• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제28권12호
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• pp.2539-2542
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• 2007

• 미생물과산업
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• 제12권1호
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• pp.4-8
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• 1986

DNA is a flexible molecule that adopts a variety of conformations. Left-handed helices have been demonstrated in synthetic DNA polymers (reviewed in Ref.1-2) and in segments of DNA restriction fragments (3) and recombinant plasmids (4-8). Other DNA conformations such as cruci forms and bent structures have also been demonstrated. Thus DNA micro heterogeneity has been demonstrated in a variety of systems (9-11). The role of the static and dynamic structures and properties of DNA in gene expression has been reviewed(1,12).

• 대한본초학회지
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• 제30권3호
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• pp.41-47
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• 2015

Objectives : Due to the morphological similarity of the pericarp and description of multi-species in National Pharmacopoeia of Korea and China, the Zanthoxylum Pericarpium is difficult to authenticate adulterant in species levels. Therefore, we introduced the sequence analysis of DNA barcode and identification of single nucleotide polymorphism(SNP) to establish a reliable tool for the distinction of Zanthoxylum Pericarpium from its adulterants. Methods : To analyze DNA barcode region, genomic DNA was extracted from twenty-four specimens of authentic Zanthoxylum species and inauthentic adulterant and the individual internal transcribed spacer regions (rDNA-ITS and ITS2) of nuclear ribosomal RNA gene were amplified using ITS1, ITS2-S2F, and ITS4 primer. For identification of species-specific sequences, a comparative analysis was performed using entire DNA barcode sequences. Results : In comparison of four Zanthoxylum ITS2 sequences, we identified 16, 4, 6, and 4 distinct species-specific nucleotides enough to distinguish Z. schinifolium, Z. bungeanum, Z. piperitum, and Z. simulans, respectively. The sequence differences were available genetic marker to discriminate four species. Futhermore, phylogenetic relationship revealed a clear classification between different Zanthoxylum species showing 4 different clusters. These results indicated that comparative analysis of ITS2 DNA barcode was an useful genetic marker to authenticate Zanthoxylum Pericarpium in species levels. Conclusions : The marker nucleotides, enough to distinguish Z. schinifolium, Z. piperitum, Z. bungeanum, and Z. simulans, were obtained at 30 SNP marker nucleotides from ITS2 sequences. These differences could be used to authenticate official Zanthoxylum Pericarpium from its adulterants as well as discriminating each four species.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제25권9호
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• pp.1430-1432
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• 2004

• 한국잠사곤충학회지
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• 제51권2호
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• pp.185-190
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• 2013

2011년부터 수입되어 사육 유통되는 슈퍼밀웜의 국내 샘플들은 형태 분류학적 검토를 통하여 Zophobas atratus란 종으로 밝혀졌고, Z. morio란 학명은 이 종의 동물이 명임이 확인되었다. 이 외래종은 자원 관리측면에서 국명을 '아메리카왕거저리'로 신칭하였다. 이 종과 형태적으로 유사한 자생종 P. valgipes 및 사육종 T. molitor와 DNA 바코드 분석 결과, Zophobas atratus와 P. valgipes는 평균 21.4%, Zophobas atratus와 Z. morio는 20.9%의 염기분화율을 보여 DNA 바코드로 쉽게 종 동정할 수 있음을 확인하였다. Z. atratus의 국내집단은 모두 동일 일배체형을 갖고 있어 국외의 동일 지역 개체군이 국내로 유입된 것으로 추정된 반면에 Z. molitor는 동일 사육집단 내에서도 두 개의 종내 집단이 뚜렷이 구분되고 서로의 염기 분화율이 1.17 ~ 2.19%로 갭을 형성한 것으로 보아 국내 Z. molitor 사육개체들은 서로 다른 지역 집단이 혼입되어 대량 사육에 이용되어진 것으로 추정된다. 이번 연구를 통하여 분석된 상업적으로 도입, 이용되는 2종의 거저리류의 분류학적 기초 정보가 국내 곤충자원 관리를 위하여 유용하게 이용될 것으로 판단된다.

• 미생물과산업
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• 제14권1호
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• pp.12-16
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• 1988

Allantoin 분해 유전자들중 highly inducible 한 DAL7, DUR1,2및 constitutive한 DAL5 gene의 promoter를 deletion 방법에 의해 발현에 필요한 최소 DNA seqyence 부위를 정한후 이 DNA seqyence를 다시 oligonucleotide 합성방법에 의해 합성하여 Cyc 1-LacZ expression vector에 삽입하여 효모내에서 LacZ의 발현이 삽입한 DNA sequence에 의해 영향을 받는 정도를 측정하여 (.betha.-galactosidase activity) deletion 방법에 의해 결정한 이 DNA dequence들이 직접 발현유도에 관여하는가를 조사하였다.

