• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권1호
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• pp.1-8
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• 2012

본 연구는 한국재래돼지의 MC4R 유전자 내의 단일염기변이들을 규명하고 그 유전자형 효과가 유전자표지인자를 이용한 선발(Marker assisted selection, MAS)에 활용 가능한지를 검증하기 위해서 수행되었다. 한국재래돼지의 MC4R 유전자 총 염기서열을 분석하기 위해 6개의 Primer들을 이용하여 증폭산물을 생성하였으며, 염기서열분석을 통해 총 6개(c.-780C>G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His, c.892A>G-Asp298Asn, c.*430A>T)의 단일염기변이를 발견하였다. 한국재래돼지 MC4R 유전자내의 총 6개의 단일염기변이들간의 연관불균형과 반수체 분석을 통해 단일염기변이들간의 연관성을 분석하였으며, c.-780C>G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His와 c.*430A>T는 완전한 연관불균형을 이루고 있었고, c.892A>G(Asp298Asn) 단일염기변이만 $r^2$-value가 0.028, D'-value가 0.348로 연관불균형 정도가 매우 낮았다. c.707A>G (Arg236His)와 c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이들을 선발하여 PCR-RFLP 유전자형 분석방법을 이용해 돼지 5품종간의 유전자형 빈도를 추정한 결과, c.707A>G (Arg236His) 단일염기변이는 요크셔 품종 집단에서 오직 A (His) 대립유전자를 관찰할 수 있었으며, 나머지 한국재래돼지, 랜드레이스, 버크셔와 듀록 품종에서는 G 대립유전자의 고정으로 나타났다. c.707A>G 단일염기변이와 육질형질을 484두에서 연관성 분석을 실시한 결과, 조지방, 등심 내의 수분, 육색, 적색도 그리고 황색도 등에서 유의적인 연관성을 관찰할 수 있었다. c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이의 유전자형 빈도는 품종별로 차이가 났으며, A (Asn) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 듀록으로 나타났고, G (Asp) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 한국재래돼지로 조사되었다. c.892A>G (Asp 298Asn) 단일염기변이와 돼지 4 집단의 육질형질을 1,126두에서 분석한 결과, 등지방두께에 고도의 유의적인 효과를 관찰할 수 있었다(P<0.002). AA 유전자형을 가진 개체가 AG나 GG 유전자형을 가진 개체보다 등지방두께가 두꺼운 것을 확인할 수 있었다. 본 연구의 결과를 통해 MC4R 유전자 내의 c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이는 돼지의 선발개량에 유전자표지인자로서 충분한 효과가 있음을 검증하였다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권10호
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• pp.5037-5042
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• 2012

Background: Tobacco contains agents which generate various potent DNA adducts that can cause gene mutations. Production of DNA adducts may be neutralized by glutathione S transferase (GST) along with other phase I and phase II enzyme systems. The existence of null type of GST among the population increases the susceptibility to various disorders and diseases. The present study focuses on the impact of high tobacco usage and possible null type mutation in GST loci. Methods: Genotypes of GST were detected by multiplex polymerase chain reaction in unrelated 504 volunteers of high tobacco using natives of Gujarat. Allelic frequencies were calculated using Statistical Package for Social Studies-16 software. Hardy Weinberg Equilibrium (HWE) was calculated using Chi square test. Two sided Fisher's significance test was used to compare allelic frequencies of different populations. Results: The frequency of homozygous null genotype of GSTM1 and GSTT1 were 20% (95% CI 16.7-23.9) and 35.5% (95% CI 31.4-39.9) respectively. The GSTM1 and GSTT1 null allele frequency distribution in the Gujarat population was significantly deviating from HWE. GSTT1 null frequency of Gujaratians was significantly higher and different to all reported low tobacco using Indian ethnics, while GSTM1 was not differing significantly. Conclusion: Tobacco usage significantly influences the rate of mutation and frequency of GSTT1 and M1 null types among the habituates. The rate of mutation in GSTT1 loci was an undeviating response to the dose of tobacco usage among the population. This mutational impact of tobacco on GSTT1 postulates the possible gene - environment interaction and selection of null genotype among the subjects to prone them under susceptible status for various cancers and even worst to cure the population with GSTT1 dependent drugs.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제21권1호
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• pp.240-246
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• 2020

