• Journal of Veterinary Science
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• 제22권2호
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• pp.24.1-24.16
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• 2021

Background: Bovine tuberculosis (TB) is caused by Mycobacterium bovis, a well-known cause of zoonotic tuberculosis in cattle and deer, and has been investigated in many physiological and molecular studies. However, detailed genome-level studies of M. bovis have not been performed in Korea. Objectives: To survey whole genome-wide single-nucleotide polymorphism (SNP) variants in Korean M. bovis field isolates and to define M. bovis groups in Korea by comparing SNP typing with spoligotyping and variable number tandem repeat typing. Methods: A total of 46 M. bovis field isolates, isolated from laryngopharyngeal lymph nodes and lungs of Korean cattle, wild boar, and Korean water deer, were used to identify SNPs by performing whole-genome sequencing. SNP sites were confirmed via polymerase chain reaction using 87 primer pairs. Results: We identified 34 SNP sites with different frequencies across M. bovis isolates, and performed SNP typing and epidemiological analysis, which divided the 46 field isolates into 16 subtypes. Conclusions: Through SNP analysis, detailed differences in samples with identical spoligotypes could be detected. SNP analysis is, therefore, a useful epidemiological tracing tool that could enable better management of bovine TB, thus preventing further outbreaks and reducing the impact of this disease.

• 한국초지조사료학회지
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• 제34권2호
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• pp.114-119
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• 2014

염 또는 건조 스트레스 처리에 의한 톨 페스큐 종자의 발아율 변화와 유식물체 수준에서의 유전자 발현을 조사하기 위하여 in vitro 조건에서 NaCl과 PEG를 처리하여 분석하였다. NaCl 처리시 톨 페스큐 품종별 발아율은 50 mM 농도에서 발아율이 서서히 감소하기 시작하였으며 350 mM의 농도에서는 모든 품종에서 발아가 되지 않는 경향을 보였다. NaCl 처리 농도에 따른 발아율 감소율은 Fawn 품종이 가장 큰 변화를 보였으며 Kentucky-31(E-) 품종이 가장 강한 내성을 보였다. 또한, PEG 처리시 톨 페스큐 품종별 발아율의 변화도 NaCl 처리시와 유사한 경향을 보였으며 고농도인 30% PEG 처리구에서는 모든 품종에서 발아가 되지 않는 경향을 보였으며 Kentucky-31(E-) 품종이 가장 강한 내성을 보였다. 톨 페스큐 유식물체 수준에서 염해와 건조 스트레스에 의한 유전자 발현양상을 조사하기 위하여 DEGs (differentially expressed genes) 탐색을 위한 ACP-based GeneFishing$^{TM}$ PCR 분석을 통해 NaCl 또는 PEG 처리에 따른 발현량의 차이를 보이는 총 4개의 DEG를 선발하여 클로닝하고 염기서열을 분석하였다. 무처리구에 비해 NaCl 처리시 4개의 DEG가 증가하였고 감소하는 DEG는 확인 되지 않았으나, PEG 처리에서는 3개의 DEG (DEG 1, 3, 및 4)가 증가하였고 1개의 DEG가 감소하는 경향을 나타내었다. 발굴된 DEG들을 blastx 검색에 의하여 rubisco large subunit (DEG1), microsomal glutathion S-transferase (GST) 3-like isoform 1 (DEG2) 유전자로 동정되었다.

• 콘크리트학회논문집
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• 제27권1호
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• pp.21-28
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• 2015

