsNPR1 promoter involved in response to SA, we carried out deletion mutagenesis of the region 1005 bp upstream of the OsNPR1 start codon. Ciselement analysis revealed that the OsNPR1 promoter contains W-boxes and ASF1 motifs, both of which are known to be functional cis-elements of the WRKY and bZIP proteins, respectively. The deletion constructs 1005:LUC and 752:LUC, were induced by up to 4.3- and 3.8-fold, respectively, following SA treatment, suggesting that W-boxes and ASF1 motifs may play an important role in the strong induction of these constructs by SA. Using mutation analysis, we also showed that both the W-box and ASF1 motif are necessary for SA-induced expression of OsNPR1.

옥수수의 노균병 저항성 증대를 위한 저항성 유용유전자 발굴 (Identification of novel genes for improvement of downy mildew resistance in Zea mays)

  • 민경도;김효철;김경희;문준철;이병무;김재윤
    • 환경생물
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    • 제37권4호
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    • pp.493-502
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    • 2019
  • 본 연구는 옥수수 재배 시 환경에 영향을 미치는 노균병 저항성과 관련된 유전자 후보군을 탐색해서 노균병으로 인한 토양오염과 옥수수 생산량 감소를 해결하기 위하여 노균병 저항성 품종을 효율적으로 발굴하기 위한 연구이다. 옥수수의 6번 염색체의 152,892,333과 154,335,437 사이에 있는 노균병 저항성 유전자를 탐색하였으며 이 부분에 존재할 것으로 예상되는 전사체에서 38개의 프라이머 세트를 디자인하여 이 중 16개의 예측 전사체를 가려 내었다. 또한 RT-PCR을 수행하여 감염된 Ki11의 발현이 높은 7개의 전사체로 5개의 품종에 대하여 건강한 샘플과 감염된 샘플을 검정하였고 최종 5개의 후보 유전자군[알려지지 않은 미확인 유전자 2개, OFP transcription factor, bZIP transcription factor, pentatricopeptide repeat (Ppr)]이 발견되었다. 본 연구의 결과로 추가적인 실험 설계를 통해 5개의 후보 유전자군에 대한 재검정을 통하여 확실한 노균병 저항성 유전자를 발굴하고 이를 노균병 저항성 품종 개발 및 방재에 이용할 수 있을 것으로 사료된다.

한우와 흑한우 CCAAT/Enhancer Binding Protein β(C/EBPβ) 유전자의 발현과 다형분석 (Polymorphism Analysis and Expression of the CCAAT/Enhancer Binding Protein β(C/EBPβ) in the Korean Native Cattle and Black Cattle Storage)

  • 김혜민;이상미;박효영;윤슬기;윤두학;이성수;고문석;문승주;강만종
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제50권2호
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    • pp.265-272
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    • 2008
  • 지방세포분화 초기에 중요한 역할을 수행하는 것으로 보고되고 있는 C/EBPβ 유전자를 cloning하기 위하여 한우 26개월령 등심조직을 이용하여 Total RNA를 추출하고 RT-PCR을 수행한 결과 한우 및 흑한우 C/EBPβ는 1047bp, 348 아미노산 서열을 가지고 있었다. 한우 및 흑한우 C/EBPβ의 아미노산 서열을 NCBI에 등록된 Japanese black cattle C/EBPβ(NCBI accession No. NM_176788) 비교한 결과 약 97%의 상동성을 나타내었다. 또한 인간, 닭, 생쥐, 쥐의 C/EBPβ 아미노산 서열을 비교한 결과 각각 96%, 58%, 74%, 75%의 상동성을 나타내었다. 그러나 각 종간의 leucine zipper domain간의 상동성은 매우 높게 나타났다. 한우 C/EBPβ의 발현은 폐, 등심, 지방조직에서 나타나고 있으나, 지방조직에서 좀 더 많은 발현을 보이고 있었다. 그리고 C/EBPβ 유전자의 bZIP 영역에서 polymorphism이 나타나지 않음을 확인하였다.

소포체스트레스 센서 OASIS family의 분자기전 (Molecular Mechanism of Endoplasmic Reticulum Stress Transducer OASIS Family)

  • 권기상;김승환;유권;권오유
    • 생명과학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.473-480
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    • 2015
  • 진핵세포의 소포체는 분비를 담당하는 첫 번째 기관이다. 대부분의 분비단백질과 막 형성단백질은 소포체에서 세포질/핵으로 전달되는 신호전달에 의한 번역후수식에 의해서 소포체를 통해서 분비된다. 그 결과 완전하게 접 힘이 일어난 단백질만 세포 밖으로 분비된다. 소포체내에서 완전하게 접힘이 일어나지 않아 축적된 단백질은 세 포내스트레스(소포체스트레스)가 되어 unfolded protein response (UPR)시스템을 작동시킨다. UPR을 작동시키는 3종류의 소포체막단백질은 inositol requiring 1 (IRE1), PKR-like ER kinase (PERK), activating transcription factor 6 (ATF6)이 존재한다. 최근에 새로운 종류의 ATF6이 동정되었다. 이들은(Luman, OASIS, BBF2H7, CREBH, CREB4) 공통적으로 소포체막관통영역, 전사활성영역, bZIP영역을 가지며 특이조직과 세포내기관에서 기능을 가 진다. 현재로서는 OASIS family의 정확한 분자기전 설명은 어렵지만, 본 리뷰에서 이들 분자신호를 포괄적으로 소개할 것이다