본 연구는 백우 품종 육성을 위해 분자생물학적 방법을 이용하여 유전적 특성을 파악하고 백우 품종을 식별하기 위한 백우 품종 특이적인 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) 마커를 개발하기 위해 수행되었다. 한우 48두와 백우 22두의 혈액에서 추출된 DNA를 이용하여 Illumina Bovine HD 777K SNP chip으로 SNP genotyping을 실시하였다. 각 SNP의 Minor Allele Frequency (MAF) difference (한우와 백우의 차이 절대값)을 계산하고, Fisher's Exact test (Genotype)을 통해 MAF difference의 통계적 유의성(P-value)을 계산하였다. 품종 별 차이를 나타낼 수 있는 마커를 선발기준으로 MAF difference가 100%의 차이를 나타내는 SNP를 식별하였다. 이러한 유전적 차이를 보이는 9개의 단일염기다형성 마커(rs42125585, rs42125591, rs42125833, rs109461720, rs134735704, rs109447299, rs42164846, rs42160000 및 rs137353829)가 선발되었다. 선발된 마커들은 한우와 백우 특이적인 대립유전자를 가지고 서로 다른 대립유전자를 나타내고 있다. 이들 9개의 SNP 마커들을 이용하여 한우와 백우의 품종을 식별할 수 있음을 확인하였고, 이러한 결과들을 바탕으로 백우 품종 식별 마커 특허를 등록하였다. 백우는 원종인 한우에서 분리되어 한국재래종의 특성을 잘 나타내 주는 계통으로, 이러한 백우가 가지고 있는 유전적 특성 연구는 백우를 식별하고 품종으로서 육종하는데 사용되어 종축으로서의 가치 증진을 위한 기반 연구가 될 것으로 생각된다.

• 응용통계연구
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• 제22권2호
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• pp.329-340
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• 2009

질적 형질에 대한 유전적 연관성 분석은 크게 두 가지로 구분 할 수 있는데, 모형 기반분석과 그렇지 않은 모형 무관 분석 방법이다. 복합질병의 경우 멘델의 유전법칙을 잘 따르지 않기 때문에 모형 기반 분석 방법을 사용하는 것보다 모형 무관 분석 방법을 사용하는 것이 효율적이라고 알려져 있다. 이러한 모형 무관 분석 방법 중 이환 형제 쌍 자료를 이용한 분석 방법은 형제 쌍 간의 유전적 일치 비율을 기준으로 공유하고 있는 대립유전자의 분포를 이용하는 것으로 크게 proportion test, mean test, minmax test로 구분 할 수 있다. 본 연구에서는 형제집단자료로 확장된 경우, 유전 형식에 상관없이 로버스트한 방법으로 알려진 minmax test에 형제 쌍의 가중치를 고려할 수 있는 방법들 즉, 동일 가중 방법, Suarez의 방법, Hodge의 방법, Sham 등의 방법을 적용하여 그 성능을 비교하였다. 모의실험 자료를 이용하여 비교한 결과 표식유전자의 빈도, 형질의 유전 형식, 형제수에 상관없이 Suarez의 방법이 가장 검정력이 높은 방법으로 드러났다. 또한, 동일 가중 방법을 제외하고는 표식유전자의 빈도가 높아질수록, 형제수가 많아질수록 더 높은 검정력을 보였고, 이러한 현상은 우성 유전 형식을 가정한 자료에서 더욱 두드러지게 나타났다.

• 생물정신의학
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• 제2권2호
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• pp.237-247
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• 1995

도파민 $D_3$ 수용체 유전자와 정신분열증 병인과의 연관성을 밝히고자 본 연구에서는 한국에서의 정신분열증환자 66명과 정상대조군 76명에서 다형성의 분포를 PCR을 이용하여 환자대조연구 방법으로 조사하였다. 정신분열증환자에서 대립유전자 1의 빈도는 0.66이었고, 정상 대조군에서는 0.76이었다. 즉, 두군간에 대립유전자 1의 빈도에는 유의한 차이가 없었고, 양성 및 음성 증상군 척도평가에 의한 정신분열증의 양성아형과 음성아형간에도 유의한 차이가 없었다. 정신분열증 환지에서는 전체 66명중 동형 접합체가 43명으로 65.1%. 이형 접합체는 23명으로 34.9%였다. 정상 대조군에서는 전체 76명중 동형접합체가 54명으로 71.1%. 이형접합체는 28.9%였다. 이러한 결과는 이전의 정신분열증과 도파민 $D_3$ 수용체 유전자간의 연관관계를 연구한 외국의 연구결과와 일치하며 도파민 $D_3$ 수용체 유전자가 정신분열증 병인의 원인일 것이라는 가설을 뒷받침하지는 못하였다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권19호
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• pp.8413-8422
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• 2014

