• 제목/요약/키워드: Y2H library

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Bradyrhizobium sp. SNU001 nod 유전자 클로닝 (Molecular Cloning of nod Genes from Bradyrhizobium sp. SNU001)

  • 고세리;심웅섭;안정선
    • 미생물학회지
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    • 제30권4호
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    • pp.246-251
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    • 1992
  • 대두 (Glycine max) 뿌리혹의 질소고정 공생균주 Bradyrhizobium japonicum SNU001 의 nod 유전자를 클로닝하였다. Rhizobium meliloti 의 4.5 kb EcoRI/ HindIII 절편을 탐침으로 한 게놈 혼성화 반응을 분리균주의 게놈상에 nod 유전자가 존재함을 확인하고, lambda EMBL3-BamHI vector 를 이용하여 genomic library 를 작성하였다. 작성된 library 로부터 1, 2 차 선별과정을 통해 nod 유전자가 있는 클론 1-5 를 선별하고, 클론 2로부터 nod DABC 탐침과 lambda DNA 탐침을 사용한 혼성화반응을 수행하여 삽입된 genomic DNA 에 대한 부분적인 제한효소 지도를 작성하였다. nod DABC 탐침과 가장 강한 혼성화반응을 보인 phage 클론 lambda CNS-1 의 3.9 kb BamHI 절편을 pBS KS(+) vector 에 subcloning 하고 동일한 탐침을 이용한 혼성화반응을 통해 subclone pBjCNS-1 을 선별하였다. 이 subclone 에 대한 부분적인 제한효소 지도를 작성하여 nod DABC 가 1.8 KpnI/SacI 절편에 존재함을 확인하였다.

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Identification of Novel Non-Metal Haloperoxidases from the Marine Metagenome

  • Gwon, Hui-Jeong;Teruhiko, Ide;Shigeaki, Harayama;Baik, Sang-Ho
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제24권6호
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    • pp.835-842
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    • 2014
  • Haloperoxidase (HPO, E.C.1.11.1.7) is a metal-containing enzyme oxidizing halonium species, which can be used in the synthesis of halogenated organic compounds, for instance in the production of antimicrobial agents, cosmetics, etc., in the presence of halides and $H_2O_2$. To isolate and evaluate a novel non-metal HPO using a culture-independent method, a cassette PCR library was constructed from marine seawater in Japan. We first isolated a novel HPO gene from Pseudomonas putida ATCC11172 by PCR for constructing the chimeric HPO library (HPO11172). HPO11172 showed each single open-reading frame of 828 base pairs coding for 276 amino acids, respectively, and showed 87% similarity with P. putida IF-3 sequences. Approximately 600 transformants screened for chimeric genes between P. putida ATCC11173 and HPO central fragments were able to identify 113 active clones. Among them, we finally isolated 20 novel HPO genes. Sequence analyses of the obtained 20 clones showed higher homology genes with P. putida or Sinorhizobium or Streptomyces strains. Although the HPO A9 clone showed the lowest homology with HPO11172, clones in group B, including CS19, showed a relatively higher homology of 80%, with 70% identy. E. coli cells expressing these HPO chimeric genes were able to successfully bioconvert chlorodimedone with KBr or KCl as substrate.

KDC, DDC, LCC의 기독교 문헌분류 전개에 관한 연구 (A Comparative Study on Divisions of Christianity in KDC, DDC & LCC)

  • 김명옥
    • 한국도서관정보학회지
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    • 제34권1호
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    • pp.287-311
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    • 2003
  • 본 연구는 KDC 4판, DDC 21판, LCC 3판의 종교류의 강목, 종교공통구분, 표준구분 및 기독교에 관한 전개항목을 KDC 4판의 요목 순에 의하여 비교 고찰하였다. 따라서 기독교 분야는 \circled1 기독교신학, 교의학(조직신학), \circled2 예수 그리스도, \circled3 성서, \circled4 신앙록, 명상록, 신앙생활, \circled5 전도, 교육, 교화활동, 목회학, \circled6 교회론, \circled7 예배, 전례, 성례, \circled8 교파에 관한 전개항목을 학문연구과정, 세 분류표의 전개항목 및 특성 둥을 비교 고찰하여 보다 나은 기독교 분야의 분류표 작성에 이론적 근거를 제시하기 한 것이다.