• 환경영향평가
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• 제22권6호
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• pp.591-607
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• 2013

본 연구에서는 생물학적 바이오마커, 물리적 서식지 지표 및 화학적 수질지표를 종합하여 12-메트릭 생태평가 모형을 확립하였고, 도심하천에 적용하여 수생태계 평가를 실시하였다. 생태모형 적용을 위해 도심하천의 상류역의 대조군 지역($C_Z$), 중류의 전이대($T_Z$) 및 하류역의 오염지역(IZ)을 선정한 후, 모델값에 대한 계절별 변이특성을 분석하였다. DNA 손상도 분석은 혈액을 이용한 단세포 전기영동법(Single-cell gel electrophoresis, SCGE)인 Comet assay 지표에 의거한 생지표 메트릭으로 이용되었고, Tail moment, Tail DNA(%) 및 Tail length(${\mu}m$)값이 분석되었다. DNA의 손상은 하류역의 오염지역($I_Z$)에서 분명하게 나타났지만, 대조군($C_Z$) 지역에서는 그렇지 않았다. 개체군 지표로서 비만도 지수인 $C_F$ 값 분석, 체장빈도 분포 지표 및 개체 이상도(Abnormality) 지표가 생물지표로서 이용되었다. 물리적 서식지 지표는 QHEI 모델을 이용하였고, 4개 메트릭이 분석되었다. 화학적 수질지표는 부영양화 지표인 인(P)/질소(N), 화학적 산소요구량 및 전기전도도 지표가 이용되었다. 본 연구를 종합해보면, 12-메트릭 생태모형의 생지표 속성은 대조군($C_Z$)지역에 비해 오염지역($I_Z$)에서 화학적 스트레스 지표(부영양화 지표)에 아주 민감하게 반응 하는 것으로 나타났으며, 또한 이들은 부분적으로 서식지 평가지표에 의해 영향 받는 것으로 분석되었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제23권2호
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• pp.150-155
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• 1995

Carboxypeptidase Z(CPZ) cDNA of Absidia zychae was experssed in Saccharomyces cerevisiae. The expressed CPZ(YCPZ) was secreted about 30 mg/l into the medium and has a little higher molecular weight than the wild type CPZ in SDS-PAGE. By the result of N-terminal amino acid sequencing, YCPZ has additional 15 amino acids residues in N-terminus of CPZ. But YCPZ shows no difference with CPZ in enzyme activity and substrate specificity. For the identification of processing mechanism of YCPZ, 36-Arg was changed to 36-Thr by site specific mutagenesis. Mutant YCPZ does not processed at 36-Thr. It was, therefore, concluded that the YCPZ was processed by KEX2. According to endo F treatment, high amount of carbohydrate was N-glycosylated in YCPZ.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제27권7호
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• pp.1071-1074
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• 2006

• Environmental Engineering Research
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• 제14권1호
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• pp.63-67
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• 2009

Escherichia coli K-12 (E. coli K-12) is a representative indicator globally used for distinguishing and monitoring dynamic fates of pathogenic microorganisms in the environment. This study investigated how to most critically quantify lacZ ($\beta$-galactosidase) gene in E. coli K-12 by two different real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) in association with three different DNA extraction practices. Three DNA extractions, i.e., sodium dodecyl sulfate (SDS)/proteinase K, magnetic beads and guanidium thiocyanate (GTC)/silica matrix were each compared for extracting total genomic DNA from E. coli K-12. Among them, GTC/silica matrix and magnetic beads beating similarly worked out to have the highest (22-23 ng/${\mu}L$) concentration of DNA extracted, but employing SDS/proteinase K had the lowest (10 ng/${\mu}L$) concentration of DNA retrieved. There were no significant differences in the quantification of the copy numbers of lacZ gene between SYBR Green I qPCR and QProbe-qPCR. However, SYBR Green I qPCR obtained somewhat higher copy number as $1{\times}10^8$ copies. It was decided that GTC/silica matrix extraction or magnetic beads beating in combination with SYBR Green I qPCR can be preferably applied for more effectively quantifying specific gene from a pure culture of microorganism.