모노머 단백질의 상호작용 사이트 예측은 기능을 알지 못하는 단백질에 대해서 이것과 상호작용하는 단백질로부터 기능을 예측하거나 단백질 도킹을 위한 검색 공간의 감소에 중요한 역할을 한다. 그러나 상호작용사이트 예측은 대부분 단백질 상호작용이 세포 내에서 순간적 반응에 일어나는 약한 상호작용으로 실험에 의한 3차원 결정 구조 식별의 어려움이 따르며 이로 인해 3차원의 복합체 데이터가 제한적으로 양산된다. 이 논문에서는 모노머 단백질의 3차원 패치 계산을 통하여 구조가 알려진 복합체의 상호작용사이트와 비상호작용사이트에 대한 패치 속성을 추출하고 이를 기반으로 Support Vector Machine (SVM) 분류기법을 이용한 예측 모델 개발을 제시한다. 타겟 클래스의 데이터 불균형 문제 해결을 위해 under-sampling 기법을 이용한다. 사용된 패치속성은 2차 구조 요소와 아미노산 구성으로부터 총 9개가 추출된다. 147개의 단백질 복합체에 대해서 10 fold cross validation을 통해서 다양한 분류모델의 성능 평가를 하였다. 평가한 분류 모델 중 SVM은 92.7%의 높은 정확성을 보이고 이를 이용하여 분류 모델을 개발하였다.
Ha, Yeong-Keong;Kim, Jung-Suck;Jeon, Young-Shin;Han, Sun-Ho;Seo, Hang-Seok;Song, Kyu-Seok
Nuclear Engineering and Technology
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제42권1호
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pp.79-88
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2010
Spent $UO_2$ nuclear fuel discharged from a nuclear power plant (NPP) contains fission products, U, Pu, and other actinides. Due to neutron capture by $^{238}U$ in the rim region and a temperature gradient between the center and the rim of a fuel pellet, a considerable increase in the concentration of fission products, Pu, and other actinides are expected in the pellet periphery of high burnup fuel. The characterization of the radial profiles of the various isotopic concentrations is our main concern. For an analysis, spent nuclear fuels originating from the Yeonggwang-2 pressurized water reactor (PWR) were chosen as the test specimens. In this work, the distributions of some actinide isotopes were measured from center to rim of the spent fuel specimens by a radiation shielded laser ablation inductively coupled plasma mass spectrometer (LA-ICP-MS) system. Sampling was performed along the diameter of the specimen by reducing the sampling intervals from 500 ${\mu}m$ in the center to 100 ${\mu}m$ in the pellet periphery region. It was observed that the isotopic concentration ratios for minor actinides in the center of the specimen remain almost constant and increase near the pellet periphery due to the rim effect apart from the $^{236}U$ to $^{235}U$ ratio, which remains approximately constant. In addition, the distributions of local burnup were derived from the measured isotope ratios by applying the relationship between burnup and isotopic ratio for plutonium and minor actinides calculated by the ORIGEN2 code.
The purpose of this study is the development of the simple and precise sampling and analysis method of methyl isocyanate(MIC) in the work place as their secondary aliphatic amine derivatives by gas chromatography with flame ionization detector. The urea derivatives are quantitatively and simultaneously derived from MIC with secondary aliphatic amines such as dipropylamine(DPA), dibutylamine(DBA), and dipentylamine (DAA) in methylene chloride. The method is based on sampling glass tube in XAD-2 resin which is coated with secondary aliphatic amines. The samples are desorbed by $2m{\ell}$ methylene chloride and analysed using gas chromatography with flame ionization detector(GC/FID). In the results, the detection limit of the overall procedure and reliable quantity are $0.020-0.027{\mu}g$($1.347-1.740{\mu}g/m^3$(0.529-0.684 ppb) based on a 15 L air volume) MIC per sample. The average desorption efficiencies are 97.96 - 101.23 %. The results of versus storage time are high and stable recovery rates.
Introduction: An unexpected death was reported in a beginner immediately after starting the work at a plating factory. After the incident, air sampling was performed using a simulation of the situation as it had been at the time. Methods: To evaluate the airborne concentration of hydrogen cyanide, a total of six samples were collected: one personal sample, three area samples, and two background samples (office and outdoors). Hydrogen cyanide measurement was performed according to the standard sampling protocol recommended by the U.S. NIOSH (National Institute of Occupational Safety and Health). Results: The highest concentration of hydrogen cyanide was 0.938 ppm measured in a sample collected from the plating bath area with local exhaust ventilation. This value was approximately 20% of the ceiling occupational exposure limit. The personal sample showed a concentration of 0.135 ppm. Samples collected near the bath in which the incident occurred and a dehydrator showed hydrogen cyanide concentrations of 0.236 ppm and 0.101 ppm, respectively. Hydrogen cyanide was not detected in the background samples (office and outdoors). Conclusions: It is necessary to use proper ventilation systems and respirators in plating factories to prevent acute poisoning. Furthermore, it is important to educate and train new workers dealing with toxic substances.