최근에 콘크리트 모듈로 건설하는 부유 구조물에 대한 연구가 활발히 이루어짐에 따라 콘크리트 모듈 간 접합 공법에 대한 필요성이 대두되고 있다. 모듈 간 접합 작업은 수중에서 프리스트레싱 텐던을 긴장하여 이루어지므로 시공성이 저하될 가능성이 있어서 가접합을 위한 부착재료 개발이 요구된다. 이번 연구에서는 콘크리트 구조물 보수보강용 섬유보강 패널 부착에 사용된 수중용 에폭시에 $SiO_2$ 계열 마이크로 실리카(Micro-silica : MS)를 혼입하여 콘크리트 모듈 가접합용 접합재료를 개발, 평가하였다. 기존 수중용 에폭시에 0~4% MS를 혼입하여 부착성능 평가를 통하여 최적 MS 혼입량을 산정하였으며 수중용 에폭시의 점도에 따른 MS 혼입 효과를 확인하기 위하여 주제 비율을 각각 0, ${\pm}5$%, ${\pm}10%$로 조정하여 재료성능을 검토한 후 최적 비율을 도출하였다. 도출된 마이크로 실리카 수중용 에폭시(MSAE)의 콘크리트 모듈 접합 성능을 검증하기 위하여 콘크리트 모듈 접합 시험체에 3점 재하 실험을 실시한 결과 MSAE는 기존 수중용 에폭시에 비해 콘크리트 모듈 접합 성능이 크게 향상된 것으로 나타났다.

• 구강회복응용과학지
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• 제27권1호
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• pp.1-13
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• 2011

압축강화형 복합레진($TESCERA^{TM}$ ATL)을 지르코니아 framework에 효과적으로 전장하기 위하여, 표면처리 방법을 여러 가지로 달리한 지르코니아 표면에 압축강화형 복합레진을 전장하여 전단결합강도를 실험적으로 비교하였다. 지르코니아의 표면적 증가를 도모하기 위해 최종소결 전 지름 1.1mm round bur를 사용하여 지르코니아 표면에 pockmark (honey-comb concept)를 형성하였고, 화학적으로는 Primer (Zr-plus primer, Bisco, Inc., Shaumurg, USA)를 도포하여 결합강도 증가를 도모하였다. 지르코니아에 porcelain을 적층하여 대조군으로 삼고 각 군을 5도와 55도 사이에서 10,000회 thermocycling시켜 simulated aging 결과 또한 비교하였다. 전단결합강도를 측정하였고 주사전자현미경을 통해 파절단면을 관찰하였다. Pockmark를 형성한 실험군에 압축강화형 복합레진($TESCERA^{TM}$ ATL) 전장 시 도재 전장과 유사한 전단결합 강도를 발휘하였으며,(p>0.05) 동일 시편을 24시간 수중 보관했을 때에 비해 thermocycling 했을 때의 전단결합강도가 약간 감소하였으나 유의차는 보이지 않았다.(p>0.05) 지르코니아 표면에의 Primer의 도포가 압축강화형 복합레진 ($TESCERA^{TM}$ ATL)과의 결합강도를 증가시키지는 못하였다. 지르코니아 소결 전 표면에 pockmark를 주어 표면적을 증가시키고 요철의 효과를 주는 것은 $TESCERA^{TM}$ ATL과의 결합강도를 증가시켰으며, 이는 임상적으로 지르코니아-포세린의 결합강도에 필적하는 강하고 내구성 있는 결합강도를 가져온다고 판단되었다.

• 한국버섯학회지
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• 제10권3호
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• pp.120-128
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• 2012

표고균사에서 갈변시기를 조절하고 확인할 수 있는 유전공학적 시스템을 개발하여 톱밥재배용 표고균주를 조기에 선별할 수 있도록 표고균사가 갈변되는 동안 균사상태에서 특이적으로 발현되는 유전자를 분리하기 위하여 갈변되지 않은 균사와 갈변이 완전히 이루어진 균사에서 differential display를 실시하였다. 그 결과 이들 균사로부터 특이적으로 발현되는 두 개의 1.6kb와 1.2kb의 cDNA clone을 선발하여 염기서열을 분석하였다. 이 중 1.6kb의 cDNA단편은 Dugenia polichroa로부터 분리된 microsatellites 유전자와 100%의 상동성을 나타냈다. 그러나 1.2kb의 cDNA 단편은 3'부위에 poly A tail과 5 부위에 partial open reading frame를 가지고 있어 이를 primer로 제작한 후 갈변되지 않은 균사와 갈변이 이루어진 균사에서 RT-PCR을 실시하여 본 결과 갈변이 되지 않은 백색의 균사에서 발현이 확인되었다. 1.2kb의 cDNA 단편의 5' 부위의 염기서열 분석은 110개의 아미노산으로 구성된 partial open reading frame으로 나타났다. 이 유전자를 DNASIS database에서 상동성을 비교해 본 결과 Arabidopsis thaliata에서 분리된 dTDP-glucose 4,6-dehydratases 유전자와 DNA 수준에서는 66.7%, 아미노산 수준에서는 69.2%의 높은 상동성을 나타내었다. 갈변에 관련된 특이 유전자(BCR gene)를 확인하였다. 이 유전자는 산화 stress에 대해 저항성을 나타내는 기능을 가진 것으로 알려져 있어 표고 균사가 갈변될 때 repressor로서 작용할 것으로 생각된다. 따라서 이 유전자를 BCR (Brown Color Repressor) 유전자라고 명명하였다.