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의학 분야 Web DB의 품질평가 -PubMed와 Embase를 대상으로- (A Study on Quality Evaluation of Medical Web DBs : PubMed and Embase)

  • 김상준
    • 한국문헌정보학회지
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    • 제38권2호
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    • pp.161-187
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    • 2004
  • 본 연구는 의학 분야 Web DB의 품질평가를 위해 무료 PubMed와 상용 Embase DB를 선행연구 분석을 통해 품질평가 기준을 추출하여 객관적으로 측정하기 쉬운 평가항목을 중심으로 발견적ㆍ실무적 비교 평가를 실시한 것이다. 그 결과 PubMed는 최신성, 저널 형태의 논문 비중, 초록 보유 자료와 영어자료의 비중, 전자 저널 원문 링크 출판사 수, 자관 소장여부를 표시하는 LinkOut과 구입비용에서 우수하였다. 반면 Embase는 포괄성, 제약과 화학 분야, 수록정보의 다양한 형태에서 우수하였다. 따라서 상용 DB 도입의 타당성 검토와 이용자 교육 및 도서관 정보서비스는 이러한 두 DB의 품질평가 결과를 바탕으로 이루어져야 한다.

IGRINS Spectral Library

  • Park, Sunkyung;Lee, Jeong-Eun;Kang, Wonseok;Lee, Sang-Gak;Chun, Moo-Young;Kim, Kang-Min;Jeong, Ueejeong;Yuk, In-Soo;Jaffe, Daniel T.
    • 천문학회보
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    • 제40권1호
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    • pp.71.2-71.2
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    • 2015
  • We present the high-resolution near-infrared spectra of standard stars observed with Immersion Grating Infrared Spectrograph (IGRINS). IGRINS covers the full spectral range of H and K bands simultaneously with a high spectral resolution (R=40,000), revealing many previously undetected and/or unknown lines. In this work, we present preliminary results of spectroscopic diagnostics for stellar physical parameters. Our ultimate goal is to provide a library of near-infrared spectra of standard stars, which covers all spectral types and luminosity classes, with a high-resolution and high signal to noise ratio ($SNR{\geq}200$).

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종합목록DB를 이용한 국내 대학도서관 서양서 소장 실태 분석 (An Analysis of Korean University Library Holdings of Western Language Books Using a Union Catalog Database)

  • 이지원;이재윤
    • 정보관리학회지
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    • 제35권1호
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    • pp.205-229
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    • 2018
  • 본 연구는 국내 대학도서관 서양서 장서 개발의 변화를 살펴보기 위해 2003년과 2013년에 출판된 서양서 소장 실태를 KERIS 종합목록을 통해 분석하였다. 이를 위해 새로운 장서 지표로 소장 h-지수, 장서 고유성 지수, 그리고 공통장서 확보율을 제안하고 기본 지표인 종수 및 책수, 그리고 종당 책수와 함께 활용하였다. 분석 결과 2003년에 비해서 2013년에 출판된 서양서의 전체 소장 종수는 16.1% 감소하고 소장 책수는 42.2% 감소하여 소장 책수가 더 크게 감소하였다. 여러 도서관이 공통적으로 소장하는 공통 장서, 또는 기본 장서의 규모를 나타내는 공통장서 확보율은 줄어들었고, 장서고유성은 증가하였다. DDC 주류 중에서는 컴퓨터 관련 도서가 급감한 0XX(총류) 분야의 감소율이 가장 컸다. 도서관별 장서량 측면에서는 2003년에 비해서 2013년 출판도서의 경우에 상위 도서관이 더욱 과점하는 빈익빈 부익부 현상이 심화되었다.

3-아미노-2-페닐이미노-1,3-티아졸린 유도체에 대한 Lipinski 법칙의 적용 및 그들의 합성 (Application of Lipinski Rule for 3-amino-2-phenylimino-1,3-thiazolines and Their Syntheses)

  • 박익규;한호규
    • 농약과학회지
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    • 제10권2호
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    • pp.69-75
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    • 2006
  • 신농약 살균제 개발을 목표로 벼도열병균에 대한 살균활성이 있는 3-메틸-2-페닐이미노-1,3-티아졸린 유도체 1의 분자수정을 통하여 3-아미노-2-페닐이미노-1,3-티아졸린 유도체 2를 isostere의 개념을 근거 하에서 디자인하였다. 화합물 2는 모두 Lipinski 법칙에 따랐으며 가상계산에 의하면 물에 대한 용해도가 화합물 1보다 높았다. 티오우레아 4를 $\gamma$-클로로아세토아세트아닐라이드 유도체 5와 반응시켜 중간체 6H-[1,3,4] 티아디아진 8을 통하여 3-아미노-2-페닐이미노-1,3-티아졸린 유도체 2(195종)의 집중 라이브러리를 구축하였다.