Background: To investigate the relationship of five TP53 polymorphisms (p.P47S, p.R72P, PIN3 ins16bp, p.R213R and r.13494g>a) with the esophageal cancer (EC) risk in North Indians. Materials and Methods: Genotyping of p.P47S, p.R72P, PIN3 ins16bp, p.R213R and r.13494g>a polymorphisms of TP53 in 136 sporadic EC patients and 136 controls using polymerase chain reaction and PCR-RFLP. Results: The frequencies of genotype RR, RP and PP of p.R72P polymorphism were 16.91 vs 26.47%, 58.82 vs 49.27% and 24.27 vs 24.27% among patients and controls respectively. We observed significantly increased frequency of RP genotype in cases as compared to controls (OR=1.87, 95% CI, 1.01-3.46, p=0.05). The frequencies of genotype A1A1, A1A2 and A2A2 of PIN3 ins16bp polymorphism were 69.12 vs 70.59%, 27.20 vs 25% and 3.68 vs 4.41% among patients and controls. There was no significant difference among genotype and allele distribution between patients and controls. The frequencies of genotype GG, GA and AA of r.13494g>a polymorphism were 62.50 vs 64.70%, 34.56 vs 30.15% and 2.94 vs 5.15% among patients and controls respectively. No significant difference between genotype and allele frequency was observed in the patients and controls. For p.P47S and p.R213R polymorphisms, all the cases and controls had homozygous wild type genotype. The RP-A1A1-GG genotype combination shows significant risk for EC (OR=2.01, 95%CI: 1.01-3.99, p=0.05). Conclusions: Among the five TP53 polymorphisms investigated, only p.R72P polymorphism may contributes to EC susceptibility.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제38권4호
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• pp.579-588
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• 2008

Purpose: The purpose of this study was to investigate the association of generalized aggressive periodontitis with IL-6 promoter gene single nucleotide polymorphisms(SNP). Material and Methods: The study population consisted of 52 generalized aggressive periodontitis patients(GAP) and 30 periodontally healthy control subjects, who were systemically healthy non-smokers. Genomic DNA was obtained from buccal swab. The IL-6 promotor SNP at the positions of -597, -572, and -174 were genotyped by amplifying the polymorphic region using polymerase chain reaction(PCR), restriction enzyme digestion and gel electrophoresis. Result: The genotype distributions for G/G, G/A and A/A genotypes of IL-6 -597 were 30.8%, 40.4%, and 28.8% in the GAP group and 53.3%, 40%, and 6.7% in the control group and were statistically different between 2 groups(p<0.05). Allele 2 frequency of IL-6 -597 were significantly higher in the GAP group than the control group(p<0.01). At the position of IL-6 -572, the distribution for C/C, C/G and G/G genotypes were 23.1%, 55.8% and 21.2% in the GAP group and 20%, 33.3%, and 46.7% in the control group. In female subjects, the genotype distribution were significantly different between 2 groups(p<0.01). In male subjects, allele 2 frequency of IL-6-572 was significantly lower in the GAP group than the control group(p<0.05). The genotype distribution of IL-6 -174 in the GAP group were 96.2%, 3.8% for G/G, G/C genotypes whereas only the G/G genotype was detected in the control group. Conclusion: In conclusion, significant associations were found in IL-6 gene promoter(-597, -572) polymorphisms and generalized aggressive periodontitis. Further cohort study will be necessary in larger population.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제38권3호
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• pp.123-127
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• 2014