In Korea, more than half of work-related fatalities have occurred on construction sites. To reduce such occupational accidents, safety inspection by government agencies is essential in construction sites that present a high risk of serious accidents. To address this issue, this study developed risk prediction models of serious accidents in construction sites using five machine learning methods: support vector machine, random forest, XGBoost, LightGBM, and AutoML. To this end, 15 proactive information (e.g., number of stories and period of construction) that are usually available prior to construction were considered and two over-sampling techniques (SMOTE and ADASYN) were used to address the problem of class-imbalanced data. The results showed that all machine learning methods achieved 0.876~0.941 in the F1-score with the adoption of over-sampling techniques. LightGBM with ADASYN yielded the best prediction performance in both the F1-score (0.941) and the area under the ROC curve (0.941). The prediction models revealed four major features: number of stories, period of construction, excavation depth, and height. The prediction models developed in this study can be useful both for government agencies in prioritizing construction sites for safety inspection and for construction companies in establishing pre-construction preventive measures.
Mark A. Buchheim;Ashley Silver;Haley Johnson;Richard Portman;Matthew B. Toomey
ALGAE
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제38권1호
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pp.1-22
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2023
An enormous body of research is focused on finding ways to commercialize carotenoids produced by the unicellular green alga, Haematococcus, often without the benefit of a sound phylogenetic assessment. Evidence of cryptic diversity in the genus means that comparing results of pigment studies may be confounded by the absence of a phylogenetic framework. Moreover, previous work has identified unnamed strains that are likely candidates for species status. We reconstructed the phylogeny of an expanded sampling of Haematococcus isolates utilizing data from nuclear ribosomal markers (18S rRNA gene, 26S rRNA gene, internal transcribed spacer [ITS]-1, 5.8S rRNA gene, and ITS-2) and the rbcL gene. In addition, we gathered morphological, ultrastructural and pigment data from key isolates of Haematococcus. Our expanded data and taxon sampling support the concept of a new species, H. privus, found exclusively in North America. Despite overlap in numerous morphological traits, results indicate that ratios of protoplast length to width and akinete diameter may be useful for discriminating Haematococcus lineages. High growth rate and robust astaxanthin yield indicate that H. rubicundus (SAG 34-1c) is worthy of additional scrutiny as a pigment source. With the description of H. privus, the evidence supports the existence of at least five, species-level lineages in the genus. Our phylogenetic assessment provides the tools to frame future pigment investigations of Haematococcus in an updated evolutionary context. In addition, our investigation highlighted open questions regarding polyploidy and sexuality in Haematococcus which demonstrate that much remains to be discovered about this green flagellate.
Purpose: This study aimed to investigate the nationwide intention to delegate clinical practice of medical specialists in accordance with the enactment of the scope of practice for advanced practice nurses (APNs). Methods: Data were collected from October to December 2021 using Google Surveys. In total, 147 medical specialists from 12 provinces responded to the survey. The survey questionnaire was categorized into four legislative draft duties, according to the scope of practice (a total of 41 tasks): Twenty-nine tasks on treatments, injects, etc., performed under the guidance of a physician and other activities necessary for medical treatment (treatment domain); two tasks on collaboration and coordination; six tasks on education, counseling, and quality improvement; four regarding other necessary tasks. Participants were asked whether they were willing to delegate the tasks to APN. Results: The intention to delegate tasks to APN was higher for non-invasive tasks such as blood sampling (97.3%) or simple dressing (96.6%). Invasive tasks such as endotracheal tube insertion (10.2%), sampling: bone marrow biopsy & aspiration (23.8%) showed low intention to delegate in the treatment domain. Participants who were older, male, and had more work careers with APN, showed a higher intention to delegate tasks. Conclusion: To prevent confusion in the clinical setting, a clear agreement on the scope of APN practice as APN delegated by physicians should be established. Based on this study, legal practices that APN can perform legally should be established.