Novel Phage Display-Derived H5N1-Specific scFvs with Potential Use in Rapid Avian Flu Diagnosis

  • Wu, Jie;Zeng, Xian-Qiao;Zhang, Hong-Bin;Ni, Han-Zhong;Pei, Lei;Zou, Li-Rong;Liang, Li-Jun;Zhang, Xin;Lin, Jin-Yan;Ke, Chang-Wen
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제24권5호
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    • pp.704-713
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    • 2014
  • The highly pathogenic avian influenza A (HPAI) viruses of the H5N1 subtype infect poultry and have also been spreading to humans. Although new antiviral drugs and vaccinations can be effective, rapid detection would be more efficient to control the outbreak of infections. In this study, a phage-display library was applied to select antibody fragments for HPAI strain A/Hubei/1/2010. As a result, three clones were selected and sequenced. A hemagglutinin inhibition assay of the three scFvs revealed that none exhibited hemagglutination inhibition activity towards the H5N1 virus, yet they showed a higher binding affinity for several HPAI H5N1 strains compared with other influenza viruses. An ELISA confirmed that the HA protein was the target of the scFvs, and the results of a protein structure simulation showed that all the selected scFvs bound to the HA2 subunit of the HA protein. In conclusion, the three selected scFVs could be useful for developing a specific detection tool for the surveillance of HPAI epidemic strains.

Metagenomic Analysis of Novel Lignocellulose-Degrading Enzymes from Higher Termite Guts Inhabiting Microbes

  • Nimchua, Thidarat;Thongaram, Taksawan;Uengwetwanit, Tanaporn;Pongpattanakitshote, Somchai;Eurwilaichitr, Lily
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제22권4호
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    • pp.462-469
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    • 2012
  • A metagenomic fosmid library was constructed from genomic DNA isolated from the microbial community residing in hindguts of a wood-feeding higher termite (Microcerotermes sp.) collected in Thailand. The library was screened for clones expressing lignocellulolytic activities. Fourteen independent active clones (2 cellulases and 12 xylanases) were obtained by functional screening at pH 10.0. Analysis of shotgun-cloning and pyrosequencing data revealed six ORFs, which shared less than 59% identity and 73% similarity of their amino acid sequences with known cellulases and xylanases. Conserved domain analysis of these ORFs revealed a cellulase belonging to the glycoside hydrolase family 5, whereas the other five xylanases showed significant identity to diverse families including families 8, 10, and 11. Interestingly, one fosmid clone was isolated carrying three contiguous xylanase genes that may comprise a xylanosome operon. The enzymes with the highest activities at alkaline pH from the initial activity screening were characterized biochemically. These enzymes showed a broad range of enzyme activities from pH 5.0 to 10.0, with pH optimal of 8.0 retaining more than 70% of their respective activities at pH 9.0. The optimal temperatures of these enzymes ranged from $50^{\circ}C$ to $55^{\circ}C$. This study provides evidence for the diversity and function of lignocellulose-degrading enzymes in the termite gut microbial community, which could be of potential use for industrial processes such as pulp biobleaching and denim biostoning.

Identification of Novel Esterase from Metagenomic Library of Yangtze River

  • Wu, Chao;Sun, Baolin
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제19권2호
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    • pp.187-193
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    • 2009
  • A metagenomic library of surface-water microbes from the Yangtze River in China was constructed, and a novel esterase, designated as EstY, was isolated and characterized. EstY had 423 amino acids with an estimated molecular mass of 44 kDa and pI of 7.28. It hydrolyzed various p-nitrophenyl esters(acetate, butyrate, caprate, caprylate, laurate, myristate, and palmitate) and its best substrate was p-nitrophenyl caprate(C8). The optimum pH for EstY activity was 9.0 and the optimum temperature was $50^{\circ}C$. Metal ions, such as $Mn^{2+},\;Co^{2+},\;Hg^{2+},\;Zn^{2+},\;and\;Fe^{3+}$, strongly inhibited the activity of EstY, whereas $Mg^{2+}$ was required for maximal activity. Activity remained in the presence of 10% alcohol, acetone, isopropanol, and dimethyl sulfoxide, respectively. An analysis of the amino acid sequence deduced from estY revealed that it had 7 closely related lipolytic enzymes. Moreover, a sequence analysis showed that EstY, like its 7 relatives, did not belong to any known lipolytic enzyme family.