This study was conducted for SNPs in the 5'-regions of estrogen receptor-${\alpha}$ (ESR-${\alpha}$), and association with calving interval (CI), service per conception (SPC) and 305 days milk yield in Hanwoo and Holstein dairy cattle. The genetic improvement was incurred low reproduction performance. The objective of this study was to investigate connections between single nucleotide polymorphisms (SNP) of Estrogen receptor-${\alpha}$ (ESR-${\alpha}$) with reproduction performance (calving interval, service per conception, and 305 d milk yield) in Hanwoo and Holstein dairy cattle. Hanwoo and Holstein blood samples were collected from 183 and 124 dam of breeding farms and DNA was extracted. Primer design was based on NCBI GenBank (Accession No. AY340579). The PCR-RFLP method with Bgl I was used to genotype the cattle. The result showed two variants of the ESR-${\alpha}$ gene. The Bgl I cut the 492 bp amplification product into 322 bp and 170 bp fragments for allele G, while allele A remained uncut, resulting in two restriction fragments for homozygote G/G and three fragments for heterozygote A/G. We found two of different genotypes in these breeds, A/G and G/G. In Hanwoo, the A/G genotype frequency was 0.13, and G/G was 0.87. The CI of A/G was $382.18{\pm}10.03$ days, and G/G was $381.69{\pm}5.22$ days. The SPC of A/G was $1.62{\pm}0.16$, and G/G was $1.32{\pm}0.04$. While CI showed no significance difference, SPC exhibited significant difference (p<0.05). In Holstein cattle, the frequency of genotype A/G was 0.02 and G/G was 0.98. The 305 days milk yield of A/G was $7,253.00{\pm}936.00kg$ and of G/G was $8,747.51{\pm}204.88kg$, showing no significant difference.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제58권11호
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• pp.40.1-40.5
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• 2016

Background: Currently about 26,000 horses are breeding in Korea and 57.2% (14,776 horses) of them are breeding in Jeju island. According to the statistics published in 2010, the horses breeding in Jeju island are subdivided into Jeju horse (6.1%), Thoroughbred (18.8%) and Halla horse (75.1%). Halla horses are defined as a crossbreed between Jeju and Thoroughbred horses and are used for horse racing, horse riding and horse meat production. However, little research has been conducted on Halla horses because of the perception of crossbreed and people's weighted interest toward Jeju horses. Method: Using 17 Microsatellite (MS) Markers recommended by International Society for Animal Genetics (ISAG), genomic DNAs were extracted from the hair roots of 3,880 Halla horses breeding in Korea and genetic diversity was identified by genotyping after PCR was performed. Results and conclusion: In average, 10.41 alleles (from 6 alleles in HTG7 to 17 alleles in ASB17) were identified after the analysis using 17 MS Markers. The mean value of $H_{obs}$ was 0.749 with a range from 0.612(HMS1) to 0. 857(ASB2). Also, it was found that $H_{\exp}$ and PIC values were lowest in HMS1 (0.607 and 0.548, respectively), and highest in LEX3(0.859 and 0.843, respectively), and the mean value of $H_{\exp}$ was 0.760 and that of PIC was 0.728. 17 MS markers used in this studies were considered as appropriate markers for the polymorphism analysis of Halla horses. The frequency for the appearance of identical individuals was $5.90{\times}10^{-20}$ when assumed as random mating population and when assumed as half-sib and full-sib population, frequencies were $4.08{\times}10^{-15}$ and $3.56{\times}10^{-8}$, respectively. Based on these results, the 17 MS markers can be used adequately for the Individual Identification and Parentage Verification of Halla horses. Remarkably, allele M and Q of ASB23 marker, G of HMS2 marker, H and L of HTG6 marker, L of HTG7 marker, E of LEX3 marker were the specific alleles unique to Halla horses.

• 생명과학회지
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• 제18권9호
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• pp.1207-1211
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• 2008

Pro-inflammatory cytokine인 종양괴사인자-$\alpha$ (TNF-$\alpha$)는 B형 간염바이러스(HBV) 감염에 대한 면역반응의 중요한 매개인자이다. TNF-$\alpha$의 생산은 전사수준에서 주로 조절되며, TNF-$\alpha$ promoter 다형성은 TNF-$\alpha$ 유전자 발현을 변화시키기 때문에, TNF-$\alpha$ promoter 다형성이 만성 HBV 감염의 병태생리에 영향을 미칠 가능성이 높다. 그러므로, 본 연구에서는 TNF-$\alpha$ promoter 다형성과 만성 HBV 감염의 연관성을 조사하였다. 본 연구는 만성 HBV 감염환자 181명, HBV 감염이 자연적으로 치유된 201명, 그리고 건강한 대조군 170명을 대상으로 하였다. TNF-$\alpha$ promoter의 -308G/A와 -238G/A 다형성은 PCR-RFLP법을 통하여 분석하였다. 분석결과, 환자군에서 -308과 -238 유전자형의 분포는 자연치유군 및 건강대조군에서의 분포와 통계적인 차이를 보이지 않았다(p>0.05). 또한, 그룹 간에 allele frequency도 통계적 차이가 없었다(p>0.05). 따라서, 본 연구의 결과는 한국인에서 TNF-$\alpha$ -308과 -238 promoter 다형성은 만성 B형 간염 바이러스 감염의 발생과 연관성이 없음을 시사한다.