Khan, Hafiz Mohammad Rafiqullah;Saxena, Anshul;Gabbidon, Kemesha;Stewart, Tiffanie Shauna-Jeanne;Bhatt, Chintan
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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제15권9호
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pp.4049-4054
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2014
Background: Race and ethnicity are significant factors in predicting survival time of breast cancer patients. In this study, we applied advanced statistical methods to predict the survival of White non-Hispanic female breast cancer patients, who were diagnosed between the years 1973 and 2009 in the United States (U.S.). Materials and Methods: Demographic data from the Surveillance Epidemiology and End Results (SEER) database were used for the purpose of this study. Nine states were randomly selected from 12 U.S. cancer registries. A stratified random sampling method was used to select 2,000 female breast cancer patients from these nine states. We compared four types of advanced statistical probability models to identify the best-fit model for the White non-Hispanic female breast cancer survival data. Three model building criterion were used to measure and compare goodness of fit of the models. These include Akaike Information Criteria (AIC), Bayesian Information Criteria (BIC), and Deviance Information Criteria (DIC). In addition, we used a novel Bayesian method and the Markov Chain Monte Carlo technique to determine the posterior density function of the parameters. After evaluating the model parameters, we selected the model having the lowest DIC value. Using this Bayesian method, we derived the predictive survival density for future survival time and its related inferences. Results: The analytical sample of White non-Hispanic women included 2,000 breast cancer cases from the SEER database (1973-2009). The majority of cases were married (55.2%), the mean age of diagnosis was 63.61 years (SD = 14.24) and the mean survival time was 84 months (SD = 35.01). After comparing the four statistical models, results suggested that the exponentiated Weibull model (DIC= 19818.220) was a better fit for White non-Hispanic females' breast cancer survival data. This model predicted the survival times (in months) for White non-Hispanic women after implementation of precise estimates of the model parameters. Conclusions: By using modern model building criteria, we determined that the data best fit the exponentiated Weibull model. We incorporated precise estimates of the parameter into the predictive model and evaluated the survival inference for the White non-Hispanic female population. This method of analysis will assist researchers in making scientific and clinical conclusions when assessing survival time of breast cancer patients.
본 연구는 크게 두 가지의 연구목적을 갖는다. 첫째, 사회복지연구에 있어서 개념적 중요성이 높은 조직신뢰와 오류관리문화와의 관계를 검증함으로써 오류관리문화의 이론적 위치를 검증한다. 둘째, 이전 연구와는 다르게 사회복지사의 직무특수성을 반영하는 일가치감과 측정의 타당도 제고를 위한 사회적 바람직성의 영향력에 주목하면서 연구모형 적확성 제고를 위한 제언을 시도한다. 이를 위해 본 연구는 서울 경기지역의 사회복지이용시설 즉 종합사회복지관, 장애인복지관, 노인복지관에 근무하는 경력 2년 이상의 사회복지사를 대상으로 층화표집 방법을 활용하여 조사된 564명의 자료를 활용한다. 주요 분석결과를 중심으로 핵심 논의를 정리하면 다음과 같다. 첫째, 조직신뢰에 대하여 인구사회학적 변수를 통제한 상태에서 사회적 바람직성의 증분설명량이 유의하게 나타남에 따라 향후 측정의 타당도 제고를 위해 제3변수 효과에 의한 체계적 편향방지 가능성에 대하여 논의하였다. 둘째, 조직신뢰에 대하여 인구사회학적 변수와 사회적 바람직성을 통제한 상태에서 사회복지사의 직무특수성을 나타내는 일가치감의 증분설명량이 유의하게 나타남에 따라 향후 연구에서 연구모형구성의 적확성을 제고하기 위한 방안에 대해 논의하였다. 셋째, 조직신뢰에 대하여 인구사회학적 변수, 사회적 바람직성, 사회복지사의 일가치감을 통제한 상태에서 오류관리문화의 증분설명력은 사회복지이용시설별로 유의하게 나타남에 따라 오류관리문화의 이론적 함의와 오류관리문화 정착을 위한 실천적 함의에 대하여 논의하였다.
부적절한 식품취급과 불량한 손 위생관리는 식품매개성 질환 발생에 주요한 역할을 한다. 본 연구는 조리 중 손의 미생물(일반세균, 총대장균군, 분변성대장균군, 대장균, 황색포도상구균 및 살모넬라) 오염도의 경시적 변화를 알아 보고자 수행되었다. 시료 채취는 음식점 조리종사자 20명의 왼손과 오른손에서 조리 전부터 조리 후까지 2시간 간격으로 glove-juice method에 의하여 수행하였다. 미생물 시험은 식품공전에 따라 수행하였다. 손의 미생물 오염도는 시간 경과에 따라 변화하였으며 조리 전과 8시간 후에 높게 나타났다(p < 0.05). 왼손보다 오른손에서 미생물 오염도가 일관되게 높았다. 일부 조리종사자의 손에서 총대장균군 분변성 대장균군, 대장균, 황색포도상구균 및 살모넬라가 검출되어 손 위생관리가 불량한 것으로 보인다. 본 연구결과는 이들 조리종사자의 손이 조리 중 미생물 전파매개 체가 될 수 있음을 제시한다. 본 연구는 또 식품안전을 확보하기 위하여 이들 조리종사자의 손 위생관리 향상을 위한 교육 및 훈련이 더 필요함을 제시한다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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