근관형성방법(根管形成方法)에 따른 모의근관형태(模擬根管形態)의 변화(變化)에 대(對)한 실험적(實驗的) 연구(硏究) (AN EXPERIMENTAL STUDY ON THE MORPHOLOGIC CHANGES OF DIFFERENT SIMULATED CANALS ACCORDING TO THE PREPARATION METHOD)

  • 황호길;조재오;조영곤
    • Restorative Dentistry and Endodontics
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    • 제13권1호
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    • pp.161-171
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    • 1988
  • The purpose of this study was to examine the morphological changes of different simulated canals according to the preparation procedures. With the use of clear casting resin, simulated straight and curved canals were created so that canal preparation procedures could be directly visualized and compared. Thirty clear polyester casting resin blocks which contained four simulated canals divided into three groups; Group A($0^{\circ}$), Group B($15^{\circ}$), and Group C($30^{\circ}$). In each block, 3 canals were prepared different preparation techniques, which were conventional method, step-back method, and giromatic filing. But, one canal was not prepared as a control group. The results were as follows: 1. There was no difference on canal shape among three canal preparation methods in straight canals (Group A). 2. When conventional method and Giromatic filing were used in curved canals (Group B, C), elbow, zip and hour-glass shape were formed in apical third. 3. When conventional method and Giromatic filing were used in curved canals (Group B, C), tear-drop appearance developed at the site of the canal exit in curved canals. 4. In curved canals (Group B, C), file tend to straighten within the canal. 5. There was no difference on canal shape according to curved angle in step-back method (p > 0.1). But there was significant difference on canal shape according to curved angle in conventional method and Giromatic filing (p < 0.001). 6. Step-back method was significantly more effective than conventional method and Giromatic preparation in morphologic aspects of apical third of original canals.

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중증 치매환자복 형태에 따른 근육 부하 및 피로도 평가 (Evaluation of Muscle Load and Fatigue According to the Shape of Severe Dementia Patients' Clothing)

  • 박광애;양정은;정하영
    • 한국의류산업학회지
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    • 제25권2호
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    • pp.185-198
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    • 2023
  • The purpose of this study is to obtain information necessary for the development of patient clothes that can reduce physical fatigue of caregivers by quantitatively measuring the muscle load and fatigue. The patient clothes used in this study can be broken down into three types: A type (back center zipper open suit), B type (top-to bottom separated patient clothes), and C type (front zipper open suit). The EMG measurement sites are as follows: hand muscle (brachioradialis), upper arm (biceps, triceps), shoulder (anterior deltoid, medial deltoid, posterior deltoid, upper trapezius), and waist (erector spinae); additionally, the EMG signals were measured. Through this experiment, muscle load, muscle energy consumption, and muscle fatigue generation tendency were analyzed. The results of the study revealed that the C type patient clothes required the most strength in the muscles of the shoulders, upper arms, hands, and back when being put on and taken off compared to other patient clothes. The A type clothes required a relatively large force in opening the zipper. In terms of muscle energy consumption, B type generally called for more strength when it came to the zip-up and putarmsup motions. With regard to the cover the body and put legs/hips up motions, C type used the highest amount of muscle energy, whereas A type used relatively little energy. In terms of the occurrence of muscle fatigue during the putting on and taking off of the patient's clothing, there was a difference in the area and degree of muscle fatigue in the A, B, and C types, and there was also a tendency for muscle fatigue to occur when performing repetitive movements.

Arg243, Invariably Critical for the Transcriptional Activation of Yeast Gcn4p

  • Cho, Gyu-Chull;Lee, Jae-Yung;Kim, Joon
    • Journal of Microbiology
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    • 제37권3호
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    • pp.154-158
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    • 1999
  • The arginine residue at position 243 (Arg 243) of the yeast transcription factor, Gcn4p, is invariably conserved among bZIP transcription factors. Using site-directed oligonucleotide saturation mutagenesis involving two-step polymerase chain reaction (PCR) amplification, random mutations were successfully introduced at the codon of 243 in the basic domain of Gcn4p. This mutant library was transformed ito Gcn4p defective yeast strain and selected for the transcriptionally active colonies. All colonies which were transcriptionally active had arginines in the codon 243. In this study, the strand preference by Taq polymerase during mutagenesis was also tested. Oligonucleotides were specially designed to test whether or not the polymerase was preferred using the strand as a template. A population of randomly mutated products were cloned into an appropriate vector and characterized by DNA sequencing analysis. Saturation mutagenesis which was performed efficiently by this method revealed a strong bias in terms of strand preference of Taq polymerase by an approximate ratio of 3 to 1 in this study.

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