• 한국환경복원기술학회지
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• 제23권2호
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• pp.69-89
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• 2020

Scientific trust and quantification of traditional species investigation and results that have been used in ecology for decades has always been a problem and concern for ecologists. Global ecologists have proposed DNA-based species investigation studies to find answers to problems. In this study, we reviewed the global trend of research on environmental DNA(eDNA), which is a method for monitoring species by detecting DNA of organisms naturally mixed in environmental samples such as water, soil, and feces. The first eDNA research confirmed the possibility of species investigation at the molecular level, and commercialization of NGS(Next Generation Sequencing) and DNA metabarcoding elicits efficient and quantitative species investigation results, and eDNA research is increasing in the filed of ecology. In this study, mammals and birds were detected using MiMammal universal primers from 23 samples(3 natural reserves; 20 water bowls) out of 4 patches to verify eDNA for urban ecosystems in Suwon, and eDNA was verified by performing camera trapping and field survey. Most terrestrial species were detected through eDNA, and particularly, mice(Mus musculus), and Vinous-throated Parrotbill (Sinosuthora webbiana) were identified only with eDNA, It has been confirmed to be highly effective by investigating techniques for small and internal species. However, due to the lack of resolution of the primer, weasels(Mustela sibirica) and squirrels(Melanochromis auratus) were not detected, and it was confirmed that the traditional investigation method was effective only for a few species, such as Mogera robusta(Mogera robusta). Therefore, it is judged that the effects of species investigation can be maximized only when eDNA is combined with traditional field survey and Camera trapping to complement each other.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제23권2호
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• pp.701-709
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• 1998

Many dental composites are Bis-GMA based resin which diluted with the more fluid monomer triethylenglycol dimethacrylate(TEGDMA). TEGDMA is often present in exess so that some quantity remains unreacted following photo-initiated polymerization. TEGDMA is a component of some resin composites which contributes to their cytotoxicity. The presence of dentin between resin composite and pulp space reduce the cytotoxicity in vitro. The root system from extrcted human third molar was removed and then a circular occlusal cavity 4mm in diameter was prepared, leaving a remaining dentinal thickness to the roof of the pulpal chamber within the range 1.0-1.5mm. Dentine was treated with 37% phosphoric acid prior to Z 100 placement without using bonding resin(group 1). In group 2, SMP(Scotchbond Multi Purpose) primer, bonding resin prior to Z 100 placement were applied sequently. In group 3, moulds with internal dimensions 4mm diameter by 2mm depth were used to contain the composite alone with an equvalent mass on tooth model, and then they were immersed directly into water. The purpose of this study is to evaluate the release rate and quantity of TEGDMA with or without the application of bonding resin. Both release rate and total cumulative amount of TEGDMA for the three groups were determined using reversed-phase HPLC at times up to 10 days. The results were as follows: 1. All experimental groups showed the highest rate of release was in the first sample period(0-4.32 min) and the rate of release declined exponentially thereafter. 2. The maximum release rate and total cumulative account of TEGDMA in the tooth model of group 1 and group 2 with the use of SMP bonding resin were reduced however ther were no significant differences between these groups(P>0.05). 3. In the first sample period(0-4.32 min), the rate of release of TEGDMA from composite resin in group 3 immersed directly into water was significantly higher than that in group 1 and group 2 of tooth model(P<0.05). Conclusively, TEGDMA diffusion from Z 100 resin was not effectively prevented by the presence of dentin in spite of using the SMP bonding resin.

• ALGAE
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• 제36권1호
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• pp.37-50
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• 2021

Heterotrophic dinoflagellates Gyrodinium spp. are one of the major grazers of phytoplankton in many coastal waters. Gyrodinium dominans, G. jinhaense, and G. moestrupii have similar morphologies but different edible prey species. To explore the variations in the ecological niches of these three species, we investigated their spatial-temporal distributions in Korean waters. Because of the high similarity in morphology among these three Gyrodinium species, we used real-time polymerase chain reactions to quantify their abundance in water samples that were seasonally collected from 28 stations along the Korean Peninsula from April 2015 to October 2018. Cells of G. dominans were found at all sampling stations, G. jinhaense at 26 stations, and G. moestrupii at 22 stations, indicating that all three species were widely distributed in Korea. Furthermore, all three species displayed strong seasonal distributions. The largest numbers of the stations where G. dominans and G. jinhaense cells were present were found during the summer (26 and 23 stations, respectively), but that for G. moestrupii was found in the autumn (15 stations). The abundance of G. dominans was positively correlated with that of G. jinhaense, but not with that of G. moestrupii. The highest abundances of G. dominans (202.5 cells mL-1) and G. jinhaense (20.2 cells mL-1) were much greater than that of G. moestrupii (1.2 cells mL-1). The highest abundances of G. dominans and G. jinhaense were found in July, whereas that of G. moestrupii was found in March. The abundances of G. dominans and G. jinhaense, but not G. moestrupii, were positively correlated with water temperature. Therefore, the spatial-temporal distributions of G. dominans and G. jinhaense were closer than those of G. moestrupii and G. dominans or G. jinhaense. This differs from results based on the relative differences in ribosomal DNA sequences and the types of edible prey reported in the literature. Thus, the variations in spatial-temporal distributions and prey species of these three Gyrodinium species suggest that they may have different ecological niches in Korean coastal waters.

• 대한환경공학회지
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• 제29권8호
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• pp.895-903
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• 2007

매립지를 직접 생태학적으로 모니터링하는 방법을 개발하고자, 매립지 내의 생화학적 반응에 관여하는 세균들과 효소의 양을 정량함과 동시에 지하수 수질인자와 상호 연관성을 조사하여 생태학적 인자와의 연계 이용 가능성을 평가하였다. 이를 위하여 4개의 매립 종료된 비위생 매립지(천안(C), 원주(W), 논산(N), 평택(P) 매립지)에서 계절별로 지하수 시료를 채취하였으며 동시에 16S rDNA 방법을 사용하여 미생물 다양성을 분석하였다. 이를 기반으로, 매립지에서 주로 발견되는 세균과 효소를 대표하는 유전자를 정량하기 위한 특이 프라이머 쌍을 제작하였으며 상관계수에 기초하여 수질인자와 유전자 지표 인자간의 정량적 관련성을 비교하였다. 그 결과 DSR(황환원 세균) gene과 BOD(생화학적 산소요구량)사이의 상관관계는 0.8 이상인데 반해 NSR(질산화 세균-Nitrospira sp.) gene과 질산성 질소는 0.9 이상이었다. 안정화지표(BOD/COD)와 MTOT(메탄 산화 세균), MCR(Methyl coenzyme M reductase), Dde(Dechloromonas denitrificans) gene들은 0.8 이상의 상관관계를 가졌으나 3가 철과 Fli(Ferribacterium limineticm) gene은 0.7로 낮았다. MTOT gene의 경우, BOD/COD과의 관련성이 100%에 가깝게 높았다. 또한, 혐기성 유전자들(nirS-아질산 환훤효소, MCR, Dde, DSR)과 DO 역시 0.8 이상으로 나타나 일반적인 매립지 혐기성 반응들이 DO에 크게 의존함을 보였다. 결론적으로 분자생물학적 조사와 수질인자가 높은 상호연관성이 있었으며 real-time PCR이 전통적인 모니터링 인자들과 동시에 상호 보완적으로 모니터링에 사용됨으로써 매립지안정화 및 주변 영향을 평가하는데 효율적으로 사용 될 수 있음을 알 수 있었다.